BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096F19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,440,204 - 34,555,114
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620132, EG666666
Upstream geneOTTMUSG00000000724, Serpinb9g, LOC100041370, EG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik
Downstream gene1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096F19.bB6Ng01-096F19.g
ACCDH907035DH907036
length1,1181,160
definitionDH907035|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096F19, 5' end.DH907036|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096F19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,553,993 - 34,555,114)(34,440,204 - 34,441,377)
sequence
gaattctggggtgaccagcttcaactcttggtcacagacagtgggggcct
ccctgccaggctggctgcttatgcagttatttaaaacagagcagctgcaa
tagagtcaccacttggaaactgtccaaattcagacctagcaggtcagaaa
ctccagcaagtcctgcaggggattctcatgcacactaatggctggggaaa
catactgacatagtctggcaactagaacaaaaactgagcttggagggtcg
ggtacctcccactctacactgtgctgacttcctgattactagcatttgtg
gatggagggctagccagggcaggccaaagtccccagggaatggtcaacac
agagtattggacaaacaccaatgctgcagacttgagatgggtcaaggtaa
gccatgtgatagagatcaaagggcaatgaccccttggggactgtgagtag
agctgcagagcaacctgagccacctgtggcttgggcaggacacagtgtct
ctgacactgttggtcctcagccaggacagatagaaaaatgccagaatttc
atggcagacaagcatgcctgcatctttctgtgttttcctcatctggaaat
ggaaaagtctcgctgtgccctgtccactgcagtggtttgtgggaagtaag
ggcagaggagtgaaagctgccagaattcctcaagttggaatagcaggttg
acagcagggaggccatttcagcagacatctgtgtgcagggtagtggcgtc
catgacagttgccatgcgatgaaacatacagagccaagaatggcatgcta
ggactgtgtttgttgcatagcacggtgcagagagaactggctgactcagc
aaatactgcatcttaggctacaagacactgtctgaaacaacatgacactg
accagactgttctggcacagaccagaggagcaaaggacaaggacaatcta
gaacgcagtgcccagtggagtgttatagctcacgacctcgtgtgtgacag
ggtgacccattagagtgatagcaacaagattcaggtacaagaagggagta
gtttaggctctcaaattcacaatttctcctgcctcagctcaagagaaata
acggaacaatctaacagg
gaattcagttgaacttgacaatcccatgacttgtgagctattgtggttag
tggattgctctggataggaagttgtctgttggctttgcagctcacagact
atatgtaaagtttccaaaaaaaaaaaaaaaaacacatcactgccagcatt
tcaaaatggaaggactgaacatgtttttaaactgtgtttgggaatactcc
taacatagcagatgtctggccttttccttgccccgtatttatggggccat
gctcacttgaaatacagtgagcaggcaagggttacccagcttgtctttat
cactgcctggcacacagtcacgtcatcatctggcccctgcaaacatctcc
atctgagttcctgaccccagtgcacattagcatcctgagtgcacacaaag
aagctgagtcatctctcttcctttgacattctgttaagtaatctagcact
ctgcaattcccaaaacctgagataatgaaaatacgatgcaacctagtcag
taatatgcttggataatttcttccccttgaacatagcaggaggacaaaaa
aaaaaaatgacttcagcttacctataaaattgagggatatccaactttaa
aagttaatcccaaggaattggcgtcagggttaaataactttaatcagaag
ccaagtcatactaaatgtattctggattgtttcggctcatctattaattt
tctttattcttgaattataacttggcaaatcatgtactgcatcattcttt
tttggctttatagcagcttaatttcttcccttcagatgcttgtttgaagg
ataggttaccttgctttctatgagtgttcccaaattgtgatgtgcatcag
catctcacagctaaagctgcgtatatagtattcaaacattattttttatc
atcctttggcttctggaatgtcaactcttactctttaacaggaatttgac
atttacaaaacctatcataaatcaaatgaaaagctactttcattctgagg
cagcagaagtattaaaatgtcacaaggagtccttcctaaggaagctgcag
gtattactgggaggaaagccactggcttgtctgctgcagccaatcatctc
ctgcctcacaatccgtggagataaacaagtcttcatgcaagcactccaca
ctacaagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34553993_34555114
seq2: B6Ng01-096F19.b_46_1163 (reverse)

seq1  CCTGTTAGATTGTTCTGTTATTTTCTCTTGAGCTGAGGCAGGAGAA--TG  48
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  CCTGTTAGATTGTTCCGTTA-TTTCTCTTGAGCTGAGGCAGGAGAAATTG  49

seq1  TGAATTTTGAGAAGCCTAAACTACTCCCTTCTTGTACCTGAATCTTGTTG  98
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAA-TTTGAG-AGCCTAAACTACTCCCTTCTTGTACCTGAATCTTGTTG  97

seq1  CTATCACTCTAATGGGTCACCCTGTCACACACGAGGTCGTGGAGCTATAA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTATCACTCTAATGGGTCACCCTGTCACACACGAGGTCGT-GAGCTATAA  146

seq1  CAACTCCCACTGGGCACTGCCTTCTAGATTGTCCTTGTCCTTTGCTCCTC  198
      | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ACT-CCACTGGGCACTGCGTTCTAGATTGTCCTTGTCCTTTGCTCCTC  194

seq1  TGGTCTGTGCCAGAACAGTCTGGTCAGTGTCATGTTGTTTCAGACAGTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGTGCCAGAACAGTCTGGTCAGTGTCATGTTGTTTCAGACAGTGT  244

seq1  CTTGTAGCCTAAGATGCAGTATTTGCTGAGTCAGCCAGTTCTCTCTGCAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGCCTAAGATGCAGTATTTGCTGAGTCAGCCAGTTCTCTCTGCAC  294

seq1  CGTGCTATGCAACAAACACAGTCCTAGCATGCCATTCTTGGCTCTGTATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTATGCAACAAACACAGTCCTAGCATGCCATTCTTGGCTCTGTATG  344

seq1  TTTCATCGCATGGCAACTGTCATGGACGCCACTACCCTGCACACAGATGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCGCATGGCAACTGTCATGGACGCCACTACCCTGCACACAGATGT  394

seq1  CTGCTGAAATGGCCTCCCTGCTGTCAACCTGCTATTCCAACTTGAGGAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAAATGGCCTCCCTGCTGTCAACCTGCTATTCCAACTTGAGGAAT  444

seq1  TCTGGCAGCTTTCACTCCTCTGCCCTTACTTCCCACAAACCACTGCAGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCTTTCACTCCTCTGCCCTTACTTCCCACAAACCACTGCAGTG  494

seq1  GACAGGGCACAGCGAGACTTTTCCATTTCCAGATGAGGAAAACACAGAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGCACAGCGAGACTTTTCCATTTCCAGATGAGGAAAACACAGAAA  544

seq1  GATGCAGGCATGCTTGTCTGCCATGAAATTCTGGCATTTTTCTATCTGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGGCATGCTTGTCTGCCATGAAATTCTGGCATTTTTCTATCTGTC  594

seq1  CTGGCTGAGGACCAACAGTGTCAGAGACACTGTGTCCTGCCCAAGCCACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGAGGACCAACAGTGTCAGAGACACTGTGTCCTGCCCAAGCCACA  644

seq1  GGTGGCTCAGGTTGCTCTGCAGCTCTACTCACAGTCCCCAAGGGGTCATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCAGGTTGCTCTGCAGCTCTACTCACAGTCCCCAAGGGGTCATT  694

seq1  GCCCTTTGATCTCTATCACATGGCTTACCTTGACCCATCTCAAGTCTGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTGATCTCTATCACATGGCTTACCTTGACCCATCTCAAGTCTGCA  744

seq1  GCATTGGTGTTTGTCCAATACTCTGTGTTGACCATTCCCTGGGGACTTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGGTGTTTGTCCAATACTCTGTGTTGACCATTCCCTGGGGACTTTG  794

seq1  GCCTGCCCTGGCTAGCCCTCCATCCACAAATGCTAGTAATCAGGAAGTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCCTGGCTAGCCCTCCATCCACAAATGCTAGTAATCAGGAAGTCA  844

seq1  GCACAGTGTAGAGTGGGAGGTACCCGACCCTCCAAGCTCAGTTTTTGTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGTAGAGTGGGAGGTACCCGACCCTCCAAGCTCAGTTTTTGTTC  894

seq1  TAGTTGCCAGACTATGTCAGTATGTTTCCCCAGCCATTAGTGTGCATGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGCCAGACTATGTCAGTATGTTTCCCCAGCCATTAGTGTGCATGAG  944

seq1  AATCCCCTGCAGGACTTGCTGGAGTTTCTGACCTGCTAGGTCTGAATTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTGCAGGACTTGCTGGAGTTTCTGACCTGCTAGGTCTGAATTTG  994

seq1  GACAGTTTCCAAGTGGTGACTCTATTGCAGCTGCTCTGTTTTAAATAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTTCCAAGTGGTGACTCTATTGCAGCTGCTCTGTTTTAAATAACT  1044

seq1  GCATAAGCAGCCAGCCTGGCAGGGAGGCCCCCACTGTCTGTGACCAAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCAGCCAGCCTGGCAGGGAGGCCCCCACTGTCTGTGACCAAGAG  1094

seq1  TTGAAGCTGGTCACCCCAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTGGTCACCCCAGAATTC  1118

seq1: chr13_34440204_34441377
seq2: B6Ng01-096F19.g_68_1227

seq1  GAATTCAGTTGAACTTGACAATCCCATGACTTGTGAGCTATTGTGGTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGAACTTGACAATCCCATGACTTGTGAGCTATTGTGGTTAG  50

seq1  TGGATTGCTCTGGATAGGAAGTTGTCTGTTGGCTTTGCAGCTCACAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGCTCTGGATAGGAAGTTGTCTGTTGGCTTTGCAGCTCACAGACT  100

seq1  ATATGTAAAGTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAACACATCACTGCCAGCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAAGTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAACACATCACTGCCAGCATT  150

seq1  TCAAAATGGAAGGACTGAACATGTTTTTAAACTGTGTTTGGGAATACTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATGGAAGGACTGAACATGTTTTTAAACTGTGTTTGGGAATACTCC  200

seq1  TAACATAGCAGATGTCTGGCCTTTTCCTTGCCCCGTATTTATGGGGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGCAGATGTCTGGCCTTTTCCTTGCCCCGTATTTATGGGGCCAT  250

seq1  GCTCACTTGAAATACAGTGAGCAGGCAAGGGTTACCCAGCTTGTCTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTTGAAATACAGTGAGCAGGCAAGGGTTACCCAGCTTGTCTTTAT  300

seq1  CACTGCCTGGCACACAGTCACGTCATCATCTGGCCCCTGCAAACATCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTGGCACACAGTCACGTCATCATCTGGCCCCTGCAAACATCTCC  350

seq1  ATCTGAGTTCCTGACCCCAGTGCACATTAGCATCCTGAGTGCACACAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGTTCCTGACCCCAGTGCACATTAGCATCCTGAGTGCACACAAAG  400

seq1  AAGCTGAGTCATCTCTCTTCCTTTGACATTCTGTTAAGTAATCTAGCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAGTCATCTCTCTTCCTTTGACATTCTGTTAAGTAATCTAGCACT  450

seq1  CTGCAATTCCCAAAACCTGAGATAATGAAAATACGATGCAACCTAGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATTCCCAAAACCTGAGATAATGAAAATACGATGCAACCTAGTCAG  500

seq1  TAATATGCTTGGATAATTTCTTCCCCTTGAACATAGCAGGAGGACAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGCTTGGATAATTTCTTCCCCTTGAACATAGCAGGAGGACAAAAA  550

seq1  AAAAAAATGACTTCAGCTTACCTATAAAATTGAGGGATATCCAACTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGACTTCAGCTTACCTATAAAATTGAGGGATATCCAACTTTAA  600

seq1  AAGTTAATCCCAAGGAATTGGCGTCAGGGTTAAATAACTTTAATCAGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATCCCAAGGAATTGGCGTCAGGGTTAAATAACTTTAATCAGAAG  650

seq1  CCAAGTCATACTAAATGTATTCTGGATTGTTTCGGCTCATCTATTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCATACTAAATGTATTCTGGATTGTTTCGGCTCATCTATTAATTT  700

seq1  TCTTTATTCTTGAATTATAACTTGGCAAATCATGTACTGCATCATTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTCTTGAATTATAACTTGGCAAATCATGTACTGCATCATTCTTT  750

seq1  TTTGGCTTTATAGCAGCTTAATTTCTTCCCTTCAGATGCTTGTTTGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTATAGCAGCTTAATTTCTTCCCTTCAGATGCTTGTTTGAAGG  800

seq1  ATAGGTTACCTTGCTTTCTATGAGTGTTCCCAAATTGTGATGTGCATCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTACCTTGCTTTCTATGAGTGTTCCCAAATTGTGATGTGCATCAG  850

seq1  CATCTCACAGCTAAAGCTGCGTATATAGTATTCAAACATTATTTTTTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCACAGCTAAAGCTGCGTATATAGTATTCAAACATTATTTTTTATC  900

seq1  ATCCTTTGGCTTCTGGAATGTCAACTCTTACTCTTTAACAAGGAATTTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATCCTTTGGCTTCTGGAATGTCAACTCTTACTCTTTAAC-AGGAATTTGA  949

seq1  CATTTACAAAACCTATCATAAATCAAAATGAAAAAGCTACTTTCATTCTG  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATTTACAAAACCTATCATAAATC-AAATG-AAAAGCTACTTTCATTCTG  997

seq1  AGGCAGCAGAAGTAATAAAAATGTCACAAGAGCTC--TCCTAAGGAAAGC  1048
      ||||||||||||| || |||||||||||||   ||  |||||||| ||||
seq2  AGGCAGCAGAAGT-ATTAAAATGTCACAAGGAGTCCTTCCTAAGG-AAGC  1045

seq1  TGCAGGTATTACCTGGAGGAGAGGCCACCTGCTTGTCTGCTGCAAGCCAA  1098
      ||||||||||||  |||||| | |||||  ||||||||||||| ||||||
seq2  TGCAGGTATTACTGGGAGGA-AAGCCACTGGCTTGTCTGCTGC-AGCCAA  1093

seq1  ATTCATCCTTCCTG-CTCACAAATCCCGTGAAGATAACAAAGTCTTCCAT  1147
        |||||  ||||| |||||||   ||||| ||||||  ||||||| |||
seq2  --TCATC--TCCTGCCTCACAA--TCCGTGGAGATAAACAAGTCTT-CAT  1136

seq1  GCAAAAAGCTACTCC-CACTACAAGTGG  1174
      ||   |||| ||||| ||||||||||||
seq2  GC---AAGC-ACTCCACACTACAAGTGG  1160