BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079O13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 98,428,419 - 98,548,009
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039740
Upstream geneHmgcr, LOC100039456, LOC625662, 1700029F12Rik, EG620648, 5730427N09Rik, LOC100039663, Gfm2, Hexb, Enc1, LOC667676, LOC100039691, LOC100039704, EG328314, LOC100039526
Downstream geneRgnef, LOC667703, Utp15, Ankra2, EG667718, Btf3, Foxd1, LOC100039827, LOC100039665, LOC100039854, LOC218501, Tmem174, Tmem171, LOC669675, Fcho2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079O13.bB6Ng01-079O13.g
ACCDH895189DH895190
length1,0441,198
definitionDH895189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079O13, 5' end.DH895190|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,546,965 - 98,548,009)(98,428,419 - 98,429,621)
sequence
gaattctgtctattttatttctcagttgtcccccagagtggactatatag
tgttttgttcatgatagaagtttaacagtattgtggttaagcaggccatc
agagtcaaatgtcctcagagcctggtatgtcaacaagtcacatggggacc
ctggtagaacacagattactattcagaatgtctaggctggcctagaggtg
gtgccaggcatccagaagctacttctgtcgcctgagtagcgattatctaa
actagtaattctctactgaggagatgtaaggccttggatgacattgatct
tgggaaatttctttctttctgtctctgtctctctctgacatagtgagtag
actatacatatatgaatgtgtgcatgtacatgtgtgtgtttatgcgtgtt
tagagttcccagctgattctgtttcttttgagaactccaattaagacagt
ggacatcctgtcccttctaagaaactgacctccatgaagctgcctgaccc
tgttcttctggactccaggtgtctgtgtttacgtgggagcagggttccag
cctctgcagttgcccaagccgggagcacttacaaacatgacattagctag
acaatatttgctaagcaaaggagcaatgtaaataagattgggggggggag
ttcaaatatgaaaatgcttgagaacaaattgtgtgcaagcatcttaaaat
cattcattagtacttagtaatttaaaattaattgcaaatgtactctgttg
ggccatgctgtttatattttccacatacacacatgtatataagcgcatat
aaagtaagcaaacagctgctttttaccactctgtaatccatgggttttat
ttatatctcagataccctcagcacaccagtttttggactcaattgaaatg
ataccacaattactgcccatagtcttgaaacctcacttaaggtacttcat
gctcctcaatacataggggattttcagaagagtggcaccctcgcatctgt
gactgcctctgctacccacacgcagactcttggggtgctgtttc
gaattctcaatcagtgtggctttaggaataaatcatatttctcttactgt
gtaattggtgttgttcaaacatgtgcagacaaaccttgaagagcatatat
tagttgtttaatgtcctagaggttcaggcacaggagacagaggaaagggt
ttgtgattgccttgggtacatgagctgctctgagattgcatgtcctatct
ctcgtcactgtcccttcttactggatctggaaagcctgctaggttaagag
ttggtctgttgttgtcgaggtaggcatggcatttaagacttggctgtagt
tctaatattatgtttctaaagacaataaacgttttaaaaagtgggtaatc
tcacctgacttctcctagttgtggggacaggggcacaggggagcaggaat
gcttcttctgcaagcacgaggacctgagtttgaatccccagcaccataca
gagctagacatggtggcatatgcttttgatctcagtacttgggaggcaga
ggcaagattatctctgtgagttcaatgccaggctggtgtacacagtgagt
tccagaacaactgaggcttcatagtgagacttcacctcaaaatcaaaaat
ctcaaaacaacaaaaagaataaaaaattggggcatggttatgtgtgcctg
taccagcaccagaagtagagataggcaaatggtgggtcagtcagccaggc
caaaatggctaactattaacgtagtgagaagtgctgtctctaggcaataa
ggtaaacagctaggggaagacactcaatgttctcctatggcatctgcagg
tttacatatgtgtgcacacactcacatgtatgtaccatagattgatcccc
ccctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacaca
atatgggaatgaagcatttagaagtgggctgctttactgtttattgtaat
agcagcttcaaagacccagtggttcttgatctgtagcagaactgagctat
agcaacactttcctgacaatttgacaccttgacctgcagaaccagctcag
cactagctgtgaagatctcctcatgagcagataaaagaacatgtttcctc
caggaacattgatgttactatacaccggaagagagcccacccccatcagg
ctgtgtgggaggattgaaacgggaatgacatcctgatctcaggccctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_98546965_98548009
seq2: B6Ng01-079O13.b_50_1093 (reverse)

seq1  GAAACAGACACCCCAGGAGTCTGCGTGTGGGTAGCAGAGGCAGTCACAGA  50
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAG-CACCCCAAGAGTCTGCGTGTGGGTAGCAGAGGCAGTCACAGA  49

seq1  TGCGAGGGTGCCACTCTTCTGAAAATCCCCTATGTATTTGAGGAGCATGA  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCGAGGGTGCCACTCTTCTGAAAATCCCCTATGTA-TTGAGGAGCATGA  98

seq1  AGTACCTGAGGTGAGGTTTC-AGACTATGGGCAGTAATTGTGGTATCATT  149
      ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTTAAGTGAGGTTTCAAGACTATGGGCAGTAATTGTGGTATCATT  148

seq1  TCATTTGAGTCCAAAAACTGGTGTGCTGAGGGTATCTGAGATATAAATAA  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTGAGTCCAAAAACTGGTGTGCTGAGGGTATCTGAGATATAAATAA  198

seq1  AACCCATGGATTACAGAGTGGTTAAAAAGCAGCTGTTTGCTTACTTTATA  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGGATTACAGAGTGG-TAAAAAGCAGCTGTTTGCTTACTTTATA  247

seq1  TGCGCTTATATACATGTGTGTATGTGG-AAATATAAACAGCATGGCCCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTTATATACATGTGTGTATGTGGAAAATATAAACAGCATGGCCCAA  297

seq1  CAGAGTACATTTGCAATTAATTTTAAATTACTAAGTACTAATGAATGATT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTACATTTGCAATTAATTTTAAATTACTAAGTACTAATGAATGATT  347

seq1  TTAAGATGCTTGCACACAATTTGTTCTCAAGCATTTTCATATTTGAACTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATGCTTGCACACAATTTGTTCTCAAGCATTTTCATATTTGAACTC  397

seq1  CCCCCCCCAATCTTATTTACATTGCTCCTTTGCTTAGCAAATATTGTCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCAATCTTATTTACATTGCTCCTTTGCTTAGCAAATATTGTCTA  447

seq1  GCTAATGTCATGTTTGTAAGTGCTCCCGGCTTGGGCAACTGCAGAGGCTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATGTCATGTTTGTAAGTGCTCCCGGCTTGGGCAACTGCAGAGGCTG  497

seq1  GAACCCTGCTCCCACGTAAACACAGACACCTGGAGTCCAGAAGAACAGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGCTCCCACGTAAACACAGACACCTGGAGTCCAGAAGAACAGGG  547

seq1  TCAGGCAGCTTCATGGAGGTCAGTTTCTTAGAAGGGACAGGATGTCCACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGCTTCATGGAGGTCAGTTTCTTAGAAGGGACAGGATGTCCACT  597

seq1  GTCTTAATTGGAGTTCTCAAAAGAAACAGAATCAGCTGGGAACTCTAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATTGGAGTTCTCAAAAGAAACAGAATCAGCTGGGAACTCTAAAC  647

seq1  ACGCATAAACACACACATGTACATGCACACATTCATATATGTATAGTCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATAAACACACACATGTACATGCACACATTCATATATGTATAGTCTA  697

seq1  CTCACTATGTCAGAGAGAGACAGAGACAGAAAGAAAGAAATTTCCCAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTATGTCAGAGAGAGACAGAGACAGAAAGAAAGAAATTTCCCAAGA  747

seq1  TCAATGTCATCCAAGGCCTTACATCTCCTCAGTAGAGAATTACTAGTTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCATCCAAGGCCTTACATCTCCTCAGTAGAGAATTACTAGTTTA  797

seq1  GATAATCGCTACTCAGGCGACAGAAGTAGCTTCTGGATGCCTGGCACCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATCGCTACTCAGGCGACAGAAGTAGCTTCTGGATGCCTGGCACCAC  847

seq1  CTCTAGGCCAGCCTAGACATTCTGAATAGTAATCTGTGTTCTACCAGGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGCCAGCCTAGACATTCTGAATAGTAATCTGTGTTCTACCAGGGT  897

seq1  CCCCATGTGACTTGTTGACATACCAGGCTCTGAGGACATTTGACTCTGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGTGACTTGTTGACATACCAGGCTCTGAGGACATTTGACTCTGAT  947

seq1  GGCCTGCTTAACCACAATACTGTTAAACTTCTATCATGAACAAAACACTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCTTAACCACAATACTGTTAAACTTCTATCATGAACAAAACACTA  997

seq1  TATAGTCCACTCTGGGGGACAACTGAGAAATAAAATAGACAGAATTC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTCCACTCTGGGGGACAACTGAGAAATAAAATAGACAGAATTC  1044

seq1: chr13_98428419_98429621
seq2: B6Ng01-079O13.g_71_1268

seq1  GAATTCTCAATCAGTGTGGCTTTAGGAATAAATCATATTTCTCTTACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATCAGTGTGGCTTTAGGAATAAATCATATTTCTCTTACTGT  50

seq1  GTAATTGGTGTTGTTCAAACGTGTGCAGACAAACCTTGAAGAGCATATAT  100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGGTGTTGTTCAAACATGTGCAGACAAACCTTGAAGAGCATATAT  100

seq1  TAGTTGTTTAATGTCCTAGAGGTTCAGGCACAGGAGACAGAGGAAAGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTTTAATGTCCTAGAGGTTCAGGCACAGGAGACAGAGGAAAGGGT  150

seq1  TTGTGATTGCCTTGGGTACATGAGCTGCTCTGAGATTGCATGTCCTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTGCCTTGGGTACATGAGCTGCTCTGAGATTGCATGTCCTATCT  200

seq1  CTCGTCACTGTCCCTTCTTACTGGATCTGGAAAGCCTGCTAGGTTAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCACTGTCCCTTCTTACTGGATCTGGAAAGCCTGCTAGGTTAAGAG  250

seq1  TTGGTCTGTTGTTGTCGAGGTAGGCATGGCATTTAAGACTTGGCTGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTGTTGTTGTCGAGGTAGGCATGGCATTTAAGACTTGGCTGTAGT  300

seq1  TCTAATATTATGTTTCTAAAGACAATAAACGTTTTAAAAAGTGGGTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATATTATGTTTCTAAAGACAATAAACGTTTTAAAAAGTGGGTAATC  350

seq1  TCACCTGACTTCTCCTAGTTGTGGGGACAGGGGCACAGGGGAGCAGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGACTTCTCCTAGTTGTGGGGACAGGGGCACAGGGGAGCAGGAAT  400

seq1  GCTTCTTCTGCAAGCACGAGGACCTGAGTTTGAATCCCCAGCACCATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTCTGCAAGCACGAGGACCTGAGTTTGAATCCCCAGCACCATACA  450

seq1  GAGCTAGACATGGTGGCATATGCTTTTGATCTCAGTACTTGGGAGGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGACATGGTGGCATATGCTTTTGATCTCAGTACTTGGGAGGCAGA  500

seq1  GGCAAGATTATCTCTGTGAGTTCAATGCCAGGCTGGTGTACACAGTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGATTATCTCTGTGAGTTCAATGCCAGGCTGGTGTACACAGTGAGT  550

seq1  TCCAGAACAACTGAGGCTTCATAGTGAGACTTCACCTCAAAATCAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAACAACTGAGGCTTCATAGTGAGACTTCACCTCAAAATCAAAAAT  600

seq1  CTCAAAACAACAAAAAGAATAAAAAATTGGGGCATGGTTATGTGTGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAACAACAAAAAGAATAAAAAATTGGGGCATGGTTATGTGTGCCTG  650

seq1  TACCAGCACCAGAAGTAGAGATAGGCAAATGGTGGGTCAGTCAGCCAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCACCAGAAGTAGAGATAGGCAAATGGTGGGTCAGTCAGCCAGGC  700

seq1  CAAAATGGCTAACTATTAACGTAGTGAGAAGTGCTGTCTCTAGGCAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGGCTAACTATTAACGTAGTGAGAAGTGCTGTCTCTAGGCAATAA  750

seq1  GGTAAACAGCTAGGGGAAGACACTCAATGTTCTCCTATGGCATCTGCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACAGCTAGGGGAAGACACTCAATGTTCTCCTATGGCATCTGCAGG  800

seq1  TTTACATATGTGTGCACACACTCACATGTATGTACCATAGATTGATCCCC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTACATATGTGTGCACACACTCACATGTATGTACCATAGATTGAT-CCC  849

seq1  CCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACAC  899

seq1  AAATATGGGAATGAAGCATTTAGAAGTTGGGCTGCTTTACTGTTTATTGT  950
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -AATATGGGAATGAAGCATTTAGAAG-TGGGCTGCTTTACTGTTTATTGT  947

seq1  AATAGCAGCTTCAAAGACCCAGTGGTTCATGATCTGTAGCAGAACTGAGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCAGCTTCAAAGACCCAGTGGTTCTTGATCTGTAGCAGAACTGAGC  997

seq1  TATAGCAACACTTTCCTGACAAATTGACAACTTGACCTGCAGAACCAGCT  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCAACACTTTCCTGACAATTTGACACCTTGACCTGCAGAACCAGCT  1047

seq1  CAGCACTAGCTGTGAAGATCT-CTCATGAGCAGATTAAAAGACCATG-TT  1098
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  CAGCACTAGCTGTGAAGATCTCCTCATGAGCAGA-TAAAAGAACATGTTT  1096

seq1  CTTCCAGGAACATTGATGTTACATAT-CACCAGGATGAGAGCCCACACCC  1147
      | |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||
seq2  CCTCCAGGAACATTGATGTTAC-TATACACC-GGAAGAGAGCCCACCCCC  1144

seq1  ATCAGGGCTGTG-GTGAGGA-TGACAGGTAGATGACAAACTCTGAATCTC  1195
      |||| ||||||| | ||||| ||| | |   ||||||   ||   |||||
seq2  ATCA-GGCTGTGTGGGAGGATTGAAACGGGAATGACA---TCCTGATCTC  1190

seq1  AGGCCCTC  1203
      ||||||||
seq2  AGGCCCTC  1198