BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063I20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,751,281 - 50,840,272
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040315, EG667693, LOC100040161
Upstream geneNol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904
Downstream geneLOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3, Cks2, Secisbp2, Sema4d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063I20.bB6Ng01-063I20.g
ACCDH883609DH883610
length1,1091,107
definitionDH883609|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063I20, 5' end.DH883610|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,839,158 - 50,840,272)(50,751,281 - 50,752,405)
sequence
gaattcagtaatgcagtgtcttcatggagactcggtcgtccttactggcc
tctctgccaccctgtacagttgacctgagagattcaggaagacaactgag
cgccactctcacctctacagtacctgattgctccttcagtctctggagat
ttcccttcacttgtctgtagctagaatttagctactttgtaggttcatct
tccttccatcattcttcacccttttcttccacccattctatcccctaaca
cttgacaggggaaaaaatggatggagggaaaggggtagacattactgtta
gactaatttcctaagttcggcggagtccccaagacattctctaattggct
ttaagaatgaactgcatgcctttatctgagctggatattcaagttgggac
ttcagggcagagataggaactgtgggaagaattcagaagccataggaggt
cacaagccagacatggaggaagtgggacatattgagtgagaggtaacaga
acaccttgcaaatgtggattagaatgaatgccaataattaagttatacat
gctattcagaagtctctatgtcgtttttcagaaacaggtgaggcaaggca
ttcttgtgatacttctgtgaagtagttcatgaaatggcagtgagtactgg
aggggagttagagtaccatggggcctgacacataatagtgcatgtggagc
tccatcaaaagggaagtggttatctgataagacctgatatctagcagtac
attcagattgggtagaaagacagagggcttgatacctatgagtttatgtg
ttgcgaaggtgtgtagcaatactcaatatccgggttttttagtggattgc
agggggtacaagctggacatggtatgtttcatgctcaaacacagtgaacc
cctcatatgtaacaggccctctgggtactctgacactgtgactgtttcac
tatactgctagagtcagtgtctgtgtcttggcctgaattctaaaggctag
tatgtgctgcttatgtgaaggtgtttatcagagtctgatgaccaccaggc
tgctgggagctctagtggtgtgtgtaaaggaactgatttctagcatgtta
gtgggtcag
gaattctttgcttgtatgcaaaagcctgggattcatcaggagacatgaac
ctggaagcaatagcacctggatgctggtgtatagtagtattttgcaacat
gtaagagcagagcgtcctggtcccttggcaagcaaatctctggcacacct
ggcatcaccagcacggaaggttggattcgaatccacagccacacttttag
atgaagaagtcaggagggagatgagtctgctacaggaggctagatacaga
cctgtaatttaagagagcctgggtgagtgcttccccttccctgaacctgg
ttgcttttgataaatatggcagaggaacaaagaacagcctcttccagagc
attgatgctcatgccaagcacatgacagtgggaccgtgccaacccagggc
tgagagctgcggtttacacagagatatgccagctttcaggtccagaagac
atgagatgagggtgaccagaggcatggtgatccctacactagtacacttt
aagcatggctgacagcctggctccactgcacctcccagctggacttccta
ggcctctgcacatgaagatgagggacaggcaattaaggcctgtcctcttc
ccatgccagttacaataaactcgggcttgcagggaataggaatagtgttt
gacaccaacttagagacaagataatcagcatttggatgagcgcatagcct
gctgcaacagctgtgtaggccaccacatctagcagagcagctgacaacag
ggtgtagaggctgtccttcatgcttcccatataaacaacctctctgcaag
ctcctctccctgaatgcacccaaggacagcacccaccacttatcaaagag
cctcctggtctttttagttactagtcagcaaacagtcacaggaatgctgt
ttctcaaatcccgtctatggcagaatgctccagccaggccagctctcacc
tccaactcatgtatgatgttcagactcatagatgtgagataaagcagagg
ttgacttcatccactctccctgagagaaaaaagaaggcatatgaatcttt
tttgttttggttttccagcagattcctttgttagcctgcgctctggacct
cactctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50839158_50840272
seq2: B6Ng01-063I20.b_51_1159 (reverse)

seq1  CTGACCCCACATAACATGCTAGAAATCAGGTCCTTTACACACACCACTAG  50
      |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CTGA-CCCAC-TAACATGCTAGAAATCAGTTCCTTTACACACACCACTA-  47

seq1  GGGCTCCCAGCAGCCTGGTGGTTCATCAGACTCTGATAAACACCTTCACA  100
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCCAGCAGCCTGGTGG-TCATCAGACTCTGATAAACACCTTCACA  96

seq1  TAAGCAGCACATACTAGCCTTTAGATTTCAGGCCAAGACACAGACACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCACATACTAGCCTTTAGAATTCAGGCCAAGACACAGACACTGA  146

seq1  CTTCTAGCAGTATAGTGAAACAGTCACAGTGTCAGAGTACCCAGGAGGGC  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  C-TCTAGCAGTATAGTGAAACAGTCACAGTGTCAGAGTACCCA-GAGGGC  194

seq1  CTGTTACATATGAGGGGTTCACTGTGTTTGAGCATGAAACATACCATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACATATGAGGGGTTCACTGTGTTTGAGCATGAAACATACCATGTC  244

seq1  CAGCTTGTACCCCCTGCAATCCACTAAAAAACCCGGATATTGAGTATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTACCCCCTGCAATCCACTAAAAAACCCGGATATTGAGTATTGC  294

seq1  TACACACCTTCGCAACACATAAACTCATAGGTATCAAGCCCTCTGTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCTTCGCAACACATAAACTCATAGGTATCAAGCCCTCTGTCTTT  344

seq1  CTACCCAATCTGAATGTACTGCTAGATATCAGGTCTTATCAGATAACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCAATCTGAATGTACTGCTAGATATCAGGTCTTATCAGATAACCAC  394

seq1  TTCCCTTTTGATGGAGCTCCACATGCACTATTATGTGTCAGGCCCCATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTTGATGGAGCTCCACATGCACTATTATGTGTCAGGCCCCATGG  444

seq1  TACTCTAACTCCCCTCCAGTACTCACTGCCATTTCATGAACTACTTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTAACTCCCCTCCAGTACTCACTGCCATTTCATGAACTACTTCACA  494

seq1  GAAGTATCACAAGAATGCCTTGCCTCACCTGTTTCTGAAAAACGACATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATCACAAGAATGCCTTGCCTCACCTGTTTCTGAAAAACGACATAG  544

seq1  AGACTTCTGAATAGCATGTATAACTTAATTATTGGCATTCATTCTAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCTGAATAGCATGTATAACTTAATTATTGGCATTCATTCTAATCC  594

seq1  ACATTTGCAAGGTGTTCTGTTACCTCTCACTCAATATGTCCCACTTCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGCAAGGTGTTCTGTTACCTCTCACTCAATATGTCCCACTTCCTC  644

seq1  CATGTCTGGCTTGTGACCTCCTATGGCTTCTGAATTCTTCCCACAGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGGCTTGTGACCTCCTATGGCTTCTGAATTCTTCCCACAGTTCC  694

seq1  TATCTCTGCCCTGAAGTCCCAACTTGAATATCCAGCTCAGATAAAGGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGCCCTGAAGTCCCAACTTGAATATCCAGCTCAGATAAAGGCAT  744

seq1  GCAGTTCATTCTTAAAGCCAATTAGAGAATGTCTTGGGGACTCCGCCGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCATTCTTAAAGCCAATTAGAGAATGTCTTGGGGACTCCGCCGAA  794

seq1  CTTAGGAAATTAGTCTAACAGTAATGTCTACCCCTTTCCCTCCATCCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAAATTAGTCTAACAGTAATGTCTACCCCTTTCCCTCCATCCATT  844

seq1  TTTTCCCCTGTCAAGTGTTAGGGGATAGAATGGGTGGAAGAAAAGGGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCTGTCAAGTGTTAGGGGATAGAATGGGTGGAAGAAAAGGGTGA  894

seq1  AGAATGATGGAAGGAAGATGAACCTACAAAGTAGCTAAATTCTAGCTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGATGGAAGGAAGATGAACCTACAAAGTAGCTAAATTCTAGCTACA  944

seq1  GACAAGTGAAGGGAAATCTCCAGAGACTGAAGGAGCAATCAGGTACTGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGAAGGGAAATCTCCAGAGACTGAAGGAGCAATCAGGTACTGTA  994

seq1  GAGGTGAGAGTGGCGCTCAGTTGTCTTCCTGAATCTCTCAGGTCAACTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGAGTGGCGCTCAGTTGTCTTCCTGAATCTCTCAGGTCAACTGT  1044

seq1  ACAGGGTGGCAGAGAGGCCAGTAAGGACGACCGAGTCTCCATGAAGACAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTGGCAGAGAGGCCAGTAAGGACGACCGAGTCTCCATGAAGACAC  1094

seq1  TGCATTACTGAATTC  1115
      |||||||||||||||
seq2  TGCATTACTGAATTC  1109

seq1: chr13_50751281_50752405
seq2: B6Ng01-063I20.g_66_1172

seq1  GAATTCTTTGCTTGTATGCAAAAGCCTGGGATTCATCAGGAGACATGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTTGTATGCAAAAGCCTGGGATTCATCAGGAGACATGAAC  50

seq1  CTGGAAGCAATAGCACCTGGATGCTGGTGTATAGTAGTATTTTGCAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGCAATAGCACCTGGATGCTGGTGTATAGTAGTATTTTGCAACAT  100

seq1  GTAAGAGCAGAGCGTCCTGGTCCCTTGGCAAGCAAATCTCTGGCACACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGCAGAGCGTCCTGGTCCCTTGGCAAGCAAATCTCTGGCACACCT  150

seq1  GGCATCACCAGCACGGAAGGTTGGATTCGAATCCACAGCCACACTTTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCACCAGCACGGAAGGTTGGATTCGAATCCACAGCCACACTTTTAG  200

seq1  ATGAAGAAGTCAGGAGGGAGATGAGTCTGCTACAGGAGGCTAGATACAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGTCAGGAGGGAGATGAGTCTGCTACAGGAGGCTAGATACAGA  250

seq1  CCTGTAATTTAAGAGAGCCTGGGTGAGTGCTTCCCCTTCCCTGAACCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATTTAAGAGAGCCTGGGTGAGTGCTTCCCCTTCCCTGAACCTGG  300

seq1  TTGCTTTTGATAAATATGGCAGAGGAACAAAGAACAGCCTCTTCCAGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTGATAAATATGGCAGAGGAACAAAGAACAGCCTCTTCCAGAGC  350

seq1  ATTGATGCTCATGCCAAGCACATGACAGTGGGACCGTGCCAACCCAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGCTCATGCCAAGCACATGACAGTGGGACCGTGCCAACCCAGGGC  400

seq1  TGAGAGCTGCGGTTTACACAGAGATATGCCAGCTTTCAGGTCCAGAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGCTGCGGTTTACACAGAGATATGCCAGCTTTCAGGTCCAGAAGAC  450

seq1  ATGAGATGAGGGTGACCAGAGGCATGGTGATCCCTACACTAGTACACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGAGGGTGACCAGAGGCATGGTGATCCCTACACTAGTACACTTT  500

seq1  AAGCATGGCTGACAGCCTGGCTCCACTGCACCTCCCAGCTGGACTTCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGGCTGACAGCCTGGCTCCACTGCACCTCCCAGCTGGACTTCCTA  550

seq1  GGCCTCTGCACATGAAGATGAGGGACAGGCAATTAAGGCCTGTCCTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGCACATGAAGATGAGGGACAGGCAATTAAGGCCTGTCCTCTTC  600

seq1  CCATGCCAGTTACAATAAACTCGGGCTTGCAGGGAATAGGAATAGTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCAGTTACAATAAACTCGGGCTTGCAGGGAATAGGAATAGTGTTT  650

seq1  GACACCAACTTAGAGACAAGATAATCAGCATTTGGATGAGCGCATAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCAACTTAGAGACAAGATAATCAGCATTTGGATGAGCGCATAGCCT  700

seq1  GCTGCAACAGCTGTGTAGGCCACCACATCTAGCAGAGCAGCTGACAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAACAGCTGTGTAGGCCACCACATCTAGCAGAGCAGCTGACAACAG  750

seq1  GGTGTAGAGGCTGTCCTTCATGCTTCCCATATAAACAACCTCTCTGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGAGGCTGTCCTTCATGCTTCCCATATAAACAACCTCTCTGCAAG  800

seq1  CTCCTCTCCCTGAATGCACCCAAGGACAGCACCCACCACTTATCAAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTCCCTGAATGCACCCAAGGACAGCACCCACCACTTATCAAAGAG  850

seq1  CCTCCTGGTCTTTTTTAGTTACTAGTCAGCAAACAAGTCACAGGAATGCT  900
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGTC-TTTTTAGTTACTAGTCAGCAAAC-AGTCACAGGAATGCT  898

seq1  GTTTCTCAAATCCCGTCTATGGCAGAATGCTCCAGCCAGGCCAGCTCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAAATCCCGTCTATGGCAGAATGCTCCAGCCAGGCCAGCTCTCA  948

seq1  CCTCCCAACCTCATTGTTATGATGTTCAGACTCATAGAATGTGAGAATAA  1000
      |||||  | |||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CCTCC--AACTCAT--GTATGATGTTCAGACTCATAG-ATGTGAG-ATAA  992

seq1  AGCAGAGGTTGACTTCATTCCACTCT-CCTGAGAGAAAAAAGAAGGCATA  1049
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGTTGACTTCA-TCCACTCTCCCTGAGAGAAAAAAGAAGGCATA  1041

seq1  TGATTCTTTTTTTGTTTTTTTGTTTTTCAAGGCAGGGTTTCTTTGTATAG  1099
      ||| ||||||    || ||||| ||||| | ||| | || |||||| |||
seq2  TGAATCTTTT----TTGTTTTGGTTTTCCA-GCA-GATTCCTTTGT-TAG  1084

seq1  CCCTGGCTGTCCTGGACCTCACTCTG  1125
      ||   |||   |||||||||||||||
seq2  CCTGCGCT---CTGGACCTCACTCTG  1107