BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042A20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 41,333,976 - 41,489,201
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC024659, Nedd9
Upstream geneOfcc1, LOC666894, LOC100039048, Tcfap2a, EG621629, EG637157, LOC100039105, Gcnt2, Pak1ip1, Tmem14c, Mak, EG621771, Gcm2, LOC637277, Elovl2, LOC268650
Downstream geneEG621976, EG328231, 9530008L14Rik, LOC100039272, Hivep1, Edn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042A20.bB6Ng01-042A20.g
ACCDH868539DH868540
length1,2071,102
definitionDH868539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042A20, 5' end.DH868540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042A20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,487,999 - 41,489,201)(41,333,976 - 41,335,082)
sequence
gaattcagtccatctactctttaatatgcacatgagacgcttgttcttta
caggattagactgggtgatatgtcacaagccatgtccaggcttagttctc
tttaaggggcctgtctgcagagagacagagcagaatgactgtagctgaaa
tgcagtcacagccgtcaagggatactgctttcagaaagagcagctgaagg
tggaacccgaaaatggtggagttttcatatggagtctgtttgaagtcatg
aaccaggcaaggtatcccaccatgtatagggtttcttgaaactgatgcta
taaaatttgttgggctgacagtaagatctcttctcgagtacagccatcct
tcttttgtatctggggtttagctgctggctcaaagggctgtgtggtcatt
aagtggacaaggtaaagatcatttcctacacacaggccaagcagatccag
tcttgctgcattaacttactgatgaatggaactgtcagtttcccaaggat
ggctgggcatccttgaccacttggaattgagatcagagaccccctcagtc
aaggtcactcaagttatcattggaaacaactgcccttggttggatttgca
cagctggttacaactccattctctgtcctttcattatatcctgagttggt
tcatagtttgagagtttaattagaaaccaatataaaacgttaaagagtgt
tcttaataaatatacttgggtagacacccaaaagcctgacgtaaggggga
ttgctaaagtttgagcccagctggggccacaaagtaagttcaaggctaga
ctgatacacatagcaatgctctgtctataaacaaactagcaaccacacac
atccataatggccaaaacacaaaacaaaacgaaaacaccaactctagaag
agctttcatatctaaaatggaagcctctccttgaggttcaaactaatgaa
cagactaaccatctgtgttaatagcttcttctttaaggtttaaggtggga
gtttcttgacatcacatggttaacattcagttctttgtatcgtggtagcc
tgaactggaggactgctatctcccatacagcctcaaggaaccgtagacta
ttaaggatcatcagcttaatggctttcttatcacctgtgctaggaaacag
caaagaaggaatgatgtatattgctcaatggtttcgagacatgaataacc
tcattca
gaattcaaagctcaagaccatccctctactacatagcaagctctgggcta
gccttgggtaaatgagattcccatctcaaaaagaaaagaacgtgtgtaag
ggcagtcagggaagtgggagaagactcagtagataaaaggggagtatctg
agtcgttctccagtactcacgtaaaagagacagataaatataaaacaaac
aaacaaacaaacaaacaaaccttagttcgatgaccttctatgcctttcaa
ggtcggtccttatatttgctttaggaacctgacaagactgactagccatc
tctagcattcagataggtggaacttcattgtgctgaagttatgtttgagc
accctctgctggacaaatcaggtaagtacaggattttttttttttttttt
ggtcttgtgccttttaaattcatgctccgaagaagagaagatttttatct
cgaatctacactaaaagaagtctcctctttaaacagatgctctatgacta
ccaacaatgtaccagtggtattcgtctcttgcagatctggaagaaaatga
aatttaggtacatacagtcacgaacagatacctagatgacacatttaaaa
ccctcaaacacagtggagatgagaccagcataatattaagctcttctccc
tcacaaacacctgtgctacccacactcacaggcaaaaaaaatatacacaa
ctgccagactgcaatgcctcccaatttattggccaaatctagattctgct
agccctgtatattcactcagaaagccaggcttcagacacaccatgagtga
tgagaaatccatttcatcagcagaggcatcttgcctatcttcaggaagcc
tacagacttccagggaagcagggggaaatcaagacgtgtctgactatgag
ctggggtaagggaagcctccgtgtgaagatgtgacctagttaggacagct
gccggaaagcaggactggcaagctggttgtttgtacaccgggcttgggag
acttgggacacaaacacgaggtcttctgagatgtttgtgagttgcttggt
tacacaaaagatctagctcaacaagcaaagaagcagaggggagaggaagg
gg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_41487999_41489201
seq2: B6Ng01-042A20.b_43_1249 (reverse)

seq1  TGAATGAGGTATTTCATGCTCT-GAAACCA-TGAGCAATATACATCATTC  48
      ||||||||||  |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAGGTTATTCATG-TCTCGAAACCATTGAGCAATATACATCATTC  49

seq1  CTTTCTTCTGCTGTTT-CTAGCACA-GTGATAAGAAAG-CATCTAGCTGA  95
      | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| |||  ||||||
seq2  C-TTCTT-TGCTGTTTCCTAGCACAGGTGATAAGAAAGCCATTAAGCTGA  97

seq1  TGATCCCTTAATAG-CTACG--TTCTTGA-GCTGTAT-GGAGATAGCAGT  140
      |||| ||||||||| |||||  | ||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TGAT-CCTTAATAGTCTACGGTTCCTTGAGGCTGTATGGGAGATAGCAGT  146

seq1  CCTTCAAGTTCAGGCTAACACGATACAAAGAACTGAATGTTAACCATGGT  190
      || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CC-TCCAGTTCAGGCTACCACGATACAAAGAACTGAATGTTAACCAT-GT  194

seq1  GATGTCAAGAAACTCCACCCTAAAACCTTAAAGAAGAAGCTATTAACACA  240
      ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAGAAACTCCCACCTTAAACCTTAAAGAAGAAGCTATTAACACA  244

seq1  GATGGTTAGTCTGTTCATTAGTTTGAACCTCAAGGAGAGGCTTCCATTTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTAGTCTGTTCATTAGTTTGAACCTCAAGGAGAGGCTTCCATTTT  294

seq1  AGATATGAAAGCTCTTCTAGAGTTGGTGTTTTCGTTTTGTTTTGTGTTTT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGAAAGCTCTTCTAGAGTTGGTGTTTTCGTTTTGTTTTGTGTTTT  344

seq1  GGCCATTATGGATGTGTGTGGTTGCTAGTTTGTTTATAGACAGAGCATTG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTATGGATGTGTGTGGTTGCTAGTTTGTTTATAGACAGAGCATTG  394

seq1  CTATGTGTATCAGTCTAGCCTTGAACTTACTTTGTGGCCCCAGCTGGGCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGTATCAGTCTAGCCTTGAACTTACTTTGTGGCCCCAGCTGGGCT  444

seq1  CAAACTTTAGCAATCCCCCTTACGTCAGGCTTTTGGGTGTCTACCCAAGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTAGCAATCCCCCTTACGTCAGGCTTTTGGGTGTCTACCCAAGT  494

seq1  ATATTTATTAAGAACACTCTTTAACGTTTTATATTGGTTTCTAATTAAAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTAAGAACACTCTTTAACGTTTTATATTGGTTTCTAATTAAAC  544

seq1  TCTCAAACTATGAACCAACTCAGGATATAATGAAAGGACAGAGAATGGAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTATGAACCAACTCAGGATATAATGAAAGGACAGAGAATGGAG  594

seq1  TTGTAACCAGCTGTGCAAATCCAACCAAGGGCAGTTGTTTCCAATGATAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACCAGCTGTGCAAATCCAACCAAGGGCAGTTGTTTCCAATGATAA  644

seq1  CTTGAGTGACCTTGACTGAGGGGGTCTCTGATCTCAATTCCAAGTGGTCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTGACCTTGACTGAGGGGGTCTCTGATCTCAATTCCAAGTGGTCA  694

seq1  AGGATGCCCAGCCATCCTTGGGAAACTGACAGTTCCATTCATCAGTAAGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCCCAGCCATCCTTGGGAAACTGACAGTTCCATTCATCAGTAAGT  744

seq1  TAATGCAGCAAGACTGGATCTGCTTGGCCTGTGTGTAGGAAATGATCTTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAGCAAGACTGGATCTGCTTGGCCTGTGTGTAGGAAATGATCTTT  794

seq1  ACCTTGTCCACTTAATGACCACACAGCCCTTTGAGCCAGCAGCTAAACCC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTCCACTTAATGACCACACAGCCCTTTGAGCCAGCAGCTAAACCC  844

seq1  CAGATACAAAAGAAGGATGGCTGTACTCGAGAAGAGATCTTACTGTCAGC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACAAAAGAAGGATGGCTGTACTCGAGAAGAGATCTTACTGTCAGC  894

seq1  CCAACAAATTTTATAGCATCAGTTTCAAGAAACCCTATACATGGTGGGAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAATTTTATAGCATCAGTTTCAAGAAACCCTATACATGGTGGGAT  944

seq1  ACCTTGCCTGGTTCATGACTTCAAACAGACTCCATATGAAAACTCCACCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCCTGGTTCATGACTTCAAACAGACTCCATATGAAAACTCCACCA  994

seq1  TTTTCGGGTTCCACCTTCAGCTGCTCTTTCTGAAAGCAGTATCCCTTGAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCGGGTTCCACCTTCAGCTGCTCTTTCTGAAAGCAGTATCCCTTGAC  1044

seq1  GGCTGTGACTGCATTTCAGCTACAGTCATTCTGCTCTGTCTCTCTGCAGA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGACTGCATTTCAGCTACAGTCATTCTGCTCTGTCTCTCTGCAGA  1094

seq1  CAGGCCCCTTAAAGAGAACTAAGCCTGGACATGGCTTGTGACATATCACC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCCTTAAAGAGAACTAAGCCTGGACATGGCTTGTGACATATCACC  1144

seq1  CAGTCTAATCCTGTAAAGAACAAGCGTCTCATGTGCATATTAAAGAGTAG  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTAATCCTGTAAAGAACAAGCGTCTCATGTGCATATTAAAGAGTAG  1194

seq1  ATGGACTGAATTC  1203
      |||||||||||||
seq2  ATGGACTGAATTC  1207

seq1: chr13_41333976_41335082
seq2: B6Ng01-042A20.g_69_1170

seq1  GAATTCAAAGCTCAAGACCATCCCTCTACTACATAGCAAGCTCTGGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTCAAGACCATCCCTCTACTACATAGCAAGCTCTGGGCTA  50

seq1  GCCTTGGGTAAATGAGATTCCCATCTCAAAAAGAAAAGAACGTGTGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGTAAATGAGATTCCCATCTCAAAAAGAAAAGAACGTGTGTAAG  100

seq1  GGCAGTCAGGGAAGTGGGAGAAGACTCAGTAGATAAAAGGGGAGTATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCAGGGAAGTGGGAGAAGACTCAGTAGATAAAAGGGGAGTATCTG  150

seq1  AGTCGTTCTCCAGTACTCACGTAAAAGAGACAGATAAATATAAAACAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGTTCTCCAGTACTCACGTAAAAGAGACAGATAAATATAAAACAAAC  200

seq1  AAACAAACAAACAAACAAACCTTAGTTCGATGACCTTCTATGCCTTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAACAAACCTTAGTTCGATGACCTTCTATGCCTTTCAA  250

seq1  GGTCGGTCCTTATATTTGCTTTAGGAACCTGACAAGACTGACTAGCCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGTCCTTATATTTGCTTTAGGAACCTGACAAGACTGACTAGCCATC  300

seq1  TCTAGCATTCAGATAGGTGGAACTTCATTGTGCTGAAGTTATGTTTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATTCAGATAGGTGGAACTTCATTGTGCTGAAGTTATGTTTGAGC  350

seq1  ACCCTCTGCTGGACAAATCAGGTAAGTACAGGATTTTTTTTTTTTTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGCTGGACAAATCAGGTAAGTACAGGATTTTTTTTTTTTTTTTT  400

seq1  GGTCTTGTGCCTTTTAAATTCATGCTCCGAAGAAGAGAAGATTTTTATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTGCCTTTTAAATTCATGCTCCGAAGAAGAGAAGATTTTTATCT  450

seq1  CGAATCTACACTAAAAGAAGTCTCCTCTTTAAACAGATGCTCTATGACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATCTACACTAAAAGAAGTCTCCTCTTTAAACAGATGCTCTATGACTA  500

seq1  CCAACAATGTACCAGTGGTATTCGTCTCTTGCAGATCTGGAAGAAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAATGTACCAGTGGTATTCGTCTCTTGCAGATCTGGAAGAAAATGA  550

seq1  AATTTAGGTACATACAGTCACGAACAGATACCTAGATGACACATTTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGGTACATACAGTCACGAACAGATACCTAGATGACACATTTAAAA  600

seq1  CCCTCAAACACAGTGGAGATGAGACCAGCATAATATTAAGCTCTTCTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAAACACAGTGGAGATGAGACCAGCATAATATTAAGCTCTTCTCCC  650

seq1  TCACAAACACCTGTGCTACCCACACTCACAGGCAAAAAAAATATACACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACACCTGTGCTACCCACACTCACAGGCAAAAAAAATATACACAA  700

seq1  CTGCCAGACTGCAATGCCTCCCAATTTATTGGCCAAATCTAGATTCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGACTGCAATGCCTCCCAATTTATTGGCCAAATCTAGATTCTGCT  750

seq1  AGCCCTGTATATTCACTCAGAAAGCCAGGCTTCAGACACACCATGAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGTATATTCACTCAGAAAGCCAGGCTTCAGACACACCATGAGTGA  800

seq1  TGAGAAATCCATTTCATCAGCAGAGGCATCTTGCCTATCTTCAGGAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAATCCATTTCATCAGCAGAGGCATCTTGCCTATCTTCAGGAAGCC  850

seq1  TACAGACTTCCAGGGAAGCAGGGGGGAAATCAAGACGTGTCTGACTATGA  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACTTCCAGGGAAGCA-GGGGGAAATCAAGACGTGTCTGACTATGA  899

seq1  GCTGGGGTAAGGGAAGCCTCCGTGTGAAGATGTGACCTAGTTAGGACAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTAAGGGAAGCCTCCGTGTGAAGATGTGACCTAGTTAGGACAGC  949

seq1  TGCCGGAAAGCAGGACTGGCAAGCTTGGTGGTTTGTACACCGGGCCTTGG  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
seq2  TGCCGGAAAGCAGGACTGGCAAGC-TGGTTGTTTGTACACCGGG-CTTGG  997

seq1  GAGACTTGGGACACAAACACGAGGTCTTCTGAGGATGTTTGTGAGTTGCT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGACTTGGGACACAAACACGAGGTCTTCTGA-GATGTTTGTGAGTTGCT  1046

seq1  GGGTTACACAAAAAGATTCTAGCTCAACAAGCAAAGAAGCGAAGGGGAG-  1099
       |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| 
seq2  TGGTTACAC-AAAAGA-TCTAGCTCAACAAGCAAAGAAGCAGAGGGGAGA  1094

seq1  GGAAGGGG  1107
      ||||||||
seq2  GGAAGGGG  1102