BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085N09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,376,232 - 35,539,264
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Downstream geneCdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085N09.bB6Ng01-085N09.g
ACCDH899396DH899397
length1,1331,043
definitionDH899396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N09, 5' end.DH899397|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085N09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,538,124 - 35,539,264)(35,376,232 - 35,377,281)
sequence
gaattcagtttatttgagtgggaaccttcagttcccattttttattttcc
tagagtctagcagctagcttccctgtcaccatggggtttccctacccatt
gtgctatggcaaatttaggcagatatgtaggagcatgagtgatgagttga
gaaaagtcactctggccctccctgtgcatgaggtggattccacatgagta
tggtgtgttctctcaaacatcccaagataggagctggcaaagcacatcaa
ttagggagtgagttcttagattacagaaagatgctggcctactctgtaat
tgctttcagaaaaatcagttacaaatcatgcatttagaaaaaccagagtc
attttcactaggagatttgcttgaactttcatcagagttggagcccgaaa
tggcaagtcatcaaaggctcatatccaaagcctttcagtctggaaaaggc
ttcttgtggagctgggggctccacatgagctctacttaagttcttttaag
tggggaatgaccgatttctacttttatcccaaattcaaatgacaacgtcc
atcttgaggacagaatatctgcttggacagattgctttcttttctaggag
gaaaattacaaactccacatgtaggaatgagtgcccagggcccatgcatt
ccctatagcctgactcctcatgactcatggcaacaactgacaggtctgga
acatgttttggagactatgagggagacctagtgtggcctggattctcctt
taaggcccacagagtcagggttgactgagttggggatggggcagggagtg
gctattattgtggcaactgagcagagggatccagagagtgtcagaacaat
gtggtgtgctggctggtcttatgtcaacttgacacaaaactagagttact
ttaaaggagggaaatttaattgaggaatgcctctataagatttggctaga
aggtaggttcactcagagtgcacagctgagagttgcagagcagctgggaa
cagggtcctatgggcctacatctgcacccaggaaggtggggctgtttgca
gccctctgtgcacctacctgcccagggaaacttgtctcatgagtgcactg
accctaggattcagggaactggccatttcctct
gaattccaatcagagaggaaccactggaacacatgccctcaattggaggt
atatgccctggagtacagtggacaagaaaagaaaatatctgaaaagcaaa
aatttgagtgttacatatgacttttctactgtatctggaagggaaagtat
ttagtggatgaattgcactgatttgaaaacaatgtctgaatgtctagcca
catagctaaaccaaatgtttagctcaaaacaaggagcactagaaccagaa
agttcctgaaggcagtttgtagaggaaaggctacagaggaggatgatgtt
tgtggcttacgtgttactcgctacaagttcttttaggagaccctgtctca
gtttcatgactattgcagtgaaaatatacacctacaaaagcaatgtcagg
gagaaggtgtttgttttatataggtccagtggcacttgatcatggcagag
aagttaaagtgacaggaccttgaagcagctgctcagatggctttctccta
cccaggaatggtcctgcctacaagtaaaattggtctttccacatcaatta
atgcaattgaattaattcttcacgggcttttccagttccagcccccaggt
gattcttgattctatcaaggtgacaattagcactaaccatcacagttaga
tagggtgggtggcccacttgatgaaggccaggtagcttctctcctaggat
gcattacaaggaaagccgcttgccttgcagctggttaacactagatgcct
cttatctccaaggagactatgtctcctccttgctggagtagatagtctca
agatatgtatttgtgtaagtatttctacacttctacagaacacaacacac
aacattgattttatgcctaaggttttggggttttttttttttagatgatt
ttttactaaacttagagcacactgactacattggttgccatgcacctcaa
ggtcacatgtctctcctcttccatactctcttccagaactgaagatgcaa
tgagtgctctcatattggggttcttcatgggtgctggggatcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35538124_35539264
seq2: B6Ng01-085N09.b_42_1174 (reverse)

seq1  AGAGAAAATGGCAAGTTCCCCTGAGTCCTAGGGTCAGTGCACTCCCTGGA  50
      |||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||  |  ||
seq2  AGAGGAAATGGCCAGTT-CCCTGAATCCTAGGGTCAGTGCACT--CATGA  47

seq1  GGCAAGCTCTCCCTGGCAGGGTAGGTGCACAGAGGGCTGCAAAACAGCCC  100
      | |||| | |||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GACAAG-TTTCCCTGGGCAGGTAGGTGCACAGAGGGCTGC-AAACAGCCC  95

seq1  CACC-TCCTGGGTGCAGATGTAGGCCCATAGGACCCTG-TCCCAGCTGCT  148
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACCTTCCTGGGTGCAGATGTAGGCCCATAGGACCCTGTTCCCAGCTGCT  145

seq1  CTGCCACTCCTCAGCCTGTGCACTCCTGAGTGAACCTACCTTCTAGCCAA  198
      |||| ||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACT-CTCAG-CTGTGCACT-CTGAGTGAACCTACCTTCTAGCCAA  192

seq1  ATCTTATAGAGGCATTTCCTCAATTAAATTTCCCTCCTTTAAAGTAACTC  248
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATAGAGGCA-TTCCTCAATTAAATTTCCCTCCTTTAAAGTAACTC  241

seq1  TAGTTTTTGTGTCAAGTTGACATAAGACCAGCCAGCACACCACATTGTTC  298
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG-TTTTGTGTCAAGTTGACATAAGACCAGCCAGCACACCACATTGTTC  290

seq1  TGACACTCTCTGGATCCCTCTGCTCAGTTGCCACAATAATAGCCACTCCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTCTCTGGATCCCTCTGCTCAGTTGCCACAATAATAGCCACTCCC  340

seq1  TGCCCCATCCCCAACTCAGTCAACCCTGACTCTGTGGGCCTTAAAGGAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCATCCCCAACTCAGTCAACCCTGACTCTGTGGGCCTTAAAGGAGA  390

seq1  ATCCAGGCCACACTAGGTCTCCCTCATAGTCTCCAAAACATGTTCCAGAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGCCACACTAGGTCTCCCTCATAGTCTCCAAAACATGTTCCAGAC  440

seq1  CTGTCAGTTGTTGCCATGAGTCATGAGGAGTCAGGCTATAGGGAATGCAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGTTGTTGCCATGAGTCATGAGGAGTCAGGCTATAGGGAATGCAT  490

seq1  GGGCCCTGGGCACTCATTCCTACATGTGGAGTTTGTAATTTTCCTCCTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTGGGCACTCATTCCTACATGTGGAGTTTGTAATTTTCCTCCTAG  540

seq1  AAAAGAAAGCAATCTGTCCAAGCAGATATTCTGTCCTCAAGATGGACGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAGCAATCTGTCCAAGCAGATATTCTGTCCTCAAGATGGACGTT  590

seq1  GTCATTTGAATTTGGGATAAAAGTAGAAATCGGTCATTCCCCACTTAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTGAATTTGGGATAAAAGTAGAAATCGGTCATTCCCCACTTAAAA  640

seq1  GAACTTAAGTAGAGCTCATGTGGAGCCCCCAGCTCCACAAGAAGCCTTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAAGTAGAGCTCATGTGGAGCCCCCAGCTCCACAAGAAGCCTTTT  690

seq1  CCAGACTGAAAGGCTTTGGATATGAGCCTTTGATGACTTGCCATTTCGGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTGAAAGGCTTTGGATATGAGCCTTTGATGACTTGCCATTTCGGG  740

seq1  CTCCAACTCTGATGAAAGTTCAAGCAAATCTCCTAGTGAAAATGACTCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACTCTGATGAAAGTTCAAGCAAATCTCCTAGTGAAAATGACTCTG  790

seq1  GTTTTTCTAAATGCATGATTTGTAACTGATTTTTCTGAAAGCAATTACAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTAAATGCATGATTTGTAACTGATTTTTCTGAAAGCAATTACAG  840

seq1  AGTAGGCCAGCATCTTTCTGTAATCTAAGAACTCACTCCCTAATTGATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCCAGCATCTTTCTGTAATCTAAGAACTCACTCCCTAATTGATGT  890

seq1  GCTTTGCCAGCTCCTATCTTGGGATGTTTGAGAGAACACACCATACTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCAGCTCCTATCTTGGGATGTTTGAGAGAACACACCATACTCAT  940

seq1  GTGGAATCCACCTCATGCACAGGGAGGGCCAGAGTGACTTTTCTCAACTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATCCACCTCATGCACAGGGAGGGCCAGAGTGACTTTTCTCAACTC  990

seq1  ATCACTCATGCTCCTACATATCTGCCTAAATTTGCCATAGCACAATGGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCATGCTCCTACATATCTGCCTAAATTTGCCATAGCACAATGGGT  1040

seq1  AGGGAAACCCCATGGTGACAGGGAAGCTAGCTGCTAGACTCTAGGAAAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAACCCCATGGTGACAGGGAAGCTAGCTGCTAGACTCTAGGAAAAT  1090

seq1  AAAAAATGGGAACTGAAGGTTCCCACTCAAATAAACTGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGGGAACTGAAGGTTCCCACTCAAATAAACTGAATTC  1133

seq1: chr13_35376232_35377281
seq2: B6Ng01-085N09.g_71_1113

seq1  GAATTCCAATCAGAGAGGAACCACTGGAACACATGCCCTCAATTGGAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCAGAGAGGAACCACTGGAACACATGCCCTCAATTGGAGGT  50

seq1  ATATGCCCTGGAGTACAGTGGACAAGAAAAGAAAATATCTGAAAAGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCCTGGAGTACAGTGGACAAGAAAAGAAAATATCTGAAAAGCAAA  100

seq1  AATTTGAGTGTTACATATGACTTTTCTACTGTATCTGGAAGGGAAAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGTGTTACATATGACTTTTCTACTGTATCTGGAAGGGAAAGTAT  150

seq1  TTAGTGGATGAATTGCACTGATTTGAAAACAATGTCTGAATGTCTAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGATGAATTGCACTGATTTGAAAACAATGTCTGAATGTCTAGCCA  200

seq1  CATAGCTAAACCAAATGTTTAGCTCAAAACAAGGAGCACTAGAACCAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTAAACCAAATGTTTAGCTCAAAACAAGGAGCACTAGAACCAGAA  250

seq1  AGTTCCTGAAGGCAGTTTGTAGAGGAAAGGCTACAGAGGAGGATGATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGAAGGCAGTTTGTAGAGGAAAGGCTACAGAGGAGGATGATGTT  300

seq1  TGTGGCTTACGTGTTACTCGCTACAAGTTCTTTTAGGAGACCCTGTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTTACGTGTTACTCGCTACAAGTTCTTTTAGGAGACCCTGTCTCA  350

seq1  GTTTCATGACTATTGCAGTGAAAATATACACCTACAAAAGCAATGTCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGACTATTGCAGTGAAAATATACACCTACAAAAGCAATGTCAGG  400

seq1  GAGAAGGTGTTTGTTTTATATAGGTCCAGTGGCACTTGATCATGGCAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGTGTTTGTTTTATATAGGTCCAGTGGCACTTGATCATGGCAGAG  450

seq1  AAGTTAAAGTGACAGGACCTTGAAGCAGCTGCTCAGATGGCTTTCTCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAAGTGACAGGACCTTGAAGCAGCTGCTCAGATGGCTTTCTCCTA  500

seq1  CCCAGGAATGGTCCTGCCTACAAGTAAAATTGGTCTTTCCACATCAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAATGGTCCTGCCTACAAGTAAAATTGGTCTTTCCACATCAATTA  550

seq1  ATGCAATTGAATTAATTCTTCACGGGCTTTTCCAGTTCCAGCCCCCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTGAATTAATTCTTCACGGGCTTTTCCAGTTCCAGCCCCCAGGT  600

seq1  GATTCTTGATTCTATCAAGGTGACAATTAGCACTAACCATCACAGTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTGATTCTATCAAGGTGACAATTAGCACTAACCATCACAGTTAGA  650

seq1  TAGGGTGGGTGGCCCACTTGATGAAGGCCAGGTAGCTTCTCTCCTAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTGGGTGGCCCACTTGATGAAGGCCAGGTAGCTTCTCTCCTAGGAT  700

seq1  GCATTACAAGGAAAGCCGCTTGCCTTGCAGCTGGTTAACACTAGATGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTACAAGGAAAGCCGCTTGCCTTGCAGCTGGTTAACACTAGATGCCT  750

seq1  CTTATCTCCAAGGAGACTATGTCTCCTCCTTGCTGGAGTAGATAGTCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTCCAAGGAGACTATGTCTCCTCCTTGCTGGAGTAGATAGTCTCA  800

seq1  AGATATGTATTTGTGTAAGTATTTCTACACTTCTACAGAACACAACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTATTTGTGTAAGTATTTCTACACTTCTACAGAACACAACACAC  850

seq1  AACATTGATTTTATGCCTTAGGTTTTTGGGTTTTTTTTTTTTAGATGATT  900
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGATTTTATGCCTAAGGTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTAGATGATT  900

seq1  TTTTACTAAACTTAGAGCACACTGACTACATTGGTTGGCCAATGCACCTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||
seq2  TTTTACTAAACTTAGAGCACACTGACTACATTGGTTG--CCATGCACCTC  948

seq1  AAAGGTCACATGTCTCTCCTCTTCCCATACTCTCTTCCCAGAACTGAAGA  1000
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  -AAGGTCACATGTCTCTCCTCTT-CCATACTCTCTT-CCAGAACTGAAGA  995

seq1  TGCAAATGAGTGCTCTCATATTTGGGTTCTTACATGGGTGCTGGGGATCC  1050
      ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGC-AATGAGTGCTCTCATATTGGGGTTCTT-CATGGGTGCTGGGGATCC  1043