BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040B21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 101,702,143 - 101,801,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC619917
Upstream geneMccc2, Bdp1, Serf1, Smn1, Naip2, Birc1-rs1, Naip5, Birc1c-ps1, Birc1f, EG667838, Naip1, Gtf2h2, Ocln, LOC667861, Marveld2, Rad17, Taf9, Ccdc125, Cdk7, Mrps36, Cenph, Ccnb1, Slc30a5, LOC619865
Downstream geneEG619937, 4933416M06Rik, LOC100039971, LOC100039983, Pik3r1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040B21.bB6Ng01-040B21.g
ACCDH867182DH867183
length6361,086
definitionDH867182|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040B21, 5' end.DH867183|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,800,831 - 101,801,466)(101,702,143 - 101,703,243)
sequence
gaattccatcatattattatgacaacttttatatacacatatatatccat
acttacaatgttagaacatcctctttaatggctatattttaatccaccaa
aagggatacactacaaattatcaccaagtccctattgactgctcctgttg
ttttcagcactattttaaatattcttgtgaaagggcttttgtaacagact
agcctcaggcctgtcatgattcaagcattaaagtgacatcatcaggaatc
aacctatctccaaaccttgagttccagaggactcagtttatcattacctg
gggaccatgtgacaaaatagccaccaacagctcctgccctaaaacatcat
gattaaactagtctcaaggtagacatccatttggctggctaaagacatag
gtcttggcctcactgatttctgtctgtggtcagaaaatacaataatacga
ttagccaagcctcacacaaataggcattgcaaccagcttcctcagaatat
ctctctgttctttctatgattaagctacatcccctccatgagtctctgag
atctgaaagtcaaacctaaccactgtcactgaaactatgcaatactggaa
gaggagggtggcgaggaggagggaggagaaaggaaa
gaattctcatgccagcgttccagaggctctctgattattgctggacaggg
agcagaaacgaagcaaagggaagggctgtgtggaccatgctggggaccag
gcatagcacaaggcttgagcagatgctgtcagccttacggagtgttaagt
aagcatgagttcttgtgagatgggtgaacaaatagatctggagacgctaa
ggaaaacaatttagtacttcaaaaagaaggcttttggggatccctcgaat
cctggatctgtatttcacagcaacgtttttttccctttcagccacagtga
tcactaaaacagagacctgtgactcacaggcccaggtattttaatactcg
gattccatttggtggcattgcttggcgaggttactgagcccttaagaggc
ggagccttactggaggatgtatagcaaccaccacggggtagagtggggca
ggggagggctctgagagtttatagcgtcacccattcccagtttgctgttt
ctgcttcctgccaccattttctattgttgccctgtctccctaccgtacca
cccaaatggactctcctctgcaaaactgtaagccaacataaactgtttct
tctataaacaaacaagcaaagatataaaaactaaaaaatgctacaaaaaa
agaggaccaaagtagatgaatggcacattaactcttctttcccagtagtt
gggatgggacccaaccttttcatgtgcatgttagacatctcctcgaccac
tgagccacatcccagtcctgaatcccttcataatacattatgccctttct
tgttttctatcaactaattaaggaactatttaattaattaactttacatc
tcagccacagcttcccctccgtcctctcctctcagtcccttcctctcccc
tcccctctttccacgcatactctctaaccagagagcatggttcagtctca
gtgaaccctatgggcccaggtagtgattcttaggtttctgtgtgaccttg
acctcctctgctcctcaacccttcaacccttcttctgaagaatctccaag
ctccctaaggttggctggctctcgcatctgattccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_101800831_101801466
seq2: B6Ng01-040B21.b_45_680 (reverse)

seq1  TTTCCTTTCTCCTCCCTCCTCCTCGCCACCCTCCTCTTCCAGTATTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTCTCCTCCCTCCTCCTCGCCACCCTCCTCTTCCAGTATTGCAT  50

seq1  AGTTTCAGTGACAGTGGTTAGGTTTGACTTTCAGATCTCAGAGACTCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGTGACAGTGGTTAGGTTTGACTTTCAGATCTCAGAGACTCATG  100

seq1  GAGGGGATGTAGCTTAATCATAGAAAGAACAGAGAGATATTCTGAGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGATGTAGCTTAATCATAGAAAGAACAGAGAGATATTCTGAGGAAG  150

seq1  CTGGTTGCAATGCCTATTTGTGTGAGGCTTGGCTAATCGTATTATTGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGCAATGCCTATTTGTGTGAGGCTTGGCTAATCGTATTATTGTAT  200

seq1  TTTCTGACCACAGACAGAAATCAGTGAGGCCAAGACCTATGTCTTTAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACCACAGACAGAAATCAGTGAGGCCAAGACCTATGTCTTTAGCC  250

seq1  AGCCAAATGGATGTCTACCTTGAGACTAGTTTAATCATGATGTTTTAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATGGATGTCTACCTTGAGACTAGTTTAATCATGATGTTTTAGGG  300

seq1  CAGGAGCTGTTGGTGGCTATTTTGTCACATGGTCCCCAGGTAATGATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTGTTGGTGGCTATTTTGTCACATGGTCCCCAGGTAATGATAAA  350

seq1  CTGAGTCCTCTGGAACTCAAGGTTTGGAGATAGGTTGATTCCTGATGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCCTCTGGAACTCAAGGTTTGGAGATAGGTTGATTCCTGATGATG  400

seq1  TCACTTTAATGCTTGAATCATGACAGGCCTGAGGCTAGTCTGTTACAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTAATGCTTGAATCATGACAGGCCTGAGGCTAGTCTGTTACAAAA  450

seq1  GCCCTTTCACAAGAATATTTAAAATAGTGCTGAAAACAACAGGAGCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTCACAAGAATATTTAAAATAGTGCTGAAAACAACAGGAGCAGTC  500

seq1  AATAGGGACTTGGTGATAATTTGTAGTGTATCCCTTTTGGTGGATTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGGACTTGGTGATAATTTGTAGTGTATCCCTTTTGGTGGATTAAAA  550

seq1  TATAGCCATTAAAGAGGATGTTCTAACATTGTAAGTATGGATATATATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCATTAAAGAGGATGTTCTAACATTGTAAGTATGGATATATATGT  600

seq1  GTATATAAAAGTTGTCATAATAATATGATGGAATTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATAAAAGTTGTCATAATAATATGATGGAATTC  636

seq1: chr13_101702143_101703243
seq2: B6Ng01-040B21.g_71_1156

seq1  GAATTCTCATGCCAGCGTTCCAGAGGCTCTCTGATTATTGCTGGACAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGCCAGCGTTCCAGAGGCTCTCTGATTATTGCTGGACAGGG  50

seq1  AGCAGAAACGAAGCAAAGGGAAGGGCTGTGTGGACCATGCTGGGGACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAACGAAGCAAAGGGAAGGGCTGTGTGGACCATGCTGGGGACCAG  100

seq1  GCATAGCACAAGGCTTGAGCAGATGCTGTCAGCCTTACGGAGTGTTAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCACAAGGCTTGAGCAGATGCTGTCAGCCTTACGGAGTGTTAAGT  150

seq1  AAGCATGAGTTCTTGTGAGATGGGTGAACAAATAGATCTGGAGACGCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAGTTCTTGTGAGATGGGTGAACAAATAGATCTGGAGACGCTAA  200

seq1  GGAAAACAATTTAGTACTTCAAAAAGAAGGCTTTTGGGGATCCCTCGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAATTTAGTACTTCAAAAAGAAGGCTTTTGGGGATCCCTCGAAT  250

seq1  CCTGGATCTGTATTTCACAGCAACGTTTTTTTCCCTTTCAGCCACAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATCTGTATTTCACAGCAACGTTTTTTTCCCTTTCAGCCACAGTGA  300

seq1  TCACTAAAACAGAGACCTGTGACTCACAGGCCCAGGTATTTTAATACTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAAAACAGAGACCTGTGACTCACAGGCCCAGGTATTTTAATACTCG  350

seq1  GATTCCATTTGGTGGCATTGCTTGGCGAGGTTACTGAGCCCTTAAGAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCATTTGGTGGCATTGCTTGGCGAGGTTACTGAGCCCTTAAGAGGC  400

seq1  GGAGCCTTACTGGAGGATGTATAGCAACCACCACGGGGTAGAGTGGGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTTACTGGAGGATGTATAGCAACCACCACGGGGTAGAGTGGGGCA  450

seq1  GGGGAGGGCTCTGAGAGTTTATAGCGTCACCCATTCCCAGTTTGCTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGCTCTGAGAGTTTATAGCGTCACCCATTCCCAGTTTGCTGTTT  500

seq1  CTGCTTCCTGCCACCATTTTCTATTGTTGCCCTGTCTCCCTACCGTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCTGCCACCATTTTCTATTGTTGCCCTGTCTCCCTACCGTACCA  550

seq1  CCCAAATGGACTCTCCTCTGCAAAACTGTAAGCCAACATAAACTGTTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGGACTCTCCTCTGCAAAACTGTAAGCCAACATAAACTGTTTCT  600

seq1  TCTATAAACAAACAAGCAAAGATATAAAAACTAAAAAATGCTACAAAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAACAAACAAGCAAAGATATAAAAACTAAAAAATGCTACAAAAAA  650

seq1  AGAGGACCAAAGTAGATGAATGGCACATTAACTCTTCTTTCCCAGTAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACCAAAGTAGATGAATGGCACATTAACTCTTCTTTCCCAGTAGTT  700

seq1  GGGATGGGACCCAACC-TTTCATGTGCATGTTAGACATCTCCTCGACCAC  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGACCCAACCTTTTCATGTGCATGTTAGACATCTCCTCGACCAC  750

seq1  TGAGCCACATCCCAGTCCTGAATCCCTTCATAATACATTATGCCCTTTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCACATCCCAGTCCTGAATCCCTTCATAATACATTATGCCCTTTCT  800

seq1  TGTTTTCTATCAACTAATTAAGGAACTATTTAATTAATTAACTTTACATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTATCAACTAATTAAGGAACTATTTAATTAATTAACTTTACATC  850

seq1  TCAGCCACAGCTTCCCCTCCGTCCTCTCCTCTCAGTCCCTTCCTCTCCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACAGCTTCCCCTCCGTCCTCTCCTCTCAGTCCCTTCCTCTCCCC  900

seq1  TCCCCCTCTTTCCACGCATACTCTCTAACCAGAGAGCATGGTTCAGTCTC  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCCCTCTTTCCACGCATACTCTCTAACCAGAGAGCATGGTTCAGTCTC  949

seq1  AGTGAACCCTTATGGGCCCAGGTTAGTTGATTCTTAGGTTTTCTTGTGTT  999
      ||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||   |||| |
seq2  AGTGAACCC-TATGGGCCCAGG-TAG-TGATTCTTAGGTTT--CTGTG-T  993

seq1  GACCTTGACCT-CTCTGGCTCCTCCAACCCTTCCAACCCTTCTTCTGCAG  1048
      ||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| | 
seq2  GACCTTGACCTCCTCT-GCTCCT-CAACCCTT-CAACCCTTCTTCTG-AA  1039

seq1  GATTCTCCAAGCTCCACTTAAGGTTTGGCTGTGCTTCTCTGCATCTGTTT  1098
      || |||||||||||  | ||||| ||||||| || |||| ||||||| ||
seq2  GAATCTCCAAGCTC--CCTAAGG-TTGGCTG-GC-TCTC-GCATCTGATT  1083

seq1  CCC  1101
      |||
seq2  CCC  1086