BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047M18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,772,164 - 105,903,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRgs7bp, 4933425L06Rik
Upstream geneNln, Sgtb, 2410002O22Rik, LOC100040518, Trim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik, EG238836
Downstream geneLOC100040646, LOC100040656, Rnf180, Htr1a, EG668025
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047M18.bB6Ng01-047M18.g
ACCDH872557DH872558
length1,0221,069
definitionDH872557|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047M18, 5' end.DH872558|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,902,695 - 105,903,671)(105,772,164 - 105,773,258)
sequence
gaattccacacccctaagccccttaccccataaaaacccctagcttccga
gcctcgtggccgacatccattatctcctgtgtgggatacatgttggcctg
gagctccgtcattaaactacctcatgtaattacatcaaggccttttcatg
attctttgggtgcccgccgaatcggaaattgagtgggggcttccccacta
ggttctatcaatagatgggtgagtgctattacccacatatgggggtgttg
ctcagcaataaatagaaataaatacgggtgcatactacaacgtggatgaa
ccttgaaagcatgctcagtgaaagaagttcttaaaggggtcgcattacag
gaatggctcctataactggcataccaggtaaccagggagattaaaggagc
ccatgcttgcctagagctgaggctgaggggaagtaactggcagtcccttt
gcagagtgatgaaatgttcctgaattgattctgacaataactgtacaacc
ctgaaaagctaggaaacaactgtacagattcactggctgaatcatatggt
atgttaatgttccgatacatattttaaccaaatttgacatagaaatttat
gaaagcatgaagtgtttctctgacttctttctccagaggatttctttcat
attttttcagcttatatttcttggcactgtggtagcctaggtgtgatatg
acaatacctagattgtaatgttctcagatacttgatttaaggctataaca
caaaggagaagcacctaagtctactcacttagcctcatctagctaagaat
tctagtgagatctggatatggaagctaaacagcaaagcactactttattt
tttaaataatctgaaggaagttcaaagtgggttaggtacttaaatactaa
aataagtagtgcataaatatacttgcatatcactaaagtatactgatctt
acttttacatgcatatctgtcactctcagatcttagtaaaatagtgagag
atctttaaactatgctacattt
gaattcagtccatggacaggccttagttgcttaagccatccagtgcaatt
ccagccctccatgactcagggaaaaaggggttcctgttagaatgaagcct
gagtcttttgttttacaattggaagaactttcccttccattatgagtcca
aatggtgtatgtcgatgatgaccagggctgtggtagtcagtttgctgacg
tgggggaaggaaccttgagaggacactcgatacctcaaagagagccccac
tttgaatgagactcctatgtatgatcaagccacttggaagctgaagctgc
aagatacttccattgctgaagtcactctattccatttatagtttaaggca
ggcagtgcgattcaccacactgctcatgcctccctataatccattgagtt
ccctcctgtttggaagtcactgggacacagtctgcaatttacctccttac
aatatttcatttagagaaactgggctcttggagaagagttactactctac
ccagatccttgcatatctttgcagcctttgtagattccagtgaaagtcac
attcacaaggcagtgaaatgatccatgggaggacaatttctaccaccgtt
tcaatccttatgctctgagaaagcagtgatgtgggctttaaaaaattttt
ttttatcaattcacatatcctgcctttttgaagatttaaactctccttct
gcttgtgtgcccgggcctgtacttggcacaaggtcagctttgcttactct
ttctctgtttctggcatcctattggtatgtaccttttcgatgaactgaag
agaccccagcagacaaatggacttcagcatctctgtgggtgtacatctct
aggcaacactgcagctggatgtaaagccggcagatttcgggatggatttc
acatctcgggctgcagtagacgaagagaaaagctgtggacagtctcagat
cagtgtcagcatttgtctcagctctgagaagagaaacgctcataaaaaaa
tccctaaagctgagtctgaaacccaggttcatgcttcagcagtaacaacc
ccctgagattctatgtaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105902695_105903671
seq2: B6Ng01-047M18.b_106_1065 (reverse)

seq1  AAATGTAAGCATAGTTTAAAAGAATCTCTCACTATTTTTACTAAAGGATC  50
      |||||| |||||||||||||   ||||||||||| |||||||||  ||||
seq2  AAATGT-AGCATAGTTTAAA--GATCTCTCACTA-TTTTACTAA--GATC  44

seq1  TTGAGAGTGACAAGATATTGGCATGTAAAAAGTAAGAATCAGTATTACTT  100
       |||||||||| ||||||  |||||| ||||||||| ||||||| ||| |
seq2  -TGAGAGTGAC-AGATAT--GCATGT-AAAAGTAAG-ATCAGTA-TAC-T  86

seq1  TTAGTGATATGCAAGTATATTTATGCACTACTTAATTTTAGTATTTAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAGTGATATGCAAGTATATTTATGCACTACTT-ATTTTAGTATTTAAGT  135

seq1  ACCTAAACCCACCTTTGAACTTCCTTCAGATTATTTAAAAAATAAAGTAG  200
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCT-AACCCA-CTTTGAACTTCCTTCAGATTATTTAAAAAATAAAGTAG  183

seq1  TGCTTTGCTGTTTAGCTTCCATATCCAGATCTCACTAGAATTCTTAGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCTGTTTAGCTTCCATATCCAGATCTCACTAGAATTCTTAGCTA  233

seq1  GATGAGGCTAAGTGAGTAGACTTAGGTGCTTCTCCTTTGTGTTATAGCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGCTAAGTGAGTAGACTTAGGTGCTTCTCCTTTGTGTTATAGCCT  283

seq1  TAAATCAAGTATCTGAGAACATTACAATCTAGGTATTGTCATATCACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAAGTATCTGAGAACATTACAATCTAGGTATTGTCATATCACACC  333

seq1  TAGGCTACCACAGTGCCAAGAAATATAAGCTGAAAAAATATGAAAGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTACCACAGTGCCAAGAAATATAAGCTGAAAAAATATGAAAGAAAT  383

seq1  CCTCTGGAGAAAGAAGTCAGAGAAACACTTCATGCTTTCATAAATTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAGAAAGAAGTCAGAGAAACACTTCATGCTTTCATAAATTTCTA  433

seq1  TGTCAAATTTGGTTAAAATATGTATCGGAACATTAACATACCATATGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAATTTGGTTAAAATATGTATCGGAACATTAACATACCATATGATT  483

seq1  CAGCCAGTGAATCTGTACAGTTGTTTCCTAGCTTTTCAGGGTTGTACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTGAATCTGTACAGTTGTTTCCTAGCTTTTCAGGGTTGTACAGT  533

seq1  TATTGTCAGAATCAATTCAGGAACATTTCATCACTCTGCAAAGGGACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCAGAATCAATTCAGGAACATTTCATCACTCTGCAAAGGGACTGC  583

seq1  CAGTTACTTCCCCTCAGCCTCAGCTCTAGGCAAGCATGGGCTCCTTTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACTTCCCCTCAGCCTCAGCTCTAGGCAAGCATGGGCTCCTTTAAT  633

seq1  CTCCCTGGTTACCTGGTATGCCAGTTATAGGAGCCATTCCTGTAATGCGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGGTTACCTGGTATGCCAGTTATAGGAGCCATTCCTGTAATGCGA  683

seq1  CCCCTTTAAGAACTTCTTTCACTGAGCATGCTTTCAAGGTTCATCCACGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTAAGAACTTCTTTCACTGAGCATGCTTTCAAGGTTCATCCACGT  733

seq1  TGTAGTATGCACCCGTATTTATTTCTATTTATTGCTGAGCAACACCCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATGCACCCGTATTTATTTCTATTTATTGCTGAGCAACACCCCCA  783

seq1  TATGTGGGTAATAGCACTCACCCATCTATTGATAGAACCTAGTGGGGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGTAATAGCACTCACCCATCTATTGATAGAACCTAGTGGGGAAG  833

seq1  CCCCCACTCAATTTCCGATTCGGCGGGCACCCAAAGAATCATGAAAAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACTCAATTTCCGATTCGGCGGGCACCCAAAGAATCATGAAAAGGC  883

seq1  CTTGATGTAATTACATGAGGTAGTTTAATGACGGAGCTCCAGGCCAACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGTAATTACATGAGGTAGTTTAATGACGGAGCTCCAGGCCAACAT  933

seq1  GTATCCCACACAGGAGATAATGGATGT  977
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCCACACAGGAGATAATGGATGT  960

seq1: chr13_105772164_105773258
seq2: B6Ng01-047M18.g_68_1136

seq1  GAATTCAGTCCATGGACAGGCCTTAGTTGCTTAAGCCATCCAGTGCAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCATGGACAGGCCTTAGTTGCTTAAGCCATCCAGTGCAATT  50

seq1  CCAGCCCTCCATGACTCAGGGAAAAAGGGGTTCCTGTTAGAATGAAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTCCATGACTCAGGGAAAAAGGGGTTCCTGTTAGAATGAAGCCT  100

seq1  GAGTCTTTTGTTTTACAATTGGAAGAACTTTCCCTTCCATTATGAGTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTTTGTTTTACAATTGGAAGAACTTTCCCTTCCATTATGAGTCCA  150

seq1  AATGGTGTATGTCGATGATGACCAGGGCTGTGGTAGTCAGTTTGCTGACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGTATGTCGATGATGACCAGGGCTGTGGTAGTCAGTTTGCTGACG  200

seq1  TGGGGGAAGGAACCTTGAGAGGACACTCGATACCTCAAAGAGAGCCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAAGGAACCTTGAGAGGACACTCGATACCTCAAAGAGAGCCCCAC  250

seq1  TTTGAATGAGACTCCTATGTATGATCAAGCCACTTGGAAGCTGAAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGAGACTCCTATGTATGATCAAGCCACTTGGAAGCTGAAGCTGC  300

seq1  AAGATACTTCCATTGCTGAAGTCACTCTATTCCATTTATAGTTTAAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACTTCCATTGCTGAAGTCACTCTATTCCATTTATAGTTTAAGGCA  350

seq1  GGCAGTGCGATTCACCACACTGCTCATGCCTCCCTATAATCCATTGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGCGATTCACCACACTGCTCATGCCTCCCTATAATCCATTGAGTT  400

seq1  CCCTCCTGTTTGGAAGTCACTGGGACACAGTCTGCAATTTACCTCCTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGTTTGGAAGTCACTGGGACACAGTCTGCAATTTACCTCCTTAC  450

seq1  AATATTTCATTTAGAGAAACTGGGCTCTTGGAGAAGAGTTACTACTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCATTTAGAGAAACTGGGCTCTTGGAGAAGAGTTACTACTCTAC  500

seq1  CCAGATCCTTGCATATCTTTGCAGCCTTTGTAGATTCCAGTGAAAGTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCCTTGCATATCTTTGCAGCCTTTGTAGATTCCAGTGAAAGTCAC  550

seq1  ATTCACAAGGCAGTGAAATGATCCATGGGAGGACAATTTCTACCACCGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAAGGCAGTGAAATGATCCATGGGAGGACAATTTCTACCACCGTT  600

seq1  TCAATCCTTATGCTCTGAGAAAGCAGTGATGTGGGCTTTAAAAAATTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCTTATGCTCTGAGAAAGCAGTGATGTGGGCTTTAAAAAATTTTT  650

seq1  TTTTATCAATTCACATATCCTGCCTTTTTGAAGATTTAAACTCTCCTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCAATTCACATATCCTGCCTTTTTGAAGATTTAAACTCTCCTTCT  700

seq1  GCTTGTGTGCCCGGGCCTGTACTTGGCACAAGGTCAGCTTTGCTTACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGTGCCCGGGCCTGTACTTGGCACAAGGTCAGCTTTGCTTACTCT  750

seq1  TTCTCTGTTTCTGGCATCCTATTGGTATGTACCTTTTCGATGAAACTGAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCTCTGTTTCTGGCATCCTATTGGTATGTACCTTTTCGATG-AACTGAA  799

seq1  GAGACCCCAGCAGACAAATGGACTTCAGCATCTCTGT-GGTGTACATCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAGACCCCAGCAGACAAATGGACTTCAGCATCTCTGTGGGTGTACATCTC  849

seq1  TAGGCAACACTGCAGCTGGATGTAAAGCCGGCAGATTTCGGGATGGATCT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGGCAACACTGCAGCTGGATGTAAAGCCGGCAGATTTCGGGATGGATTT  899

seq1  CACCATCTTCCGGGCTGCAGTAGAACGAAAGAGAAAAAGCTGTGGACAGT  949
      || |||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CA-CATCT--CGGGCTGCAGTAG-ACG-AAGAG-AAAAGCTGTGGACAGT  943

seq1  CTCAGGATTCAGTTGTCAGCCATTTGTCTCAGCTCTGAGAAGAGAAAACG  999
      |||||   |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCAG--ATCAG-TGTCAG-CATTTGTCTCAGCTCTGAGAAGAG-AAACG  988

seq1  CTCAATAAAAAAAAATCCCTTAAAGCCTAGAGTCTGAAACACAGGGTTTC  1049
      |||   | ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||  |||
seq2  CTC---ATAAAAAAATCCC-TAAAGC--TGAGTCTGAAACCCAGG--TTC  1030

seq1  ATGCTTTCAAGCAAGTAACCAACCCCCCTGATGATTCTTATGTAAG  1095
      ||||||   ||| ||||||  | |||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATGCTT--CAGC-AGTAAC--AACCCCCTGA-GATTC-TATGTAAG  1069