BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104C11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 27,870,504 - 27,931,501
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrl7c1, Prl2a1
Upstream geneLOC100040939, LOC100040945, LOC100040957, Prl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1, Prl8a6, Prl8a8, Prl8a9, Prl8a1, Prl7b1, Prl7a1, Prl7a2, RP23-135A24.2-001, Prl7d1
Downstream geneOTTMUSG00000000651, LOC666321, LOC195243, LOC100041036, Prl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1, LOC626683
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104C11.bB6Ng01-104C11.g
ACCDH912536DH912537
length1,2241,087
definitionDH912536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C11, 5' end.DH912537|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,870,504 - 27,871,742)(27,930,400 - 27,931,501)
sequence
gaattcttttaaagtctttgtaatctcacaaaattgtgccattctccttg
tcctattttttagtagcgtgtgttttctttttttctatgaaacttgtatt
gtcagaaatatactagatctattctgaaatatactcgaatcattggctga
atcagaaataagtgagatacttacaaatatcatgcgcatttctatagtga
gagccatggtgtcatttgagagtttgatggcttgatcaaacaagtctttg
aggtacgcctcaccatagtcatcctcaatgtggtgaatggaagcagaagt
cacaccctcccactggagtaggtttgacatcaacaacattgggagcattg
ctactgtatagaaacacaagttacattggattacctatctcaggttatca
gtggtaattctttcttagttatcaaaaaaagattatttcttccattgcct
gctaccatcgggtctgtcactgtacagatgtggtagtgaatatacaattt
cttataaaaaacttcaattaaataattacattcatacaagtttctaaact
tgaagacattgtctggctgtggattatcagaacttattctgaaattttgg
ttcttaaattaatgagtgtttttaagacattctctggagacagaatagta
tattggaaatttatgctgatcttaagtagtcaccgtctcccagacattct
tgttactgaataggcaatatttgcctcatagcaaggacagcagcacacta
ccatttcaacttcattcctagcaagaatatagacatgcttgcctgttgtt
caatactgagggtgaagagacttttgttatggaaaggattatgtagactg
gctttgcctgatcacaataatacacacattcatttgccattctaccaaaa
tattcagattattttctactgaatttgagctttacaataaccttgtaggt
agatgggccagtgtatacaattagctatattaacaaagaggacacttatg
aaattaagtgattttccttaagtcctattcttaggtggtgtagaagaaaa
aagccaacactaaaagactttgtactccacagtggatgtcttaccaaatt
ggactttcatatagaattaggtaacagaaatgatgccataatcaaataaa
gtatactagcattgtattttgtaagttccactaactgggatccatgactc
agtagagatatgtttgtcgacttc
atctcagtagtgaataaatcgtgggtaaaataatttcgtgggctacttct
ctaattgaaggaaattgacagagaggagcatcagcattcaccttacgctg
ctttgtaactgtggtagcactgtgaacagctacttcatctgccatgctat
gatgaagctacaacaaactcttcctcacaaaatttacttttgcctagtgg
ttgatcatagcagtagaaatggaatttatataaatgtcattatcattaat
gtatatcatcttgaggtacttccctaggacctctgggttttcttggtata
gagagcttctattgcttacactggtcagaagagggtcgattatcagctgc
agaacttttgttattccaccaccctccttgtgtctaactgaccccaggct
gactctatagtcatatcctgttgaccatttccgcatgtttgcttaaaggg
cccaaggcttgatgaacaatgcttgcaataaaaggctttcattccccact
taccatgtaagatccactttaatttcacatctttgagtgatagcctataa
ttcgagtatgtaccacgggacccagcaaaatacataccattatcttagta
tcttctttataaaatttttaccatataatatatgatagacacaaatagct
agtcatagcttaagctaaatttacttaccattaatatctctacctcaatc
tataaacacaagtgctattgtctctgatgaatttctagattgtcatgaat
ctgcgatgttctacaagtagcttttgcaacaatagaaacattcaacatac
tagtaggggttcaacacttccattatttacagtgagaatccagttgcaag
tgctctgtatatgttctcatttacgaagtatgctcatttttgagacgatg
ctgaacattctctaaggactgctggaagtgactcatatcccagtgctatc
ttttttctcatgctacagtaattttactcttcctccttgaaggaattgtt
ctcttgacattagagtcactagaaacaatatatgtacaatagaataatgt
cacttttttttttacaaggttgccttacttcatgtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_27870504_27871742
seq2: B6Ng01-104C11.b_48_1271

seq1  GAATTCTTTTAAAGTCTTTGTAATCTCACAAAATTGTGCCATTCTCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAAAGTCTTTGTAATCTCACAAAATTGTGCCATTCTCCTTG  50

seq1  TCCTATTTTTTAGTAGCGTGTGTTTTCTTTTTTTCTATGAAACTTGTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTTTTTAGTAGCGTGTGTTTTCTTTTTTTCTATGAAACTTGTATT  100

seq1  GTCAGAAATATACTAGATCTATTCTGAAATATACTCGAATCATTGGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAATATACTAGATCTATTCTGAAATATACTCGAATCATTGGCTGA  150

seq1  ATCAGAAATAAGTGAGATACTTACAAATATCATGCGCATTTCTATAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATAAGTGAGATACTTACAAATATCATGCGCATTTCTATAGTGA  200

seq1  GAGCCATGGTGTCATTTGAGAGTTTGATGGCTTGATCAAACAAGTCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATGGTGTCATTTGAGAGTTTGATGGCTTGATCAAACAAGTCTTTG  250

seq1  AGGTACGCCTCACCATAGTCATCCTCAATGTGGTGAATGGAAGCAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACGCCTCACCATAGTCATCCTCAATGTGGTGAATGGAAGCAGAAGT  300

seq1  CACACCCTCCCACTGGAGTAGGTTTGACATCAACAACATTGGGAGCATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTCCCACTGGAGTAGGTTTGACATCAACAACATTGGGAGCATTG  350

seq1  CTACTGTATAGAAACACAAGTTACATTGGATTACCTATCTCAGGTTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTATAGAAACACAAGTTACATTGGATTACCTATCTCAGGTTATCA  400

seq1  GTGGTAATTCTTTCTTAGTTATCAAAAAAAGATTATTTCTTCCATTGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAATTCTTTCTTAGTTATCAAAAAAAGATTATTTCTTCCATTGCCT  450

seq1  GCTACCATCGGGTCTGTCACTGTACAGATGTGGTAGTGAATATACAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCATCGGGTCTGTCACTGTACAGATGTGGTAGTGAATATACAATTT  500

seq1  CTTATAAAAAACTTCAATTAAATAATTACATTCATACAAGTTTCTAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAAAACTTCAATTAAATAATTACATTCATACAAGTTTCTAAACT  550

seq1  TGAAGACATTGTCTGGCTGTGGATTATCAGAACTTATTCTGAAATTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACATTGTCTGGCTGTGGATTATCAGAACTTATTCTGAAATTTTGG  600

seq1  TTCTTAAATTAATGAGTGTTTTTAAGACATTCTCTGGAGACAGAATAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAATTAATGAGTGTTTTTAAGACATTCTCTGGAGACAGAATAGTA  650

seq1  TATTGGAAATTTATGCTGATCTTAAGTAGTCACCGTCTCCCAGACATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAAATTTATGCTGATCTTAAGTAGTCACCGTCTCCCAGACATTCT  700

seq1  TGTTACTGAATAGGCAATATTTGCCTCATAGCAAGGACAGCAGCACACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGAATAGGCAATATTTGCCTCATAGCAAGGACAGCAGCACACTA  750

seq1  CCATTTCAACTTCATTCCTAGCAAGAATATAGACATGCTTGCCTGTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCAACTTCATTCCTAGCAAGAATATAGACATGCTTGCCTGTTGTT  800

seq1  CAATACTGAGGGTGAAGAGACTTTTGTTATGGAAAGGATTATGTAGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTGAGGGTGAAGAGACTTTTGTTATGGAAAGGATTATGTAGACTG  850

seq1  GCTTTGCCTGATCACAATAATACACACATTCATTTGCCATTCTACCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCTGATCACAATAATACACACATTCATTTGCCATTCTACCAAAA  900

seq1  TATTCAGATTATTTTCTACTGAATTTGAGCTTTACAATAACCTTGTAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGATTATTTTCTACTGAATTTGAGCTTTACAATAACCTTGTAGGT  950

seq1  AGATGGGCCAGTGTAATACAATTAAGCTATATTAACAAAAGAGGACACTT  1000
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATGGGCCAGTGT-ATACAATT-AGCTATATTAAC-AAAGAGGACACTT  997

seq1  ATGAAATTAAGTGATTTTCCTTAAGTCCTATTCTTAGGTGGTGTAGGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGAAATTAAGTGATTTTCCTTAAGTCCTATTCTTAGGTGGTGTA-GAAG  1046

seq1  AAAAAAGCCAACACT-ATAGACTTTGTACCCCACAGTGGGATGTCTTAAC  1099
      ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||
seq2  AAAAAAGCCAACACTAAAAGACTTTGTACTCCACAGT-GGATGTCTT-AC  1094

seq1  CATATTGGACTTTCATATAGATTAGGGTAACAGAAATGATGCCCATAATC  1149
      || |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAATTGGACTTTCATATAGAATTAGGTAACAGAAATGATG-CCATAATC  1143

seq1  AAATATAAGTATCACTAGGCATTGTTATTTGTAAAGTCCAATCTTTACTT  1199
      ||||| |||||| |||| |||||||  |||||||  ||||     ||  |
seq2  AAATA-AAGTAT-ACTA-GCATTGTATTTTGTAAGTTCCA----CTAACT  1186

seq1  GTGATCACATGACTCAGTAGAGTATATGTTTGTCGACTTC  1239
      | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGGATC-CATGACTCAGTAGAG-ATATGTTTGTCGACTTC  1224

seq1: chr13_27930400_27931501
seq2: B6Ng01-104C11.g_81_1167 (reverse)

seq1  TTACATGAAAGTAAAGGCAAACTTTGTAAAAAAAAAAAAGTGACATTTAA  50
      ||||||| |||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||  |
seq2  TTACATG-AAGT-AAGGC-AACCTTGT--AAAAAAAAAAGTGACATT--A  43

seq1  TCATATGTAACATTAATGTGTTTCTGAGTGACTCTAATGTCAAGAGAACA  100
      |  |||   ||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTGTACATATAT-TGTTTCT-AGTGACTCTAATGTCAAGAGAACA  91

seq1  ATTCCTTCAAGAGAGAAGAGGTAAAATTACTGGTAGCATGAGAAAAAAGA  150
      |||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCAAGGAGGAAGA-GTAAAATTACT-GTAGCATGAGAAAAAAGA  139

seq1  TAGCACTGGGGATATGAGTCACTTCCAGCAGTTCCTTAGAAGAATGTTCA  200
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TAGCACT-GGGATATGAGTCACTTCCAGCAG-TCCTTAG-AGAATGTTCA  186

seq1  GCATCGTCTTCAAAAATGAGCATACTTCGTAAATGAGAACATATACAGAG  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCGTC-TCAAAAATGAGCATACTTCGTAAATGAGAACATATACAGAG  235

seq1  CACTTGCAACTGGATTCTCACTGTAAATAATGGAAGTGTTGAACCCCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCAACTGGATTCTCACTGTAAATAATGGAAGTGTTGAACCCCTAC  285

seq1  TAGTATGTTGAATGTTTCTATTGTTGCAAAAGCTACTTGTAGAACATCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGTTGAATGTTTCTATTGTTGCAAAAGCTACTTGTAGAACATCGC  335

seq1  AGATTCATGACAATCTAGAAATTCATCAGAGACAATAGCACTTGTGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATGACAATCTAGAAATTCATCAGAGACAATAGCACTTGTGTTTA  385

seq1  TAGATTGAGGTAGAGATATTAATGGTAAGTAAATTTAGCTTAAGCTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGAGGTAGAGATATTAATGGTAAGTAAATTTAGCTTAAGCTATGA  435

seq1  CTAGCTATTTGTGTCTATCATATATTATATGGTAAAAATTTTATAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTATTTGTGTCTATCATATATTATATGGTAAAAATTTTATAAAGAA  485

seq1  GATACTAAGATAATGGTATGTATTTTGCTGGGTCCCGTGGTACATACTCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTAAGATAATGGTATGTATTTTGCTGGGTCCCGTGGTACATACTCG  535

seq1  AATTATAGGCTATCACTCAAAGATGTGAAATTAAAGTGGATCTTACATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAGGCTATCACTCAAAGATGTGAAATTAAAGTGGATCTTACATGG  585

seq1  TAAGTGGGGAATGAAAGCCTTTTATTGCAAGCATTGTTCATCAAGCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGGGAATGAAAGCCTTTTATTGCAAGCATTGTTCATCAAGCCTTG  635

seq1  GGCCCTTTAAGCAAACATGCGGAAATGGTCAACAGGATATGACTATAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTTAAGCAAACATGCGGAAATGGTCAACAGGATATGACTATAGAG  685

seq1  TCAGCCTGGGGTCAGTTAGACACAAGGAGGGTGGTGGAATAACAAAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGGGGTCAGTTAGACACAAGGAGGGTGGTGGAATAACAAAAGTT  735

seq1  CTGCAGCTGATAATCGACCCTCTTCTGACCAGTGTAAGCAATAGAAGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTGATAATCGACCCTCTTCTGACCAGTGTAAGCAATAGAAGCTC  785

seq1  TCTATACCAAGAAAACCCAGAGGTCCTAGGGAAGTACCTCAAGATGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACCAAGAAAACCCAGAGGTCCTAGGGAAGTACCTCAAGATGATAT  835

seq1  ACATTAATGATAATGACATTTATATAAATTCCATTTCTACTGCTATGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATGATAATGACATTTATATAAATTCCATTTCTACTGCTATGATC  885

seq1  AACCACTAGGCAAAAGTAAATTTTGTGAGGAAGAGTTTGTTGTAGCTTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTAGGCAAAAGTAAATTTTGTGAGGAAGAGTTTGTTGTAGCTTCA  935

seq1  TCATAGCATGGCAGATGAAGTAGCTGTTCACAGTGCTACCACAGTTACAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCATGGCAGATGAAGTAGCTGTTCACAGTGCTACCACAGTTACAA  985

seq1  AGCAGCGTAAGGTGAATGCTGATGCTCCTCTCTGTCAATTTCCTTCAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCGTAAGGTGAATGCTGATGCTCCTCTCTGTCAATTTCCTTCAATT  1035

seq1  AGAGAAGTAGCCCACGAAATTATTTTACCCACGATTTATTCACTACTGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTAGCCCACGAAATTATTTTACCCACGATTTATTCACTACTGAG  1085

seq1  AT  1102
      ||
seq2  AT  1087