BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060O10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,581,254 - 50,706,455
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG639044
Upstream geneCenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806
Downstream geneGm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060O10.bB6Ng01-060O10.g
ACCDH881743DH881744
length1,0961,006
definitionDH881743|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060O10, 5' end.DH881744|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060O10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,705,351 - 50,706,455)(50,581,254 - 50,582,264)
sequence
cccaccagctactgagcagacacagaaggttgtaacaacaaaagagtcca
tctaccatatgctaggtgaaattacatgcctagcgattattctgttccag
atcttagaaaacaccgaagggaagcaatcaaaagtaaaggaatggtataa
agtgaaatcactgagatccaagctgggtgcctcatcccagacctctgagg
gtctgtataacacacaccataacagagcagcaagcaggatgagctgtggc
catgccagcccagaggagcataaccgtccatttacatacatgagaagtag
agacaaagcgcactcaggagttaatgtccagagagcctgtgaacaacatc
caaagcaagtgaagaaagaaatgggctttaagctcttacctactcccaaa
gggaatgaacgtctatgtaggtacagggtaactggagacaagcacaagcc
aggccttgcagtccagacagcctgtacacctggcaaaattaggatcaagt
ttggattagggcactgtccacatagaagtcctgaggggcaccaccattcc
ttcagatacacacaaaatggagagaaagaggagcctggttttacccataa
agcctttgacccacatcaaagttcagtgaaaggaatgggtggtggctgcc
ctataagttccaaagagaaccatccagtcaagatcaaggagaactggaat
ccagtggcactcaggtgttgctggccagagagcctctgacacccagtaga
ccagaataggacaaggagcaggtggctcaggccacccatgcctccacaca
ccaggaggttctaaaagatgtcccatctgcccagtcatcgtttcccacgt
gcctcctggtataaacttgtgtttttcctacaaagaatctttttctttct
cgtgctcatcctttctgtgctcatggctcctgctcagaaaggaagtgatc
cgtgggtcacattcctgcttttgagcagagctggtttctgtcttacagtg
atggagcagggaaggttcctcatgcatgtggtagtaacagcttgtgtact
cttgggcttcagctcagagtacagggctctctggcctggctgggct
gaattccacagtatgctctaatcagtataattgatagggctacaacatcc
tgagttgcagctaaaaaccaatggcaaagcatttcagggcctggtgggta
ctgagttaatgtgtccgtgataggcttaagtgcctggcccaaggcctggc
ctcagtaggaggctatcatatccaatgcagggcattggataatcacagaa
ccttcagaaaggctgccttttttttttttaacctaggaaacaggtgaggg
tcatcaagggcaatatcaaccaacacgttctttccatcttccccactaat
tagtggataagggatgtgctctctacaaagagagcaatgaaatgtgtccc
catgtctgactgtggcccatcaaatgtttcaacgaggttatagctcctga
ggggaatttgatagagggacaagatataatctctactattgtgtcttccc
tcaatctgggacagaaggcttgggtttttctatagggtactgatatctcc
ttgacccagacattaagagtctattttatggctcactgggtgggtcagtg
gctacttacactagaggaactagcagttgctacacagttggttgaggagt
agcattccgtggacatcttgagcccagtatcagtctctgtaatactccta
tttttgatattaaggaaaggtcaggacaatggaggaggaactagttgcct
gctactattaaggacaaatctccagttaacccagcaaatcaatgccatca
gtgatctgagaaggataagttacagcaggaagtacaatccaaatgtatgg
gttaaaatacagagactagtgtactacctaggcagttaccctaagcttct
gtggtatcacagtgttatgagagggataggtttcagagcagaagcaaatc
ttcagctccaggcccagaatatcttgtaataacaagacccagagctgtca
gtggttatgcagcctatgggagctatacagcctggctccttcctcctgtg
ctgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50705351_50706455
seq2: B6Ng01-060O10.b_61_1156 (reverse)

seq1  AGCCCAGCCATGTGCCAGAGGAAGCCCCTGTACTCCTGAGCTGGAGCCCA  50
      ||||||||||   |||||||  || ||||||||| |||||||| ||||||
seq2  AGCCCAGCCA--GGCCAGAG--AG-CCCTGTACT-CTGAGCTGAAGCCCA  44

seq1  AGGAGTACACAAGCTGTTACTACCAACATGCATGGAGGAACCTTCCCCTG  100
      | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  A-GAGTACACAAGCTGTTACTACC-ACATGCAT-GAGGAACCTT-CCCTG  90

seq1  CTCCATCACTGTAGGACAGAAA-CAGCTCTGCTCAAAAGCAGGAATGTGA  149
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCACTGTAAGACAGAAACCAGCTCTGCTCAAAAGCAGGAATGTGA  140

seq1  ACCACGGATCACTTCCTTTCTGGGCAGGAGCCATGAGCACAG-AAGGATG  198
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCACGGATCACTTCCTTTCTGAGCAGGAGCCATGAGCACAGAAAGGATG  190

seq1  AGCACGAGAAAGAAAAAGATTCTTTGTAGGAAAAACACAAGTTTATTACC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCACGAGAAAGAAAAAGATTCTTTGTAGGAAAAACACAAGTTTA-TACC  239

seq1  AGGAGGCACGTGGGAAACGATGACTGGGCAGATGGGACATCTTTTAGAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGCACGTGGGAAACGATGACTGGGCAGATGGGACATCTTTTAGAAC  289

seq1  CTCCTGGTGTGTGGAGGCATGGGTGGCCTGAGCCACCTGCTCCTTGTCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTGTGTGGAGGCATGGGTGGCCTGAGCCACCTGCTCCTTGTCCT  339

seq1  ATTCTGGTCTACTGGGTGTCAGAGGCTCTCTGGCCAGCAACACCTGAGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGTCTACTGGGTGTCAGAGGCTCTCTGGCCAGCAACACCTGAGTG  389

seq1  CCACTGGATTCCAGTTCTCCTTGATCTTGACTGGATGGTTCTCTTTGGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGATTCCAGTTCTCCTTGATCTTGACTGGATGGTTCTCTTTGGAA  439

seq1  CTTATAGGGCAGCCACCACCCATTCCTTTCACTGAACTTTGATGTGGGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGGGCAGCCACCACCCATTCCTTTCACTGAACTTTGATGTGGGTC  489

seq1  AAAGGCTTTATGGGTAAAACCAGGCTCCTCTTTCTCTCCATTTTGTGTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTTATGGGTAAAACCAGGCTCCTCTTTCTCTCCATTTTGTGTGT  539

seq1  ATCTGAAGGAATGGTGGTGCCCCTCAGGACTTCTATGTGGACAGTGCCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAGGAATGGTGGTGCCCCTCAGGACTTCTATGTGGACAGTGCCCT  589

seq1  AATCCAAACTTGATCCTAATTTTGCCAGGTGTACAGGCTGTCTGGACTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAACTTGATCCTAATTTTGCCAGGTGTACAGGCTGTCTGGACTGC  639

seq1  AAGGCCTGGCTTGTGCTTGTCTCCAGTTACCCTGTACCTACATAGACGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTGGCTTGTGCTTGTCTCCAGTTACCCTGTACCTACATAGACGTT  689

seq1  CATTCCCTTTGGGAGTAGGTAAGAGCTTAAAGCCCATTTCTTTCTTCACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCTTTGGGAGTAGGTAAGAGCTTAAAGCCCATTTCTTTCTTCACT  739

seq1  TGCTTTGGATGTTGTTCACAGGCTCTCTGGACATTAACTCCTGAGTGCGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGATGTTGTTCACAGGCTCTCTGGACATTAACTCCTGAGTGCGC  789

seq1  TTTGTCTCTACTTCTCATGTATGTAAATGGACGGTTATGCTCCTCTGGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTCTACTTCTCATGTATGTAAATGGACGGTTATGCTCCTCTGGGC  839

seq1  TGGCATGGCCACAGCTCATCCTGCTTGCTGCTCTGTTATGGTGTGTGTTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGGCCACAGCTCATCCTGCTTGCTGCTCTGTTATGGTGTGTGTTA  889

seq1  TACAGACCCTCAGAGGTCTGGGATGAGGCACCCAGCTTGGATCTCAGTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACCCTCAGAGGTCTGGGATGAGGCACCCAGCTTGGATCTCAGTGA  939

seq1  TTTCACTTTATACCATTCCTTTACTTTTGATTGCTTCCCTTCGGTGTTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTTATACCATTCCTTTACTTTTGATTGCTTCCCTTCGGTGTTTT  989

seq1  CTAAGATCTGGAACAGAATAATCGCTAGGCATGTAATTTCACCTAGCATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATCTGGAACAGAATAATCGCTAGGCATGTAATTTCACCTAGCATA  1039

seq1  TGGTAGATGGACTCTTTTGTTGTTACAACCTTCTGTGTCTGCTCAGTAGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGATGGACTCTTTTGTTGTTACAACCTTCTGTGTCTGCTCAGTAGC  1089

seq1  TGGTGGG  1105
      |||||||
seq2  TGGTGGG  1096

seq1: chr13_50581254_50582264
seq2: B6Ng01-060O10.g_70_1075

seq1  GAATTCCACAGTATGCTCTAATCAGTATAATTGATAGGGCTACAACATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGTATGCTCTAATCAGTATAATTGATAGGGCTACAACATCC  50

seq1  TGAGTTGCAGCTAAAAACCAATGGCAAAGCATTTCAGGGCCTGGTGGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGCAGCTAAAAACCAATGGCAAAGCATTTCAGGGCCTGGTGGGTA  100

seq1  CTGAGTTAATGTGTCCGTGATAGGCTTAAGTGCCTGGCCCAAGGCCTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTAATGTGTCCGTGATAGGCTTAAGTGCCTGGCCCAAGGCCTGGC  150

seq1  CTCAGTAGGAGGCTATCATATCCAATGCAGGGCATTGGATAATCACAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGGAGGCTATCATATCCAATGCAGGGCATTGGATAATCACAGAA  200

seq1  CCTTCAGAAAGGCTGCCTTTTTTTTTTTTAACCTAGGAAACAGGTGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGAAAGGCTGCCTTTTTTTTTTTTAACCTAGGAAACAGGTGAGGG  250

seq1  TCATCAAGGGCAATATCAACCAACACGTTCTTTCCATCTTCCCCACTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAGGGCAATATCAACCAACACGTTCTTTCCATCTTCCCCACTAAT  300

seq1  TAGTGGATAAGGGATGTGCTCTCTACAAAGAGAGCAATGAAATGTGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGATAAGGGATGTGCTCTCTACAAAGAGAGCAATGAAATGTGTCCC  350

seq1  CATGTCTGACTGTGGCCCATCAAATGTTTCAACGAGGTTATAGCTCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGACTGTGGCCCATCAAATGTTTCAACGAGGTTATAGCTCCTGA  400

seq1  GGGGAATTTGATAGAGGGACAAGATATAATCTCTACTATTGTGTCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATTTGATAGAGGGACAAGATATAATCTCTACTATTGTGTCTTCCC  450

seq1  TCAATCTGGGACAGAAGGCTTGGGTTTTTCTATAGGGTACTGATATCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGGGACAGAAGGCTTGGGTTTTTCTATAGGGTACTGATATCTCC  500

seq1  TTGACCCAGACATTAAGAGTCTATTTTATGGCTCACTGGGTGGGTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCAGACATTAAGAGTCTATTTTATGGCTCACTGGGTGGGTCAGTG  550

seq1  GCTACTTACACTAGAGGAACTAGCAGTTGCTACACAGTTGGTTGAGGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTACACTAGAGGAACTAGCAGTTGCTACACAGTTGGTTGAGGAGT  600

seq1  AGCATTCCGTGGACATCTTGAGCCCAGTATCAGTCTCTGTAATACTCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCCGTGGACATCTTGAGCCCAGTATCAGTCTCTGTAATACTCCTA  650

seq1  TTTTTGATATTAAGGAAAGGTCAGGACAATGGAGGAGGAACTAGTTGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGATATTAAGGAAAGGTCAGGACAATGGAGGAGGAACTAGTTGCCT  700

seq1  GCTACTATTAAGGACAAATCTCCAGTTAACCCAGCAAATCAATGCCATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTATTAAGGACAAATCTCCAGTTAACCCAGCAAATCAATGCCATCA  750

seq1  GTGATCTGAGAAGGATAAGTTACAGCAGGAAGTACAATCCAAATGTATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTGAGAAGGATAAGTTACAGCAGGAAGTACAATCCAAATGTATGG  800

seq1  GTTAAAATAACAGAGACTAGTGTACTACCTAGGCAGTTACCCTAAGCTCC  850
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTTAAAAT-ACAGAGACTAGTGTACTACCTAGGCAGTTACCCTAAGCTTC  849

seq1  TGTGGTATTCACAGTGTTATGAGAGGGATAGGTTCCAGAGCAGAAGC-AA  899
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TGTGGTA-TCACAGTGTTATGAGAGGGATAGGTTTCAGAGCAGAAGCAAA  898

seq1  TCTTCAGCTCCCAGGCCCAGAATATCTTGTAATAACAAGACCCCAGAGCT  949
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTTCAGCT-CCAGGCCCAGAATATCTTGTAATAACAAGA-CCCAGAGCT  946

seq1  GTCAGTGGTTATGCAGCCTATGGGAGCTATACAGCCTGGCCTCCCTTCTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  
seq2  GTCAGTGGTTATGCAGCCTATGGGAGCTATACAGCCTGGC--TCCTTCCT  994

seq1  CCTGTGCTGTGC  1011
      ||||||||||||
seq2  CCTGTGCTGTGC  1006