BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026K03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 96,286,328 - 96,433,497
singlet/doubletdoublet
Overlap geneF2rl1, F2r, Iqgap2
Upstream geneAp3b1, Tbca, Otp, Wdr41, Pde8b, Zbed3, Aggf1, Crhbp, S100z
Downstream geneF2rl2, Sv2c, LOC667582, 1200014M14Rik, 9330128J19Rik, Polk, Col4a3bp, Hmgcr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026K03.bB6Ng01-026K03.g
ACCDH857619DH857620
length1,0321,022
definitionDH857619|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026K03, 5' end.DH857620|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,432,452 - 96,433,497)(96,286,328 - 96,287,355)
sequence
gaattcacaattcagtgaggctggcaggtcagtgagctccaggcatccca
cctgcccccttcacctcagagctgggatttacaagtgttcaccagcatcc
ctggcctcgctttccaggagacctccatcctggtctcaggcactatcacg
catgtccccaccctcgtgcatcagcactttgctggctgagtgagatccca
gcatcctcttcataagtcaatggtattttcacatctcagaagcagctgct
ccctgtcgtctcagctctgagaactccattccttgtttattctttgtgct
tctaatgctagaccaaaaatcctttgtcagttcctcctcagtagctggaa
gcagcctggtgcaggtgggctcggcctcttctggaggagtttgtgatcta
agagcgcaagcttttgtttccctacaaggggacataagtgagaaacacag
agagttatgtaggtggctgtcatagcactgtttgtcagagtgagaagtca
tggaactcaaaatatttactttggggtttacttagtaaatgcattcatac
cacataatggagtaagtccctgttagagggacagtgcagagttgtattta
ccgacactgctgatatggtcatgttatacctttctttttatactccagtc
caataacccattttttaaaaagatcagttatgtatatgcatatacctagg
attttgagggtctcggatgtacatatttccattgtacccatgagtgtgtg
aggcttatacacctatacacagaggggcttagcatgtttattaataagat
atgaaaaaatcagtgctattttcttacttgcttatatgcaggtgtttggt
ttttttctggtttgtttttcttttactacaatgaaagcataagaatttta
tgcataaaatgtaaaggagccaggcatgtggacacatctaccattctaat
gcttgggagataggggcatgagatcagagttaagctagctctgtggtggt
tgaaagacaaagattccattgactcatgtatt
gaattcaattctcagcaacaacatggtggctcacagccatctataataag
ttctgatgtcctcttctggcatacaggtgccatgcagatagactactcat
tcataaaatacataaatcacttaacaattttaaaacaaagccaggtgtag
cggcatatgcctttagtatgggactttggaggcagaggcaaatagacctc
tatgattttgaggccagcttgatagaattatagaattccaggccagccag
ggctatatagagctcccatctctagttaattaattaaaaaattaaaacaa
atattcctaaggagatggggaatgtagctcaattggtagagtgtttgcct
attgtgtaccagacactgtaaccccaagactcaggaggtagaggcaggat
aattgtaaatccaagggtgcctgcagctacatagtgagtttgaggccagc
ctgggatacatgtctcaagaaagattattcctgaatattacaatgttctt
cagatactgaattaggtaactccatgaagaatatgttctgcacggtaacc
cagtacttagtacatagatccataatggaatattgcacaaaatacccttc
tatacagaatgcatgttggttctctggagtgtttttttaagccagaacca
ggactgactaacattgaagcagctcaaggaaacagtaatgatgtgtttgc
agactcaacagctgcaaaggaaacctatataggattaaaggtgtctttaa
cccaagcccctggcccagccctgacatacctctggattacatgctcagct
acccacatccctggaagaagtgaggggggatccaaagccaccgctcacta
cgcattctacagacgttggactgaacaccgaatgccagaggccgcacata
gaaccacacaaattacaggacctgggtgccatcatagagattagaactga
ctcactggtgggcctgaactacggtctgcacaatagccaaggcacctggt
accacatcaccataagcggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_96432452_96433497
seq2: B6Ng01-026K03.b_43_1074 (reverse)

seq1  AATACATGAGTCAATTGGAATCTTTGTCCTTCAAACCACCACAGAGGCTA  50
      |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||
seq2  AATACATGAGTCAA-TGGAATCTTTGTCTTTC-AACCACCACAGA-GCTA  47

seq1  GCCTTAAACTTCTGATCTTCATGCCCCTATCTCCCAAGCATTAGAATGGT  100
      | |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTTAA--CTCTGATC-TCATGCCCCTATCTCCCAAGCATTAGAATGGT  93

seq1  AGATGTGTTCCACCATGCCTGGCTTCCTTTACATTTTTTATGCATTAAAA  150
      ||||||| |||| |||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||
seq2  AGATGTG-TCCA-CATGCCTGGC-TCCTTTACA--TTTTATGCA-TAAAA  137

seq1  TTCTTATGCTTTCATTGTAGTAAAAAGAAAAACAAAACCAGAAAAAAACC  200
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGCTTTCATTGTAGT-AAAAGAAAAAC-AAACCAGAAAAAAACC  185

seq1  AAACACCTGCATATAAGCAAGTAAGAAAATAGCACTGATTTTTTCATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCTGCATATAAGCAAGTAAGAAAATAGCACTGATTTTTTCATATC  235

seq1  TTATTAATTAACATGCTAAGCCCCTCTGTGTATAGGTGTATAAGCCTCAC  300
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATAAACATGCTAAGCCCCTCTGTGTATAGGTGTATAAGCCTCAC  285

seq1  ACACTCATGGGTACAATGGAAATATGTACATCCGAGACCCTCAAAATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCATGGGTACAATGGAAATATGTACATCCGAGACCCTCAAAATCCT  335

seq1  AGGTATATGCATATACATAACTGATCTTTTTAAAAAATGGGTTATTGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATATGCATATACATAACTGATCTTTTTAAAAAATGGGTTATTGGAC  385

seq1  TGGAGTAT-AAAAGAAAGGTATAACATGACCATATCAGCAGTGTCGGTAA  449
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTATAAAAAGAAAGGTATAACATGACCATATCAGCAGTGTCGGTAA  435

seq1  ATACAACTCTGCACTGTCCCTCTAACAGGGACTTACTCCATTATGTGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACTCTGCACTGTCCCTCTAACAGGGACTTACTCCATTATGTGGTA  485

seq1  TGAATGCATTTACTAAGTAAACCCCAAAGTAAATATTTTGAGTTCCATGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCATTTACTAAGTAAACCCCAAAGTAAATATTTTGAGTTCCATGA  535

seq1  CTTCTCACTCTGACAAACAGTGCTATGACAGCCACCTACATAACTCTCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACTCTGACAAACAGTGCTATGACAGCCACCTACATAACTCTCTG  585

seq1  TGTTTCTCACTTATGTCCCCTTGTAGGGAAACAAAAGCTTGCGCTCTTAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCACTTATGTCCCCTTGTAGGGAAACAAAAGCTTGCGCTCTTAG  635

seq1  ATCACAAACTCCTCCAGAAGAGGCCGAGCCCACCTGCACCAGGCTGCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAACTCCTCCAGAAGAGGCCGAGCCCACCTGCACCAGGCTGCTTC  685

seq1  CAGCTACTGAGGAGGAACTGACAAAGGATTTTTGGTCTAGCATTAGAAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTGAGGAGGAACTGACAAAGGATTTTTGGTCTAGCATTAGAAGC  735

seq1  ACAAAGAATAAACAAGGAATGGAGTTCTCAGAGCTGAGACGACAGGGAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAATAAACAAGGAATGGAGTTCTCAGAGCTGAGACGACAGGGAGC  785

seq1  AGCTGCTTCTGAGATGTGAAAATACCATTGACTTATGAAGAGGATGCTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTTCTGAGATGTGAAAATACCATTGACTTATGAAGAGGATGCTGG  835

seq1  GATCTCACTCAGCCAGCAAAGTGCTGATGCACGAGGGTGGGGACATGCGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCACTCAGCCAGCAAAGTGCTGATGCACGAGGGTGGGGACATGCGT  885

seq1  GATAGTGCCTGAGACCAGGATGGAGGTCTCCTGGAAAGCGAGGCCAGGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTGCCTGAGACCAGGATGGAGGTCTCCTGGAAAGCGAGGCCAGGGA  935

seq1  TGCTGGTGAACACTTGTAAATCCCAGCTCTGAGGTGAAGGGGGCAGGTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTGAACACTTGTAAATCCCAGCTCTGAGGTGAAGGGGGCAGGTGG  985

seq1  GATGCCTGGAGCTCACTGACCTGCCAGCCTCACTGAATTGTGAATTC  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTGGAGCTCACTGACCTGCCAGCCTCACTGAATTGTGAATTC  1032

seq1: chr13_96286328_96287355
seq2: B6Ng01-026K03.g_70_1091

seq1  GAATTCAATTCTCAGCAACAACATGGTGGCTCACAGCCATCTATAATAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCTCAGCAACAACATGGTGGCTCACAGCCATCTATAATAAG  50

seq1  TTCTGATGTCCTCTTCTGGCATACAGGTGCCATGCAGATAGACTACTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGTCCTCTTCTGGCATACAGGTGCCATGCAGATAGACTACTCAT  100

seq1  TCATAAAATACATAAATCACTTAACAATTTTAAAACAAAGCCAGGTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAATACATAAATCACTTAACAATTTTAAAACAAAGCCAGGTGTAG  150

seq1  CGGCATATGCCTTTAGTATGGGACTTTGGAGGCAGAGGCAAATAGACCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATATGCCTTTAGTATGGGACTTTGGAGGCAGAGGCAAATAGACCTC  200

seq1  TATGATTTTGAGGCCAGCTTGATAGAATTATAGAATTCCAGGCCAGCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTTGAGGCCAGCTTGATAGAATTATAGAATTCCAGGCCAGCCAG  250

seq1  GGCTATATAGAGCTCCCATCTCTAGTTAATTAATTAAAAAATTAAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATATAGAGCTCCCATCTCTAGTTAATTAATTAAAAAATTAAAACAA  300

seq1  ATATTCCTAAGGAGATGGGGAATGTAGCTCAATTGGTAGAGTGTTTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTAAGGAGATGGGGAATGTAGCTCAATTGGTAGAGTGTTTGCCT  350

seq1  ATTGTGTACCAGACACTGTAACCCCAAGACTCAGGAGGTAGAGGCAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTACCAGACACTGTAACCCCAAGACTCAGGAGGTAGAGGCAGGAT  400

seq1  AATTGTAAATCCAAGGGTGCCTGCAGCTACATAGTGAGTTTGAGGCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAAATCCAAGGGTGCCTGCAGCTACATAGTGAGTTTGAGGCCAGC  450

seq1  CTGGGATACATGTCTCAAGAAAGATTATTCCTGAATATTACAATGTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATACATGTCTCAAGAAAGATTATTCCTGAATATTACAATGTTCTT  500

seq1  CAGATACTGAATTAGGTAACTCCATGAAGAATATGTTCTGCACGGTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTGAATTAGGTAACTCCATGAAGAATATGTTCTGCACGGTAACC  550

seq1  CAGTACTTAGTACATAGATCCATAATGGAATATTGCACAAAATACCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTTAGTACATAGATCCATAATGGAATATTGCACAAAATACCCTTC  600

seq1  TATACAGAATGCATGTTGGTTCTCTGGAGTGTTTTTTTAAGCCAGAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAATGCATGTTGGTTCTCTGGAGTGTTTTTTTAAGCCAGAACCA  650

seq1  GGACTGACTAACATTGAAGCAGCTCAAGGAAACAGTAATGATGTGTTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGACTAACATTGAAGCAGCTCAAGGAAACAGTAATGATGTGTTTGC  700

seq1  AGACTCAACAGCTGC-AAGGAAACCTATATAGGATTAAAGGTGTCTTTAA  749
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAACAGCTGCAAAGGAAACCTATATAGGATTAAAGGTGTCTTTAA  750

seq1  CCC-AGCCCCTGGCCCAGCCCTGACATACCTCTGGATTACAATGCTCAGC  798
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCCAAGCCCCTGGCCCAGCCCTGACATACCTCTGGATTAC-ATGCTCAGC  799

seq1  TACCCACATCCCTGGAAGAAGTGAGGGGGGATCCAAAGCCACCGCTCCAC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TACCCACATCCCTGGAAGAAGTGAGGGGGGATCCAAAGCCACCGCT-CAC  848

seq1  TACGCATTTCTACAGGACGTTGGACTGGAACACCGAATGCCAGAGGCCGC  898
      |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCA-TTCTACA-GACGTTGGACT-GAACACCGAATGCCAGAGGCCGC  895

seq1  ACATAGAACCACAACAAATTACAGGACCATGGGTGCCATCATAGAGATTA  948
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAACCAC-ACAAATTACAGGACC-TGGGTGCCATCATAGAGATTA  943

seq1  GCACTGACTCACT-GTGGGTCTGAAACTACGGTCTGCACTATACGCAAGG  997
      | ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||  |||||
seq2  GAACTGACTCACTGGTGGGCCTG-AACTACGGTCTGCACAATAGCCAAGG  992

seq1  CACCT-GTACCACAATCACCACAAAGCGGAGA  1028
      ||||| ||||||| |||||||  |||||||||
seq2  CACCTGGTACCAC-ATCACCA-TAAGCGGAGA  1022