BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038P16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 17,971,855 - 18,123,593
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRala, LOC434585, LOC382732, 1600012F09Rik, Vdac3-ps1
Upstream gene5033411D12Rik, 2810021B07Rik, Cdc2l5
Downstream geneLOC625310, 4930448F12Rik, Pou6f2, Vps41, Amph
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038P16.bB6Ng01-038P16.g
ACCDH866384DH866385
length1,1461,101
definitionDH866384|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038P16, 5' end.DH866385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,971,855 - 17,973,011)(18,122,462 - 18,123,593)
sequence
gaattcaccctaaccagcaggttcatagcactcagcacggtttcctggtg
tttagttgaatttttctggctcaaatatagatgtactccttccatcaact
gctcgtgagttaaggtatttagatgaacttcatttggaacaatgtgctct
ttgactcaatgtctgttccacagttaatgaccacggcttaccagaagata
tccaacgtgaaaggtaacaggtggccactcctatccaccttcagagcaaa
cttgcctttggaatgtcctgactaggaaacaaatacaaactctgccatct
gttcaaagcatccgaaggtgaagatgacagaactctatgacagcacagag
cccatctgccagcagctgtcacagcagcctcccatgcccagcagtgactt
aaacttgaacaccaacaccaccctgaaatctgccctaacaccaaggtctc
caaacatatggctcaagattcagctgtttgtaaacctctgctcaagatac
tcaggtggtaaagtaagactatcacgctgtaaacatcaatgaacaccaca
gacatttatagaaaaggaattttattggtctttaaatggctcaaattgca
aataaatgaaccgggtagcggcatcagcccaagacatgtgatgcttctgt
cagctggcttcatagcacctagtacccaggacagggaaggtctcaaagca
aattgcaatgttagtggttaggaccctggttcaacaagactgcaatgagt
gcacgcagccatgctgggcctgctggctggggttacacagggaactctaa
ttttgcacatggcctagtctgtgaaaatattaaatcaaacccttcaagga
caaatatttatggtaagctgaatgtagtatctagacagtagagttcctga
atgcctgtttctggtaacatcatgtacacatttgtttcctggaatgcctg
agtgtctccttgaccttatgaaattaggactgtgcaacagaaaactgttt
aatcaagtgtcttagccccacgaggaaagaaaaaaacctaatagtggttt
acttcccattggaattacattcctacagcatgcctggattctgcacggaa
acatcacagactgaacgtctggtcagttgtgcatacatgtgactgc
gaattccagtaaagaaggaggagagtggctgtgagatttaccccaaatgt
caaatctaggacaggaaagcccaagttctttgacattacatgatattgca
atatgacgtctttaaaaaatgggtgaatagggtggagcgggacgggccca
ccctcgggttgtagctatgtgtaacacaccaacttactgcgacctaggaa
aggctgccaaggatgtctttaacaaagggtatgggtttggcatggtcaag
atagatctgaaaaccaagtcttgtagtggagtggaattttctacttcagg
tcatgcttatactgatacagggaaagcatcaggcaacctagagaccaaat
ataaggtctgcaactatgggctcaccttcacccaaaagtggaatacagac
aacactcttgggacagaaatctcttgggagaataagttggctgaagggtt
gaaactgactcttgataccatatttgtaccaaacacaggaaagaagagtg
ggaaattaaaggcctcctatagacgggattgttttagtctcggcagtaat
gttgatatagatttttctgaaccgaccatctatggctgggctgtgttggc
ctttgaaggtgggcttgctggctatcagatgagttttgacacagccaaat
ccaaactgtctcagaataatttcgctcttggttacaaggctgcagacttc
cagctgcatactcacgtgaatgatggcactgagtttggaggctcaatcta
ccagaaagttaacgagaggattgaaacgtcaataaacctggcatggacag
ctggcagcaacaacactcgttttggcatcgctgctaaatataagctggat
tgtagaacttctctatctgcaaagtaaacaatgccagtttaattggactg
ggttatacgcagacctccgacaggagtcaactgaccctgtcagctttata
gatggaaagaacttcatgcagagccacaagttggattggattgactgaag
cttagtgtgtttggtagagatcacttgtccttgaatgagaggaatgaacc
acatagtttgctaaattcggtgaattcaaagtggaactttttatcttcca
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_17971855_17973011
seq2: B6Ng01-038P16.b_49_1194

seq1  GAATTCACCCTAACCAGCAGGTTCATAGCACTCAGCACGGTTTCCTGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTAACCAGCAGGTTCATAGCACTCAGCACGGTTTCCTGGTG  50

seq1  TTTAGTTGAATTTTTCTGGCTCAAATATAGATGTACTCCTTCCATCAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTGAATTTTTCTGGCTCAAATATAGATGTACTCCTTCCATCAACT  100

seq1  GCTCGTGAGTTAAGGTATTTAGATGAACTTCATTTGGAACAATGTGCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTGAGTTAAGGTATTTAGATGAACTTCATTTGGAACAATGTGCTCT  150

seq1  TTGACTCAATGTCTGTTCCACAGTTAATGACCACGGCTTACCAGAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCAATGTCTGTTCCACAGTTAATGACCACGGCTTACCAGAAGATA  200

seq1  TCCAACGTGAAAGGTAACAGGTGGCCACTCCTATCCACCTTCAGAGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACGTGAAAGGTAACAGGTGGCCACTCCTATCCACCTTCAGAGCAAA  250

seq1  CTTGCCTTTGGAATGTCCTGACTAGGAAACAAATACAAACTCTGCCATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTTGGAATGTCCTGACTAGGAAACAAATACAAACTCTGCCATCT  300

seq1  GTTCAAAGCATCCGAAGGTGAAGATGACAGAACTCTATGACAGCACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAAGCATCCGAAGGTGAAGATGACAGAACTCTATGACAGCACAGAG  350

seq1  CCCATCTGCCAGCAGCTGTCACAGCAGCCTCCCATGCCCAGCAGTGACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGCCAGCAGCTGTCACAGCAGCCTCCCATGCCCAGCAGTGACTT  400

seq1  AAACTTGAACACCAACACCACCCTGAAATCTGCCCTAACACCAAGGTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGAACACCAACACCACCCTGAAATCTGCCCTAACACCAAGGTCTC  450

seq1  CAAACATATGGCTCAAGATTCAGCTGTTTGTAAACCTCTGCTCAAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATATGGCTCAAGATTCAGCTGTTTGTAAACCTCTGCTCAAGATAC  500

seq1  TCAGGTGGTAAAGTAAGACTATCACGCTGTAAACATCAATGAACACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGTAAAGTAAGACTATCACGCTGTAAACATCAATGAACACCACA  550

seq1  GACATTTATAGAAAAGGAATTTTATTGGTCTTTAAATGGCTCAAATTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTATAGAAAAGGAATTTTATTGGTCTTTAAATGGCTCAAATTGCA  600

seq1  AATAAATGAACCGGGTAGCGGCATCAGCCCAAGACATGTGATGCTTCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGAACCGGGTAGCGGCATCAGCCCAAGACATGTGATGCTTCTGT  650

seq1  CAGCTGGCTTCATAGCACCTAGTACCCAGGACAGGGAAGGTCTCAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCTTCATAGCACCTAGTACCCAGGACAGGGAAGGTCTCAAAGCA  700

seq1  AATTGCAATGTTAGTGGTTAGGACCCTGGTTCAACAAGACTGCAATGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCAATGTTAGTGGTTAGGACCCTGGTTCAACAAGACTGCAATGAGT  750

seq1  GCACGCAGCCATGCTGGGCCTGCTGGCTGGGGTTACACAGGGAACTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGCAGCCATGCTGGGCCTGCTGGCTGGGGTTACACAGGGAACTCTAA  800

seq1  TTTTGCACATGGCCTAGTCTGTGAAAATATTAAATCAAACCCTTCAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCACATGGCCTAGTCTGTGAAAATATTAAATCAAACCCTTCAAGGA  850

seq1  CAAATATTTATGGTAAGCTGAATGTAGTATCTAGACAGTAGAGTTCCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTATGGTAAGCTGAATGTAGTATCTAGACAGTAGAGTTCCTGA  900

seq1  ATGCCTGTTTCTGGTAACATCATGTACACATTTGTTTCCTGGAATGCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTTTCTGGTAACATCATGTACACATTTGTTTCCTGGAATGCCTG  950

seq1  AGTGTCTCCTTGACCTTATGAAATTAGGACTGTGCAACAAGAAAAACTGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  AGTGTCTCCTTGACCTTATGAAATTAGGACTGTGCAACA--GAAAACTGT  998

seq1  TTAATCAAGTGTCTTAGCCCCACAGAGGAAAAGAAAAAAAACCTAATAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||
seq2  TTAATCAAGTGTCTTAGCCCCAC-GAGGAAA--GAAAAAAACCTAATAGT  1045

seq1  GGTTTACTTCCCATTGAAATTACATTCCTAACAGCATGCTTGAATTCTTG  1100
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||| ||
seq2  GGTTTACTTCCCATTGGAATTACATTCCT-ACAGCATGCCTGGATTC-TG  1093

seq1  CAGCGGAAACATCACAGACTG-ACGTCTGGTCAGTATGTGCCATACATGT  1149
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| 
seq2  CA-CGGAAACATCACAGACTGAACGTCTGGTCAGT-TGTG-CATACATG-  1139

seq1  TTGACTGC  1157
       |||||||
seq2  -TGACTGC  1146

seq1: chr13_18122462_18123593
seq2: B6Ng01-038P16.g_70_1170 (reverse)

seq1  TTGGAAGAATAAAAAGTTCACACTTTTGAAATTTCACAGAATTTTAAGGC  50
      ||||||| ||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||  ||  
seq2  TTGGAAG-ATAAAAAGTTC-CAC-TTTGAA--TTCACCGAATTT--AG--  41

seq1  CAAAACATAGTGGGTTCATTTCTCTTCATTTCCAGGGACAAGTGATACTC  100
      ||||  || || |||||||| ||| |||||  || ||||||||||| |||
seq2  CAAACTAT-GT-GGTTCATTCCTC-TCATT--CAAGGACAAGTGAT-CTC  85

seq1  TACTCAAAACCACACTAAGCCTCCAGTTCAAATCCCAATCCAACCTTGTG  150
      ||| ||||  ||||||||| || ||| ||||   ||||||||| ||||||
seq2  TAC-CAAA--CACACTAAG-CTTCAG-TCAA--TCCAATCCAA-CTTGTG  127

seq1  GCCTCCTGCATTGAAGTTCTTTCCATCTATTAAAGCTGACAGGGTCAGTT  200
      ||   ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GC--TCTGCA-TGAAGTTCTTTCCATCTA-TAAAGCTGACAGGGTCAG-T  172

seq1  TGACTCCTGGTCGGAGGGTCTGCGTATAACCCAGTCCAATTAAACTGGCA  250
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCT-GTCGGA-GGTCTGCGTATAACCCAGTCCAATTAAACTGGCA  220

seq1  TTGTTTACTTTGGCAGATAGAGAAGTTCTACAATCCAGCTTATATTTAGC  300
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTACTTT-GCAGATAGAGAAGTTCTACAATCCAGCTTATATTTAGC  269

seq1  AGCGATGCCAAAACGAGTGTTGTTGCTGCCAGCTGTCCATGCCAGGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGCCAAAACGAGTGTTGTTGCTGCCAGCTGTCCATGCCAGGTTTA  319

seq1  TTGACGTTTCAATCCTCTCGTTAACTTTCTGGTAGATTGAGCCTCCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACGTTTCAATCCTCTCGTTAACTTTCTGGTAGATTGAGCCTCCAAAC  369

seq1  TCAGTGCCATCATTCACGTGAGTATGCAGCTGGAAGTCTGCAGCCTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCCATCATTCACGTGAGTATGCAGCTGGAAGTCTGCAGCCTTGTA  419

seq1  ACCAAGAGCGAAATTATTCTGAGACAGTTTGGATTTGGCTGTGTCAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGCGAAATTATTCTGAGACAGTTTGGATTTGGCTGTGTCAAAAC  469

seq1  TCATCTGATAGCCAGCAAGCCCACCTTCAAAGGCCAACACAGCCCAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGATAGCCAGCAAGCCCACCTTCAAAGGCCAACACAGCCCAGCCA  519

seq1  TAGATGGTCGGTTCAGAAAAATCTATATCAACATTACTGCCGAGACTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGTCGGTTCAGAAAAATCTATATCAACATTACTGCCGAGACTAAA  569

seq1  ACAATCCCGTCTATAGGAGGCCTTTAATTTCCCACTCTTCTTTCCTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCCGTCTATAGGAGGCCTTTAATTTCCCACTCTTCTTTCCTGTGT  619

seq1  TTGGTACAAATATGGTATCAAGAGTCAGTTTCAACCCTTCAGCCAACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACAAATATGGTATCAAGAGTCAGTTTCAACCCTTCAGCCAACTTA  669

seq1  TTCTCCCAAGAGATTTCTGTCCCAAGAGTGTTGTCTGTATTCCACTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCAAGAGATTTCTGTCCCAAGAGTGTTGTCTGTATTCCACTTTTG  719

seq1  GGTGAAGGTGAGCCCATAGTTGCAGACCTTATATTTGGTCTCTAGGTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAGGTGAGCCCATAGTTGCAGACCTTATATTTGGTCTCTAGGTTGC  769

seq1  CTGATGCTTTCCCTGTATCAGTATAAGCATGACCTGAAGTAGAAAATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTTTCCCTGTATCAGTATAAGCATGACCTGAAGTAGAAAATTCC  819

seq1  ACTCCACTACAAGACTTGGTTTTCAGATCTATCTTGACCATGCCAAACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTACAAGACTTGGTTTTCAGATCTATCTTGACCATGCCAAACCC  869

seq1  ATACCCTTTGTTAAAGACATCCTTGGCAGCCTTTCCTAGGTCGCAGTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTTTGTTAAAGACATCCTTGGCAGCCTTTCCTAGGTCGCAGTAAG  919

seq1  TTGGTGTGTTACACATAGCTACAACCCGAGGGTGGGCCCGTCCCGCTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGTTACACATAGCTACAACCCGAGGGTGGGCCCGTCCCGCTCCA  969

seq1  CCCTATTCACCCATTTTTTAAAGACGTCATATTGCAATATCATGTAATGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTCACCCATTTTTTAAAGACGTCATATTGCAATATCATGTAATGT  1019

seq1  CAAAGAACTTGGGCTTTCCTGTCCTAGATTTGACATTTGGGGTAAATCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACTTGGGCTTTCCTGTCCTAGATTTGACATTTGGGGTAAATCTC  1069

seq1  ACAGCCACTCTCCTCCTTCTTTACTGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCACTCTCCTCCTTCTTTACTGGAATTC  1101