BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077B07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 15,946,207 - 16,097,872
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665157
Upstream geneEG665099, LOC670994, EG625121, Gli3
Downstream geneInhba, LOC625181, LOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077B07.bB6Ng01-077B07.g
ACCDH893149DH893150
length1,0201,125
definitionDH893149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077B07, 5' end.DH893150|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077B07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,946,207 - 15,947,227)(16,096,737 - 16,097,872)
sequence
gaattcactgatttctttgctgtaacacacaacttctgtcacctttatac
tcttgagtgttcttgtacacacacatcatgggcctgggctgtatctacat
ttgttacccagcactgggcttgcatagaacatccttctggctaatataac
tttagttatagaatatgacatgtaataaatgtgattgctccaagtggctg
gtctttggcaagtcccagagctgtactttgccaactgcccctttctctaa
tttcccatctcttgtatattttaagatgaaacaatccatttttggttcat
ttgtaattatagtaattcatcagaacctttgttgtaagactcatttgatg
ttcaaatagtcttatgaacttttcgacagcactttgaaaatattattcct
agaatccagaaacagtcttctgtcagttataaattaatttcatcatgaca
ttgtgttattttagtccaagacctatattagttaaaaggcctgttatgaa
actatttagatgatagtctggtttatgtattccacatggatatacttaat
taagattgtgtgtatcttgaaggcaaagtctcacaatatcaccaattaca
ggatgatatgaagtaggaatctttaagaagatgctttctaaactataaga
aacaagagaattgacaggagcatgatttagctgtctcctgcaaggctctg
ccagtgcctggcaaatgcagaagtggatgctcacagtcatccattggatg
gagcataaggtccccaatgaaggagccagacaaatacccagggagctgaa
ggggactgaagccccatagaaggaacatcaatatccactaaccagtaccc
tcagagctccttggaactataccaccaatcaaaggaaacacatggtggaa
cttgtggctctagctatatatgtaacagaggacagcctagtctatcataa
atgggtggaaatgcccttggtcctatgaagacttctatgcccaatatggg
ggaatggcagaccaggaatg
gaattccagaagatgctcagctggaatcagagcaaagcctctcaaaaaac
aaattatgtttgttaatgctgtgactaaaggaagtgcccatggggtcact
ggaaacgcatgaaaatttctgaagcagaaaacaaaacaaaacaaaaacag
acaaaaaacaaaaaaacaagacaaacagacaaacaaaaagcaaaaaaaca
aaacaaaacaacaaaaaaaccaaggtgaccaccaagggaagtaaatctta
gggacttgggagaatcttccagacttaccaggcggttgagctgttgctcc
cttggaaaggcacagcagcaccctcttctggtgcactcacatagaaggaa
acgtcagcgcagagctgagacatccactcccaatctttgcttttcaaatg
acacatcgtgaatttaaaagtaacatagaacatgaaaatgcatgtaagtg
taagaatgtgagtccatggactcttccttcccagaatagtcactattttg
atgtatgggcaaaagaaaattgggaaggagatgtaattggataaactgat
attgtcatctgtcattcattatatgttgaccattttcaatggccacattt
cttgaaaaagtaatgcctgaaaaaaataaaagtaatgtctgaaggataat
taatcaaataaattcctttatttttaagccagtaaactaactgcaaatct
agttccaaaattttgtaggcacatttttttatgttctgagttcatgtctt
attattgcttaaggtaaattcctgatgagttattgggtcagaaatgtgga
cacattcaatatccccatccgtgttaccaagttaccctcttccaagtcct
aatagtgtaagagtctggccccttcactgcgtttcatcctgggtcttagc
ctagttctaactctcctatcagataaatcagtgtacgctttctttacatt
tgggttttaagtgctcattaagattaaacatttcatcactcatttgtgtg
agtactttaggtcactgctatatttcagactttcatgtttcaaatacact
ggattatatacatttatagagcttattttacaataggtaggaatcttcct
gctcccatgtatggacaccacccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_15946207_15947227
seq2: B6Ng01-077B07.b_44_1063

seq1  GAATTCACTGATTTCTTTGCTGTAACACACAACTTCTGTCACCTTTATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGATTTCTTTGCTGTAACACACAACTTCTGTCACCTTTATAC  50

seq1  TCTTGAGTGTTCTTGTACACACACATCATGGGCCTGGGCTGTATCTACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGTGTTCTTGTACACACACATCATGGGCCTGGGCTGTATCTACAT  100

seq1  TTGTTACCCAGCACTGGGCTTGCATAGAACATCCTTCTGGCTAATATAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACCCAGCACTGGGCTTGCATAGAACATCCTTCTGGCTAATATAAC  150

seq1  TTTAGTTATAGAATATGACATGTAATAAATGTGATTGCTCCAAGTGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTATAGAATATGACATGTAATAAATGTGATTGCTCCAAGTGGCTG  200

seq1  GTCTTTGGCAAGTCCCAGAGCTGTACTTTGCCAACTGCCCCTTTCTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGGCAAGTCCCAGAGCTGTACTTTGCCAACTGCCCCTTTCTCTAA  250

seq1  TTTCCCATCTCTTGTATATTTTAAGATGAAACAATCCATTTTTGGTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATCTCTTGTATATTTTAAGATGAAACAATCCATTTTTGGTTCAT  300

seq1  TTGTAATTATAGTAATTCATCAGAACCTTTGTTGTAAGACTCATTTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTATAGTAATTCATCAGAACCTTTGTTGTAAGACTCATTTGATG  350

seq1  TTCAAATAGTCTTATGAACTTTTCGACAGCACTTTGAAAATATTATTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAGTCTTATGAACTTTTCGACAGCACTTTGAAAATATTATTCCT  400

seq1  AGAATCCAGAAACAGTCTTCTGTCAGTTATAAATTAATTTCATCATGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCAGAAACAGTCTTCTGTCAGTTATAAATTAATTTCATCATGACA  450

seq1  TTGTGTTATTTTAGTCCAAGACCTATATTAGTTAAAAGGCCTGTTATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTATTTTAGTCCAAGACCTATATTAGTTAAAAGGCCTGTTATGAA  500

seq1  ACTATTTAGATGATAGTCTGGTTTATGTATTCCACATGGATATACTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTAGATGATAGTCTGGTTTATGTATTCCACATGGATATACTTAAT  550

seq1  TAAGATTGTGTGTATCTTGAAGGCAAAGTCTCACAATATCACCAATTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTGTGTGTATCTTGAAGGCAAAGTCTCACAATATCACCAATTACA  600

seq1  GGATGATATGAAGTAGGAATCTTTAAGAAGATGCTTTCTAAACTATAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATATGAAGTAGGAATCTTTAAGAAGATGCTTTCTAAACTATAAGA  650

seq1  AACAAGAGAATTGACAGGAGCATGATTTAGCTGTCTCCTGCAAGGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAGAATTGACAGGAGCATGATTTAGCTGTCTCCTGCAAGGCTCTG  700

seq1  CCAGTGCCTGGCAAATGCAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCCATTGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCCTGGCAAATGCAGAAGTGGATGCTCACAGTCATCCATTGGATG  750

seq1  GAGCATAAGGTCCCCAATGAAGGAGCCAGACAAATACCCAGGGAGCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAAGGTCCCCAATGAAGGAGCCAGACAAATACCCAGGGAGCTGAA  800

seq1  GGGGACTGAAGCCCCATAGAAGGAACATCAATATCCACTAACCAGTACCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTGAAGCCCCATAGAAGGAACATCAATATCCACTAACCAGTACCC  850

seq1  TCAGAGCTCCTTGGAACTATACCACCAATCAAAGGAAACACATGGTGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCTCCTTGGAACTATACCACCAATCAAAGGAAACACATGGTGGAA  900

seq1  CTTGTGGCTCTAGCTATATATGTAACAGAGGACAGCCTAGTCTATCATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGCTCTAGCTATATATGTAACAGAGGACAGCCTAGTCTATCATAA  950

seq1  ATGGGTGGAGATGCCCTTGGTCCTATGAAGAC-TCTATGCCCAAATATGG  999
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  ATGGGTGGAAATGCCCTTGGTCCTATGAAGACTTCTATGCCC-AATATGG  999

seq1  GGGAATGGCAGGACCAGGAATG  1021
      |||||||||| |||||||||||
seq2  GGGAATGGCA-GACCAGGAATG  1020

seq1: chr13_16096737_16097872
seq2: B6Ng01-077B07.g_67_1191 (reverse)

seq1  AGGGGTGGTGTCACTACAATGGGGAGCA-GAAGATTCCTTACTAATTGTA  49
      ||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||||| |||  ||||||
seq2  AGGGGTGGTGTCCATACA--TGGGAGCAGGAAGATTCC-TACCTATTGTA  47

seq1  AAATAAGCTCCTATTAAATTGTATATAATCCAGTGTATTTGAAACATGAA  99
      ||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGCT-CTAT--AAATGTATATAATCCAGTGTATTTGAAACATGAA  94

seq1  AGTCTGAAATATAGCAGTGACCTAAAAGTAACTCACACAAATGAGTGATG  149
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAAATATAGCAGTGACCT-AAAGT-ACTCACACAAATGAGTGATG  142

seq1  AAATGTTTAATCTTAATGAGCACCTTAAAAACCCAAATGTAAAGAAAGCG  199
      |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTAATCTTAATGAGCAC--TTAAAACCCAAATGTAAAGAAAGCG  190

seq1  TACACCTGATTTATCTTGATAGGAGAGTTAGAACTAGGCTAAGACCCAGG  249
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACA-CTGATTTATC-TGATAGGAGAGTTAGAACTAGGCTAAGACCCAGG  238

seq1  ATGAAACGCAGTGAAGGGGCCAGACTCTTACACTATTAGGACTTGGAAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACGCAGTGAAGGGGCCAGACTCTTACACTATTAGGACTTGGAAGA  288

seq1  GGGTAACTTGGTAACACGGATGGGGATATTGAATGTGTCCACATTTCTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACTTGGTAACACGGATGGGGATATTGAATGTGTCCACATTTCTGA  338

seq1  CCCAATAACTCATCAGGAATTTACCTTAAGCAATAATAAGACATGAACTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAACTCATCAGGAATTTACCTTAAGCAATAATAAGACATGAACTC  388

seq1  AGAACATAAAAAAATGTGCCTACAAAATTTTGGAACTAGATTTGCAGTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAAAAAATGTGCCTACAAAATTTTGGAACTAGATTTGCAGTTA  438

seq1  GTTTACTGGCTTAAAAATAAAGGAATTTATTTGATTAATTATCCTTCAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTGGCTTAAAAATAAAGGAATTTATTTGATTAATTATCCTTCAGA  488

seq1  CATTACTTTTATTTTTTTCAGGCATTACTTTTTCAAGAAATGTGGCCATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTTTTATTTTTTTCAGGCATTACTTTTTCAAGAAATGTGGCCATT  538

seq1  GAAAATGGTCAACATATAATGAATGACAGATGACAATATCAGTTTATCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGGTCAACATATAATGAATGACAGATGACAATATCAGTTTATCCA  588

seq1  ATTACATCTCCTTCCCAATTTTCTTTTGCCCATACATCAAAATAGTGACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATCTCCTTCCCAATTTTCTTTTGCCCATACATCAAAATAGTGACT  638

seq1  ATTCTGGGAAGGAAGAGTCCATGGACTCACATTCTTACACTTACATGCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGAAGGAAGAGTCCATGGACTCACATTCTTACACTTACATGCAT  688

seq1  TTTCATGTTCTATGTTACTTTTAAATTCACGATGTGTCATTTGAAAAGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTTCTATGTTACTTTTAAATTCACGATGTGTCATTTGAAAAGCA  738

seq1  AAGATTGGGAGTGGATGTCTCAGCTCTGCGCTGACGTTTCCTTCTATGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGGGAGTGGATGTCTCAGCTCTGCGCTGACGTTTCCTTCTATGTG  788

seq1  AGTGCACCAGAAGAGGGTGCTGCTGTGCCTTTCCAAGGGAGCAACAGCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACCAGAAGAGGGTGCTGCTGTGCCTTTCCAAGGGAGCAACAGCTC  838

seq1  AACCGCCTGGTAAGTCTGGAAGATTCTCCCAAGTCCCTAAGATTTACTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGCCTGGTAAGTCTGGAAGATTCTCCCAAGTCCCTAAGATTTACTTC  888

seq1  CCTTGGTGGTCACCTTGGTTTTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGGTCACCTTGGTTTTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCTT  938

seq1  TTTGTTTGTCTGTTTGTCTTGTTTTTTTGTTTTTTGTCTGTTTTTGTTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTCTGTTTGTCTTGTTTTTTTGTTTTTTGTCTGTTTTTGTTTT  988

seq1  GTTTTGTTTTCTGCTTCAGAAATTTTCATGCGTTTCCAGTGACCCCATGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTTCTGCTTCAGAAATTTTCATGCGTTTCCAGTGACCCCATGG  1038

seq1  GCACTTCCTTTAGTCACAGCATTAACAAACATAATTTGTTTTTTGAGAGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCCTTTAGTCACAGCATTAACAAACATAATTTGTTTTTTGAGAGG  1088

seq1  CTTTGCTCTGATTCCAGCTGAGCATCTTCTGGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTGATTCCAGCTGAGCATCTTCTGGAATTC  1125