BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023P16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 38,510,981 - 38,688,330
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBmp6, Txndc5
Upstream geneLOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik
Downstream geneMuted, Eef1e1, LOC621102, Slc35b3, EG666867, LOC100041779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023P16.bB6Ng01-023P16.g
ACCDH855750DH855751
length1,040565
definitionDH855750|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P16, 5' end.DH855751|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,510,981 - 38,512,034)(38,687,761 - 38,688,330)
sequence
gaattctctaacacttgaatcttaggctgttaactagttgacttgtttgt
ttgggtaaagtactgaagagtctaagacttggacttactgatgggaaaaa
aaatcaccctgaattttaacctaagagtgtgtcactgctgagtttattac
ttttgtagagtcataacatttgagggccaaagtccatgtatacctgtagg
ttaagtagttgtatatatccttgtcataagtcatggaatcaaaccagtta
caagaccagaagactctggaccactttccttactgaacatggtcaagtcc
acgagaagcccaccacctcttctagtttgtgttggaaggctagtgctctt
tctggtatagtgtgaatggttgtatccacaaacatcctacgttattgtca
taaatgagcagggtgcactaggactcattttttctattcctcaagccagt
aacattctccccctcacttgaaagtgcttcttaggtgtcccacactcaat
cactgtacactgataatgttgcacatggatggtcactggacagatagatt
atccacctgctcatgagaaatacttcaaaatagtctttggattttgaact
atgcttagcattaaaaaatgctacaaattaattcccttatattcagactt
tatagtaacacacataacaaccagaggaatctatgctagggttaaaggtg
actttattccacagactctgtggcgagatgcctgggaaacacagggaaac
tgggaacgtggtcaccagtgggcccttttggcaggcagcaggggttgaat
catctcattacctcattttaattatacctcttgacctcattcactcactc
tcccttaccacatcatgtactgactttattggtcagtagccgaggagtaa
caagcttactcgaactttccaacacagctcagaaaacttgggctaccgcg
gattccaaggttttggatggcagaactggcaggactccaagcaggcaaga
ggaaaggcgcttgttcaacaaatacctcatcttgagaccc
atgaggatctgggtcatgaatagatggtaatgaaatccagtaaccactta
tagatcgcctgtattctaggcagttttcactcctaaggagaaattggcat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatagagagagagagag
agagagagagagagagctggtaatagtcctgattatacatgatataacct
ctttgatgttgaacactagtggagaagcttggaagggggaggcgcccaat
atagagctgtaacgaggcccctagaccttcgcacaactgactccatgcgg
ggcgtaaaactcaggatatatacagcacctcctgccaaaagtaaaccaaa
ggcctgatccatcaacatccatatcgttctgagaaagtcctaaatggact
caccttgcttttctgcttccagctaactgtccttgttgactggagtatgt
caacccaaaacatggttttttgcacttaaaagctcaccctgagaaagtct
tagtgctacactggaatctcgaacatccactgttgtcactggccagcttt
taacccctgtcctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_38510981_38512034
seq2: B6Ng01-023P16.b_39_1078

seq1  GAATTCTCTAACACTTGAATCTTAGGCTGTTAACTAGTTGACTTGTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAACACTTGAATCTTAGGCTGTTAACTAGTTGACTTGTTTGT  50

seq1  TTGGGTAAAGTACTGAAGAGTCTAAGACTTGGACTTACTGATGGGAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAAAGTACTGAAGAGTCTAAGACTTGGACTTACTGATGGGAAAAA  100

seq1  AAATCACCCTGAATTTTAACCTAAGAGTGTGTCACTGCTGAGTTTATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACCCTGAATTTTAACCTAAGAGTGTGTCACTGCTGAGTTTATTAC  150

seq1  TTTTGTAGAGTCATAACATTTGAGGGCCAAAGTCCATGTATACCTGTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGAGTCATAACATTTGAGGGCCAAAGTCCATGTATACCTGTAGG  200

seq1  TTAAGTAGTTGTATATATCCTTGTCATAAGTCATGGAATCAAACCAGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAGTTGTATATATCCTTGTCATAAGTCATGGAATCAAACCAGTTA  250

seq1  CAAGACCAGAAGACTCTGGACCACTTTCCTTACTGAACATGGTCAAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCAGAAGACTCTGGACCACTTTCCTTACTGAACATGGTCAAGTCC  300

seq1  ACGAGAAGCCCACCACCTCTTCTAGTTTGTGTTGGAAGGCTAGTGCTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGAAGCCCACCACCTCTTCTAGTTTGTGTTGGAAGGCTAGTGCTCTT  350

seq1  TCTGGTATAGTGTGAATGGTTGTATCCACAAACATCCTACGTTATTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTATAGTGTGAATGGTTGTATCCACAAACATCCTACGTTATTGTCA  400

seq1  TAAATGAGCAGGGTGCACTAGGACTCATTTTTTCTATTCCTCAAGCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGCAGGGTGCACTAGGACTCATTTTTTCTATTCCTCAAGCCAGT  450

seq1  AACATTCTCCCCCTCACTTGAAAGTGCTTCTTAGGTGTCCCACACTCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTCCCCCTCACTTGAAAGTGCTTCTTAGGTGTCCCACACTCAAT  500

seq1  CACTGTACACTGATAATGTTGCACATGGATGGTCACTGGACAGATAGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTACACTGATAATGTTGCACATGGATGGTCACTGGACAGATAGATT  550

seq1  ATCCACCTGCTCATGAGAAATACTTCAAAATAGTCTTTGGATTTTGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTGCTCATGAGAAATACTTCAAAATAGTCTTTGGATTTTGAACT  600

seq1  ATGCTTAGCATTAAAAAATGCTACAAATTAATTCCCTTATATTCAGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGCATTAAAAAATGCTACAAATTAATTCCCTTATATTCAGACTT  650

seq1  TATAGTAACACACATAACAACCAGAGGAATCTATGCTAGGGTTAAAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAACACACATAACAACCAGAGGAATCTATGCTAGGGTTAAAGGTG  700

seq1  ACTTTATTCCACAGACTCTGTGGCGAGATGCCTGGGAAACACAGGGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTCCACAGACTCTGTGGCGAGATGCCTGGGAAACACAGGGAAAC  750

seq1  TGGGAACGTGGTCACCAGTGGGCCCTTTTGGCAGGCAGCAGGGGTTGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACGTGGTCACCAGTGGGCCCTTTTGGCAGGCAGCAGGGGTTGAAT  800

seq1  CATCTCATTACCTCATTTTTAATTATTACCTCTTGACCTCATTCACTCAC  850
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCATTACCTCA-TTTTAATTA-TACCTCTTGACCTCATTCACTCAC  848

seq1  TCTCCCTTACCACATCATGTACTGACTTTAATTGGTCAGTAGCCGAGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTTACCACATCATGTACTGACTTT-ATTGGTCAGTAGCCGAGGAG  897

seq1  TAACAAGCTTACTCGAACTTTCCAACACAGCTCAAGAAAACTTGGGCTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAACAAGCTTACTCGAACTTTCCAACACAGCTC-AGAAAACTTGGGCTAC  946

seq1  CGCGGATTCCAAGGTTTTTGGATGGCAGAACCTGGCAGGGACTCCAAAGC  1000
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  CGCGGATTCCAAGG-TTTTGGATGGCAGAA-CTGGCA-GGACTCC-AAGC  992

seq1  AGGCAGAGAGGAGAGGGCGGCTTGTTCAACAGAATAACCTCATCTTGAAG  1050
      ||||| |||||| |||   |||||||||||| ||| ||||||||||| ||
seq2  AGGCA-AGAGGAAAGG--CGCTTGTTCAACA-AAT-ACCTCATCTTG-AG  1036

seq1  ACCC  1054
      ||||
seq2  ACCC  1040

seq1: chr13_38687761_38688330
seq2: B6Ng01-023P16.g_70_640 (reverse)

seq1  CCAGGACAGGGGTTATTAGCTGGCCAGTGACAACAGTGGATGTTCGAGAT  50
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGGGGTTAAAAGCTGGCCAGTGACAACAGTGGATGTTCGAGAT  50

seq1  TCCAGTGTAGCACTAAGACTTTCTCAGGGTGAGCTTTTAAGTGC-AAAAC  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  TCCAGTGTAGCACTAAGACTTTCTCAGGGTGAGCTTTTAAGTGCAAAAAA  100

seq1  CCATGTTCTGGGTTGACATACTCCAGTCAACAAGGACAGTTAGCTGGAAG  149
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTTGGGTTGACATACTCCAGTCAACAAGGACAGTTAGCTGGAAG  150

seq1  CAGAAAAGCAAGGTGAGTCCATTTAGGACTTTCTCAGAACGATATGGATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGCAAGGTGAGTCCATTTAGGACTTTCTCAGAACGATATGGATG  200

seq1  TTGATGGATCAGGCCTTTGGTTTACTTTTGGCAGGTGGTGCTGTCTATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TTGATGGATCAGGCCTTTGGTTTACTTTTGGCAGGAGGTGCTGTATATAT  250

seq1  GCTGAGTTTTACGGCCTGCATGGAGTCAGTTGTGCGAAGGTCTAGGGGCC  299
       |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTTTACGCCCCGCATGGAGTCAGTTGTGCGAAGGTCTAGGGGCC  300

seq1  TCGTTACAGCTCTATATTGGGCGCCTCCCCCTTCCAAGCTTCTCCACTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTACAGCTCTATATTGGGCGCCTCCCCCTTCCAAGCTTCTCCACTAG  350

seq1  TGTTCAACATCAAAGAGGTTATATCATGTATAATCAGGACTATTACCAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAACATCAAAGAGGTTATATCATGTATAATCAGGACTATTACCAGC  400

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATA  450

seq1  TATATATATATATATATGCCAATTTCTCCTTAGGAGTGAAAACTGCCTAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATGCCAATTTCTCCTTAGGAGTGAAAACTGCCTAG  500

seq1  AATACAGGCGATCTATAAGTGGTTACTGGATTTCATTACCATCTATTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGGCGATCTATAAGTGGTTACTGGATTTCATTACCATCTATTCAT  550

seq1  GACCCAGATCCTCATGAATTC  570
      |||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGATCCTCATGAATTC  571