BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-073B19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 40,519,328 - 40,652,620
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666894
Upstream geneLOC100041779, LOC382747, A230103O09Rik, Ofcc1
Downstream geneLOC100039048, Tcfap2a, EG621629, EG637157, LOC100039105, Gcnt2, Pak1ip1, Tmem14c, Mak, EG621771, Gcm2, LOC637277, Elovl2, LOC268650, BC024659, Nedd9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-073B19.bB6Ng01-073B19.g
ACCDH890338DH890339
length1,1531,075
definitionDH890338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073B19, 5' end.DH890339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-073B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,651,455 - 40,652,620)(40,519,328 - 40,520,408)
sequence
gaattccaagtccctggtcacttttgcagaaatgttttccatatttgcta
agagacattttcatgccagaaatacccgacattcatcgctcattttagac
aaacctttattgcgtattactactgaagtagtggtagaatagaagaaaag
tcatactttattaatttgtcatacatacacatatatctttatatattact
atgtaacacaggctggctttgaactcatgatcctcctacttttatcttct
gagaggcatttattacaggcaggtgacacggcaccagcctacatagttgt
aaatttttatggcttttttgttgttgttgctaaacttccttctattaagt
aattttcatctttgacttatttgttcatttatatctttgtatttcccaga
ctgttctgtgttgtgttcttcattgtcagcttgtctgggtttgggctcac
cagaagacacatctctaggtctgtctatgatggtattttcagagaagttt
aacacaggaaggaagacccacctgaatgaatgtggttctattccatgggg
tttggtgctagactgaagagagagcgagttaagatcatcctgtaggccag
cctgtagagcatgttcttaattagtgattggtatgggagagcctaggcca
tggtggatggggcctccactgggcggatggttctggggttgaattaaaaa
agcagactgaacaagccacgaagaacaagttggtaagtagcacccctccc
tggcatctgcatcagctcctgcctccaggcttctgttgggtcttcgtttg
ataatgcactatgatatggaagtataatgaacataaacccactcctcccc
tggttgctattggttctggcattttattacagcaacagtaaccctaactg
ttgcttctggtggctatcttgtcatagaatgtagaaaaagccaattcact
ctttgtaaggtagagagagtagctttcttctcggtgtataactgtacctt
caaagttgacccattttgtggaattaattttctttttggatgcttgaagg
accaaagatcaagtatgtcatcctccctctctctccttttcggtcctaat
tcgttgcttaatccagcctctcaagagagggttttgattgttcgttttgt
ttt
gaattctacattccattccaaaggagctagaaacagactgtcttttccat
actgggtggagactgagcataggaggaaacttccaaagccccactcccaa
cagtgacacacttcctccaatgaggccacatctcctaatagtactacttc
tcatgggtcaagcttggtcaaaacccaccacaggtatgttcattgtctaa
actccaagactaactgtattcaattaaggaagtggaattaaaatggaaag
ctcttagacttggaatatctgtgcttaaatatgtgtatcctatttgaatg
acatgatcttgattcaataaaagggtgtgtaaaagtacaagattcttgcc
tccacagagttgaggatccaatgcagaagacacagtcatcaaatttgcat
acacacacacacacacacacacacacagtgagtttcagatggtatgatct
gagaatatagcacaggaagaacaacatgggggctgaagagacttggtcaa
gatgaggaccatcttgacatgagttctcttctcaaaggtcagtagaagtc
agctaggaaagtagttaaaccaagggagaagcccagagccaaatgaatag
tgacaatgaacactggggacaaagtagctatgaaaggtaagccgatgggg
tcattgggctaatgtaacatgacaaacaataagagtttggggttccagtc
agtaggcaaggcagtcaagaccttatattttactcaggtgctattttaaa
aaaaaaaaaaaaaagctttaaaaatatgttgaagtcagggaagacctaag
gccttatatatgctaagcagattcttatcactgagctaaattatagcata
tatataattccagtctttcatctcagaatgtgagagccagtgaaatgttt
tgggtgagagtgtacacgtgggttatttttctattgctttgataaactac
agtgacccaggtgacttacagaacagtttctttcgggttaggcttctaag
ggaacattcattatgggaggaaacatagagcggatgacaggaggaagagg
caggttgccacacttctatccactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_40651455_40652620
seq2: B6Ng01-073B19.b_45_1197 (reverse)

seq1  AAAACAAAACAAAACAAAACAAAAACCTCTCCATTTGAGAGTGCTAGATT  50
      |||||||||| ||   || ||||| ||||||   ||||||| ||| ||  
seq2  AAAACAAAACGAA--CAATCAAAACCCTCTC---TTGAGAG-GCTGGA--  42

seq1  TTAAGCAACAGAATAAGAACCAGAAAAGGAGAGAGAGAGAGAGATTAGAC  100
      ||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||| ||| |||  |||
seq2  TTAAGCAAC-GAATTAGGACC-GAAAAGGAGAGAGAGGGAG-GAT--GAC  87

seq1  AATACTTGATCTTTGTTACCTCAAGCATCC-AAAAGAAAATTAATTCCAC  149
       |||||||||||||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -ATACTTGATCTTTGGTCCTTCAAGCATCCAAAAAGAAAATTAATTCCAC  136

seq1  -AAATGGGTCAACTTTGGAGGTACAGTTATTACACCGGGAAGAAGGCTAC  198
       |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||
seq2  AAAATGGGTCAACTTTGAAGGTACAGTTA-TACACCGAGAAGAAAGCTAC  185

seq1  TCTCTCTACCTTACAAAGAGTTGATTGGCTTTTTCTACATTCTATGACAA  248
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTACCTTACAAAGAGTGAATTGGCTTTTTCTACATTCTATGACAA  235

seq1  GATAGCCACCAGAAGCAACAGTTAGGGTTACTGTTGCTGTAATAAAATGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCACCAGAAGCAACAGTTAGGGTTACTGTTGCTGTAATAAAATGC  285

seq1  CAGAACCAATAGCAACCAGGGGAGGAGTGGGTTTATGTTCATTATACTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCAATAGCAACCAGGGGAGGAGTGGGTTTATGTTCATTATACTTC  335

seq1  CATATCATAGTGCATTATCAAACGAAGACCCAACAGAAGCCTGGAGGCAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCATAGTGCATTATCAAACGAAGACCCAACAGAAGCCTGGAGGCAG  385

seq1  GAGCTGATGCAGATGCCAGGGAGGGGTGCTACTTACCAACTTGTTCTTCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGATGCAGATGCCAGGGAGGGGTGCTACTTACCAACTTGTTCTTCG  435

seq1  TGGCTTGTTCAGTCTGCTTTTTTAATTCAACCCCAGAACCATCCGCCCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTTCAGTCTGCTTTTTTAATTCAACCCCAGAACCATCCGCCCAG  485

seq1  TGGAGGCCCCATCCACCATGGCCTAGGCTCTCCCATACCAATCACTAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCCCCATCCACCATGGCCTAGGCTCTCCCATACCAATCACTAATT  535

seq1  AAGAACATGCTCTACAGGCTGGCCTACAGGATGATCTTAACTCGCTCTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATGCTCTACAGGCTGGCCTACAGGATGATCTTAACTCGCTCTCT  585

seq1  CTTCAGTCTAGCACCAAACCCCATGGAATAGAACCACATTCATTCAGGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTCTAGCACCAAACCCCATGGAATAGAACCACATTCATTCAGGTG  635

seq1  GGTCTTCCTTCCTGTGTTAAACTTCTCTGAAAATACCATCATAGACAGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCCTTCCTGTGTTAAACTTCTCTGAAAATACCATCATAGACAGAC  685

seq1  CTAGAGATGTGTCTTCTGGTGAGCCCAAACCCAGACAAGCTGACAATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGATGTGTCTTCTGGTGAGCCCAAACCCAGACAAGCTGACAATGAA  735

seq1  GAACACAACACAGAACAGTCTGGGAAATACAAAGATATAAATGAACAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAACACAGAACAGTCTGGGAAATACAAAGATATAAATGAACAAAT  785

seq1  AAGTCAAAGATGAAAATTACTTAATAGAAGGAAGTTTAGCAACAACAACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAAGATGAAAATTACTTAATAGAAGGAAGTTTAGCAACAACAACA  835

seq1  AAAAAGCCATAAAAATTTACAACTATGTAGGCTGGTGCCGTGTCACCTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCATAAAAATTTACAACTATGTAGGCTGGTGCCGTGTCACCTGC  885

seq1  CTGTAATAAATGCCTCTCAGAAGATAAAAGTAGGAGGATCATGAGTTCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATAAATGCCTCTCAGAAGATAAAAGTAGGAGGATCATGAGTTCAA  935

seq1  AGCCAGCCTGTGTTACATAGTAATATATAAAGATATATGTGTATGTATGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCTGTGTTACATAGTAATATATAAAGATATATGTGTATGTATGA  985

seq1  CAAATTAATAAAGTATGACTTTTCTTCTATTCTACCACTACTTCAGTAGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAATAAAGTATGACTTTTCTTCTATTCTACCACTACTTCAGTAGT  1035

seq1  AATACGCAATAAAGGTTTGTCTAAAATGAGCGATGAATGTCGGGTATTTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGCAATAAAGGTTTGTCTAAAATGAGCGATGAATGTCGGGTATTTC  1085

seq1  TGGCATGAAAATGTCTCTTAGCAAATATGGAAAACATTTCTGCAAAAGTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGAAAATGTCTCTTAGCAAATATGGAAAACATTTCTGCAAAAGTG  1135

seq1  ACCAGGGACTTGGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGACTTGGAATTC  1153

seq1: chr13_40519328_40520408
seq2: B6Ng01-073B19.g_70_1144

seq1  GAATTCTACATTCCATTCCAAAGGAGCTAGAAACAGACTGTCTTTTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACATTCCATTCCAAAGGAGCTAGAAACAGACTGTCTTTTCCAT  50

seq1  ACTGGGTGGAGACTGAGCATAGGAGGAAACTTCCAAAGCCCCACTCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTGGAGACTGAGCATAGGAGGAAACTTCCAAAGCCCCACTCCCAA  100

seq1  CAGTGACACACTTCCTCCAATGAGGCCACATCTCCTAATAGTACTACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACACACTTCCTCCAATGAGGCCACATCTCCTAATAGTACTACTTC  150

seq1  TCATGGGTCAAGCTTGGTCAAAACCCACCACAGGTATGTTCATTGTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTCAAGCTTGGTCAAAACCCACCACAGGTATGTTCATTGTCTAA  200

seq1  ACTCCAAGACTAACTGTATTCAATTAAGGAAGTGGAATTAAAATGGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGACTAACTGTATTCAATTAAGGAAGTGGAATTAAAATGGAAAG  250

seq1  CTCTTAGACTTGGAATATCTGTGCTTAAATATGTGTATCCTATTTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGACTTGGAATATCTGTGCTTAAATATGTGTATCCTATTTGAATG  300

seq1  ACATGATCTTGATTCAATAAAAGGGTGTGTAAAAGTACAAGATTCTTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATCTTGATTCAATAAAAGGGTGTGTAAAAGTACAAGATTCTTGCC  350

seq1  TCCACAGAGTTGAGGATCCAATGCAGAAGACACAGTCATCAAATTTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGAGTTGAGGATCCAATGCAGAAGACACAGTCATCAAATTTGCAT  400

seq1  ACACACACACACACACACACACACACAGTGAGTTTCAGATGGTATGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACAGTGAGTTTCAGATGGTATGATCT  450

seq1  GAGAATATAGCACAGGAAGAACAACATGGGGGCTGAAGAGACTTGGTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATATAGCACAGGAAGAACAACATGGGGGCTGAAGAGACTTGGTCAA  500

seq1  GATGAGGACCATCTTGACATGAGTTCTCTTCTCAAAGGTCAGTAGAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGACCATCTTGACATGAGTTCTCTTCTCAAAGGTCAGTAGAAGTC  550

seq1  AGCTAGGAAAGTAGTTAAACCAAGGGAGAAGCCCAGAGCCAAATGAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGAAAGTAGTTAAACCAAGGGAGAAGCCCAGAGCCAAATGAATAG  600

seq1  TGACAATGAACACTGGGGACAAAGTAGCTATGAAAGGTAAGCCGATGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATGAACACTGGGGACAAAGTAGCTATGAAAGGTAAGCCGATGGGG  650

seq1  TCATTGGGCTAATGTAACATGACAAACAATAAGAGTTTGGGGTTCCAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGGCTAATGTAACATGACAAACAATAAGAGTTTGGGGTTCCAGTC  700

seq1  AGTAGGCAAGGCAGTCAAGACCTTATATTTTACTCAGGTGCTATTTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCAAGGCAGTCAAGACCTTATATTTTACTCAGGTGCTATTTTAAA  750

seq1  AAAAAAAAAAAAAAGCTTTAAAAATATGTTGAAGTCAGGGAAGACCTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAGCTTTAAAAATATGTTGAAGTCAGGGAAGACCTAAG  800

seq1  GCCTTATATATGCTAAGCAGATTCTTTATCACTGAGCTAAATTATAGCAT  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATATATGCTAAGCAGATTC-TTATCACTGAGCTAAATTATAGCAT  849

seq1  ATATATAATTCCAGTCTTTCATCTCAGAATGTGAGAGCCAGTGAAATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAATTCCAGTCTTTCATCTCAGAATGTGAGAGCCAGTGAAATGTT  899

seq1  TTGGGTGAGAGTGTACACGTTGGTTATTTTTCTATTGCTTTGATAAACTA  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGAGAGTGTACACGTGGGTTATTTTTCTATTGCTTTGATAAACTA  949

seq1  CAGTGACCCAAGGTGACTTACAGAACAGTTTCTTTCGGGTTATGGCTCTA  1000
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   
seq2  CAGTGACCC-AGGTGACTTACAGAACAGTTTCTTTCGGGTTA-GGCTTCT  997

seq1  AAGGGAACATTCATAATGGGAGGAAAACATAGAAGCAGATGACAGGAGGA  1050
      |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||
seq2  AAGGGAACATTCATTATGGGAGG-AAACATAG-AGCGGATGACAGGAGGA  1045

seq1  GAGA-GCAGGCTGGCCACACTTCTATCCACTC  1081
       ||| ||||| | |||||||||||||||||||
seq2  -AGAGGCAGG-TTGCCACACTTCTATCCACTC  1075