BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093P01
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,457,724 - 45,580,306
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMylip
Upstream geneEG667157, Jarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533
Downstream geneGmpr, Atxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093P01.bB6Ng01-093P01.g
ACCDH905289DH905290
length1,196328
definitionDH905289|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093P01, 5' end.DH905290|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,579,100 - 45,580,306)(45,457,724 - 45,458,051)
sequence
gaattctttcataattcttttcagcatcccatgtatcttcattccttcca
gcacccccaatgtcccaatgggcctactgagcccactttgcaaaggctct
accaactttgaatatcaccatgcaagggtcctaatccttcaacacatgaa
cacatctgaccccccagcaagtatccgtttatctggaaagtacatgccgt
tgggtaagcattccattcctagcttagtgcaggcctcaccagtgagcact
gggattaattactgaggtcaccacctccatcaggtttttaatgtaggttc
tggtgatccaaattctggtccttgcgatatcataacaagcacttattcct
tgagtcatctctcagcctagcaccatctcttaaagtatttctttggagtc
ggatggtccacaaggctgggcatggtgacacacagcataatcccagcact
tgagacgctcaggctagctgattagtgggagtctgaggctagtctttcta
ccacgacaccaaaagtgatcacatgttttcctctgtaacagggtgtcaac
ctgtgggtcatgatcccttttggggcggtcacactgtgagcgcccagctc
accagcaagagagacgccacaacaggatccttctgcacacgtttattggg
agagctttattgcagaggcgaaaagaccccgagcaccagaactggcgctg
cttatataggcctaggagaggcgtgtctacacccgattggttatgctttc
agcacctcatttacatatccacacccgattggttatgtttttagtacctc
atttacatgccccgggccagggcagtgactcagcaaaaaattctactgca
catgcgcacattggttgtttacccaaatgtttgggtggtggccagcgggt
agccagcgccaccttgtaattggcgtatgtggcttcccacatcacacaac
ccgatatcttgcgtatcaggtttctacattaggactcctaacagtggcaa
gtcacagttatgaagtggcaacaagtaatttcatggttgaggtcaccaag
cagagactgtactaaagggtcgcgggattagagctgagattacaggctat
agcatccagtgatttagccttgttgaagcgttagtgaatcccacagggga
ctgatacccctctctttatgtagcttagcctaatgggaacctcctc
attaaaaaatgtatctctgacacaaccctatatgtagctagagacagatg
gatcagtactatctaatgaagtaaacattcctgcctgagtattagatatc
tttaatttgtcactgacttggttaacaaatggtatataagtatcttaata
tttcctgatgctataatagaacgcacgagactggataatttacaaagaga
agaggctcattttgacttatagttctgcaggttgggctgttcaagctgta
cctggcaagccacctaggttgtgttatcccatgaagggtgtatggatgga
tgaatcatctgtgagggtgggggtgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45579100_45580306
seq2: B6Ng01-093P01.b_44_1239 (reverse)

seq1  GAGGAGGTTTTCACTTAGGCTAAACTTACAGAAAAAGAGGGGTATCAGTC  50
      |||||||||  || ||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||
seq2  GAGGAGGTTCCCA-TTAGGCTAAGC-TACATAAAGAGAGGGGTATCAGTC  48

seq1  ACCTGTGG--ATCACTTAAAGCTTCAAACGAGCTAAATATCGACTGGATG  98
       |||||||   |||| ||| |||||||    |||||||    ||||||||
seq2  CCCTGTGGGATTCAC-TAACGCTTCAACAAGGCTAAAT---CACTGGATG  94

seq1  CTATAGACCTGTAATTCTCAGCCTTCCTAATCCCGCGACCCTTTAGTACA  148
      |||||| ||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAG-CCTGTAA-TCTCAGC---TCTAATCCCGCGACCCTTTAGTACA  139

seq1  GTTCCTCCTGCTGTGGTGACCTCAACCATGAAATTACTTTGTTGCCACTT  198
      ||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GT--CT-CTGCT-TGGTGACCTCAACCATGAAATTAC-TTGTTGCCACTT  184

seq1  CATAACTGTGACTTTGCCACTGTTAGGAGTCCTAATGTAGAAACCTGATA  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTGTGAC-TTGCCACTGTTAGGAGTCCTAATGTAGAAACCTGATA  233

seq1  CGCAGGATATCGGG-TGTGTGATGTGGGAAGCCACATACGCC-ATTACAA  296
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CGCAAGATATCGGGTTGTGTGATGTGGGAAGCCACATACGCCAATTACAA  283

seq1  GGTGGCGCTGGCTA-CCGCTGGCCACCACCCAAACATTTGGGTAAACAAC  345
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCGCTGGCTACCCGCTGGCCACCACCCAAACATTTGGGTAAACAAC  333

seq1  CAATGTGCGCATGTGCAGTAGAATTTTTTGCTGAGTCACTG-CCTGGCCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAATGTGCGCATGTGCAGTAGAATTTTTTGCTGAGTCACTGCCCTGGCCC  383

seq1  GGGGCATGTAAATGAGGTACTAAAAACATAACCAATCGGGTGTGGATATG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATGTAAATGAGGTACTAAAAACATAACCAATCGGGTGTGGATATG  433

seq1  TAAATGAGGTGCTGAAAGCATAACCAATCGGGTGTAGACACGCCTCTCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGGTGCTGAAAGCATAACCAATCGGGTGTAGACACGCCTCTCCT  483

seq1  AGGCCTATATAAGCAGCGCCAGTTCTGGTGCTCGGGGTCTTTTCGCCTCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATATAAGCAGCGCCAGTTCTGGTGCTCGGGGTCTTTTCGCCTCT  533

seq1  GCAATAAAGCTCTCCCAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGTGGCGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAAAGCTCTCCCAATAAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGTGGCGT  583

seq1  CTCTCTTGCTGGTGAGCTGGGCGCTCACAGTGTGACCGCCCCAAAAGGGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGCTGGTGAGCTGGGCGCTCACAGTGTGACCGCCCCAAAAGGGA  633

seq1  TCATGACCCACAGGTTGACACCCTGTTACAGAGGAAAACATGTGATCACT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCCACAGGTTGACACCCTGTTACAGAGGAAAACATGTGATCACT  683

seq1  TTTGGTGTCGTGGTAGAAAGACTAGCCTCAGACTCCCACTAATCAGCTAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTCGTGGTAGAAAGACTAGCCTCAGACTCCCACTAATCAGCTAG  733

seq1  CCTGAGCGTCTCAAGTGCTGGGATTATGCTGTGTGTCACCATGCCCAGCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCGTCTCAAGTGCTGGGATTATGCTGTGTGTCACCATGCCCAGCC  783

seq1  TTGTGGACCATCCGACTCCAAAGAAATACTTTAAGAGATGGTGCTAGGCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGACCATCCGACTCCAAAGAAATACTTTAAGAGATGGTGCTAGGCT  833

seq1  GAGAGATGACTCAAGGAATAAGTGCTTGTTATGATATCGCAAGGACCAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGACTCAAGGAATAAGTGCTTGTTATGATATCGCAAGGACCAGA  883

seq1  ATTTGGATCACCAGAACCTACATTAAAAACCTGATGGAGGTGGTGACCTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGATCACCAGAACCTACATTAAAAACCTGATGGAGGTGGTGACCTC  933

seq1  AGTAATTAATCCCAGTGCTCACTGGTGAGGCCTGCACTAAGCTAGGAATG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTAATCCCAGTGCTCACTGGTGAGGCCTGCACTAAGCTAGGAATG  983

seq1  GAATGCTTACCCAACGGCATGTACTTTCCAGATAAACGGATACTTGCTGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTTACCCAACGGCATGTACTTTCCAGATAAACGGATACTTGCTGG  1033

seq1  GGGGTCAGATGTGTTCATGTGTTGAAGGATTAGGACCCTTGCATGGTGAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAGATGTGTTCATGTGTTGAAGGATTAGGACCCTTGCATGGTGAT  1083

seq1  ATTCAAAGTTGGTAGAGCCTTTGCAAAGTGGGCTCAGTAGGCCCATTGGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGTTGGTAGAGCCTTTGCAAAGTGGGCTCAGTAGGCCCATTGGG  1133

seq1  ACATTGGGGGTGCTGGAAGGAATGAAGATACATGGGATGCTGAAAAGAAT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGGGGTGCTGGAAGGAATGAAGATACATGGGATGCTGAAAAGAAT  1183

seq1  TATGAAAGAATTC  1207
      |||||||||||||
seq2  TATGAAAGAATTC  1196

seq1: chr13_45457724_45458051
seq2: B6Ng01-093P01.g_74_401

seq1  ATTAAAAAATGTATCTCTGACACAACCCTATATGTAGCTAGAGACAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAATGTATCTCTGACACAACCCTATATGTAGCTAGAGACAGATG  50

seq1  GATCAGTACTATCTAATGAAGTAAACATTCCTGCCTGAGTATTAGATATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTACTATCTAATGAAGTAAACATTCCTGCCTGAGTATTAGATATC  100

seq1  TTTAATTTGTCACTGACTTGGTTAACAAATGGTATATAAGTATCTTAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTGTCACTGACTTGGTTAACAAATGGTATATAAGTATCTTAATA  150

seq1  TTTCCTGATGCTATAATAGAACGCACGAGACTGGATAATTTACAAAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGATGCTATAATAGAACGCACGAGACTGGATAATTTACAAAGAGA  200

seq1  AGAGGCTCATTTTGACTTATAGTTCTGCAGGTTGGGCTGTTCAAGCTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTCATTTTGACTTATAGTTCTGCAGGTTGGGCTGTTCAAGCTGTA  250

seq1  CCTGGCAAGCCACCTAGGTTGTGTTATCCCATGAAGGGTGTATGGATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAAGCCACCTAGGTTGTGTTATCCCATGAAGGGTGTATGGATGGA  300

seq1  TGAATCATCTGTGAGGGTGGGGGTGGGT  328
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCATCTGTGAGGGTGGGGGTGGGT  328