BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083I01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,402,640 - 16,444,041
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG625121, Gli3, LOC665157, Inhba, LOC625181
Downstream geneLOC665191, 5033411D12Rik
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083I01.bB6Ng01-083I01.g
ACCDH897748DH897749
length1,1191,114
definitionDH897748|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083I01, 5' end.DH897749|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083I01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,402,640 - 16,403,758)(16,442,906 - 16,444,041)
sequence
gaattctctcttcttttttatcatcactggctagtttcatcaacagtgag
ccaattttagcactttcaacatattaacagccctagattattgtgagaaa
tgcaggcttcatctccattcagaagcactgaataaaaatctgcattttca
cacgatagatttccatgtttgctgtgtgctgtatttgatggtcctactgt
tcattgaaagctaacctttagtagtagccctgaaagttaacctgatttca
ccatctagctttgcctggattctgtgtcttagatgttgttttgtccctga
ggataggtgtgctggaattgtattgttactatggtgggagctttataaag
tggggcttatggggagcaacagtatcatggaaagtctgtgccagaagggg
ttactgctgctccactcttctactgttgttactcttttaagcgtagattt
ttacaatgtaaaaccttcccatatggactcatgctgttttgctcatgccc
aagactaatcctattccttcgttgtttagatacaattggatgagttttca
ggactcgtacattttggacttttccaccaccagaataatgaggcaaacaa
atctcatttggttttaaagtgctcagttttcaatattgtgctacagaacc
agaaaacaatctaagacattgatgttttaatctatgctgcttctaggttt
tagcttatcttcttagaaggacaggcttctgaacattggacatgactcac
agatgtctttttcacattgctccacccagccttatggctgtactcttttg
actacccattgaacctgatatcttaaaggctacaagtttgcagaaatcct
atcatagtatttcatttgacataatttgcctaactacacatgaatattta
tttgatattaggctccagtgaatattctgtccagactttgaatcacaaat
aaaatcttcatatcacgaaggaaagaccaggtaagagtcttcagtaacag
cacacacacactttccctgttattaggtccagtgtgttcactatgaacta
ttctgtttagacatctttgtagtctaatgtctgtcattgaactccatcat
ctataactgtcacgatcat
gaattccctgcctggggcagaaacttcagctgcaggaagcttcaactctg
agtcttgctgcaggaactttcagggagataccttattcttgcatagagtt
ttgtagaaacaagatggggaagcctcaagcatgccccagcttattgacaa
attatcttggctttgattggttgaatgatggcatgcactaaggtgaagct
gaagaccagtcaaggaagcactgtcaaaccagctgtttctggttgttgtg
gtaatttttaagggcttctttctacctttatttcagatttcatcttattc
taggctctgactgtcaaaagccatagctttcatccaagacactgggaggt
gtgtttcttttgtagctcttgctgcttctttgacagctggcaaatgtttg
ttctttgtcctgaggttgactatccttcccctcacacagcccagaaacag
gcacgacactcagcataggctgtcccttcttacccctatatcactgggat
gtcagccatcttggcatcctaagccctacttgaccttctttggctttctt
cagcctgacttgttctaaagctatttcactccagtcatcaacacataacc
accctcctttctctatctctttgcctactgtatgcttgtcttacaaggac
actgttaggttcagttcctgcctcactcctgaatggcctcatgttaccat
tttagcataattacattaataaggattcctttacaaataagcacaccatc
acaccttcaaaggttagtgcttcagcactgctgggagtcgggcatggggg
aggcagcaaacagttgcactcattccatatgcattcaggcaataagcttg
gtatagacatggattcagattgataatcagaatcaataataggaagtgtt
atggtgtctgttgtatttattcagttatgcaaatgtattatatatacact
tatatttatatttatatgatatgatatatatcccagttattatatcagct
tggatggacagaagaaaagaagttcagagctaataaaatgtattgttgtc
tgattcttattagacacaacaagattacacatcatagctacaaccctctt
gggagtgagattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_16402640_16403758
seq2: B6Ng01-083I01.b_47_1165

seq1  GAATTCTCTCTTCTTTTTTATCATCACTGGCTAGTTTCATCAACAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTTCTTTTTTATCATCACTGGCTAGTTTCATCAACAGTGAG  50

seq1  CCAATTTTAGCACTTTCAACATATTAACAGCCCTAGATTATTGTGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTTAGCACTTTCAACATATTAACAGCCCTAGATTATTGTGAGAAA  100

seq1  TGCAGGCTTCATCTCCATTCAGAAGCACTGAATAAAAATCTGCATTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTTCATCTCCATTCAGAAGCACTGAATAAAAATCTGCATTTTCA  150

seq1  CACGATAGATTTCCATGTTTGCTGTGTGCTGTATTTGATGGTCCTACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGATAGATTTCCATGTTTGCTGTGTGCTGTATTTGATGGTCCTACTGT  200

seq1  TCATTGAAAGCTAACCTTTAGTAGTAGCCCTGAAAGTTAACCTGATTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAAAGCTAACCTTTAGTAGTAGCCCTGAAAGTTAACCTGATTTCA  250

seq1  CCATCTAGCTTTGCCTGGATTCTGTGTCTTAGATGTTGTTTTGTCCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTAGCTTTGCCTGGATTCTGTGTCTTAGATGTTGTTTTGTCCCTGA  300

seq1  GGATAGGTGTGCTGGAATTGTATTGTTACTATGGTGGGAGCTTTATAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGTGTGCTGGAATTGTATTGTTACTATGGTGGGAGCTTTATAAAG  350

seq1  TGGGGCTTATGGGGAGCAACAGTATCATGGAAAGTCTGTGCCAGAAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTTATGGGGAGCAACAGTATCATGGAAAGTCTGTGCCAGAAGGGG  400

seq1  TTACTGCTGCTCCACTCTTCTACTGTTGTTACTCTTTTAAGCGTAGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTGCTCCACTCTTCTACTGTTGTTACTCTTTTAAGCGTAGATTT  450

seq1  TTACAATGTAAAACCTTCCCATATGGACTCATGCTGTTTTGCTCATGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATGTAAAACCTTCCCATATGGACTCATGCTGTTTTGCTCATGCCC  500

seq1  AAGACTAATCCTATTCCTTCGTTGTTTAGATACAATTGGATGAGTTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTAATCCTATTCCTTCGTTGTTTAGATACAATTGGATGAGTTTTCA  550

seq1  GGACTCGTACATTTTGGACTTTTCCACCACCAGAATAATGAGGCAAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCGTACATTTTGGACTTTTCCACCACCAGAATAATGAGGCAAACAA  600

seq1  ATCTCATTTGGTTTTAAAGTGCTCAGTTTTCAATATTGTGCTACAGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTTGGTTTTAAAGTGCTCAGTTTTCAATATTGTGCTACAGAACC  650

seq1  AGAAAACAATCTAAGACATTGATGTTTTAATCTATGCTGCTTCTAGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACAATCTAAGACATTGATGTTTTAATCTATGCTGCTTCTAGGTTT  700

seq1  TAGCTTATCTTCTTAGAAGGACAGGCTTCTGAACATTGGACATGACTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTATCTTCTTAGAAGGACAGGCTTCTGAACATTGGACATGACTCAC  750

seq1  AGATGTCTTTTTCACATTGCTCCACCCAGCCTTATGGCTGTACTCTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTTTTTCACATTGCTCCACCCAGCCTTATGGCTGTACTCTTTTG  800

seq1  ACTACCCATTGAACCTGATATCTTAAAGGCTACAAGTTTGCAGAAATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCATTGAACCTGATATCTTAAAGGCTACAAGTTTGCAGAAATCCT  850

seq1  ATCATAGTATTTCATTTGACATAATTTGCCTAACTACACATGAATATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGTATTTCATTTGACATAATTTGCCTAACTACACATGAATATTTA  900

seq1  TTTGATATTAGGCTCCAGTGAATATTCTGTCCAGACTTTGAATCACAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATTAGGCTCCAGTGAATATTCTGTCCAGACTTTGAATCACAAAT  950

seq1  AAAATCTTCATATCACGAAGGAAAGACCAGGTAAGAGTC-TCAGT-ACAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  AAAATCTTCATATCACGAAGGAAAGACCAGGTAAGAGTCTTCAGTAACAG  1000

seq1  CAACACACACACTTTCCCTGTTATTAGGTCCAGTGTG-TCACTATGAACT  1047
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  C-ACACACACACTTTCCCTGTTATTAGGTCCAGTGTGTTCACTATGAACT  1049

seq1  ATTCTGTTTAGACATC-TTGTAGTCTAGTGTCTGTCATTGAAAAACT-CA  1095
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||   |||| ||
seq2  ATTCTGTTTAGACATCTTTGTAGTCTAATGTCTGTCATTG---AACTCCA  1096

seq1  TCAATCTATAACTGTCACGATCAT  1119
      || |||||||||||||||||||||
seq2  TC-ATCTATAACTGTCACGATCAT  1119

seq1: chr13_16442906_16444041
seq2: B6Ng01-083I01.g_66_1179 (reverse)

seq1  TGAATCT-ACTCCCAAGAGGTGTTGTAAGCTAATGATGTTGTTAATCTTG  49
      ||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||   |||||   
seq2  TGAATCTCACTCCCAAGAGG-GTTGT-AGCT-ATGATGT--GTAATC---  42

seq1  TTTGTTGTTCTTATTAAGGAATCAGAACAACAATACATTTTTATTAAGCC  99
       |||||||   || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||   |
seq2  -TTGTTGTGTCTAATAA-GAATCAG-ACAACAATACA-TTTTATTA--GC  86

seq1  TCTGAACTCTTTTTCTTCCTGTCCATTCCCAAGCCTGATATAATAACTGG  149
      ||||||||  ||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTGAACTTCTTTTCTT-CTGTCCAT--CCAAG-CTGATATAATAACTGG  132

seq1  GATATATATTTATTTATTTATATAAATATAAATATAAGTGTATATATAAT  199
      |||||||| | ||    | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATA-TCAT---ATCATATAAATATAAATATAAGTGTATATATAAT  178

seq1  ACATTTTGCATAACTGAATAAATACAACAGACACCATAACACTTCCTATT  249
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-TTTGCATAACTGAATAAATACAACAGACACCATAACACTTCCTATT  227

seq1  ATTGATTCTGATTATCAATCTGAATCCATGTCTATACCAAGCTTATTGCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTCTGATTATCAATCTGAATCCATGTCTATACCAAGCTTATTGCC  277

seq1  TGAATGCATATGGAATGAGTGCAACTGTTTGCTGCCTCCCCCATGCCCGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCATATGGAATGAGTGCAACTGTTTGCTGCCTCCCCCATGCCCGA  327

seq1  CTCCCAGCAGTGCTGAAGCACTAACCTTTGAAGGTGTGATGGTGTGCTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCAGTGCTGAAGCACTAACCTTTGAAGGTGTGATGGTGTGCTTA  377

seq1  TTTGTAAAGGAATCCTTATTAATGTAATTATGCTAAAATGGTAACATGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAAGGAATCCTTATTAATGTAATTATGCTAAAATGGTAACATGAG  427

seq1  GCCATTCAGGAGTGAGGCAGGAACTGAACCTAACAGTGTCCTTGTAAGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCAGGAGTGAGGCAGGAACTGAACCTAACAGTGTCCTTGTAAGAC  477

seq1  AAGCATACAGTAGGCAAAGAGATAGAGAAAGGAGGGTGGTTATGTGTTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATACAGTAGGCAAAGAGATAGAGAAAGGAGGGTGGTTATGTGTTGA  527

seq1  TGACTGGAGTGAAATAGCTTTAGAACAAGTCAGGCTGAAGAAAGCCAAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGAGTGAAATAGCTTTAGAACAAGTCAGGCTGAAGAAAGCCAAAG  577

seq1  AAGGTCAAGTAGGGCTTAGGATGCCAAGATGGCTGACATCCCAGTGATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAAGTAGGGCTTAGGATGCCAAGATGGCTGACATCCCAGTGATAT  627

seq1  AGGGGTAAGAAGGGACAGCCTATGCTGAGTGTCGTGCCTGTTTCTGGGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAAGAAGGGACAGCCTATGCTGAGTGTCGTGCCTGTTTCTGGGCT  677

seq1  GTGTGAGGGGAAGGATAGTCAACCTCAGGACAAAGAACAAACATTTGCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGGGGAAGGATAGTCAACCTCAGGACAAAGAACAAACATTTGCCA  727

seq1  GCTGTCAAAGAAGCAGCAAGAGCTACAAAAGAAACACACCTCCCAGTGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAAAGAAGCAGCAAGAGCTACAAAAGAAACACACCTCCCAGTGTC  777

seq1  TTGGATGAAAGCTATGGCTTTTGACAGTCAGAGCCTAGAATAAGATGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGAAAGCTATGGCTTTTGACAGTCAGAGCCTAGAATAAGATGAAA  827

seq1  TCTGAAATAAAGGTAGAAAGAAGCCCTTAAAAATTACCACAACAACCAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATAAAGGTAGAAAGAAGCCCTTAAAAATTACCACAACAACCAGA  877

seq1  AACAGCTGGTTTGACAGTGCTTCCTTGACTGGTCTTCAGCTTCACCTTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTGGTTTGACAGTGCTTCCTTGACTGGTCTTCAGCTTCACCTTAG  927

seq1  TGCATGCCATCATTCAACCAATCAAAGCCAAGATAATTTGTCAATAAGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCATCATTCAACCAATCAAAGCCAAGATAATTTGTCAATAAGCT  977

seq1  GGGGCATGCTTGAGGCTTCCCCATCTTGTTTCTACAAAACTCTATGCAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATGCTTGAGGCTTCCCCATCTTGTTTCTACAAAACTCTATGCAAG  1027

seq1  AATAAGGTATCTCCCTGAAAGTTCCTGCAGCAAGACTCAGAGTTGAAGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGTATCTCCCTGAAAGTTCCTGCAGCAAGACTCAGAGTTGAAGCT  1077

seq1  TCCTGCAGCTGAAGTTTCTGCCCCAGGCAGGGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAGCTGAAGTTTCTGCCCCAGGCAGGGAATTC  1114