BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046K12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 117,848,760 - 117,998,474
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623312
Upstream geneEG623174, Isl1, EG668276, Gm280, LOC100041169, Parp8, LOC668288
Downstream geneEmb, EG623365, LOC382807, Hcn1, LOC100041695, LOC674926
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046K12.bB6Ng01-046K12.g
ACCDH871752DH871753
length8461,105
definitionDH871752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K12, 5' end.DH871753|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,997,634 - 117,998,474)(117,848,760 - 117,849,910)
sequence
gaattcaccagtgactataagtaaaacgggtaagtcaaaaagccaacaag
ataaattaaagctaagcaagtttccacactagcatctaagatctgtccct
ggagagatgacttgtaagctccactgcccccaccccttaagtgtgggcag
gtcagagagactgtggtgagatatggcaactacatttgatgccttctttt
aataggctggagtcagggtccacaaggaagctgtccttgtgtttgtctgg
aattgaaaaccagtcacactgtgagcaccccgtgggaaaggattgtctct
acagtctggctgtctcagtcctgaaatcaccaggaactgaattctgccaa
gcagtgaactagggatgagatcctaaaacctcaggtcagattgcaggcct
gtaacaccttgaggagaaacccagaaatggcctaaactctggacctatgg
aatctgtcagatcatgtgtttgtgctgtccttagcctcctaaacgtgtgc
tattgtgttcatggagcaatagaaaactaacaggttcccaccacgggatg
ttactctagttacagagaaatgtctctatacctgaacatctaggaatagg
cacggggacaggggcaggggtggtggtggtgatgggttatctacttaatg
caggtctcaacatgtcaaaaaatcaacggcaagttctagggcctccgagc
aaacgtgctatttctaagttgagatctgttgatttgcaacctctgctaag
atatttttgagttacccacaatttttttgaagattcctccatctcccaaa
tgatgagtcacagctggtctcaatcagaggcctgtggaaggggggc
gaattcaataaatgattgaacagagatggaggaagttgcttgttaaggcg
catgagcttcacaagtatttcaatgacctggttttaaaacttggaggtat
aaatagtattattatttcaggactgatctgatatacatattttataaaca
atcttccatatgtagtaaatattttattatacttccaaacaataggatac
aaatttataagtacactctaatctcttttattgtttcctatattattata
catggtatgcaagcacagaaatatatgtgaactttgataagggagagtat
tttcataaaaggcaaaaacacaccctcaaattataagtaaggtataagac
ctacagttgatgaactgtatgaggatgtagctgaatgatagactgtttac
atggagtgaatgaagaggatctggcttcagtgctcagcatcacggataga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagataaaaa
ggagtcggcaaatcgtaagacatgaaatcaactctctttagtgatgacca
tttaaaattcaagtgctacccattcagggaggcatagagaactgcagtgt
caatgagaggtctacagacctgtttccacgtttgtctatgtgaaggaatc
gtttcttttgtaaaagtgattttatgtctttgtatgggtgcttgcatgaa
tttatgtgtaccatgtgtttgcaggtgtcctcagaggtcagaggacactg
gatcccccagagatggagtgacgggaggttgtaaacattagtattggacc
cttgtcttctgaaagagcagtaagtgctcttaactactgagccatttctc
cagccccacaagagtgatgtacatagagactacatagtcttacttgacag
gtgaaagtgagtttaggcagatgccctttatagtatactctcatagattg
tcacttctgccagagaatgctaataacactataaatgatattcaatgcat
tatggcaaaattctccatcaattcaaccctccatcgacttgacattacaa
aattttcatgacgtaatatccttatttacaatcgtcgatgtccactttct
aaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_117997634_117998474
seq2: B6Ng01-046K12.b_44_889 (reverse)

seq1  GCCCCCC-TGCACAGGCCACTGATTGAGACCAGCTGTGACTCATCATCTG  49
      ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCCCCCTTCCACAGGCCTCTGATTGAGACCAGCTGTGACTCATCATTTG  50

seq1  GGAGATGGAGGGATCTTCAAAAAAATTGTGGGTAACTC-AAAATATCTTA  98
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAGATGGAGGAATCTTCAAAAAAATTGTGGGTAACTCAAAAATATCTTA  100

seq1  GCAGAGGTTGCAAATC-ACAGATCTCAACTTAGAAATAGCACGTTTGCTC  147
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGTTGCAAATCAACAGATCTCAACTTAGAAATAGCACGTTTGCTC  150

seq1  GGAGGCCCTAGAACTTGCCGTTGA-TTTTTGACATGTTGAGACCTGCATT  196
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCCTAGAACTTGCCGTTGATTTTTTGACATGTTGAGACCTGCATT  200

seq1  AAGTAGAT-ACCCATCACCACCACCACCCCTGCCCCTGTCCCCGTGCCTA  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGATAACCCATCACCACCACCACCCCTGCCCCTGTCCCCGTGCCTA  250

seq1  TTCCTAGATGTTCAGGTATAGAGACATTTCTCTGTAACTAGAGTAACATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGATGTTCAGGTATAGAGACATTTCTCTGTAACTAGAGTAACATC  300

seq1  CCGTGGTGGGAACCTGTTAGTTTTCTATTGCTCCATGAACACAATAGCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGTGGGAACCTGTTAGTTTTCTATTGCTCCATGAACACAATAGCAC  350

seq1  ACGTTTAGGAGGCTAAGGACAGCACAAACACATGATCTGACAGATTCCAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTAGGAGGCTAAGGACAGCACAAACACATGATCTGACAGATTCCAT  400

seq1  AGGTCCAGAGTTTAGGCCATTTCTGGGTTTCTCCTCAAGGTGTTACAGGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAGAGTTTAGGCCATTTCTGGGTTTCTCCTCAAGGTGTTACAGGC  450

seq1  CTGCAATCTGACCTGAGGTTTTAGGATCTCATCCCTAGTTCACTGCTTGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATCTGACCTGAGGTTTTAGGATCTCATCCCTAGTTCACTGCTTGG  500

seq1  CAGAATTCAGTTCCTGGTGATTTCAGGACTGAGACAGCCAGACTGTAGAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTCAGTTCCTGGTGATTTCAGGACTGAGACAGCCAGACTGTAGAG  550

seq1  ACAATCCTTTCCCACGGGGTGCTCACAGTGTGACTGGTTTTCAATTCCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCCTTTCCCACGGGGTGCTCACAGTGTGACTGGTTTTCAATTCCAG  600

seq1  ACAAACACAAGGACAGCTTCCTTGTGGACCCTGACTCCAGCCTATTAAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACAAGGACAGCTTCCTTGTGGACCCTGACTCCAGCCTATTAAAA  650

seq1  GAAGGCATCAAATGTAGTTGCCATATCTCACCACAGTCTCTCTGACCTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATCAAATGTAGTTGCCATATCTCACCACAGTCTCTCTGACCTGC  700

seq1  CCACACTTAAGGGGTGGGGGCAGTGGAGCTTACAAGTCATCTCTCCAGGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTTAAGGGGTGGGGGCAGTGGAGCTTACAAGTCATCTCTCCAGGG  750

seq1  ACAGATCTTAGATGCTAGTGTGGAAACTTGCTTAGCTTTAATTTATCTTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCTTAGATGCTAGTGTGGAAACTTGCTTAGCTTTAATTTATCTTG  800

seq1  TTGGCTTTTTGACTTACCCGTTTTACTTATAGTCACTGGTGAATTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTTTGACTTACCCGTTTTACTTATAGTCACTGGTGAATTC  846

seq1: chr13_117848760_117849910
seq2: B6Ng01-046K12.g_65_1169

seq1  GAATTCAATAAATGATTGAACAGAGATGGAGGAAGTTGCTTGTTAAGGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAATGATTGAACAGAGATGGAGGAAGTTGCTTGTTAAGGCG  50

seq1  CATGAGCTTCACAAGTATTTCAATGACCTGGTTTTAAAACTTGGAGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCTTCACAAGTATTTCAATGACCTGGTTTTAAAACTTGGAGGTAT  100

seq1  AAATAGTATTATTATTTCAGGACTGATCTGATATACATATTTTATAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTATTATTATTTCAGGACTGATCTGATATACATATTTTATAAACA  150

seq1  ATCTTCCATATGTAGTAAATATTTTATTATACTTCCAAACAATAGGATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCATATGTAGTAAATATTTTATTATACTTCCAAACAATAGGATAC  200

seq1  AAATTTATAAGTACACTCTAATCTCTTTTATTGTTTCCTATATTATTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATAAGTACACTCTAATCTCTTTTATTGTTTCCTATATTATTATA  250

seq1  CATGGTATGCAAGCACAGAAATATATGTGAACTTTGATAAGGGAGAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTATGCAAGCACAGAAATATATGTGAACTTTGATAAGGGAGAGTAT  300

seq1  TTTCATAAAAGGCAAAAACACACCCTCAAATTATAAGTAAGGTATAAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAAAAGGCAAAAACACACCCTCAAATTATAAGTAAGGTATAAGAC  350

seq1  CTACAGTTGATGAACTGTATGAGGATGTAGCTGAATGATAGACTGTTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTTGATGAACTGTATGAGGATGTAGCTGAATGATAGACTGTTTAC  400

seq1  ATGGAGTGAATGAAGAGGATCTGGCTTCAGTGCTCAGCATCACGGATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTGAATGAAGAGGATCTGGCTTCAGTGCTCAGCATCACGGATAGA  450

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAA  500

seq1  GGAGTCGGCAAATCGTAAGACATGAAATCAACTCTCTTTAGTGATGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCGGCAAATCGTAAGACATGAAATCAACTCTCTTTAGTGATGACCA  550

seq1  TTTAAAATTCAAGTGCTACCCATTCAGGGAGGCATAGAGAACTGCAGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCAAGTGCTACCCATTCAGGGAGGCATAGAGAACTGCAGTGT  600

seq1  CAATGAGAGGTCTACAGACCTGTTTCCACGTTTGTCTATGTGAAGGAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGAGGTCTACAGACCTGTTTCCACGTTTGTCTATGTGAAGGAATC  650

seq1  GTTTCTTTTGTAAAAGTGATTTTATGTCTTTGTATGGGTGCTTGCATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTTGTAAAAGTGATTTTATGTCTTTGTATGGGTGCTTGCATGAA  700

seq1  TTTATGTGTACCATGTGTTTGCAGGTGTCCTCAGAGGTCAGAGGACACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGTACCATGTGTTTGCAGGTGTCCTCAGAGGTCAGAGGACACTG  750

seq1  GATCCCCCAGAGATGGAGTGACGGGAGGTTGTAAACATTAGGTATTGGAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATCCCCCAGAGATGGAGTGACGGGAGGTTGTAAACATTA-GTATTGGAC  799

seq1  CCTTGTCTTCTGAAAGAGCAGTAAGTGCTCTTAACTACTGAGCCATTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTCTTCTGAAAGAGCAGTAAGTGCTCTTAACTACTGAGCCATTTCT  849

seq1  CCAGCCCCACAAGGAGTGATGTACATAGAAGACTACATAGTCTTACTTGA  900
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCACAA-GAGTGATGTACATAG-AGACTACATAGTCTTACTTGA  897

seq1  CAGGGTGAAAGGTGAGTTTTAGGCAGAATGCCCCTTTATAGTTATAACTC  950
      || ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||| ||| 
seq2  CA-GGTGAAA-GTGAG-TTTAGGCAG-ATG-CCCTTTATAG-TAT-ACT-  939

seq1  CTCATAGATTGTCACTTCTGCCAAGAGAATATTGCTTAATAACACTATAA  1000
      |||||||||||||||||||||| ||||||   ||| ||||||||||||||
seq2  CTCATAGATTGTCACTTCTGCC-AGAGAA---TGC-TAATAACACTATAA  984

seq1  ATGATAATTTCAATGCATTAATGGCATAAATATTCTCCATCCAATTTCAA  1050
      ||||||  ||||||||||| |||||   || ||||||||||  | |||||
seq2  ATGATA--TTCAATGCATT-ATGGC---AAAATTCTCCATC--AATTCAA  1026

seq1  CCCATCATATTCTGACTTTGACATTTACAAAAATTTTTCATGACCGTTAA  1100
      |||  |||     ||| |||||| ||||||||  ||||||||| |||  |
seq2  CCCTCCAT----CGAC-TTGACA-TTACAAAA--TTTTCATGA-CGT--A  1065

seq1  ATCATCCATTATTTTACAAAATCATTCGATGTCCACATTTTCTTTTAAAA  1150
      || |||| ||||||   | ||||  |||||||||||  ||||   |||||
seq2  AT-ATCC-TTATTT---ACAATC-GTCGATGTCCAC--TTTC---TAAAA  1104

seq1  A  1151
      |
seq2  A  1105