BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-064O15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 49,963,472 - 50,100,148
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG667507, LOC100040099, LOC625110
Upstream genePhf2, EG667415, BC010304, C030044B11Rik, Wnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503
Downstream geneLOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-064O15.bB6Ng01-064O15.g
ACCDH884561DH884562
length1,139829
definitionDH884561|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064O15, 5' end.DH884562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-064O15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,098,994 - 50,100,148)(49,963,472 - 49,964,297)
sequence
gaattccttactgccacccattcctgttgtttgcagctcttccctaattg
cacatggccttgcagagggtctaaagtgcatatcccagggaagactaggg
caggggacctccaacttacatagatgtatgtagaagacatcacactcact
gggtactaacttttctagtgcagctttgcaggaggaaacacccacacatc
tgtgggtaaccaccaacctaagctctttaagtgaaccctatacactcatt
ggttcccagagtggatcatgtctgcctgtgtccctgggagctgaggaagg
agggtagatattaagtctccccaggggaagaaatgctattgacacctaat
ctggtaaacttttacttcttttaatatgtcagggcaggaggtgtccagga
ggaccttactctaccatgatatgtgtgtcattataggaggaggaatgtcc
agcaggacctgatacctatccttgtatttcaggtgacactgtcatcaggg
ggttgtctagcagattctggtaccaggcattgtacatgccacagtggaag
agatgctgtcaaggcaggagtgatatctagaaatctattgagtgtcctac
atgtcttaagttagcaaaatatctatagggtgttaacagggagggaggtg
catgctcaatacatatataagtctcttggttattagggcctgttgcatac
cacgtgcaacttcacctgccaacagagtgctatgatcagttccagctggc
aagctcttccctgccacacataatatgctggtaatctggcctcaccatac
cacactatcccaccaaagtacttggacttctctccgcaggacactagtag
ccaggccaaattcacacaatgtgatgtgctgtgtgcaacgctgttctctt
ggttagtgaacagaaccaatcatctggtgcgaggaagtgctatgactgtt
ccactgtcacagccttccttctcagtgtggttcaccaaatctccttcggc
agctgtccagcacataagatatggttctgggttggattatgtgggacagc
tcttaatttggatgtctatctccgtcagttgcacggagcactttcttatc
ccttcctgattcgaaaatgcgttcaacctccttgttgaa
gaattctatacatattcctaacatgaatttatctgaaggcaacaaatgtt
gaacaattgataaatttgttactctattcttgtgtttcattttaaaaact
gttcattagttgattgtttttatttttggtatttaactaattttaaattt
aagtaattcttgtttaagtaattctttgaatattctaaatgttaaggctc
cacactgggatttcactgttagcatgacctctcatcctttgagcctgtaa
tgcaaacatcttttatctgcttaatataaccatttaatttaatgtaattt
cattttcaacttattgggctcttgtctgtgctattgttgttcttttgtcc
attaatttttttattcaccttacatcttgactatagtccctccttccagt
ctcaccttcacaaatctctctcccattactccctttcagacaccccacct
ttggtaccaaccaaccccaacaatcaactggaagcaggactaagtgcatc
ctgtcctactgaggtctacccatgcattccagcttggggaagggaaccca
aaggctggcaatagagtcaaagacagctcccattccaattttataggact
cacatgaagccagagctgcccaactgttacaaatgtgtagggggaatgat
ggtttgatgtgttcttgggttttggtttgctaaaattatatttgaatatt
ttttgcatcgataatcataagaaaaattggtcagaagttctcttttcttt
gttgggtctttatgtggttaggttctgagtacttgtggcttcttggactg
agtaagccagtgttcttctggttctgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50098994_50100148
seq2: B6Ng01-064O15.b_49_1187 (reverse)

seq1  TTCAACAAGGAGGTGTAAGCCACTTTCAGAATCCAGGAAAGGGATAAGAA  50
      ||||||||||||||  ||  || |||| |||| |||| |||||||||| |
seq2  TTCAACAAGGAGGTTGAACGCATTTTC-GAAT-CAGG-AAGGGATAAG-A  46

seq1  AAATGACTCAGTCAACCTGACTGAGATAGACATCCAAATATAATGAAGCT  100
      || || ||| ||  | ||||| ||||||||||||||||| |||   ||||
seq2  AAGTG-CTCCGTGCAACTGACGGAGATAGACATCCAAAT-TAA--GAGCT  92

seq1  GTTCCACATAATCCAAACCAGAAACCATATCTTTATGGTGCTGGAACAGG  150
      || ||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| ||| |
seq2  GTCCCACATAATCCAACCCAG-AACCATATC-TTAT-GTGCTGG-ACA-G  137

seq1  CTGCCGAGGGAGATCTGGTGAACCACACTGAGAAGGAAGGCTGTGTACAG  200
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGCCGAAGGAGATTTGGTGAACCACACTGAGAAGGAAGGCTGTG-ACAG  186

seq1  TTGGAACAGTCATAGCACTTCCTCGCA-CAGATGATGTGTTCTGTTCACT  249
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||
seq2  -TGGAACAGTCATAGCACTTCCTCGCACCAGATGATTGGTTCTGTTCACT  235

seq1  AACCAATGAGAACAGCGTTGCACACAGCAACATCACATTGTGTGAATTTG  299
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACCAA-GAGAACAGCGTTGCACACAGC-ACATCACATTGTGTGAATTTG  283

seq1  GCCTGGCTACTAAGTGTCCTGCGGAGAGAAGTTCAAGTACTGTGGTGGGA  349
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GCCTGGCTACT-AGTGTCCTGCGGAGAGAAGTCCAAGTACTTTGGTGGGA  332

seq1  TAGTGTGGTATGGTGAGGCCAGATTACCAGCATATTATGTGTGGCAGGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGTATGGTGAGGCCAGATTACCAGCATATTATGTGTGGCAGGGA  382

seq1  AGAGCTTGCCAGCTGGAACTGATCATAGCACTCTGTTGGCAGGTGAAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGCCAGCTGGAACTGATCATAGCACTCTGTTGGCAGGTGAAGTT  432

seq1  GCACGTGGTATGCAACAGGCCCTAATAACCAAGAGACTTATATATGTATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGTGGTATGCAACAGGCCCTAATAACCAAGAGACTTATATATGTATT  482

seq1  GAGCATGCACCTCCCTCCCTGTTAACACCCTATAGATA-TTTGCTAACTT  548
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAGCATGCACCTCCCTCCCTGTTAACACCCTATAGATATTTTGCTAACTT  532

seq1  AAGACATGTAGGACACTCAATAGATTTCTAGATATCACTCCTGCCTTGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGTAGGACACTCAATAGATTTCTAGATATCACTCCTGCCTTGAC  582

seq1  AGCATCTCTTCCACTGTGGCATGTACAATGCCTGGTACCAGAATCTGCTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCTTCCACTGTGGCATGTACAATGCCTGGTACCAGAATCTGCTA  632

seq1  GACAACCCCCTGATGACAGTGTCACCTGAAATACAAGGATAGGTATCAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCCCCTGATGACAGTGTCACCTGAAATACAAGGATAGGTATCAGG  682

seq1  TCCTGCTGGACATTCCTCCTCCTATAATGACACACATATCATGGTAGAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGGACATTCCTCCTCCTATAATGACACACATATCATGGTAGAGT  732

seq1  AAGGTCCTCCTGGACACCTCCTGCCCTGACATATTAAAAGAAGTAAAAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCTCCTGGACACCTCCTGCCCTGACATATTAAAAGAAGTAAAAGT  782

seq1  TTACCAGATTAGGTGTCAATAGCATTTCTTCCCCTGGGGAGACTTAATAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGATTAGGTGTCAATAGCATTTCTTCCCCTGGGGAGACTTAATAT  832

seq1  CTACCCTCCTTCCTCAGCTCCCAGGGACACAGGCAGACATGATCCACTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCTCCTTCCTCAGCTCCCAGGGACACAGGCAGACATGATCCACTCT  882

seq1  GGGAACCAATGAGTGTATAGGGTTCACTTAAAGAGCTTAGGTTGGTGGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCAATGAGTGTATAGGGTTCACTTAAAGAGCTTAGGTTGGTGGTT  932

seq1  ACCCACAGATGTGTGGGTGTTTCCTCCTGCAAAGCTGCACTAGAAAAGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGATGTGTGGGTGTTTCCTCCTGCAAAGCTGCACTAGAAAAGTT  982

seq1  AGTACCCAGTGAGTGTGATGTCTTCTACATACATCTATGTAAGTTGGAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCAGTGAGTGTGATGTCTTCTACATACATCTATGTAAGTTGGAGG  1032

seq1  TCCCCTGCCCTAGTCTTCCCTGGGATATGCACTTTAGACCCTCTGCAAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGCCCTAGTCTTCCCTGGGATATGCACTTTAGACCCTCTGCAAGG  1082

seq1  CCATGTGCAATTAGGGAAGAGCTGCAAACAACAGGAATGGGTGGCAGTAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGCAATTAGGGAAGAGCTGCAAACAACAGGAATGGGTGGCAGTAA  1132

seq1  GGAATTC  1155
      |||||||
seq2  GGAATTC  1139

seq1: chr13_49963472_49964297
seq2: B6Ng01-064O15.g_71_899

seq1  GAATTCTATACATATTCCTAACATGAATTTATCTGAAGGCAACAAATGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATACATATTCCTAACATGAATTTATCTGAAGGCAACAAATGTT  50

seq1  GAACAATTGATAAATTTGTTACTCTATTCTTGTGTTTCATTTTAAAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATTGATAAATTTGTTACTCTATTCTTGTGTTTCATTTTAAAAACT  100

seq1  GTTCATTAGTTGATTGTTTTTATTTTTGGTATTTAACTAATTTTAAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTAGTTGATTGTTTTTATTTTTGGTATTTAACTAATTTTAAATTT  150

seq1  AAGTAATTCTTGTTTAAGTAATTCTTTGAATATTCTAAATGTTAAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAATTCTTGTTTAAGTAATTCTTTGAATATTCTAAATGTTAAGGCTC  200

seq1  CACACTGGGATTTCACTGTTAGCATGACCTCTCATCCTTTGAGCCTGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGGATTTCACTGTTAGCATGACCTCTCATCCTTTGAGCCTGTAA  250

seq1  TGCAAACATCTTTTATCTGCTTAATATAACCATTTAATTTAATGTAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACATCTTTTATCTGCTTAATATAACCATTTAATTTAATGTAATTT  300

seq1  CATTTTCAACTTATTGGGCTCTTGTCTGTGCTATTGTTGTTCTTTTGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAACTTATTGGGCTCTTGTCTGTGCTATTGTTGTTCTTTTGTCC  350

seq1  ATTAATTTTTTTATTCACCTTACATCTTGACTATAGTCCCTCCTTCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTTTTTATTCACCTTACATCTTGACTATAGTCCCTCCTTCCAGT  400

seq1  CTCACCTTCACAAATCTCTCTCCCATTACTCCCTTTCAGACACCCCACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTTCACAAATCTCTCTCCCATTACTCCCTTTCAGACACCCCACCT  450

seq1  TTGGTACCAACCAACCCCAACAATCAACTGGAAGCAGGACTAAGTGCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACCAACCAACCCCAACAATCAACTGGAAGCAGGACTAAGTGCATC  500

seq1  CTGTCCTACTGAGGTCTACCCATGCATTCCAGCTTGGGGAAGGGAACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTACTGAGGTCTACCCATGCATTCCAGCTTGGGGAAGGGAACCCA  550

seq1  AAGGCTGGCAATAGAGTCAAAGACAGCTCCCATTCCAATTTTATAGGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGGCAATAGAGTCAAAGACAGCTCCCATTCCAATTTTATAGGACT  600

seq1  CACATGAAGCCAGAGCTGCCCAACTGTTACAAATGTGTAGGGGGAATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAGCCAGAGCTGCCCAACTGTTACAAATGTGTAGGGGGAATGAT  650

seq1  GGTTTGATGTGTTCTT-GGATTTGGTTTGCTAAAATTATA-TTGAATA-T  697
      |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GGTTTGATGTGTTCTTGGGTTTTGGTTTGCTAAAATTATATTTGAATATT  700

seq1  TTTTGCATCGATAATCATAAGAAAAATTGGTCAGAAGTTCTC-TTTCTTT  746
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTGCATCGATAATCATAAGAAAAATTGGTCAGAAGTTCTCTTTTCTTT  750

seq1  GTTGGGTCTTTATGTGGTTTAGGTTCTGAGTAC-TGTGGCTTCATGGACT  795
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  GTTGGGTCTTTATGTGG-TTAGGTTCTGAGTACTTGTGGCTTCTTGGACT  799

seq1  GAGTTAGGCAGTGTTCCTTCTGTTTCTGTTT  826
      |||| || ||||||| |||||| ||||||||
seq2  GAGTAAGCCAGTGTT-CTTCTGGTTCTGTTT  829