BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,188,036 - 35,332,309
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Downstream geneCdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049C15.bB6Ng01-049C15.g
ACCDH873505DH873506
length1,0141,080
definitionDH873505|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C15, 5' end.DH873506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,331,278 - 35,332,309)(35,188,036 - 35,189,138)
sequence
gaattccatcaaaaaatatcaaaaatggtgccagggtccagtactctgaa
gggaagcaagctaccctgtctacagccataccattatgaacacactggat
ctcatcagaatgaaaggaaccatcttggaatgctcttagtgtgactatga
ctcctgttcatgtctctgggcacatcagtgcataaatcttagaatcccag
cagtgcaaatagatgagatagaccttattagtccattttaccattgggca
ctgtggaaatattgaactcctacccactgtcccagaaagtacccagacac
tggtagccaaatcaatacaccttaccttagttatcagacgagtgagtttt
tacttgacctttagctcagatactaaatgattattagggtttgaatttga
aatgtctccaggagctcatttataaagggctgctttcaagatgttggcac
tattttcagaactgtggaaaccctagaagatagggttctactgtcaagaa
tagagcagagcctttgaaggttgtactgtcctagttcctatcggcatcat
agtctcctatgatgtgaacaagggctcccacactctcctgctaccatgaa
cacaatgttccaccatgtcttccttgccataatggtctgaaaccttctaa
taccatgagcccaaataaatctctcctcttttatgttgtttctgtcaaga
attgaggtcatgtcagaatgtaactagtatggtgacagggaggttagaaa
ccatcagtctccatgataagtgtcctggtgggcatttcaatcagatgaac
actcagagtctgggtaatgaataacctagtcagccacagcagtactctgc
tcactgcctgtcagagagatggggaagtatacttcaactctacccaggtc
tctgacacatcatcctctgcccattctctccactgtcatctccacttctg
ttcccatgtatttccattacagtcatgacctgtctagttcctcctcagaa
tgggcagagcttga
gaattcaaatcttggagcccatgagcctttctgatgaacacaagaagctt
tgaagtcctccatgaaccatccagagtacaggctctagactaggatgttt
cagggtattattgggtcacagaagagctacctcactcacagatctatttt
cctccacccccatcttaatgtctgccctagtaacagtcatcactcttcca
cacacaccctgacaccctgatgtgactcaagctctcaccttctgaatgtc
ttctatcttctatccttactacatgctagtcattttaaagagacatttta
aatccgatcctttctgggaagcctttctgagtcattcccacagacatcca
tctttcctctgaacttcgtaacagcacctatcacctaatttccctttgag
cagcagattctggcttgtaatgttaatgttattttcagaagactcttcaa
cttcctaaaagggtcttctacatagcccttggctagcttgcagacagcat
gtccaaagatgtctgtccatagcttcaatggatgactgcagcacatcctt
gttccttaaagaatgcatctgttggcatgcatacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagaggcagacagagagagacagagagagacagagagacag
agaggaagagaggaagagacagacagagacagagagacagacagagacaa
agggagacagagctgcagcagcagcaacctgtgaggcttcaggttatgat
gtttttgttgcttctcatcttgggctgtcagatgtaccacaacatttcaa
gaacttaattattttcttttctctaaaaaaaaaatctatagtggctagta
acttataaatgtagtaatgattagagtgagctacaggtattgttctgcag
cagctttaacaacaataaatttcctggtctgttcttattggatttccact
gtgggatgatttggatctcattggaatgtaactgtttatagagggctcca
aagccttaagacgaaaagtggacctggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35331278_35332309
seq2: B6Ng01-049C15.b_41_1054 (reverse)

seq1  TCAAGCTCTGCCCATTCTGAGTGAGGAACTAAGACAGGTCATTGACTGTA  50
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TCAAGCTCTGCCCATTCTGAG-GAGGAACT-AGACAGGTCA-TGACTGTA  47

seq1  ATGAGAAATACATGGGGAACAGAAGTGGGAGATGACAGTGGAGGAGGAAT  100
      ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||   ||||
seq2  ATG-GAAATACAT-GGGAACAGAAGT-GGAGATGACAGTGGAG--AGAAT  92

seq1  GGGGCAGAGGATTGATGTGTCAAGAGACCTGGGTAGAGGTTGGAAGTAAT  150
       |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  | ||||| ||
seq2  -GGGCAGAGGA-TGATGTGTC-AGAGACCTGGGTAGAG--TTGAAGT-AT  136

seq1  ACCTTCCCCATCCTCTCTGACAGGCAGTGAGCAGAGTACTGCTGTGGCTG  200
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTTCCCCAT-CTCTCTGACAGGCAGTGAGCAGAGTACTGCTGTGGCTG  184

seq1  ACTAGGTTATTCATTACCCAGACTCCTGAGTGTTCATCTGATTGAAATGC  250
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTTATTCATTACCCAGACT-CTGAGTGTTCATCTGATTGAAATGC  233

seq1  CCACCAGGACACTTATCATGGAGACCTGATGGTTTCTAACCTCCCTGTCA  300
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGACACTTATCATGGAGA-CTGATGGTTTCTAACCTCCCTGTCA  282

seq1  CCATACTAGTTACATTCTGACATGACCTCAATTCTTGACAGAAACAACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTAGTTACATTCTGACATGACCTCAATTCTTGACAGAAACAACAT  332

seq1  AAAAGAGGAGAGATTTATTTGGGCTCATGGTATTAGAAGGTTTCAGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGAGAGATTTATTTGGGCTCATGGTATTAGAAGGTTTCAGACCA  382

seq1  TTATGGCAAGGAAGACATGGTGGAACATTGTGTTCATGGTAGCAGGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCAAGGAAGACATGGTGGAACATTGTGTTCATGGTAGCAGGAGAG  432

seq1  TGTGGGAGCCCTTGTTCACATCATAGGAGACTATGATGCCGATAGGAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAGCCCTTGTTCACATCATAGGAGACTATGATGCCGATAGGAACT  482

seq1  AGGACAGTACAACCTTCAAAGGCTCTGCTCTATTCTTGACAGTAGAACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTACAACCTTCAAAGGCTCTGCTCTATTCTTGACAGTAGAACCC  532

seq1  TATCTTCTAGGGTTTCCACAGTTCTGAAAATAGTGCCAACATCTTGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCTAGGGTTTCCACAGTTCTGAAAATAGTGCCAACATCTTGAAAG  582

seq1  CAGCCCTTTATAAATGAGCTCCTGGAGACATTTCAAATTCAAACCCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTTTATAAATGAGCTCCTGGAGACATTTCAAATTCAAACCCTAAT  632

seq1  AATCATTTAGTATCTGAGCTAAAGGTCAAGTAAAAACTCACTCGTCTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTTAGTATCTGAGCTAAAGGTCAAGTAAAAACTCACTCGTCTGAT  682

seq1  AACTAAGGTAAGGTGTATTGATTTGGCTACCAGTGTCTGGGTACTTTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGGTAAGGTGTATTGATTTGGCTACCAGTGTCTGGGTACTTTCTG  732

seq1  GGACAGTGGGTAGGAGTTCAATATTTCCACAGTGCCCAATGGTAAAATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGGGTAGGAGTTCAATATTTCCACAGTGCCCAATGGTAAAATGG  782

seq1  ACTAATAAGGTCTATCTCATCTATTTGCACTGCTGGGATTCTAAGATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAAGGTCTATCTCATCTATTTGCACTGCTGGGATTCTAAGATTTA  832

seq1  TGCACTGATGTGCCCAGAGACATGAACAGGAGTCATAGTCACACTAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGATGTGCCCAGAGACATGAACAGGAGTCATAGTCACACTAAGAG  882

seq1  CATTCCAAGATGGTTCCTTTCATTCTGATGAGATCCAGTGTGTTCATAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAAGATGGTTCCTTTCATTCTGATGAGATCCAGTGTGTTCATAAT  932

seq1  GGTATGGCTGTAGACAGGGTAGCTTGCTTCCCTTCAGAGTACTGGACCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGCTGTAGACAGGGTAGCTTGCTTCCCTTCAGAGTACTGGACCCT  982

seq1  GGCACCATTTTTGATATTTTTTGATGGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCATTTTTGATATTTTTTGATGGAATTC  1014

seq1: chr13_35188036_35189138
seq2: B6Ng01-049C15.g_67_1146

seq1  GAATTCAAATCTTGGAGCCCATGAGCCTTTCTGATGAACACAAGAAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCTTGGAGCCCATGAGCCTTTCTGATGAACACAAGAAGCTT  50

seq1  TGAAGTCCTCCATGAACCATCCAGAGTACAGGCTCTAGACTAGGATGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCCTCCATGAACCATCCAGAGTACAGGCTCTAGACTAGGATGTTT  100

seq1  CAGGGTATTATTGGGTCACAGAAGAGCTACCTCACTCACAGATCTATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTATTATTGGGTCACAGAAGAGCTACCTCACTCACAGATCTATTTT  150

seq1  CCTCCACCCCCATCTTAATGTCTGCCCTAGTAACAGTCATCACTCTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACCCCCATCTTAATGTCTGCCCTAGTAACAGTCATCACTCTTCCA  200

seq1  CACACACCCTGACACCCTGATGTGACTCAAGCTCTCACCTTCTGAATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCCTGACACCCTGATGTGACTCAAGCTCTCACCTTCTGAATGTC  250

seq1  TTCTATCTTCTATCCTTACTACATGCTAGTCATTTTAAAGAGACATTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTTCTATCCTTACTACATGCTAGTCATTTTAAAGAGACATTTTA  300

seq1  AATCCGATCCTTTCTGGGAAGCCTTTCTGAGTCATTCCCACAGACATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCGATCCTTTCTGGGAAGCCTTTCTGAGTCATTCCCACAGACATCCA  350

seq1  TCTTTCCTCTGAACTTCGTAACAGCACCTATCACCTAATTTCCCTTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCTGAACTTCGTAACAGCACCTATCACCTAATTTCCCTTTGAG  400

seq1  CAGCAGATTCTGGCTTGTAATGTTAATGTTATTTTCAGAAGACTCTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATTCTGGCTTGTAATGTTAATGTTATTTTCAGAAGACTCTTCAA  450

seq1  CTTCCTAAAAGGGTCTTCTACATAGCCCTTGGCTAGCTTGCAGACAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAAAAGGGTCTTCTACATAGCCCTTGGCTAGCTTGCAGACAGCAT  500

seq1  GTCCAAAGATGTCTGTCCATAGCTTCAATGGATGACTGCAGCACATCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAGATGTCTGTCCATAGCTTCAATGGATGACTGCAGCACATCCTT  550

seq1  GTTCCTTAAAGAATGCATCTGTTGGCATGCATACACACACACACACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTAAAGAATGCATCTGTTGGCATGCATACACACACACACACACAC  600

seq1  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  650

seq1  AGAGAGAGAGAGAGGCAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGGCAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGACAG  700

seq1  AGAGGAAGAGAGGAAGAGACAGACAGAGACAGAGAGACAGACAGAGACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAGAGGAAGAGACAGACAGAGACAGAGAGACAGACAGAGACAA  750

seq1  AGGGAGACAGAGCTGCAGCAGCAGCAACCTGTGAGGCTTCAGGTTATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACAGAGCTGCAGCAGCAGCAACCTGTGAGGCTTCAGGTTATGAT  800

seq1  GTTTTTGTTGCTTCTCATCTTGGGCTGTCAGATGTACCACAACATTTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTTGCTTCTCATCTTGGGCTGTCAGATGTACCACAACATTTCAA  850

seq1  GAACTTAATTATTTTCTTTTCTCCTAAAAAAAAAAATCTATAGTGGCTAG  900
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAATTATTTTCTTTTCTC--TAAAAAAAAAATCTATAGTGGCTAG  898

seq1  TAACTTATAAAATGTAGTAAATGATTAGAAGTGAGCTACAGGTAATTGTT  950
      |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TAACTTAT-AAATGTAGT-AATGATTAG-AGTGAGCTACAGGT-ATTGTT  944

seq1  CTGCAGCAAGCTTTAAACAAACACATAAATTTCCATGTCTGTTCTTATTG  1000
      ||||||| ||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||||||
seq2  CTGCAGC-AGCTTTAA--CAACA-ATAAATTTCCTGGTCTGTTCTTATTG  990

seq1  GATTTTCCAACCTGTTGGGATTGATTTGGGATCTCATTGAAATGTAAACT  1050
      || ||||||  ||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||
seq2  GA-TTTCCA--CTG-TGGGA-TGATTT-GGATCTCATTGGAATGT-AACT  1033

seq1  GTTTAATAGAGTGGCTTCCAAAGCTTTTAAGGACAGAAAAGTGGACCTGG  1100
      |||| |||||| ||| |||||||| ||  | ||| |||||||||||||||
seq2  GTTT-ATAGAG-GGC-TCCAAAGCCTT--AAGAC-GAAAAGTGGACCTGG  1077

seq1  TGA  1103
      |||
seq2  TGA  1080