BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049P17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 101,828,894 - 101,997,405
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBdp1, Serf1, Smn1, Naip2, Birc1-rs1, Naip5, Birc1c-ps1, Birc1f, EG667838, Naip1, Gtf2h2, Ocln, LOC667861, Marveld2, Rad17, Taf9, Ccdc125, Cdk7, Mrps36, Cenph, Ccnb1, Slc30a5, LOC619865, LOC619917, EG619937
Downstream gene4933416M06Rik, LOC100039971, LOC100039983, Pik3r1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049P17.bB6Ng01-049P17.g
ACCDH874074DH874075
length1,048978
definitionDH874074|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049P17, 5' end.DH874075|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049P17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,828,894 - 101,829,969)(101,996,403 - 101,997,405)
sequence
gaattcttcactactccatgcgcttgtcactctgatagagtcaaggccca
cagttgctatacatttgatcagtgtatttatcaaggtaaagctttcttgg
acacccatagcactttctccttgaatctgtctatgctgatgttaagttgc
tgctttgatgccttcttgtttgtgtctgcgcagcgttgtccatgtgagtt
ggctgccagtgttgattcaacattggttctaatcgtcccaagggcaaaag
gacatgcagaagctcgagctccttgtagaacgtggcacaatatttacata
taattacacatccttccacataccttgttacccctagatcacttaaaata
tccaatataaagttaatgttatataaatagttgttttgtgctattgttag
gaaataatgtcaagaaagaaaaagcctgtatgtagtcaggacagacagtt
ttgtatttgaatattttccacccttggtggaactcatggatgagagactc
atacatatgcagagttgactgtgctatcatctgcatggcttctactcaat
tttaatattgttgtaatagaaaacctgtttgtgcatttattttgtacagt
gtgatattttgaaatatgtgtacattatggaatgtctaaaaagaacaaat
tgacatacatcttacctcacacactgctttttgtgttaggaaagtcgagt
ggcttataaacaacagaattttatttctaatagtctggaggttgataagt
ccattatccatattaaactggcagatttaatgtctggtgaggcctgttta
tgggttcctagagggttgtctttctgttatgttctcacatgacagcagga
caaatgaaatccctcaggcatctttttgtagggcactaatctcattcatg
aggccctatcttcataatatcactccaaagtcatctctaccaatgacatc
actaggtgtagattcatttacgagtataggcaaacaaacatccaactcaa
tagtagcctattttaattttaaattattccttgaaataatatatctat
gaattctttggcatttaggacaagcttggaactgcatactcatccctcct
caaggattaaggagctaccagtgttctcagcctctccaatataaggacat
tcattgctggactacctattttgtattgtgtaaatcgatctaacaaatct
ccttttttatatgttaattttatcaatgcagtttttctaaagaaccctga
caaatacaccacataacagtctctcctgtagagcttgggcatccccccca
caggggtacacacatcaactcagaagtcgccatgtgatcaaggctctgaa
ccatgattcctgttgctgctggtctccactcttatcatcataaaaactcc
ctaagcatccctcagactcctcaggaattccattgagaagcttcgttgtc
tctttctggcgatactgactgagtttcctctgttccaccactccctacat
gtcagtactgctgcccgtctttgcttttttatttcctcagaagacagggg
gtctctggcaaatagttggagcattcatctttgtatcattgagacataga
aaatattaaatgtggttgtatattccatgtgtaggaacagcagatgtgtt
ttaataagttggtgggaggagccaggaatgagtcacacagagaagcgagg
tgtttaaaagcagccatatgtcagaaaagtgtggccttggtgacaacatt
ggtacccatcgttcatcatgagccttaatggactggagagtatattgtgt
gcccattcaaagcagcaaacttgcttttagggtcaacaaccagaaactct
cccataggtaacttcagaaggagcatagatatagatccctggtcagcttt
cattaaatcaactggtacattgagcagttcctctcgcacatgtgtgtctg
tgtgactctacacataatacatatcactgtgatttctatgggactctgta
gtcagatgctagaagatgggggggcgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_101828894_101829969
seq2: B6Ng01-049P17.b_45_1092

seq1  GAATTCTTCACTACTCCATGCGCTTGTCACTCTGATAGAGTCAAGGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTACTCCATGCGCTTGTCACTCTGATAGAGTCAAGGCCCA  50

seq1  CAGTTGCTATACATTTGATCAGTGTATTTATCAAGGTAAAGCTTTCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCTATACATTTGATCAGTGTATTTATCAAGGTAAAGCTTTCTTGG  100

seq1  ACACCCATAGCACTTTCTCCTTGAATCTGTCTATGCTGATGTTAAGTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATAGCACTTTCTCCTTGAATCTGTCTATGCTGATGTTAAGTTGC  150

seq1  TGCTTTGATGCCTTCTTGTTTGTGTCTGCGCAGCGTTGTCCATGTGAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGATGCCTTCTTGTTTGTGTCTGCGCAGCGTTGTCCATGTGAGTT  200

seq1  GGCTGCCAGTGTTGATTCAACATTGGTTCTAATCGTCCCAAGGGCAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCAGTGTTGATTCAACATTGGTTCTAATCGTCCCAAGGGCAAAAG  250

seq1  GACATGCAGAAGCTCGAGCTCCTTGTAGAACGTGGCACAATATTTACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCAGAAGCTCGAGCTCCTTGTAGAACGTGGCACAATATTTACATA  300

seq1  TAATTACACATCCTTCCACATACCTTGTTACCCCTAGATCACTTAAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTACACATCCTTCCACATACCTTGTTACCCCTAGATCACTTAAAATA  350

seq1  TCCAATATAAAGTTAATGTTATATAAATAGTTGTTTTGTGCTATTGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATATAAAGTTAATGTTATATAAATAGTTGTTTTGTGCTATTGTTAG  400

seq1  GAAATAATGTCAAGAAAGAAAAAGCCTGTATGTAGTCAGGACAGACAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATGTCAAGAAAGAAAAAGCCTGTATGTAGTCAGGACAGACAGTT  450

seq1  TTGTATTTGAATATTTTCCACCCTTGGTGGAACTCATGGATGAGAGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTGAATATTTTCCACCCTTGGTGGAACTCATGGATGAGAGACTC  500

seq1  ATACATATGCAGAGTTGACTGTGCTATCATCTGCATGGCTTCTACTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATGCAGAGTTGACTGTGCTATCATCTGCATGGCTTCTACTCAAT  550

seq1  TTTAATATTGTTGTAATAGAAAACCTGTTTGTGCATTTATTTTGTACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTGTTGTAATAGAAAACCTGTTTGTGCATTTATTTTGTACAGT  600

seq1  GTGATATTTTGAAATATGTGTACATTATGGAATGTCTAAAAAGAACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATTTTGAAATATGTGTACATTATGGAATGTCTAAAAAGAACAAAT  650

seq1  TGACATACATCTTACCTCACACACTGCTTTTTGTGTTAGGAAAGTCGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATACATCTTACCTCACACACTGCTTTTTGTGTTAGGAAAGTCGAGT  700

seq1  GGCTTATAAACAACAGAATTTTATTTCTAATAGTCTGGAGGTTGATAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATAAACAACAGAATTTTATTTCTAATAGTCTGGAGGTTGATAAGT  750

seq1  CCATTATCCATATTAAACTGGCAGATTTAATGTCTGGTGAGGCCTGTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATCCATATTAAACTGGCAGATTTAATGTCTGGTGAGGCCTGTTTA  800

seq1  TGGGTTCCTAGAGGGTTGTCTTTCTGTTATGTTCTCACATGACAGCAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGGTTCCTAGAGGGTTGTCTTTCTGTTATGTTCTCACATGACAGCA-GG  849

seq1  ACAAATGAAATCCCTCAGGCATC-TTTTGTAGGGCACTAATCTCATTCAT  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGAAATCCCTCAGGCATCTTTTTGTAGGGCACTAATCTCATTCAT  899

seq1  GAGGGCCCTATCTTCATTAATAATCACCTCCCAAAGTCATCTCTACCCAA  949
      || ||||||||||||| |||| |||||   ||||||||||||||| ||||
seq2  GA-GGCCCTATCTTCA-TAAT-ATCAC--TCCAAAGTCATCTCTA-CCAA  943

seq1  TGACATCACTAGGGTGTTAGGATTTCATTTTACGAGTTATTAGGGCCATA  999
      ||||||||||| |||| |||   |||| |||||||||   ||||  || |
seq2  TGACATCACTA-GGTG-TAG--ATTCA-TTTACGAGT--ATAGG--CAAA  984

seq1  CAAACATTCAGACCTCAAATTAGGGTAGCTCTATTTTTAAATTTTTAAAT  1049
      ||||||| |  | |||||  ||  ||||| |||||||  ||||||   | 
seq2  CAAACATCC--AACTCAA--TA--GTAGC-CTATTTT--AATTTT---AA  1022

seq1  ATTATCTCTTGTAAATAATATATCTAT  1076
      |||||  |||| |||||||||||||||
seq2  ATTATTCCTTG-AAATAATATATCTAT  1048

seq1: chr13_101996403_101997405
seq2: B6Ng01-049P17.g_68_1045 (reverse)

seq1  CGCCCCCCCCCATCCTCTCCTTAGCATCCTGACTTACAGAGTCCCATAGA  50
      ||| |||||||||| ||    |||||| ||||| ||||||||||||||| 
seq2  CGCGCCCCCCCATCTTC----TAGCAT-CTGAC-TACAGAGTCCCATAG-  43

seq1  AAATCACAGTGAATATGTTATTTATGTGTAGAGGTTCAACCACAGGAACA  100
      ||||||||||| ||||||   ||||||||||||  |||  |||||  |||
seq2  AAATCACAGTG-ATATGT--ATTATGTGTAGAG--TCA--CACAG--ACA  84

seq1  CACATGTGGCGAGAGGGAACTGCTCAAATGTACCAGTTGATTTAATGAAA  150
      ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACATGT-GCGAGA-GGAACTGCTC-AATGTACCAGTTGATTTAATG-AA  130

seq1  AGCCTTGACCAGGGATCTATATCTATGCTCCTTTCTTGAAGTTACCTATG  200
      |||  ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  AGC--TGACCAGGGATCTATATCTATGCTCCTT--CTGAAGTTACCTATG  176

seq1  GGAGAGTTTCTGGTTGTTGGACCCTAAAAGCAAGTTTGCTGCTTTGAATG  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTTTCTGGTTGTT-GACCCTAAAAGCAAGTTTGCTGCTTTGAATG  225

seq1  GGCACACAATATACTCTCCAGTCCATTAAGGCTCATGATGAACGATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACAATATACTCTCCAGTCCATTAAGGCTCATGATGAACGATGGGT  275

seq1  ACCAATGTTGTCACCAAGGCCACACTTTTCTGACATATGGCTGCTTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGTTGTCACCAAGGCCACACTTTTCTGACATATGGCTGCTTTTAA  325

seq1  ACACCTCGCTTCTCTGTGTGACTCATTCCTGGCTCCTCCCACCAACTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCGCTTCTCTGTGTGACTCATTCCTGGCTCCTCCCACCAACTTAT  375

seq1  TAAAACACATCTGCTGTTCCTACACATGGAATATACAACCACATTTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACATCTGCTGTTCCTACACATGGAATATACAACCACATTTAATA  425

seq1  TTTTCTATGTCTCAATGATACAAAGATGAATGCTCCAACTATTTGCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATGTCTCAATGATACAAAGATGAATGCTCCAACTATTTGCCAGA  475

seq1  GACCCCCTGTCTTCTGAGGAAATAAAAAAGCAAAGACGGGCAGCAGTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCTGTCTTCTGAGGAAATAAAAAAGCAAAGACGGGCAGCAGTACT  525

seq1  GACATGTAGGGAGTGGTGGAACAGAGGAAACTCAGTCAGTATCGCCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTAGGGAGTGGTGGAACAGAGGAAACTCAGTCAGTATCGCCAGAA  575

seq1  AGAGACAACGAAGCTTCTCAATGGAATTCCTGAGGAGTCTGAGGGATGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAACGAAGCTTCTCAATGGAATTCCTGAGGAGTCTGAGGGATGCT  625

seq1  TAGGGAGTTTTTATGATGATAAGAGTGGAGACCAGCAGCAACAGGAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGTTTTTATGATGATAAGAGTGGAGACCAGCAGCAACAGGAATCA  675

seq1  TGGTTCAGAGCCTTGATCACATGGCGACTTCTGAGTTGATGTGTGTACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAGAGCCTTGATCACATGGCGACTTCTGAGTTGATGTGTGTACCC  725

seq1  CTGTGGGGGGGATGCCCAAGCTCTACAGGAGAGACTGTTATGTGGTGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGGGGGATGCCCAAGCTCTACAGGAGAGACTGTTATGTGGTGTAT  775

seq1  TTGTCAGGGTTCTTTAGAAAAACTGCATTGATAAAATTAACATATAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGGGTTCTTTAGAAAAACTGCATTGATAAAATTAACATATAAAAA  825

seq1  AGGAGATTTGTTAGATCGATTTACACAATACAAAATAGGTAGTCCAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATTTGTTAGATCGATTTACACAATACAAAATAGGTAGTCCAGCAA  875

seq1  TGAATGTCCTTATATTGGAGAGGCTGAGAACACTGGTAGCTCCTTAATCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCCTTATATTGGAGAGGCTGAGAACACTGGTAGCTCCTTAATCC  925

seq1  TTGAGGAGGGATGAGTATGCAGTTCCAAGCTTGTCCTAAATGCCAAAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAGGGATGAGTATGCAGTTCCAAGCTTGTCCTAAATGCCAAAGAA  975

seq1  TTC  1003
      |||
seq2  TTC  978