BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081D02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 46,135,611 - 46,296,966
singlet/doubletdoublet
Overlap geneENSMUSG00000062282
Upstream geneHsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1, 5033430I15Rik
Downstream geneGm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153, Kif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081D02.bB6Ng01-081D02.g
ACCDH896116DH896117
length1,1971,159
definitionDH896116|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081D02, 5' end.DH896117|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081D02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,135,611 - 46,136,803)(46,295,808 - 46,296,966)
sequence
gaattcaatgcctttaataggactgaaaatcctcaagatgagagctaatg
ttgctatggaaacgtcgcatgccttaactgcaggactcggtttaaatttg
caaacttagtaccacattagcttttttcatattgggtttctggttgatct
ttttggaagataaaagaagaaaaacaacatgtcctgctagttgctcttgt
tacattcacagctaaaggagaaggtggtttgtaatcatccattgctcccc
tacacatgcatatatatgtatatccatatatatgcatgtgtatatattat
atatcatatattatacattacccaaatgtgatacagatttctcatatatt
acccatatgatatattttatacacacacatacacaccacacacatatcac
acacacaaacacacatactaccagcacacacagaaggaagccaccacaaa
gagattatgtaagagttaggcagggtgaaggttttgtagctgagcaagat
gaattcagcttcaaggttttcaaaaaattcccatgattttcttgttctca
tagaattatacgtccaaagcttggctcaatcgctaatggctcttgcattg
aaaagtcctaattttccagagctcagagccctttagagaatcacaaaggc
aagagcaagagagcccaaagggctgacattgcctgcagccctgtgctcat
tcacggacaccgtgtactctgccaaaaaacaaaattgggacccgcagaga
agcaacaaggagagagcaccatttgggaaatcgctcagttattattattc
aggagatagagtgtcactgtccccacctcttctccagcccctgcctgttg
ctgctcttgacctggctcacggtaatcactgacagctctaacaaactggc
tggcactcctttttggctttatggtcagggggggatatggggggccagag
tttcacctaacaccttcacaccttcccctccgtgtttcccacaaaggggt
gacaggccaggcccaccccacatgacttttgcaagaattgatagagatga
catattgcaaaccccctgggttaccttgctagaaatcaaggttacttcag
aaaatccttgcttcctgcagggtaaacgtgcacttgtcagagtcttggga
cctgggaaaggcatactgacttggtatgtgtctgctggggaccactg
gaattcaaactgagggagcaaaatcaatagacaagctaacaaaagacagt
atttacgctcttcagcggaacgagaaagccttggggagtcttgagagaca
atgaataatcagcaacagggagtggtatctgtcagcaaagagccacggga
agtttgtgcgggctgtccattaatacatatccataaggacctccacagag
gaggtcccacgtgccagcgacttcatatctgaagatgaggcacatactac
aaagggctccatggaaggcaatcactgcagacattgctgctgagtttgta
cgctgcggcttctggaagggaggcagacagcacatgccatgggaggctca
tggcctgctccctgagaaacatctggaaatggttgcagcctagagagagc
aagcctgtctgccgtgatgtcatcagccgcttggcattagacaatttata
ttgattccgcagagggatctggacaaggggctgcagcccgcagaaggaag
ccagaggtccaataattgccctacctcctccgacttcctgataattctta
caggaatagatcatgtaaatggcacggagtgtagcgcggtgttaaagcac
aggtgtagcacatgtgaggccccaagttcactcttcaaaggtaaagcata
atctcaaaagagaaatagaagggttgacaagatggctcagcaggtcaagg
gcttgctgtgcaaatgtaaggatttgagttcaagttcttgccactcagct
gtgcatatctgtaatcccagagctagagagggggagacacaggacaaaat
caagggctggcaggacaggcaacctagctccaggtttagtgagagatcct
gtctctaaaaaaataaatcaaagagcaacaatatcagtgtcaacctctgg
ccatacatacatatacacacgcacatacacacgtatatatacatacacac
agacacactacacagacacacacacacacacacacatacatcatacacac
atcacacatacattattcacacactatcacacattatacattcacacaca
ccacacacacatacacatatacacagcacaaccacacacctcatgactta
tcagattgaccgtgtaaccttgtccagaacgtatggagctaatccgctca
cagggagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_46135611_46136803
seq2: B6Ng01-081D02.b_44_1240

seq1  GAATTCAATGCCTTTAATAGGACTGAAAATCCTCAAGATGAGAGCTAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCCTTTAATAGGACTGAAAATCCTCAAGATGAGAGCTAATG  50

seq1  TTGCTATGGAAACGTCGCATGCCTTAACTGCAGGACTCGGTTTAAATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGGAAACGTCGCATGCCTTAACTGCAGGACTCGGTTTAAATTTG  100

seq1  CAAACTTAGTACCACATTAGCTTTTTTCATATTGGGTTTCTGGTTGATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAGTACCACATTAGCTTTTTTCATATTGGGTTTCTGGTTGATCT  150

seq1  TTTTGGAAGATAAAAGAAGAAAAACAACATGTCCTGCTAGTTGCTCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGATAAAAGAAGAAAAACAACATGTCCTGCTAGTTGCTCTTGT  200

seq1  TACATTCACAGCTAAAGGAGAAGGTGGTTTGTAATCATCCATTGCTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCACAGCTAAAGGAGAAGGTGGTTTGTAATCATCCATTGCTCCCC  250

seq1  TACACATGCATATATATGTATATCCATATATATGCATGTGTATATATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGCATATATATGTATATCCATATATATGCATGTGTATATATTAT  300

seq1  ATATCATATATTATACATTACCCAAATGTGATACAGATTTCTCATATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATATATTATACATTACCCAAATGTGATACAGATTTCTCATATATT  350

seq1  ACCCATATGATATATTTTATACACACACATACACACCACACACATATCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATGATATATTTTATACACACACATACACACCACACACATATCAC  400

seq1  ACACACAAACACACATACTACCAGCACACACAGAAGGAAGCCACCACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAACACACATACTACCAGCACACACAGAAGGAAGCCACCACAAA  450

seq1  GAGATTATGTAAGAGTTAGGCAGGGTGAAGGTTTTGTAGCTGAGCAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTATGTAAGAGTTAGGCAGGGTGAAGGTTTTGTAGCTGAGCAAGAT  500

seq1  GAATTCAGCTTCAAGGTTTTCAAAAAATTCCCATGATTTTCTTGTTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTCAAGGTTTTCAAAAAATTCCCATGATTTTCTTGTTCTCA  550

seq1  TAGAATTATACGTCCAAAGCTTGGCTCAATCGCTAATGGCTCTTGCATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTATACGTCCAAAGCTTGGCTCAATCGCTAATGGCTCTTGCATTG  600

seq1  AAAAGTCCTAATTTTCCAGAGCTCAGAGCCCTTTAGAGAATCACAAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCCTAATTTTCCAGAGCTCAGAGCCCTTTAGAGAATCACAAAGGC  650

seq1  AAGAGCAAGAGAGCCCAAAGGGCTGACATTGCCTGCAGCCCTGTGCTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAAGAGAGCCCAAAGGGCTGACATTGCCTGCAGCCCTGTGCTCAT  700

seq1  TCACGGACACCGTGTACTCTGCCAAAAAACAAAATTGGGACCCGCAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGACACCGTGTACTCTGCCAAAAAACAAAATTGGGACCCGCAGAGA  750

seq1  AGCAACAAGGAGAGAGCACCATTTGGGAAATCGCTCAGGTTATTATTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCAACAAGGAGAGAGCACCATTTGGGAAATCGCTCA-GTTATTATTATT  799

seq1  CAGGAGATAGAGTGTCACTGTCCCCACCTCTTCTCCAGCCCCTGCCTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGATAGAGTGTCACTGTCCCCACCTCTTCTCCAGCCCCTGCCTGTT  849

seq1  GCTGCTCTTGACCTGGCTCACGGTAATCACTGACAGCTCTAACAAACTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTTGACCTGGCTCACGGTAATCACTGACAGCTCTAACAAACTGG  899

seq1  CTGGCACTC--TTCTGGCTTTATGGTCAGGGGGGGATAT-GGGGGCCAGA  947
      |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGGCACTCCTTTTTGGCTTTATGGTCAGGGGGGGATATGGGGGGCCAGA  949

seq1  G-TTCACCTTAACAACCTCACACC-TCCCCTCCGTG-TTCCCACCAAGGG  994
      | |||||| ||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GTTTCACC-TAACACCTTCACACCTTCCCCTCCGTGTTTCCCACAAAGGG  998

seq1  GTGACA-GCCAAGCCCACCCCACATGACTCTTGCAAGAAATGATAGAGAT  1043
      |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GTGACAGGCCAGGCCCACCCCACATGACTTTTGCAAGAATTGATAGAGAT  1048

seq1  GACATA-TGCAAA-CCCCTGGG-TACCTTGCCTAG-AATCAAGGGGTACT  1089
      |||||| |||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| || ||||
seq2  GACATATTGCAAACCCCCTGGGTTACCTTG-CTAGAAATCAA-GGTTACT  1096

seq1  TCAAGAAATCC-TGCTTCCCTGCAGGTGAGAACCGTGCAC-TGTCAGAGT  1137
      |||  |||||| ||||| |||||||  |  || ||||||| |||||||||
seq2  TCAGAAAATCCTTGCTT-CCTGCAG--GGTAAACGTGCACTTGTCAGAGT  1143

seq1  CTTTGGGGACACTGGAGAGGCATACTGGACTTGGTATGTGTCTGCTGGGG  1187
      |||  |||||   ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTT--GGGACCTGGGAAAGGCATACT-GACTTGGTATGTGTCTGCTGGGG  1190

seq1  A-CACTG  1193
      | |||||
seq2  ACCACTG  1197

seq1: chr13_46295808_46296966
seq2: B6Ng01-081D02.g_69_1227 (reverse)

seq1  CTCT-CCTGTGAGCCGGATTAGCTCCAT-CGTGCTGTACAAGTTTACACG  48
      |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||
seq2  CTCTCCCTGTGAG-CGGATTAGCTCCATACGTTCTGGACAAGGTTACACG  49

seq1  GTC-ATCTAGTACAGTCATGAGTGTGTGTGTGTGTGCTGTGTATATGTGT  97
      ||| ||||  || ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCTGATA-AGTCATGAG-GTGTGTGGTTGTGCTGTGTATATGTGT  97

seq1  ATGTGTGTGTGGTGTGTGTGAATGTAT-ATGTGTGATATGTGTGTGAAT-  145
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| 
seq2  ATGTGTGTGTGGTGTGTGTGAATGTATAATGTGTGATA-GTGTGTGAATA  146

seq1  ATGTATGTGTGATGTGTGTATGATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGTGATGTGTGTATGATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCT  196

seq1  GTGTAGTGTGTCTGTGTGTATGGTATATATACGTGTGTATGTGCGTGTGT  245
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTGTGTCTGTGTGTAT-GTATATATACGTGTGTATGTGCGTGTGT  245

seq1  ATATGTATGTATGGCCAGAGGTTGACACTGAATATTGTTGCTCTTTGATT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTATGGCCAGAGGTTGACACTG-ATATTGTTGCTCTTTGATT  294

seq1  TATTTTTTTAGAGACAGGATCTCTCACTAAACCTGGAGCTAGGTTGCCTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTAGAGACAGGATCTCTCACTAAACCTGGAGCTAGGTTGCCTG  344

seq1  TCCTGCCAGCCCTTGATTTTGTCCTGTGTCTCCCCCTCTCTAGCTCTGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCAGCCCTTGATTTTGTCCTGTGTCTCCCCCTCTCTAGCTCTGGG  394

seq1  ATTACAGATATGCACAGCTGAGTGGCAAGAACTTGAACTCAAATCCTTAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGATATGCACAGCTGAGTGGCAAGAACTTGAACTCAAATCCTTAC  444

seq1  ATTTGCACAGCAAGCCCTTGACCTGCTGAGCCATCTTGTCAACCCTTCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCACAGCAAGCCCTTGACCTGCTGAGCCATCTTGTCAACCCTTCTA  494

seq1  TTTCTC-TTTGAGATTATGCTTTACCTTTGAAGAGTGAACTTGGGGCCTC  544
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTTGAGATTATGCTTTACCTTTGAAGAGTGAACTTGGGGCCTC  544

seq1  ACATGTGCTACACCTGTGCTTTAACACCGCGCTACACTCCGTGCCATTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGCTACACCTGTGCTTTAACACCGCGCTACACTCCGTGCCATTTA  594

seq1  CATGATCTATTCCTGTAAGAATTATCAGGAAGTCGGAGGAGGTAGGGCAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCTATTCCTGTAAGAATTATCAGGAAGTCGGAGGAGGTAGGGCAA  644

seq1  TTATTGGACCTCTGGCTTCCTTCTGCGGGCTGCAGCCCCTTGTCCAGATC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGACCTCTGGCTTCCTTCTGCGGGCTGCAGCCCCTTGTCCAGATC  694

seq1  CCTCTGCGGAATCAATATAAATTGTCTAATGCCAAGCGGCTGATGACATC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCGGAATCAATATAAATTGTCTAATGCCAAGCGGCTGATGACATC  744

seq1  ACGGCAGACAGGCTTGCTCTCTCTAGGCTGCAACCATTTCCAGATGTTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAGACAGGCTTGCTCTCTCTAGGCTGCAACCATTTCCAGATGTTTC  794

seq1  TCAGGGAGCAGGCCATGAGCCTCCCATGGCATGTGCTGTCTGCCTCCCTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGCAGGCCATGAGCCTCCCATGGCATGTGCTGTCTGCCTCCCTT  844

seq1  CCAGAAGCCGCAGCGTACAAACTCAGCAGCAATGTCTGCAGTGATTGCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGCCGCAGCGTACAAACTCAGCAGCAATGTCTGCAGTGATTGCCT  894

seq1  TCCATGGAGCCCTTTGTAGTATGTGCCTCATCTTCAGATATGAAGTCGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGAGCCCTTTGTAGTATGTGCCTCATCTTCAGATATGAAGTCGCT  944

seq1  GGCACGTGGGACCTCCTCTGTGGAGGTCCTTATGGATATGTATTAATGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGTGGGACCTCCTCTGTGGAGGTCCTTATGGATATGTATTAATGGA  994

seq1  CAGCCCGCACAAACTTCCCGTGGCTCTTTGCTGACAGATACCACTCCCTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCGCACAAACTTCCCGTGGCTCTTTGCTGACAGATACCACTCCCTG  1044

seq1  TTGCTGATTATTCATTGTCTCTCAAGACTCCCCAAGGCTTTCTCGTTCCG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGATTATTCATTGTCTCTCAAGACTCCCCAAGGCTTTCTCGTTCCG  1094

seq1  CTGAAGAGCGTAAATACTGTCTTTTGTTAGCTTGTCTATTGATTTTGCTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGCGTAAATACTGTCTTTTGTTAGCTTGTCTATTGATTTTGCTC  1144

seq1  CCTCAGTTTGAATTC  1159
      |||||||||||||||
seq2  CCTCAGTTTGAATTC  1159