BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-040J16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 101,354,060 - 101,498,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667861, Marveld2, Rad17, Taf9, Ccdc125, Cdk7
Upstream geneCartpt, Mccc2, Bdp1, Serf1, Smn1, Naip2, Birc1-rs1, Naip5, Birc1c-ps1, Birc1f, EG667838, Naip1, Gtf2h2, Ocln
Downstream geneMrps36, Cenph, Ccnb1, Slc30a5, LOC619865, LOC619917, EG619937, 4933416M06Rik, LOC100039971, LOC100039983, Pik3r1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-040J16.bB6Ng01-040J16.g
ACCDH867515DH867516
length633985
definitionDH867515|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040J16, 5' end.DH867516|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-040J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,497,408 - 101,498,040)(101,354,060 - 101,355,034)
sequence
gaattctatttcactcagatgcctctccacctagaggggccttttaaata
caccaaaacaagtgttgcccactgcttccctgttctttgcagctctttac
tctatatcatcttcatgccactgccaggctctgacatccttccgtctgag
tgcactgtccacaagagtctactaacattcctggggctgtgatggccaca
tctgtaggcatgtgtttattatgtgtgtgggtgtttgccagcatgtctgt
ctgtacagctatgtatagaagccaaaagaatgttttattccctggggcag
gtgttacagatggttgtgagctcttatatggtcactgagaatcaaaccta
gatcctctggaagagcagtcagtgtgctcttcaccattgagtcaggtgtg
tcctgacttagctggatacagtggagtatattctcagagacaggtaggag
ggtcatctgagtctagaagttgagaaaaaacatactacactggtatctga
atcaaagaaaaccttgagttgactaataaaatcttttcatatggttgaca
tattgggttttgtaattgtagatacaagtgggttttcttgcttgctttta
acattaggattaagaattcgcctggcagtggtg
gaattcactcgatagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgcttgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgcgataccatgcccggcca
aagatcagattttgatgtcaggaagggaactgtcttccctgtcatctggt
agaaatggtaatttcaagacagagtcccacccaactagtttatcctttgt
gcttaacaaaggcagacagatctctgagttcttttgcaatgttaagaaaa
atgtatgcttgctgtcccttaagaattggagtgggcctggagagatgtgg
ctcagtggttaagagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaatt
cctagcaaccacacggtggctcacaaccatctgtaatgggattcagtgcc
ctcttctgatgtgcctgaagacagctacagtgtacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacaagtaagcaagctgagcat
gatggatagagagatctcttagaatagcaagcaaccagaaatctccagag
agaaagcagaacatagaagcagactggaaaggctgcatcaagcaggactg
cttggagccatgctttcactgctcacagacaccccatctctcagaaccct
ctccaagccaaggctggtccttggcacttattcagcatttatgtgggccc
cggggtggggtgggctctgaactttagtctttatgcctgtcgaaagcact
ataaccagtgagccaccaccccaccaccccacctcagctcttgcagcttt
aggatctaaaaccaggtgttgttagtgatacacaatgaatgtaatacgtg
gatgtaagctatgaagggcttgcatctcgagagggcagctcatcgtgatg
ctttaacgagagatgttcccaggcccaagatttaaacactgggtcctcgg
tatgggtgctgtttgggggaagtgtagaactttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_101497408_101498040
seq2: B6Ng01-040J16.b_45_677 (reverse)

seq1  CACCACTGCCAGGCGAATTCTTAATCCTAATGTTAAAAGCAAGCAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGCCAGGCGAATTCTTAATCCTAATGTTAAAAGCAAGCAAGAAA  50

seq1  ACCCACTTGTATCTACAATTACAAAACCCAATATGTCAACCATATGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTTGTATCTACAATTACAAAACCCAATATGTCAACCATATGAAAA  100

seq1  GATTTTATTAGTCAACTCAAGGTTTTCTTTGATTCAGATACCAGTGTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATTAGTCAACTCAAGGTTTTCTTTGATTCAGATACCAGTGTAGT  150

seq1  ATGTTTTTTCTCAACTTCTAGACTCAGATGACCCTCCTACCTGTCTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTTCTCAACTTCTAGACTCAGATGACCCTCCTACCTGTCTCTGA  200

seq1  GAATATACTCCACTGTATCCAGCTAAGTCAGGACACACCTGACTCAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATACTCCACTGTATCCAGCTAAGTCAGGACACACCTGACTCAATGG  250

seq1  TGAAGAGCACACTGACTGCTCTTCCAGAGGATCTAGGTTTGATTCTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGCACACTGACTGCTCTTCCAGAGGATCTAGGTTTGATTCTCAGT  300

seq1  GACCATATAAGAGCTCACAACCATCTGTAACACCTGCCCCAGGGAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATATAAGAGCTCACAACCATCTGTAACACCTGCCCCAGGGAATAAA  350

seq1  ACATTCTTTTGGCTTCTATACATAGCTGTACAGACAGACATGCTGGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTTTGGCTTCTATACATAGCTGTACAGACAGACATGCTGGCAAA  400

seq1  CACCCACACACATAATAAACACATGCCTACAGATGTGGCCATCACAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACACATAATAAACACATGCCTACAGATGTGGCCATCACAGCCC  450

seq1  CAGGAATGTTAGTAGACTCTTGTGGACAGTGCACTCAGACGGAAGGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATGTTAGTAGACTCTTGTGGACAGTGCACTCAGACGGAAGGATGT  500

seq1  CAGAGCCTGGCAGTGGCATGAAGATGATATAGAGTAAAGAGCTGCAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTGGCAGTGGCATGAAGATGATATAGAGTAAAGAGCTGCAAAGA  550

seq1  ACAGGGAAGCAGTGGGCAACACTTGTTTTGGTGTATTTAAAAGGCCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAAGCAGTGGGCAACACTTGTTTTGGTGTATTTAAAAGGCCCCTC  600

seq1  TAGGTGGAGAGGCATCTGAGTGAAATAGAATTC  633
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGAGAGGCATCTGAGTGAAATAGAATTC  633

seq1: chr13_101354060_101355034
seq2: B6Ng01-040J16.g_67_1034

seq1  GAATTCACTCGATAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCGATAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCTTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGATACCATGCCCGGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCGATACCATGCCCGGCCA  100

seq1  AAGATCAGATTTTGATGTCAGGAAGGGAACTGTCTTCCCTGTCATCTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGATTTTGATGTCAGGAAGGGAACTGTCTTCCCTGTCATCTGGT  150

seq1  AGAAATGGTAATTTCAAGACAGAGTCCCACCCAACTAGTTTATCCTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGTAATTTCAAGACAGAGTCCCACCCAACTAGTTTATCCTTTGT  200

seq1  GCTTAACAAAGGCAGACAGATCTCTGAGTTCTTTTGCAATGTTAAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACAAAGGCAGACAGATCTCTGAGTTCTTTTGCAATGTTAAGAAAA  250

seq1  ATGTATGCTTGCTGTCCCTTAAGAATTGGAGTGGGCCTGGAGAGATGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCTTGCTGTCCCTTAAGAATTGGAGTGGGCCTGGAGAGATGTGG  300

seq1  CTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATT  350

seq1  CCTAGCAACCACACGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATTCAGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCAACCACACGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATTCAGTGCC  400

seq1  CTCTTCTGATGTGCCTGAAGACAGCTACAGTGTACACACACACACACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGATGTGCCTGAAGACAGCTACAGTGTACACACACACACACACA  450

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAAGCAAGCTGAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGTAAGCAAGCTGAGCAT  500

seq1  GATGGATAGAGAGATCTCTTAGAATAGCAAGCAACCAGAAATCTCCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATAGAGAGATCTCTTAGAATAGCAAGCAACCAGAAATCTCCAGAG  550

seq1  AGAAAGCAGAACATAGAAGCAGACTGGAAAGGCTGCATCAAGCAGGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCAGAACATAGAAGCAGACTGGAAAGGCTGCATCAAGCAGGACTG  600

seq1  CTTGGAGCCATGCTTTCACTGCTCACAGACACCCCATCTCTCAGAACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCCATGCTTTCACTGCTCACAGACACCCCATCTCTCAGAACCCT  650

seq1  CTCCAAGCCAAGGCTGGTCCTTGGCACTTATTCAGCATTTATGTGGGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCCAAGGCTGGTCCTTGGCACTTATTCAGCATTTATGTGGGCCC  700

seq1  CGGGGTGGGGTGGGCTCTGAACTTTAGTCTTTATGCCTGTCGAAAGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTGGGGTGGGCTCTGAACTTTAGTCTTTATGCCTGTCGAAAGCACT  750

seq1  ATAACCAGTGAGCCACCACCCCACCACCCCACCTCAGGCTCTTGCAGCTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATAACCAGTGAGCCACCACCCCACCACCCCACCTCA-GCTCTTGCAGCTT  799

seq1  TAGGATCTAAAACCAGGTGTTGTTAGTGATACACAATGAATGTAATACGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCTAAAACCAGGTGTTGTTAGTGATACACAATGAATGTAATACGT  849

seq1  GGATGTTAAGCACATGAAGGGCTTGCATCTCGAGAGGGCAGCTCAGCGTG  900
      ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGATG-TAAGC-TATGAAGGGCTTGCATCTCGAGAGGGCAGCTCATCGTG  897

seq1  ATGCTTTGAACGAGAGATGTTCCCCAGGCTCAAGCATTTAGACACCTGGT  950
      ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||  |||
seq2  ATGCTTT-AACGAGAGATGTT-CCCAGGCCCAAG-ATTTAAACACTGGGT  944

seq1  TCTCTGTTATGGGTGCTGTTTGGGG  975
       ||| | ||||||||||||||||||
seq2  CCTC-GGTATGGGTGCTGTTTGGGG  968