BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030N09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 69,829,579 - 69,964,939
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3110006E14Rik, 4930547H16Rik, Med10
Upstream geneAdcy2, LOC666205, LOC218332, Pols, A530095I07Rik, Srd5a1, Nsun2, LOC100042260
Downstream geneEG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030N09.bB6Ng01-030N09.g
ACCDH860620DH860621
length1,114877
definitionDH860620|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N09, 5' end.DH860621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,829,579 - 69,830,706)(69,964,055 - 69,964,939)
sequence
gaattctctcgttttggggcccacacagcccactccctgcaagggcttct
ttatttctaaggtccctgctgggccccacgtgaaatgcagatgcaggctg
agcgaccccaaagtgggatcaaacatcttttatcgatgcatgacttattt
cagcccgctgctcacaatgacgagaaagaaaggaagcttaggaaaggcat
aaagaaacaagaaagaaaataaatcacagggtggaaactaggtggatatt
tttacccacgtcttgtttgtgtggttagcctgggttctgcttgtggttga
gaattctgggtcttctatatggacccagggctggaaggcaccagaagtct
tatctggtcctgaagccttggtgcccagtggcaaatcaagtgtcacctca
cttgggttccgcaaaggcgttccccagcagaaatgcgggggatcatcttt
ctcagaggagagttggcaacacagcgtttatttcatgtatgacctggtgt
ctcttttgccttggcctgtatgaacagtggtccctcaacagctccaagta
ggcttaggcagccagaggccagtgaccacaagggggcggtgtctggcttc
tcagatttttgcccttggtgactgtctcggcttccttcaggtaaattgtt
tccttgacttttgcctaccccttcagcaagccttactgaatccagcaatc
atgctaaagatcatgcaactgggctgtgtgcctgctggattcgagcaggt
agatgagagagaaatgagtaccttgaggctgctcggcctcaggcaaatcc
tgtgctgcagacctcgatctgtgctgggtgaagtttgagcacctagggtt
tggacactaacctgagatgatgggaatctttccttcctggactttcagaa
gtgtcagtgtgtttgatccagagccagggtgggacaacagggaagtctcc
ccccctcctcagcacagcagcacccctcatagttgggtacacgttcctgt
gatcatttctgttttgagaacatgatcctttttcactcaaccaagtttat
ttctttccctctctaatgctataatcgcacaagggtatgtccagtcggga
gactaggaataggc
gaattctgataacagcagccagggtggacagggagcatgtgagatcagaa
gtaaacactggtccaaagggaactgagagcgggctccctctgtgctgcct
cagccaggtttcatttcacaggattaatgagagggcattccccggtaaat
atcaagggcttccttcccaaagtcgcacagactcagcaaacactcagcac
tgtgctcattaacgtctgtcaatcacttgagttggtgggctcagggttat
gccatgccctcccagagagtcttgaccacagacgatgcctgagctgtcac
tctcctcacagaagcagatactctctgctctaccttcagagaagcagggc
agtgttgcagataacagggccaccagtgcagcaagaggagacagtagtgt
cggcttctacatgtgcaagtatcagatgaagccaggactctcttccctgc
ctaaggtcacatagtcgtggggccagccaatcagtcagcatagtcccaag
gttttctccaaaccctggactggtgatatatgtgtagaatggatgattcc
tggggtttagccaaggaaaccatgtcaccttggcaacttccagagcagtt
tttcattagggccttggggagtccatgacaccaatgtggatctcattctg
ggaagctgggtatgtgtagcagggaaaagcatccctcagccaatggcatg
cacataggagcttatgatggctgtcgagtcaatcccaacgatagcataac
atctcatggccgcattttctgggtgctgccctttggcctgtgagttgaat
ttcagatctgaattacaaagtattgcgtttctgtaaatcagcctatctga
ggatgatgaagttggtgcacttaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_69829579_69830706
seq2: B6Ng01-030N09.b_44_1157

seq1  GAATTCTCTCGTTTTGGGGCCCACACAGCCCACTCCCTGCAAGGGCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCGTTTTGGGGCCCACACAGCCCACTCCCTGCAAGGGCTTCT  50

seq1  TTATTTCTAAGGTCCCTGCTGGGCCCCACGTGAAATGCAGATGCAGGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTAAGGTCCCTGCTGGGCCCCACGTGAAATGCAGATGCAGGCTG  100

seq1  AGCGACCCCAAAGTGGGATCAAACATCTTTTATCGATGCATGACTTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGACCCCAAAGTGGGATCAAACATCTTTTATCGATGCATGACTTATTT  150

seq1  CAGCCCGCTGCTCACAATGACGAGAAAGAAAGGAAGCTTAGGAAAGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCGCTGCTCACAATGACGAGAAAGAAAGGAAGCTTAGGAAAGGCAT  200

seq1  AAAGAAACAAGAAAGAAAATAAATCACAGGGTGGAAACTAGGTGGATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACAAGAAAGAAAATAAATCACAGGGTGGAAACTAGGTGGATATT  250

seq1  TTTACCCACGTCTTGTTTGTGTGGTTAGCCTGGGTTCTGCTTGTGGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCACGTCTTGTTTGTGTGGTTAGCCTGGGTTCTGCTTGTGGTTGA  300

seq1  GAATTCTGGGTCTTCTATATGGACCCAGGGCTGGAAGGCACCAGAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGTCTTCTATATGGACCCAGGGCTGGAAGGCACCAGAAGTCT  350

seq1  TATCTGGTCCTGAAGCCTTGGTGCCCAGTGGCAAATCAAGTGTCACCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGTCCTGAAGCCTTGGTGCCCAGTGGCAAATCAAGTGTCACCTCA  400

seq1  CTTGGGTTCCGCAAAGGCGTTCCCCAGCAGAAATGCGGGGGATCATCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTCCGCAAAGGCGTTCCCCAGCAGAAATGCGGGGGATCATCTTT  450

seq1  CTCAGAGGAGAGTTGGCAACACAGCGTTTATTTCATGTATGACCTGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGAGAGTTGGCAACACAGCGTTTATTTCATGTATGACCTGGTGT  500

seq1  CTCTTTTGCCTTGGCCTGTATGAACAGTGGTCCCTCAACAGCTCCAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGCCTTGGCCTGTATGAACAGTGGTCCCTCAACAGCTCCAAGTA  550

seq1  GGCTTAGGCAGCCAGAGGCCAGTGACCACAAGGGGGCGGTGTCTGGCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGGCAGCCAGAGGCCAGTGACCACAAGGGGGCGGTGTCTGGCTTC  600

seq1  TCAGATTTTTGCCCTTGGTGACTGTCTCGGCTTCCTTCAGGTAAATTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTTTGCCCTTGGTGACTGTCTCGGCTTCCTTCAGGTAAATTGTT  650

seq1  TCCTTGACTTTTGCCTACCCCTTCAGCAAGCCTTACTGAATCCAGCAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGACTTTTGCCTACCCCTTCAGCAAGCCTTACTGAATCCAGCAATC  700

seq1  ATGCTAAAGATCATGCAACTGGGCTGTGTGCCTGCTGGATTCGAGCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAGATCATGCAACTGGGCTGTGTGCCTGCTGGATTCGAGCAGGT  750

seq1  AGATGAGAGAGAAATGAGTACCTTGAGGCTGCTCGGCCTCAGGCAAATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAGAGAAATGAGTACCTTGAGGCTGCTCGGCCTCAGGCAAATCC  800

seq1  TGTGCTGCAGACCTCGATCTGTGCTGGGTGAAGTTTGAGCACCTAGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGCAGACCTCGATCTGTGCTGGGTGAAGTTTGAGCACCTAGGGTT  850

seq1  TGGAACACTAACCTGAGATGATGGGAATCTTTCCTTCCTGGACTTTCAG-  899
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGG-ACACTAACCTGAGATGATGGGAATCTTTCCTTCCTGGACTTTCAGA  899

seq1  AGTGTCAGTGTGTTTGATCCAGAGCCAGGGTGGGACAACAGGGAAGTCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCAGTGTGTTTGATCCAGAGCCAGGGTGGGACAACAGGGAAGTCTC  949

seq1  CCCCCCCTCCCTCAGCACAGCAGCACCCCTCATAGTTTGGGTACACGTTC  999
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCCCC--TCCTCAGCACAGCAGCACCCCTCATAG-TTGGGTACACGTTC  996

seq1  CTGTGATCATTTCTGTTTTTGAGAACATTGATCCTTTTTCACTCAAACTA  1049
      ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |
seq2  CTGTGATCATTTCTG-TTTTGAGAACA-TGATCCTTTTTCACTCAACCAA  1044

seq1  GTTTTATTTTCTTTTCCTCTTCTCCTAATGCTATAATCGCAACAAGGTGA  1099
      ||||   ||||||| |||||    |||||||||||||||| ||||||  |
seq2  GTTT--ATTTCTTTCCCTCT----CTAATGCTATAATCGC-ACAAGGGTA  1087

seq1  TGTTCCCAGTCGGGAGACTAGGAATAGGC  1128
      |||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGT--CCAGTCGGGAGACTAGGAATAGGC  1114

seq1: chr13_69964055_69964939
seq2: B6Ng01-030N09.g_68_944 (reverse)

seq1  TTATTAAGTGGCACAAACTTCATCATACTTCAGAATAGGCTGATTTTTAC  50
      ||||||||| |||| ||||||||||| | |||| |||||||||  |||||
seq2  TTATTAAGT-GCACCAACTTCATCAT-CCTCAG-ATAGGCTGA--TTTAC  45

seq1  AGAAACGCAGATACTTTGTAATTCAGATCTGAAATTCAAGCTCACGAGGC  100
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AGAAACGCA-ATACTTTGTAATTCAGATCTGAAATTCAA-CTCAC-AGGC  92

seq1  CAATGGGCAGCACCCAGGAAATGCGGCCATGAGATGTTATGCTATCGTTG  150
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCAGCACCCAGAAAATGCGGCCATGAGATGTTATGCTATCGTTG  142

seq1  GGATTGACTCGACAGCCATCATAAGCTCCTATGTGCATGCCATTGGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGACTCGACAGCCATCATAAGCTCCTATGTGCATGCCATTGGCTGA  192

seq1  GGGATGCTTTTCCCTGCTACACATACCCAGCTTCCCAGAATGAGATCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTTTTCCCTGCTACACATACCCAGCTTCCCAGAATGAGATCCAC  242

seq1  ATTGGTGTCATGGACTCCCCAAGGCCCTAATGAAAAACTGCTCTGGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTCATGGACTCCCCAAGGCCCTAATGAAAAACTGCTCTGGAAGT  292

seq1  TGCCAAGGTGACATGGTTTCCTTGGCTAAACCCCAGGAATCATCCATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGGTGACATGGTTTCCTTGGCTAAACCCCAGGAATCATCCATTCT  342

seq1  ACACATATATCACCAGTCCAGGGTTTGGAGAAAACCTTGGGACTATGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATATCACCAGTCCAGGGTTTGGAGAAAACCTTGGGACTATGCTG  392

seq1  ACTGATTGGCTGGCCCCACGACTATGTGACCTTAGGCAGGGAAGAGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATTGGCTGGCCCCACGACTATGTGACCTTAGGCAGGGAAGAGAGTC  442

seq1  CTGGCTTCATCTGATACTTGCACATGTAGAAGCCGACACTACTGTCTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCATCTGATACTTGCACATGTAGAAGCCGACACTACTGTCTCCT  492

seq1  CTTGCTGCACTGGTGGCCCTGTTATCTGCAACACTGCCCTGCTTCTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGCACTGGTGGCCCTGTTATCTGCAACACTGCCCTGCTTCTCTGA  542

seq1  AGGTAGAGCAGAGAGTATCTGCTTCTGTGAGGAGAGTGACAGCTCAGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAGCAGAGAGTATCTGCTTCTGTGAGGAGAGTGACAGCTCAGGCA  592

seq1  TCGTCTGTGGTCAAGACTCTCTGGGAGGGCATGGCATAACCCTGAGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTGTGGTCAAGACTCTCTGGGAGGGCATGGCATAACCCTGAGCCCA  642

seq1  CCAACTCAAGTGATTGACAGACGTTAATGAGCACAGTGCTGAGTGTTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCAAGTGATTGACAGACGTTAATGAGCACAGTGCTGAGTGTTTGC  692

seq1  TGAGTCTGTGCGACTTTGGGAAGGAAGCCCTTGATATTTACCGGGGAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGTGCGACTTTGGGAAGGAAGCCCTTGATATTTACCGGGGAATG  742

seq1  CCCTCTCATTAATCCTGTGAAATGAAACCTGGCTGAGGCAGCACAGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCATTAATCCTGTGAAATGAAACCTGGCTGAGGCAGCACAGAGGG  792

seq1  AGCCCGCTCTCAGTTCCCTTTGGACCAGTGTTTACTTCTGATCTCACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGCTCTCAGTTCCCTTTGGACCAGTGTTTACTTCTGATCTCACATG  842

seq1  CTCCCTGTCCACCCTGGCTGCTGTTATCAGAATTC  885
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGTCCACCCTGGCTGCTGTTATCAGAATTC  877