BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095J04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 43,211,001 - 43,347,630
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhactr1, Tbc1d7, Gfod1
Upstream geneHivep1, Edn1, Hn1-ps4
Downstream geneSirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83, LOC100039432, A730030A06, EG637868
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095J04.bB6Ng01-095J04.g
ACCDH906479DH906480
length1,0981,007
definitionDH906479|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095J04, 5' end.DH906480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,346,528 - 43,347,630)(43,211,001 - 43,212,029)
sequence
gaattccaggatagtcagggctaaacagagaaaccatgacttgaaaagag
gcagctctgaagatgccccgggtatgtttggtttgagcctgtgccctatg
gctgtgagcttatgtaatgactggtgatctgctgcaacaaatggtctgct
gaggtaagctggatgccaccttgagtgtgtgacaatcccatgagacaggg
ttgtatcctcgggtttcagcctccctgggtagctatggatggtcttgaac
ttctatctatctccccagtactgggattacaggtgtaaaccccataccaa
gtttatgcgcttctggagattgaacttccagcttcatgtatgccaggcta
ttaataactctaccaactgagacacctcccgggctctcccaccatatact
tgcctccacattcatttgtctggtccgctgcctcccggctgctgtcttgc
gaacacactatgctttctttaacctatttcgtggaatgcccaccctactc
catctcctctccgcctctgggtggtcttttaagatctgccctgaacacct
gctcattttcctacttcctctcctttatataccaagaatctggagcgtga
cgtcagtgctcccatagtgccttgcgcttggcctgtgcgctcccatgccg
cccagcacttattgtgtgctaggctgtgacactgtctgtaaccattgttc
tccttggctcccgtgctattcaagactgcgcttacttcatcttggtattc
atgtaagaagaaaagggttggattctgctgctgtctgataaagctaagga
ctcacgagacgccaccgtaacagggggagaaagaacttgatttctttcca
gaggctagcctcacttcgcatatcattcctctgaaattcacagtgtggct
gtgccagatgttgggtaaaggggaggggttttgcttatgaagaagagtta
atctcccactggtgcctgctaacctgcagagatcttctccagtgtagttg
ctaccccttttttctgttatggcctgctgatgtcctgccgcgttgtcagt
aggtcctttagctcaatggtagtctccaaaggagtataggataatagg
gaattccagggctacataaagagaccatgcctcaaaaaacaaaaaagaag
aatagccttgctcaaatcagtgtgttctatgtgtcactgcactaactaac
ttagtttctgttgtaacaactcaaatgctccttcagggtgacatccacct
acctgtttacaagctactgtgtcccctggacctaagaactctggaaacat
ctactgtgcaggctgtcaaaattttcttgcttttctgttttgttttttca
tgggtttggtgcctaataacatacacagctgtatcactattccagaacaa
atttccactcaacaccaatggcatttgtacaatgtttctcctggttattg
tctcagcatgcaatattgggcctcaggttgaggtcctactggggtcatgg
ctcccaaaacagttagccaaaaatactctaactgtaacctatttaatctc
ttcaagtgaggggccttttcctacttaccaaaaatagttcatgctttatt
cttgcttgttaaaagtgtctttcatgggccgttctctgttgaccctccca
agacccttcacggcaggtagagtccatgttgctataccaccttcctcagg
gagacactcaggtgtggacggtagtcaaggacacacgtgactgacttgtg
tcccagctgatggtggtgagtggtggcagcaggtgaggaagcatggtgcc
tgtccgtcttcacatcagccctcccctcggtggcagccaggctaattgtc
ttagcttgggaaaatggcagtgtgaaaaaaaaaaagaaaatgccagatca
agtgttaagggcaagaaaaagtaagttactgcgctagctgaggaggtgcc
caacgtggtgaactcatcaatgttcagaatgacacatggccatcctcatg
actccaatgactcatccctgggtaaagggaaacagagtcttgcaggctgt
cctctaattgcctcatggcatgcagctggaactcgtaaccacacacaact
gagcaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_43346528_43347630
seq2: B6Ng01-095J04.b_40_1137 (reverse)

seq1  CCTATTATCCTCATCTCCTTTGCAGACTTAACCATTGAGCTAAAGAGACC  50
      |||||||||||   |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||
seq2  CCTATTATCCTATACTCCTTTGGAGACT--ACCATTGAGCTAAAG-GACC  47

seq1  TACTGACCACCGCGGCAGGAACATCAGCAGGCCATAAACAGAAAAAAGGG  100
      |||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACTGA-CAACGCGGCAGG-ACATCAGCAGGCCAT-AACAGAAAAAAGGG  94

seq1  GTAGCACCTACACTGGAGGAGATCTCTGCAGGTTAGCAGGCA-CAGTGGG  149
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTAGCAACTACACTGGAGAAGATCTCTGCAGGTTAGCAGGCACCAGTGGG  144

seq1  AGATT-ACTCTTCTTCATAAGCAAAGACCCCTCCCCCTTACCCAACATCT  198
      ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATTAACTCTTCTTCATAAGCAAA-ACCCCTCCCCTTTACCCAACATCT  193

seq1  GGCACAGCCACACTGTGAATTTCAGAGGAATGATATGCGAAGTGAGGCTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGCCACACTGTGAATTTCAGAGGAATGATATGCGAAGTGAGGCTA  243

seq1  GCCTCTGGAAAGAAATCAAGTTCTTTCTCCCCCTGTTACGGTGGCGTCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGAAAGAAATCAAGTTCTTTCTCCCCCTGTTACGGTGGCGTCTC  293

seq1  CTGAGTCCTTAGCTTTATCAGACAGCAGCAGAATCCAACCCTTTTCTTCT  348
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCCTTAGCTTTATCAGACAGCAGCAGAATCCAACCCTTTTCTTCT  343

seq1  TACATGAATACCAAGATGAAGTAAGCGCAGTCTTGAATAGCACGGGAGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAATACCAAGATGAAGTAAGCGCAGTCTTGAATAGCACGGGAGCC  393

seq1  AAGGAGAACAATGGTTACAGACAGTGTCACAGCCTAGCACACAATAAGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAACAATGGTTACAGACAGTGTCACAGCCTAGCACACAATAAGTG  443

seq1  CTGGGCGGCATGGGAGCGCACAGGCCAAGCGCAAGGCACTATGGGAGCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCGGCATGGGAGCGCACAGGCCAAGCGCAAGGCACTATGGGAGCAC  493

seq1  TGACGTCACGCTCCAGATTCTTGGTATATAAAGGAGAGGAAGTAGGAAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTCACGCTCCAGATTCTTGGTATATAAAGGAGAGGAAGTAGGAAAA  543

seq1  TGAGCAGGTGTTCAGGGCAGATCTTAAAAGACCACCCAGAGGCGGAGAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGTGTTCAGGGCAGATCTTAAAAGACCACCCAGAGGCGGAGAGG  593

seq1  AGATGGAGTAGGGTGGGCATTCCACGAAATAGGTTAAAGAAAGCATAGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGTAGGGTGGGCATTCCACGAAATAGGTTAAAGAAAGCATAGTG  643

seq1  TGTTCGCAAGACAGCAGCCGGGAGGCAGCGGACCAGACAAATGAATGTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGCAAGACAGCAGCCGGGAGGCAGCGGACCAGACAAATGAATGTGG  693

seq1  AGGCAAGTATATGGTGGGAGAGCCCGGGAGGTGTCTCAGTTGGTAGAGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGTATATGGTGGGAGAGCCCGGGAGGTGTCTCAGTTGGTAGAGTT  743

seq1  ATTAATAGCCTGGCATACATGAAGCTGGAAGTTCAATCTCCAGAAGCGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAGCCTGGCATACATGAAGCTGGAAGTTCAATCTCCAGAAGCGCA  793

seq1  TAAACTTGGTATGGGGTTTACACCTGTAATCCCAGTACTGGGGAGATAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTGGTATGGGGTTTACACCTGTAATCCCAGTACTGGGGAGATAGA  843

seq1  TAGAAGTTCAAGACCATCCATAGCTACCCAGGGAGGCTGAAACCCGAGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTCAAGACCATCCATAGCTACCCAGGGAGGCTGAAACCCGAGGA  893

seq1  TACAACCCTGTCTCATGGGATTGTCACACACTCAAGGTGGCATCCAGCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCCTGTCTCATGGGATTGTCACACACTCAAGGTGGCATCCAGCTT  943

seq1  ACCTCAGCAGACCATTTGTTGCAGCAGATCACCAGTCATTACATAAGCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGCAGACCATTTGTTGCAGCAGATCACCAGTCATTACATAAGCTC  993

seq1  ACAGCCATAGGGCACAGGCTCAAACCAAACATACCCGGGGCATCTTCAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCATAGGGCACAGGCTCAAACCAAACATACCCGGGGCATCTTCAGA  1043

seq1  GCTGCCTCTTTTCAAGTCATGGTTTCTCTGTTTAGCCCTGACTATCCTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTCTTTTCAAGTCATGGTTTCTCTGTTTAGCCCTGACTATCCTGG  1093

seq1  AATTC  1103
      |||||
seq2  AATTC  1098

seq1: chr13_43211001_43212029
seq2: B6Ng01-095J04.g_68_1074

seq1  GAATTCCAGGGCTACATAAAGAGACCATGCCTCAAAAAACAAAAAAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCTACATAAAGAGACCATGCCTCAAAAAACAAAAAAGAAG  50

seq1  AATAGCCTTGCTCAAATCAGTGTGTTCTATGTGTCACTGCACTAACTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCCTTGCTCAAATCAGTGTGTTCTATGTGTCACTGCACTAACTAAC  100

seq1  TTAGTTTCTGTTGTAACAACTCAAATGCTCCTTCAGGGTGACATCCACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTCTGTTGTAACAACTCAAATGCTCCTTCAGGGTGACATCCACCT  150

seq1  ACCTGTTTACAAGCTACTGTGTCCCCTGGACCTAAGAACTCTGGAAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTTACAAGCTACTGTGTCCCCTGGACCTAAGAACTCTGGAAACAT  200

seq1  CTACTGTGCAGGCTGTCAAAATTTTCTTGCTTTTCTGTTTTGTTTTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTGCAGGCTGTCAAAATTTTCTTGCTTTTCTGTTTTGTTTTTTCA  250

seq1  TGGGTTTGGTGCCTAATAACATACACAGCTGTATCACTATTCCAGAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGGTGCCTAATAACATACACAGCTGTATCACTATTCCAGAACAA  300

seq1  ATTTCCACTCAACACCAATGGCATTTGTACAATGTTTCTCCTGGTTATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCACTCAACACCAATGGCATTTGTACAATGTTTCTCCTGGTTATTG  350

seq1  TCTCAGCATGCAATATTGGGCCTCAGGTTGAGGTCCTACTGGGGTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCATGCAATATTGGGCCTCAGGTTGAGGTCCTACTGGGGTCATGG  400

seq1  CTCCCAAAACAGTTAGCCAAAAATACTCTAACTGTAACCTATTTAATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAAACAGTTAGCCAAAAATACTCTAACTGTAACCTATTTAATCTC  450

seq1  TTCAAGTGAGGGGCCTTTTCCTACTTACCAAAAATAGTTCATGCTTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGAGGGGCCTTTTCCTACTTACCAAAAATAGTTCATGCTTTATT  500

seq1  CTTGCTTGTTAAAAGTGTCTTTCATGGGCCGTTCTCTGTTGACCCTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGTTAAAAGTGTCTTTCATGGGCCGTTCTCTGTTGACCCTCCCA  550

seq1  AGACCCTTCACGGCAGGTAGAGTCCATGTTGCTATACCACCTTCCTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTTCACGGCAGGTAGAGTCCATGTTGCTATACCACCTTCCTCAGG  600

seq1  GAGACACTCAGGTGTGGACGGTAGTCAAGGACACACGTGACTGACTTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTCAGGTGTGGACGGTAGTCAAGGACACACGTGACTGACTTGTG  650

seq1  TCCCAGCTGATGGTGGTGAGTGGTGGCAGCAGGTGAGGAAGCATGGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCTGATGGTGGTGAGTGGTGGCAGCAGGTGAGGAAGCATGGTGCC  700

seq1  TGTCCGTCTTCACATCAGCCCTCCCCCTCGGTGGCAGCCAGGCTAATTGT  750
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGTCCGTCTTCACATCAGCCCT-CCCCTCGGTGGCAGCCAGGCTAATTG-  748

seq1  TCTTAGCTTGGGAGAATGGCAGTGTG-AGAGAAAACAGAAAATGGCCAGA  799
      ||||||||||||| |||||||||||| | | |||| ||||||| ||||||
seq2  TCTTAGCTTGGGAAAATGGCAGTGTGAAAAAAAAAAAGAAAAT-GCCAGA  797

seq1  TCAGGTGTTAGGGGCAAG-AATAGTAAGTTACTGCGCTAAGCTGAGGAGG  848
      ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAAGTGTTAAGGGCAAGAAAAAGTAAGTTACTGCGCT-AGCTGAGGAGG  846

seq1  TGGCCCAACGT-GTGAACTCATCAATTGTTCCAGAATGACACATTGGGCC  897
      | ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||
seq2  T-GCCCAACGTGGTGAACTCATCAA-TGTT-CAGAATGACACAT--GGCC  891

seq1  ATCCTCAATGACTCCAATGACTTCATCCCTGGGTTGAGGGGGGAAAACAG  947
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||    ||||||
seq2  ATCCTC-ATGACTCCAATGAC-TCATCCCTGGGTAAAGGG----AAACAG  935

seq1  AGTCTTGCAGGCTGTCCTCTAATGTGCCCTCATGTGCATGGCAGGCCTGT  997
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||  ||| 
seq2  AGTCTTGCAGGCTGTCCTCTAAT-TG-CCTCATG-GCAT-GCAG--CTG-  978

seq1  GAACTCGTACACACACACACACTGAAGGCAAT  1029
      |||||||||  |||||||| |||||  |||||
seq2  GAACTCGTAACCACACACA-ACTGA--GCAAT  1007