BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054B20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 105,976,033 - 106,061,606
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf180
Upstream geneTrim23, Ppwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik, EG238836, Rgs7bp, 4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656
Downstream geneHtr1a, EG668025, Olfr717-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054B20.bB6Ng01-054B20.g
ACCDH876955DH876956
length1,1821,143
definitionDH876955|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054B20, 5' end.DH876956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,976,033 - 105,977,227)(106,060,472 - 106,061,606)
sequence
gaattctgttgtgggtagccaccgggaagcaggagcagtccattatcaca
ctggaggtgacaaagagaaagcaggttcaggaacagaagtatcgatacaa
cacagtctaaactactgcatattcatatagtgagtaagctgctattaggt
gctagaaagtgacaactcacttttgtcctggcatgcatttgagagaaact
gtcacctccgataaactgggagtcagacagtgagcaaagcaagcttagga
aggactcactgatgtgactcggctactgttggtctcatgtgacatggtaa
aaaggaaaagataagttcagggaaaagaggatcccagacatgaaaggagg
aaggcgacatttggaaattctataactggtagcattgagagcagacaact
ggttctcatactcaatcgataaggtactctaaaatgtttaagaaacagag
atcacctggagtcaaagatcaaatgggtgtacaactgtccaacgcgtcag
tgcagaatcccagggtaaacagtggcattcggtaaacgctttctagatta
actgcagtgttccctatgaattcttgggtaaagtcagtgagaaccaaacg
tgtgtcttcatatattagtgtggccagcttctcgcatctgtgattatgtc
taaagtagtgggcatatgttgaaagtaatttaatgtatgtctactgacaa
atgtgataagtgaaatcaaatagatcaaaaagcaaagattagacagaata
ttgcaaagattcatcctggcatgtgccaagattattagaaactttaagtg
ccttcttccacaacaactaaatatttcttcatggaggatgtcatttgcaa
cacactgtggttttagttcagaatttcttttagagattcaagatgctaaa
tagacaattaacacaaacctcctcttccacaaaatgaaccaaagtagcag
gtaagtagctacactctgaaatgagtgattggtggtccaccaagatgagc
aagagagaactggtatgtttcatattcagagacctgtggccaacagtata
gtgagagaacaaacacagtaattgtcagcctggttctttgggtgaggtaa
tgagtctcctgtttgttagtatatgagtcagagaaagccaggatacatgg
gatgctgcatctgcactgaatgatccacaatc
gaattccatagaacatagctccaaactcctggatacactgcgctgttgac
agcatcagtttgggatcccgcagaatgctacagcttacactcataatctg
cattgtgtgaaaagtgtgttgttttagatgacagaaaaggcatgtccact
gaagtactctgggaagggaatttatctatggaagtctaaggaattctggt
tcacaggaccaaatttttaggtgttttggttattaccagtgctggggatg
ttgaaatttcctgcataggtatcatcctgccatggagccctgcagctggc
tgtgtcacagagcagccccagacactgctatgtctttggtcaggacacag
agtgaaggagctcggcatctcacaccacagtacaagatacttctcatatc
tctacacggaactgctgctgtggggattcggaagtcaaacttctccagtg
gctcttaccattctaatgatcattattgttcccacagatgaaaagaagcg
aagagtcgacaagtacgcagagccccgaggagcaaacaggcacccttcat
tgttggagatgtagaaaatgcattgcaagttctggttgcttcatgactcc
tcttgagactcaagtggttgaggtgagttttgttgacttcaagggtttta
gactgtacaaacattggaggcacacctgtctgtacacacctactctgcca
cacccgagcatatgacaaatacttttttaagatctggtacacttcagagg
gcgaaaacttgaaacttttcatgtcaacattttattggatataatttgta
tagaatgagactagcttacagcttggtaaattaatttaattctaatatat
atatatcagttcaagatatacaacattcccatgaccagagaagtctgttt
taccctctttcagacaagggccctcccactcctaggtactcgctgcagag
ctctgtctccattggctgatgtcacctatccttgtctcctttcaaatgaa
ataaaatacagtggcattccctttgccttgtatctgccccaagcatcaga
ttaaaagtttcacttggaaactgggtgcaggagttgcctgaaattcatat
gtcattaatgaaggtgagacaatcactggctgttccctgctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_105976033_105977227
seq2: B6Ng01-054B20.b_43_1224

seq1  GAATTCTGTTGTGGGTAGCCACCGGGAAGCAGGAGCAGTCCATTATCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTGTGGGTAGCCACCGGGAAGCAGGAGCAGTCCATTATCACA  50

seq1  CTGGAGGTGACAAAGAGAAAGCAGGTTCAGGAACAGAAGTATCGATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGTGACAAAGAGAAAGCAGGTTCAGGAACAGAAGTATCGATACAA  100

seq1  CACAGTCTAAACTACTGCATATTCATATAGTGAGTAAGCTGCTATTAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCTAAACTACTGCATATTCATATAGTGAGTAAGCTGCTATTAGGT  150

seq1  GCTAGAAAGTGACAACTCACTTTTGTCCTGGCATGCATTTGAGAGAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAAGTGACAACTCACTTTTGTCCTGGCATGCATTTGAGAGAAACT  200

seq1  GTCACCTCCGATAAACTGGGAGTCAGACAGTGAGCAAAGCAAGCTTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTCCGATAAACTGGGAGTCAGACAGTGAGCAAAGCAAGCTTAGGA  250

seq1  AGGACTCACTGATGTGACTCGGCTACTGTTGGTCTCATGTGACATGGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCACTGATGTGACTCGGCTACTGTTGGTCTCATGTGACATGGTAA  300

seq1  AAAGGAAAAGATAAGTTCAGGGAAAAGAGGATCCCAGACATGAAAGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAAAGATAAGTTCAGGGAAAAGAGGATCCCAGACATGAAAGGAGG  350

seq1  AAGGCGACATTTGGAAATTCTATAACTGGTAGCATTGAGAGCAGACAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGACATTTGGAAATTCTATAACTGGTAGCATTGAGAGCAGACAACT  400

seq1  GGTTCTCATACTCAATCGATAAGGTACTCTAAAATGTTTAAGAAACAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCATACTCAATCGATAAGGTACTCTAAAATGTTTAAGAAACAGAG  450

seq1  ATCACCTGGAGTCAAAGATCAAATGGGTGTACAACTGTCCAACGCGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCTGGAGTCAAAGATCAAATGGGTGTACAACTGTCCAACGCGTCAG  500

seq1  TGCAGAATCCCAGGGTAAACAGTGGCATTCGGTAAACGCTTTCTAGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATCCCAGGGTAAACAGTGGCATTCGGTAAACGCTTTCTAGATTA  550

seq1  ACTGCAGTGTTCCCTATGAATTCTTGGGTAAAGTCAGTGAGAACCAAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGTGTTCCCTATGAATTCTTGGGTAAAGTCAGTGAGAACCAAACG  600

seq1  TGTGTCTTCATATATTAGTGTGGCCAGCTTCTCGCATCTGTGATTATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTTCATATATTAGTGTGGCCAGCTTCTCGCATCTGTGATTATGTC  650

seq1  TAAAGTAGTGGGCATATGTTGAAAGTAATTTAATGTATGTCTACTGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAGTGGGCATATGTTGAAAGTAATTTAATGTATGTCTACTGACAA  700

seq1  ATGTGATAAGTGAAATCAAATAGATCAAAAAGCAAAGATTAGACAGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATAAGTGAAATCAAATAGATCAAAAAGCAAAGATTAGACAGAATA  750

seq1  TTGCAAAGATTCATCCTGGCATGTGCCAAGATTATTAGAAACTTTAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGATTCATCCTGGCATGTGCCAAGATTATTAGAAACTTTAAGTG  800

seq1  CCTTCTTCCACAACAACTAAATATTTCTTCATGGAGGATGTCATTTGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCCACAACAACTAAATATTTCTTCATGGAGGATGTCATTTGCAA  850

seq1  CACACTGTGGTTTTAGTTCAGAATTTCTTTTAGAGATTCAAGATGCTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTGGTTTTAGTTCAGAATTTCTTTTAGAGATTCAAGATGCTAAA  900

seq1  TAGACAATTAACACAAACCTCCTCTTCCACAAAATGAACCAAAGTAGCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAATTAACACAAACCTCCTCTTCCACAAAATGAACCAAAGTAGCAG  950

seq1  GTAAGTAGCTACACTCTGAAATGAGTGATTGGTGGTCCACCAAAGATGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTAAGTAGCTACACTCTGAAATGAGTGATTGGTGGTCCACC-AAGATGAG  999

seq1  CAAGAGAGGAACTGGTATGTTTTCATATTCAGAGACCTGT-GCCAACAGT  1049
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAGAGA-GAACTGGTATG-TTTCATATTCAGAGACCTGTGGCCAACAGT  1047

seq1  ATAGTGAGAGGAACAAAACACAGTATTTGTCAGCCTGGTTCTTTGGGTGA  1099
      ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGAGA-GAAC-AAACACAGTAATTGTCAGCCTGGTTCTTTGGGTGA  1095

seq1  GGTAAAATGAGTCTCCTGTTTGTAGGTATATGAGTCAGAGAAAGCCCCAG  1149
      |||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||
seq2  GGT--AATGAGTCTCCTGTTTGTTAGTATATGAGTCAGAGAAAG--CCAG  1141

seq1  GATACTTGTGGATGCTGGCAATCTGCACTGTATGAATCCCACAATC  1195
      ||||| || ||||||||   |||||||||| ||||   ||||||||
seq2  GATACATG-GGATGCTG--CATCTGCACTGAATGA--TCCACAATC  1182

seq1: chr13_106060472_106061606
seq2: B6Ng01-054B20.g_66_1208 (reverse)

seq1  TCAGCAGGAAACAG-CAGTGATTGTCACAC--TCATAAATGACATA-GAA  46
      |||||||| ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||||||| |||
seq2  TCAGCAGGGAACAGCCAGTGATTGTCTCACCTTCATTAATGACATATGAA  50

seq1  -TTCAGCAAACTACTGCACACAGTATACAAGTGAAACTTTAAAATCTGAT  95
       |||||  |||| |||||| |||| | |||||||||||||  ||||||||
seq2  TTTCAGGCAACTCCTGCACCCAGTTTCCAAGTGAAACTTT-TAATCTGAT  99

seq1  GC-TGGGGCAGATACAAGGCAAAGGGAATG-CACGTGATTTTATTTCATT  143
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||
seq2  GCTTGGGGCAGATACAAGGCAAAGGGAATGCCACTGTATTTTATTTCATT  149

seq1  TGAAAGGAGACAAGGATAGGTGACATCAGCCAATGGAGACAGAGCTCTGC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGAGACAAGGATAGGTGACATCAGCCAATGGAGACAGAGCTCTGC  199

seq1  AGCGAGTACCTAGGAGTGGGAGGG-CCTTGTCTGAAAGAGGGTAAAACAG  242
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGTACCTAGGAGTGGGAGGGCCCTTGTCTGAAAGAGGGTAAAACAG  249

seq1  ACTTCTCTGGTCATGGGAATGTTGTATATCTTGAACTGATATATATATAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTGGTCATGGGAATGTTGTATATCTTGAACTGATATATATATAT  299

seq1  TAGAATTAATTAAATTTACCAAGCTGTAAGCTAGTCTCATTCTATACAAA  342
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAAATTAATTTACCAAGCTGTAAGCTAGTCTCATTCTATACAAA  349

seq1  TTATATCCAATAAAATGTTGACATGAAAAGTTTCAAGTTTTCGCCCTCTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCCAATAAAATGTTGACATGAAAAGTTTCAAGTTTTCGCCCTCTG  399

seq1  AAGTGTACCAGATCTT-AAAAAGTATTTGTCATATGCTCGGGTGTGGCAG  441
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTACCAGATCTTAAAAAAGTATTTGTCATATGCTCGGGTGTGGCAG  449

seq1  AGTAGGTGTGTACAGACAGGTGTGCCTCCAATGTTTGTACAGTCTAAAAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGTGTACAGACAGGTGTGCCTCCAATGTTTGTACAGTCTAAAAC  499

seq1  CCTTGAAGTCAACAAAACTCACCTCAACCACTTGAGTCTCAAGAGGAGTC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAGTCAACAAAACTCACCTCAACCACTTGAGTCTCAAGAGGAGTC  549

seq1  ATGAAGCAACCAGAACTTGCAATGCATTTTCTACATCTCCAACAATGAAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCAACCAGAACTTGCAATGCATTTTCTACATCTCCAACAATGAAG  599

seq1  GGTGCCTGTTTGCTCCTCGGGGCTCTGCGTACTTGTCGACTCTTCGCTTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTGTTTGCTCCTCGGGGCTCTGCGTACTTGTCGACTCTTCGCTTC  649

seq1  TTTTCATCTGTGGGAACAATAATGATCATTAGAATGGTAAGAGCCACTGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCTGTGGGAACAATAATGATCATTAGAATGGTAAGAGCCACTGG  699

seq1  AGAAGTTTGACTTCCGAATCCCCACAGCAGCAGTTCCGTGTAGAGATATG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTTGACTTCCGAATCCCCACAGCAGCAGTTCCGTGTAGAGATATG  749

seq1  AGAAGTATCTTGTACTGTGGTGTGAGATGCCGAGCTCCTTCACTCTGTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTATCTTGTACTGTGGTGTGAGATGCCGAGCTCCTTCACTCTGTGT  799

seq1  CCTGACCAAAGACATAGCAGTGTCTGGGGCTGCTCTGTGACACAGCCAGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCAAAGACATAGCAGTGTCTGGGGCTGCTCTGTGACACAGCCAGC  849

seq1  TGCAGGGCTCCATGGCAGGATGATACCTATGCAGGAAATTTCAACATCCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGCTCCATGGCAGGATGATACCTATGCAGGAAATTTCAACATCCC  899

seq1  CAGCACTGGTAATAACCAAAACACCTAAAAATTTGGTCCTGTGAACCAGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGGTAATAACCAAAACACCTAAAAATTTGGTCCTGTGAACCAGA  949

seq1  ATTCCTTAGACTTCCATAGATAAATTCCCTTCCCAGAGTACTTCAGTGGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTAGACTTCCATAGATAAATTCCCTTCCCAGAGTACTTCAGTGGA  999

seq1  CATGCCTTTTCTGTCATCTAAAACAACACACTTTTCACACAATGCAGATT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTTTCTGTCATCTAAAACAACACACTTTTCACACAATGCAGATT  1049

seq1  ATGAGTGTAAGCTGTAGCATTCTGCGGGATCCCAAACTGATGCTGTCAAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTAAGCTGTAGCATTCTGCGGGATCCCAAACTGATGCTGTCAAC  1099

seq1  AGCGCAGTGTATCCAGGAGTTTGGAGCTATGTTCTATGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCAGTGTATCCAGGAGTTTGGAGCTATGTTCTATGGAATTC  1143