BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024J05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 7,593,586 - 7,817,868
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePfkp, LOC100039532, LOC667611, EG623516
Downstream geneLOC791083, LOC382722, Adarb2, EG666941, Wdr37
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024J05.bB6Ng01-024J05.g
ACCDH856166DH856167
length9931,107
definitionDH856166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024J05, 5' end.DH856167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,816,873 - 7,817,868)(7,593,586 - 7,594,717)
sequence
gaattcttcttacctccttagatgtctgcatccggatccagaacttgtct
tcaggattcctagagaaatccagtgaaggtgatgttgctaggaccctcca
gctccacagatgtcgaggtcagctaaagccatactcaggttctcacactt
tctcaggccaatagtaactggtgggtggtgcacagaatatgcattgctct
tgtgcaatgtgttcattgtgcagattactattgtcaaacatttagctgtt
tctaatcttactgcataataggacagagtaataaatattcacatctttca
actagtttatgtcttagcgtgcattcttctgataaacagagtcaagtaaa
tgcatagggtgagatacaatgagattcatactcagcaagaggcccatttg
taaatttattttattactcattatgcacacctatacacttaagtgcagtg
tctacaaaggccagaggcattgcattcttctgaggctggggttagagttc
ttgtgagctacccaacaaggggcactaattctacttcaatatcagtacac
attcttaaccattgaggcatctctccagactcccaatagtgttttgagtg
tgtaaaatatagtcactaaattttaaatgtgtttttagtatcacccattt
ctccctttcattctattaatatatggcattttattaatatgaaactatct
tttcattagagagaacaaatctcacttggttatgatgtattacactttta
atttaatactagattctatttgctcatactttagcactgatatctattat
gaaaattctaatttatttttcttgcatggtattttgctatacacttaaat
gaggttatttgttactttgtcataagaattacataattcacagtctcaat
gctgaaaagatttgcttgttcaaagttggtggtggcattcacatgacctc
tcttggctatagcactctgtgtgaagtgaagggagggggtgta

gaattcaaggaggacaattaaattgttggttatttccaaaggagtaaaca
tttttattgtttcatatgagtagttttttgactatcacaaatctccattt
gttttaatctatgattctgagaatgttactcttagatgcccaggataaaa
ctgtgctagagttagagcacattatggaaaacgtgtcctacaatcattct
tgcacccaagaattaaaggtaagtgaataagtgactcaatctaaattttc
ccatctgggaatgacaggagagaagtaagactctggcttattagtcttat
tataaccaaatgataaggttaatagtttatgaatcaatgactattaaatt
atacattacagtaacatccacacaaagagtgaatgtggttatgccctaaa
cttaggatacaaagtttttgatattcatgcagcaggagcttgttaaactc
aggaaatgcaaacagaccatgatgaccgtcaagcattcacataggttctg
acctgcattgatgtatctcattgcattgctgctgtactacatgaaaacac
agaatccagttccactcagatactcatatcatcagtagcagtggttttct
cttactatcatgtatgaagattatgtagtacaaatgaaattgttcctgaa
atatgaacagaaggccactgttattgccctggtaaaacctagaattctga
gctggcgtttaccttaagatgttactctgatcagcatattggtcactgca
actacaggaatattagtgagctaaaccctcagaaatcacactgccgttca
cataaactaagttaaaccagtgggtgggagaaaaagtttagaggggataa
gcagtgacattccttagaatacacaacaatatgataaatattcattgaga
ctcctcctattcatggtagcatcatacaattatgaagaacaaataaagag
tattagagatgatagaatgctcaaatcctgcacctcacatagaatgaata
tttctttggaaaactaaatggcaatttctgattaatttaagttgcatcac
ctagatgatctgcccttttcactgatgccctactgagagatattatgatg
atctgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_7816873_7817868
seq2: B6Ng01-024J05.b_45_1037 (reverse)

seq1  TACACCCCCTCCCTCACCTTCACACAAGAGTGCTATAGCCAAGAGAGGTC  50
      ||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCCCTCCCTTCACTTCACAC-AGAGTGCTATAGCCAAGAGAGGTC  49

seq1  ATGGTGAATGCCACCACCAAACTTTGAACAAAGCAAATCTTTTTCAGCAT  100
      || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  AT-GTGAATGCCACCACC-AACTTTGAAC-AAGCAAATC-TTTTCAGCAT  95

seq1  TGAGACTGTGAATTATGTAATTCTTATGACAAAGTAAC-AATAACCTCAT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGACTGTGAATTATGTAATTCTTATGACAAAGTAACAAATAACCTCAT  145

seq1  TTAAAGTGTATAGC-AAATACCATGCAAGAAAATAAAATTAGAATTTTCA  198
      || ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  TT-AAGTGTATAGCAAAATACCATGCAAGAAAAATAAATTAGAATTTTCA  194

seq1  TAATAGATATCAGTGCTAAAGTATGAGCAAATAGAATCTAGTATTAAATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATATCAGTGCTAAAGTATGAGCAAATAGAATCTAGTATTAAATT  244

seq1  AAAAGTGTAATACATCATAACCAAGTGAGATTTGTTCTCTCTAATG-AAA  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAGTGTAATACATCATAACCAAGTGAGATTTGTTCTCTCTAATGAAAA  294

seq1  GATAGTTTCATATTAATAAAATGCCATATATTAATAGAATGAAAGGGAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTCATATTAATAAAATGCCATATATTAATAGAATGAAAGGGAGA  344

seq1  AATGGGTGATACTAAAAACACATTTAAAATTTAGTGACTATATTTTACAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTGATACTAAAAACACATTTAAAATTTAGTGACTATATTTTACAC  394

seq1  ACTCAAAACACTATTGGGAGTCTGGAGAGATGCCTCAATGGTTAAGAATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAACACTATTGGGAGTCTGGAGAGATGCCTCAATGGTTAAGAATG  444

seq1  TGTACTGATATTGAAGTAGAATTAGTGCCCCTTGTTGGGTAGCTCACAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGATATTGAAGTAGAATTAGTGCCCCTTGTTGGGTAGCTCACAAG  494

seq1  AACTCTAACCCCAGCCTCAGAAGAATGCAATGCCTCTGGCCTTTGTAGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAACCCCAGCCTCAGAAGAATGCAATGCCTCTGGCCTTTGTAGAC  544

seq1  ACTGCACTTAAGTGTATAGGTGTGCATAATGAGTAATAAAATAAATTTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACTTAAGTGTATAGGTGTGCATAATGAGTAATAAAATAAATTTAC  594

seq1  AAATGGGCCTCTTGCTGAGTATGAATCTCATTGTATCTCACCCTATGCAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGCCTCTTGCTGAGTATGAATCTCATTGTATCTCACCCTATGCAT  644

seq1  TTACTTGACTCTGTTTATCAGAAGAATGCACGCTAAGACATAAACTAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGACTCTGTTTATCAGAAGAATGCACGCTAAGACATAAACTAGTT  694

seq1  GAAAGATGTGAATATTTATTACTCTGTCCTATTATGCAGTAAGATTAGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATGTGAATATTTATTACTCTGTCCTATTATGCAGTAAGATTAGAA  744

seq1  ACAGCTAAATGTTTGACAATAGTAATCTGCACAATGAACACATTGCACAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAAATGTTTGACAATAGTAATCTGCACAATGAACACATTGCACAA  794

seq1  GAGCAATGCATATTCTGTGCACCACCCACCAGTTACTATTGGCCTGAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGCATATTCTGTGCACCACCCACCAGTTACTATTGGCCTGAGAA  844

seq1  AGTGTGAGAACCTGAGTATGGCTTTAGCTGACCTCGACATCTGTGGAGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGAACCTGAGTATGGCTTTAGCTGACCTCGACATCTGTGGAGCT  894

seq1  GGAGGGTCCTAGCAACATCACCTTCACTGGATTTCTCTAGGAATCCTGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTCCTAGCAACATCACCTTCACTGGATTTCTCTAGGAATCCTGAA  944

seq1  GACAAGTTCTGGATCCGGATGCAGACATCTAAGGAGGTAAGAAGAATTC  996
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTTCTGGATCCGGATGCAGACATCTAAGGAGGTAAGAAGAATTC  993


seq1: chr13_7593586_7594717
seq2: B6Ng01-024J05.g_67_1173

seq1  GAATTCAAGGAGGACAATTAAATTGTTGGTTATTTCCAAAGGAGTAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAGGACAATTAAATTGTTGGTTATTTCCAAAGGAGTAAACA  50

seq1  TTTTTATTGTTTCATATGAGTAGTTTTTTGACTATCACAAATCTCCATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTGTTTCATATGAGTAGTTTTTTGACTATCACAAATCTCCATTT  100

seq1  GTTTTAATCTATGATTCTGAGAATGTTACTCTTAGATGCCCAGGATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATCTATGATTCTGAGAATGTTACTCTTAGATGCCCAGGATAAAA  150

seq1  CTGTGCTAGAGTTAGAGCACATTATGGAAAACGTGTCCTACAATCATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTAGAGTTAGAGCACATTATGGAAAACGTGTCCTACAATCATTCT  200

seq1  TGCACCCAAGAATTAAAGGTAAGTGAATAAGTGACTCAATCTAAATTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCAAGAATTAAAGGTAAGTGAATAAGTGACTCAATCTAAATTTTC  250

seq1  CCATCTGGGAATGACAGGAGAGAAGTAAGACTCTGGCTTATTAGTCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGGAATGACAGGAGAGAAGTAAGACTCTGGCTTATTAGTCTTAT  300

seq1  TATAACCAAATGATAAGGTTAATAGTTTATGAATCAATGACTATTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCAAATGATAAGGTTAATAGTTTATGAATCAATGACTATTAAATT  350

seq1  ATACATTACAGTAACATCCACACAAAGAGTGAATGTGGTTATGCCCTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTACAGTAACATCCACACAAAGAGTGAATGTGGTTATGCCCTAAA  400

seq1  CTTAGGATACAAAGTTTTTGATATTCATGCAGCAGGAGCTTGTTAAACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGATACAAAGTTTTTGATATTCATGCAGCAGGAGCTTGTTAAACTC  450

seq1  AGGAAATGCAAACAGACCATGATGACCGTCAAGCATTCACATAGGTTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGCAAACAGACCATGATGACCGTCAAGCATTCACATAGGTTCTG  500

seq1  ACCTGCATTGATGTATCTCATTGCATTGCTGCTGTACTACATGAAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATTGATGTATCTCATTGCATTGCTGCTGTACTACATGAAAACAC  550

seq1  AGAATCCAGTTCCACTCAGATACTCATATCATCAGTAGCAGTGGTTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCAGTTCCACTCAGATACTCATATCATCAGTAGCAGTGGTTTTCT  600

seq1  CTTACTATCATGTATGAAGATTATGTAGTACAAATGAAATTGTTCCTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTATCATGTATGAAGATTATGTAGTACAAATGAAATTGTTCCTGAA  650

seq1  ATATGAACAGAAGGCCACTGTTATTGCCCTGGTAAAACCTAGAATTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAACAGAAGGCCACTGTTATTGCCCTGGTAAAACCTAGAATTCTGA  700

seq1  GCTGGCGTTTACCTTAAGATGTTACTCTGATCAGCATATTGGTCACTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCGTTTACCTTAAGATGTTACTCTGATCAGCATATTGGTCACTGCA  750

seq1  ACTACAGGAATATTAGTGAGCTAAACCCTCAGAAATCACACTGCCGTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGGAATATTAGTGAGCTAAACCCTCAGAAATCACACTGCCGTTCA  800

seq1  CATAAACTAAGATAAACCAGTGGGTGGGAGAAAAAAGTTTAGAGGGGATA  850
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATAAACTAAGTTAAACCAGTGGGTGGGAG-AAAAAGTTTAGAGGGGATA  849

seq1  AGCAGTGACATTCCTTAGAATACACAACAATATGATAAATATTCATTGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGACATTCCTTAGAATACACAACAATATGATAAATATTCATTGAG  899

seq1  ACTCCTCCTATTCATGGTAGCAATTCATAACAATTATGAAGAACAAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||
seq2  ACTCCTCCTATTCATGGTAGCA--TCAT-ACAATTATGAAGAAC-AAATA  945

seq1  AAGGAGTAATTAGAGATGATTAGAATGCTCAAAATCCTGCA-CTCACATA  999
      || |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  AA-GAGT-ATTAGAGATGA-TAGAATGCTC-AAATCCTGCACCTCACATA  991

seq1  GAATGAAATATTTCTTTGGAAAACTTAAAATGGCAATTTTCTGAATTAAT  1049
      ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||| 
seq2  GAATG-AATATTTCTTTGGAAAACT--AAATGGCAA-TTTCTG-ATTAA-  1035

seq1  TTTAAGTTTGCATCACCTAGAATGATCTGCCCCTATTCTACTGATTGCTC  1099
      |||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||| |
seq2  TTTAAG-TTGCATCACCTAG-ATGATCTG-CCCTTTTC-ACTGA-TGC-C  1079

seq1  ATACTGAGAGAAAATAATTATGATGATTCTGAC  1132
       ||||||||||     |||||||||| ||||||
seq2  CTACTGAGAGA----TATTATGATGA-TCTGAC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |