BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005L13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 111,556,098 - 111,688,138
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040614
Upstream genePde4d, LOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
Downstream geneLOC668159, 4732495G21Rik, LOC100040640, EG621953, Gpbp1, LOC100040666, Mier3, Map3k1, LOC668181
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005L13.bB6Ng01-005L13.g
ACCDH842782DH842783
length1,013813
definitionDH842782|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L13, 5' end.DH842783|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005L13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,687,127 - 111,688,138)(111,556,098 - 111,556,908)
sequence
gaattcaagttgacaatagcaacggaagctgacatgtcttgttggagcag
gcaagtgttattcatttcctgagcttctccctggcatccttccatgcatg
cgaaaccatctaatcttacatagcactgtttacttttcatttaagcgtaa
gatttttcccttttatttctttgcaaattgacttataaaattccacatat
ttgtcagagttgctttgcatcaattccggaagttcatcaatccaaggatt
ttgaacaataattagacttaaaaaaagaatggagagggaagagcagccca
catactaatggtcagtccagaaacccttttcacacaggctgtgtttatat
aattacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacca
ataattttctacaaagaggccatagaattgaaagagaagtaagagggtca
acatgggacaatttaaaagaagaaagggaaaggagaatggtaattatatt
acaataaaaaattttaaatgaagagacaatcgtgacttttaagagagaat
tctgttatgatcatgtcaaagcattaaaatgaatgattaaaatctccatc
aaaacaatgaagctcagggccagcaatatggtttagtgggttgaggtatc
tgtggccaaagacggctattgagttcaattcttgtggccccttgccaagt
tggttctctaaagacacccacccacgcgccatagcatctgcccttcctca
ccatcccccatggtaaaacagataagtttaaatcaaaaaggagtctctcc
cttctgaggagtatgaaaataaatagggcagagcttcgctgaaattgttc
aaattacttcctattgaaactgaatcacaaagctattggcatttaaaaag
cttcctatatcacattccagatagtcaaatgggtttgtcatcagcctact
ggatacgatttgtcatcagcctactggaatacgttgttttaaatgttcat
tggggcttcagct
gaattcattgaagaggcataaaagactgctcagtagtcgaagctcctgca
gcacaaggcagggaaatagagtttgggtcctcagaacccaagaacctagt
gagtatgggaacttctatgttatttataccccagaaagtgaacataagac
atcttcagaggaaactggataagtggactagctgtatcaataaactctag
gtttcattgagaggtctggcttcaaaaactagtgtggaagagtgatggag
aatgactcaggatatacacacatatatgtgcatctgcatgtaccaacata
tatgcatgcatgcatacatacatacatgtacatacacatgagaggaagta
aagagaactcatttaaggtatctatagccacgcacctctctattcaaagt
aaaataggtaggttcaggtgggatatgttctccttaacagaaacttctaa
tagaaacatcagttggctcatgctcattttaaaactccctccagtctcac
attatctggcttattttattgatgagcatagtaaatatttctcccagatt
tttaggctcaaaatctattgactttactatagcctcttgtgactaacctc
cattccctcaaagttctctttgaattgattcccagaccaagaacaattta
taggttcatatggccaagcaaggcttcatactgatggggggtgttggggg
catggcccatgacattggacatcgagaccccaaaattatctactgccagg
ctgtcaagtgtagcagctttttattgaaagcaaagtgtaataatgttaag
catgaaggcttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_111687127_111688138
seq2: B6Ng01-005L13.b_44_1056 (reverse)

seq1  AGCTGGAAGCACAATGAACATTTAAAACAACGTA-TCCAGTAGGCTGATG  49
      ||||| |  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGCCCCAATGAACATTTAAAACAACGTATTCCAGTAGGCTGATG  50

seq1  ACAAATCGTATCCAGTAGGCTGATGACAAA-CCATTTGACTATCTGGAAA  98
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ACAAATCGTATCCAGTAGGCTGATGACAAACCCATTTGACTATCTGG-AA  99

seq1  TGTGATATAGGAAGCTTTTTAAATGCCAATAGCTTTGTGATTCAGTTTCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATAGGAAGCTTTTTAAATGCCAATAGCTTTGTGATTCAGTTTCA  149

seq1  ATAGGAAGTAATTTGAACAATTTCAGCGAAGCTCTGCCCTATTTATTTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGTAATTTGAACAATTTCAGCGAAGCTCTGCCCTATTTATTTTC  199

seq1  ATACTCCTCAGAAGGGAGAGACTCCTTTTTGATTTAAACTTATCTGTTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCTCAGAAGGGAGAGACTCCTTTTTGATTTAAACTTATCTGTTTT  249

seq1  ACCATGGGGGATGGTGAGGAAGGGCAGATGCTATGGCGCGTGGGTGGGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGGGGATGGTGAGGAAGGGCAGATGCTATGGCGCGTGGGTGGGTG  299

seq1  TCTTTAGAGAACCAACTTGGCAAGGGGCCACAAGAATTGAACTCAATAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGAGAACCAACTTGGCAAGGGGCCACAAGAATTGAACTCAATAGC  349

seq1  CGTCTTTGGCCACAGATACCTCAACCCACTAAACCATATTGCTGGCCCTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTTGGCCACAGATACCTCAACCCACTAAACCATATTGCTGGCCCTG  399

seq1  AGCTTCATTGTTTTGATGGAGATTTTAATCATTCATTTTAATGCTTTGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATTGTTTTGATGGAGATTTTAATCATTCATTTTAATGCTTTGAC  449

seq1  ATGATCATAACAGAATTCTCTCTTAAAAGTCACGATTGTCTCTTCATTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATAACAGAATTCTCTCTTAAAAGTCACGATTGTCTCTTCATTTA  499

seq1  AAATTTTTTATTGTAATATAATTACCATTCTCCTTTCCCTTTCTTCTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTTATTGTAATATAATTACCATTCTCCTTTCCCTTTCTTCTTTT  549

seq1  AAATTGTCCCATGTTGACCCTCTTACTTCTCTTTCAATTCTATGGCCTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTCCCATGTTGACCCTCTTACTTCTCTTTCAATTCTATGGCCTCT  599

seq1  TTGTAGAAAATTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAAATTATTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  649

seq1  GTGTGTGTGTAATTATATAAACACAGCCTGTGTGAAAAGGGTTTCTGGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTAATTATATAAACACAGCCTGTGTGAAAAGGGTTTCTGGAC  699

seq1  TGACCATTAGTATGTGGGCTGCTCTTCCCTCTCCATTCTTTTTTTAAGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTAGTATGTGGGCTGCTCTTCCCTCTCCATTCTTTTTTTAAGTC  749

seq1  TAATTATTGTTCAAAATCCTTGGATTGATGAACTTCCGGAATTGATGCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTGTTCAAAATCCTTGGATTGATGAACTTCCGGAATTGATGCAA  799

seq1  AGCAACTCTGACAAATATGTGGAATTTTATAAGTCAATTTGCAAAGAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTCTGACAAATATGTGGAATTTTATAAGTCAATTTGCAAAGAAAT  849

seq1  AAAAGGGAAAAATCTTACGCTTAAATGAAAAGTAAACAGTGCTATGTAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAAAAATCTTACGCTTAAATGAAAAGTAAACAGTGCTATGTAAG  899

seq1  ATTAGATGGTTTCGCATGCATGGAAGGATGCCAGGGAGAAGCTCAGGAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATGGTTTCGCATGCATGGAAGGATGCCAGGGAGAAGCTCAGGAAA  949

seq1  TGAATAACACTTGCCTGCTCCAACAAGACATGTCAGCTTCCGTTGCTATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACACTTGCCTGCTCCAACAAGACATGTCAGCTTCCGTTGCTATT  999

seq1  GTCAACTTGAATTC  1012
      ||||||||||||||
seq2  GTCAACTTGAATTC  1013

seq1: chr13_111556098_111556908
seq2: B6Ng01-005L13.g_68_880

seq1  GAATTCATTGAAGAGGCATAAAAGACTGCTCAGTAGTCGAAGCTCCTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAAGAGGCATAAAAGACTGCTCAGTAGTCGAAGCTCCTGCA  50

seq1  GCACAAGGCAGGGAAATAGAGTTTGGGTCCTCAGAACCCAAGAACCTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGGCAGGGAAATAGAGTTTGGGTCCTCAGAACCCAAGAACCTAGT  100

seq1  GAGTATGGGAACTTCTATGTTATTTATACCCCAGAAAGTGAACATAAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGGGAACTTCTATGTTATTTATACCCCAGAAAGTGAACATAAGAC  150

seq1  ATCTTCAGAGGAAACTGGATAAGTGGACTAGCTGTATCAATAAACTCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAGAGGAAACTGGATAAGTGGACTAGCTGTATCAATAAACTCTAG  200

seq1  GTTTCATTGAGAGGTCTGGCTTCAAAAACTAGTGTGGAAGAGTGATGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATTGAGAGGTCTGGCTTCAAAAACTAGTGTGGAAGAGTGATGGAG  250

seq1  AATGACTCAGGATATACACACATATATGTGCATCTGCATGTACCAACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTCAGGATATACACACATATATGTGCATCTGCATGTACCAACATA  300

seq1  TATGCATGCATGCATACATACATACATGTACATACACATGAGAGGAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGCATGCATACATACATACATGTACATACACATGAGAGGAAGTA  350

seq1  AAGAGAACTCATTTAAGGTATCTATAGCCACGCACCTCTCTATTCAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACTCATTTAAGGTATCTATAGCCACGCACCTCTCTATTCAAAGT  400

seq1  AAAATAGGTAGGTTCAGGTGGGATATGTTCTCCTTAACAGAAACTTCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGGTAGGTTCAGGTGGGATATGTTCTCCTTAACAGAAACTTCTAA  450

seq1  TAGAAACATCAGTTGGCTCATGCTCATTTTAAAACTCCCTCCAGTCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACATCAGTTGGCTCATGCTCATTTTAAAACTCCCTCCAGTCTCAC  500

seq1  ATTATCTGGCTTATTTTATTGATGAGCATAGTAAATATTTCTCCCAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGGCTTATTTTATTGATGAGCATAGTAAATATTTCTCCCAGATT  550

seq1  TTTAGGCTCAAAATCTATTGACTTTACTATAGCCTCTTGTGACTAACCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCTCAAAATCTATTGACTTTACTATAGCCTCTTGTGACTAACCTC  600

seq1  CATTCCCTCAAAGTTCTCTTTGAATTGATTCCCAGACCAAGAACAATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCTCAAAGTTCTCTTTGAATTGATTCCCAGACCAAGAACAATTTA  650

seq1  TAGGTTCATATGGCCAAGCAAGGCTTCATACTGATGGGGGGTGTTGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCATATGGCCAAGCAAGGCTTCATACTGATGGGGGGTGTTGGGGG  700

seq1  CATGGCCCATGACACTTGACATCGAGACCCCAAAATTATCTACTGCCAGG  750
      |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCCATGACATTGGACATCGAGACCCCAAAATTATCTACTGCCAGG  750

seq1  CTGTCAAGTGTAGCAGC-TTTTATTGAAAGCAAAGTGAAATAATGAT-AG  798
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||
seq2  CTGTCAAGTGTAGCAGCTTTTTATTGAAAGCAAAGTGTAATAATGTTAAG  800

seq1  CATGTAGGCTTCC  811
      |||| ||||||||
seq2  CATGAAGGCTTCC  813