BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012N11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 44,830,961 - 44,983,437
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJarid2
Upstream geneLOC100039403, Cd83, LOC100039432, A730030A06, EG637868, EG667157
Downstream geneDtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012N11.bB6Ng01-012N11.g
ACCDH847815DH847816
length1,118776
definitionDH847815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N11, 5' end.DH847816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,982,306 - 44,983,437)(44,830,961 - 44,831,735)
sequence
gaattctcttagccaatctaggagtccagatttttgcccccaattatatg
acagtggcaaaagtggtacatccaaacaaacaaaaatccaaaaacaggat
aggtggcatctttgaaagtaaatcttcaccaaaaagccatcaaaggctac
aatttaagaagtgtcttggcttctcatgtatactttaattactatgacaa
gtggtctcttaacagtaccacaaatatgttggggttttaggaaacaacta
ctactacttcaacataagctccagacttaacagccccacctataatccat
tgtctcaacaaggaaggagtgactgccacatgctagacagggatgcaggt
ctcacagccacctgcaactagagcagcattctgtcaggcaagaccctggc
caagcttctcctccaccactccaccattccggagggagaatgacagacaa
cacatgaattcaggaaactggtccaaatgattgcctttggccatcatact
tgcccctggtatgaatccaaaagcaattacattccagttaggacaaaggg
ctgagaaatacccatcttcaaaaagatgtacacaaaatggaacaataatt
tctcctattccttcccagttccatgaagggaaggaaaaaaaaagacattt
gactaaaataactaatgaactgccaccaagttattctgtagaaggtcaca
aagagcgtgccaagccaacaatactgaggaaaacccaaattcatcacaaa
ctcattaatgataaaacaaagaaaacagtaaaataactaggaataatttc
caagctctaaaacattcagaatattaacttatatgacaaatatactgagc
aactttattgtgttgttatatttccactgttggcatcattggaggctcta
tatgtgagatattattttagaaacatatgagctatggaaatgaaatccct
ggagttactatttgttattatacccttgagctgcacccaaaatcagtgaa
actgtacacgtcattcaaactgtatgttttaaccaatacatcccttcaat
agattgctatttgttgtaaggacttgggtgctggtactgggtgaagtttc
ataacaaagtttccatca
gaattcctgttttcagtccctatctccaaatacactgggcccgatggtat
tgaattaggaggtttaaggaggagggtcaggagttcaaggtcatcctgtt
acatagcatgtagaaggccagcagctggaaatatgagaccctctctaaaa
catacccaagactaccccaagaccgcagaaagggagttaacctcataaag
ttcagaaacagagttgtactacaattatagctgcaaataggtagctcagt
gctggagtgctttcttggcatggacaaagtctcagggggttagatctcta
gcacaaaaaatggtcaaatgaaatgattgctgtcttctgtcatggttggt
acacacctttaacccccagcactgggaggcagaggcagaggtgggcatgc
atatcttagtttgaggccatcttggtttatacaggaagttccaggccagc
caggactaggtagtgagaatgtctccaagagttagcttgcttttcctttg
ttaaataaacatggtggtattttacagctctgaagggagaattgaagttg
ttagttgccttgtttttccttttcccacatttataatactttacttgtct
tggaaaatcctttcctttcccaaggagtctagggtggaaatgctttatat
ttggtagaatttagggtcttgcatgtgctaggaaagctgtggtaccaaac
aaccccagttgtaggtggcgcaacgttgggacacccactataaaaatggc
atacataagcaaaagccagtttgatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_44982306_44983437
seq2: B6Ng01-012N11.b_47_1164 (reverse)

seq1  TGATGGAGACTTTGTTATGAAAACATCACACAAGTACACAGCACACAAGT  50
      ||||||| ||||||||||| |||| |||| | ||||| |||||| |||||
seq2  TGATGGAAACTTTGTTATG-AAACTTCAC-CCAGTAC-CAGCACCCAAGT  47

seq1  ACTTTACAAACAATAGCATATCCTAATTGAAAGGGATGTATTGGTTAAAA  100
       | ||||||  ||||||| |||   |||| ||||||||||||||||||||
seq2  -CCTTACAACAAATAGCA-ATC--TATTG-AAGGGATGTATTGGTTAAAA  92

seq1  CATACAGTTTGGAATGACGTGTACAGTATCACCTGATTTTTGGGTTGCAG  150
      |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||  || |||||
seq2  CATACAGTTT-GAATGACGTGTACAGTTTCA-CTGATTTT--GGGTGCAG  138

seq1  CTCAAGGGTTATAATAACAAATAGTAACTCCAGGGATTTTCATTTCCATA  200
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCAAGGG-TATAATAACAAATAGTAACTCCAGGGA-TTTCATTTCCATA  186

seq1  GCTCATATGTTTCTAAAATAATATCTCACATATAGAGCCTCCAATGATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATATGTTTCTAAAATAATATCTCACATATAGAGCCTCCAATGATGC  236

seq1  CAACAGTGGAAATATAACAACACAATAAAGTTGCTCAGTATATTTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTGGAAATATAACAACACAATAAAGTTGCTCAGTATATTTGTCAT  286

seq1  ATAAGTTAATATTCTGAATGTTTTAGAGCTTGGAAATTATTCCTAGTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTAATATTCTGAATGTTTTAGAGCTTGGAAATTATTCCTAGTTAT  336

seq1  TTTACTGTTTTCTTTGTTTTATCATTAATGAGTTTGTGATGAATTTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTTTTCTTTGTTTTATCATTAATGAGTTTGTGATGAATTTGGGT  386

seq1  TTTCCTCAGTATTGTTGGCTTGGCACGCTCTTTGTGACCTTCTACAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCAGTATTGTTGGCTTGGCACGCTCTTTGTGACCTTCTACAGAAT  436

seq1  AACTTGGTGGCAGTTCATTAGTTATTTTAGTCAAATGTCTTTTTTTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTGGCAGTTCATTAGTTATTTTAGTCAAATGTCTTTTTTTTTCC  486

seq1  TTCCCTTCATGGAACTGGGAAGGAATAGGAGAAATTATTGTTCCATTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCATGGAACTGGGAAGGAATAGGAGAAATTATTGTTCCATTTTG  536

seq1  TGTACATCTTTTTGAAGATGGGTATTTCTCAGCCCTTTGTCCTAACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCTTTTTGAAGATGGGTATTTCTCAGCCCTTTGTCCTAACTGGA  586

seq1  ATGTAATTGCTTTTGGATTCATACCAGGGGCAAGTATGATGGCCAAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTGCTTTTGGATTCATACCAGGGGCAAGTATGATGGCCAAAGGC  636

seq1  AATCATTTGGACCAGTTTCCTGAATTCATGTGTTGTCTGTCATTCTCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTTGGACCAGTTTCCTGAATTCATGTGTTGTCTGTCATTCTCCCT  686

seq1  CCGGAATGGTGGAGTGGTGGAGGAGAAGCTTGGCCAGGGTCTTGCCTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAATGGTGGAGTGGTGGAGGAGAAGCTTGGCCAGGGTCTTGCCTGAC  736

seq1  AGAATGCTGCTCTAGTTGCAGGTGGCTGTGAGACCTGCATCCCTGTCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCTGCTCTAGTTGCAGGTGGCTGTGAGACCTGCATCCCTGTCTAG  786

seq1  CATGTGGCAGTCACTCCTTCCTTGTTGAGACAATGGATTATAGGTGGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGCAGTCACTCCTTCCTTGTTGAGACAATGGATTATAGGTGGGGC  836

seq1  TGTTAAGTCTGGAGCTTATGTTGAAGTAGTAGTAGTTGTTTCCTAAAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGTCTGGAGCTTATGTTGAAGTAGTAGTAGTTGTTTCCTAAAACC  886

seq1  CCAACATATTTGTGGTACTGTTAAGAGACCACTTGTCATAGTAATTAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATATTTGTGGTACTGTTAAGAGACCACTTGTCATAGTAATTAAAG  936

seq1  TATACATGAGAAGCCAAGACACTTCTTAAATTGTAGCCTTTGATGGCTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGAGAAGCCAAGACACTTCTTAAATTGTAGCCTTTGATGGCTTT  986

seq1  TTGGTGAAGATTTACTTTCAAAGATGCCACCTATCCTGTTTTTGGATTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGAAGATTTACTTTCAAAGATGCCACCTATCCTGTTTTTGGATTTT  1036

seq1  TGTTTGTTTGGATGTACCACTTTTGCCACTGTCATATAATTGGGGGCAAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGGATGTACCACTTTTGCCACTGTCATATAATTGGGGGCAAA  1086

seq1  AATCTGGACTCCTAGATTGGCTAAGAGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGACTCCTAGATTGGCTAAGAGAATTC  1118

seq1: chr13_44830961_44831735
seq2: B6Ng01-012N11.g_67_842

seq1  GAATTCCTGTTTTCAGTCCCTATCTCCAAATACACTGGGCCCGATGGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTTTCAGTCCCTATCTCCAAATACACTGGGCCCGATGGTAT  50

seq1  TGAATTAGGAGGTTTAAGGAGGAGGGTCAGGAGTTCAAGGTCATCCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTAGGAGGTTTAAGGAGGAGGGTCAGGAGTTCAAGGTCATCCTGTT  100

seq1  ACATAGCATGTAGAAGGCCAGCAGCTGGAAATATGAGACCCTCTCTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCATGTAGAAGGCCAGCAGCTGGAAATATGAGACCCTCTCTAAAA  150

seq1  CATACCCAAGACTACCCCAAGACCGCAGAAAGGGAGTTAACCTCATAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCAAGACTACCCCAAGACCGCAGAAAGGGAGTTAACCTCATAAAG  200

seq1  TTCAGAAACAGAGTTGTACTACAATTATAGCTGCAAATAGGTAGCTCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAACAGAGTTGTACTACAATTATAGCTGCAAATAGGTAGCTCAGT  250

seq1  GCTGGAGTGCTTTCTTGGCATGGACAAAGTCTCAGGGGGTTAGATCTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGTGCTTTCTTGGCATGGACAAAGTCTCAGGGGGTTAGATCTCTA  300

seq1  GCACAAAAAATGGTCAAATGAAATGATTGCTGTCTTCTGTCATGGTTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAAAATGGTCAAATGAAATGATTGCTGTCTTCTGTCATGGTTGGT  350

seq1  ACACACCTTTAACCCCCAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGAGGTGGGCATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTTTAACCCCCAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGAGGTGGGCATGC  400

seq1  ATATCTTAGTTTGAGGCCATCTTGGTTTATACAGGAAGTTCCAGGCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTAGTTTGAGGCCATCTTGGTTTATACAGGAAGTTCCAGGCCAGC  450

seq1  CAGGACTAGGTAGTGAGAATGTCTCCAAGAGTTAGCTTGCTTTTCCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTAGGTAGTGAGAATGTCTCCAAGAGTTAGCTTGCTTTTCCTTTG  500

seq1  TTAAATAAACATGGTGGTATTTTACAGCTCTGAAGGGAGAATTGAAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAACATGGTGGTATTTTACAGCTCTGAAGGGAGAATTGAAGTTG  550

seq1  TTAGTTGCCTTGTTTTTCCTTTTCCCACATTTATAATACTTTACTTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGCCTTGTTTTTCCTTTTCCCACATTTATAATACTTTACTTGTCT  600

seq1  TGGAAAATCCTTTCCTTTCCCAAGGAGTCTAGGGTGGAAATGCTTTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAATCCTTTCCTTTCCCAAGGAGTCTAGGGTGGAAATGCTTTATAT  650

seq1  TTGGTAGAATTTAGGGTCTTGCATGTGCTAGGAAAGCTGTGGTACCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAGAATTTAGGGTCTTGCATGTGCTAGGAAAGCTGTGGTACCAAAC  700

seq1  AACCCCAGTTGTAGGTGGCAGCAACGTT-GGACACCCACTATAAGAATGG  749
      ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AACCCCAGTTGTAGGTGGC-GCAACGTTGGGACACCCACTATAAAAATGG  749

seq1  CATACAGAAGC-AAAGCCAGGTTGATG  775
      |||||| |||| |||||||| ||||||
seq2  CATACATAAGCAAAAGCCAGTTTGATG  776