BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106C07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 37,452,229 - 37,643,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLy86, LOC100042794, LOC100042800
Upstream geneFars2, LOC666758, Nrn1, F13a1
Downstream geneLOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6, Txndc5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106C07.bB6Ng01-106C07.g
ACCDH913966DH913967
length1,163988
definitionDH913966|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106C07, 5' end.DH913967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,452,229 - 37,453,430)(37,642,478 - 37,643,464)
sequence
gaattctaatgttcaattataatttatttattcaactggtcatgaacccc
tttctatggagtgggcatcaaatatgatcagaaaccgactggctacccct
catcacagccacgccgctattgtatcaacaggcatatgttattttattga
attatattggttaagtagataatggctaagaatccaaggtagctataaat
ttaacatctcatgagcgcctgatctcagcttcatagatgctgccttctga
ctttaccctcatggtggaaggggcatacagtttccttgggcatcttttgt
aaagtactaactaatcctactcctgaaggactaagtgcctaaccacctcc
tggagtctttacccctagtaccactgccttaagattttagcatttagact
agcactctgctgtaatgctgtaatccccttgaacatttgaactgcacgtt
gaaatactgaattcaaatgaatatgttgatgaacaggacactggtaaaag
agagatttacatcattcactaaaaagataatctacacggggaagctgtat
ggaatgaccaatttcctgagagctattgtagaaatctgtcttcctctata
atatctaaatgtaaggggtgctatgggcataagtcattttcagtgcatat
ctgagcttgtattgaaagggctatgggagcaaggtcaactaaaaagccaa
caaacaaacaaacagagtcaagagatgatactgaaggttcgggtaccctc
agagaactagctaccttctatcagctacaagtaagatgttaatgactgtg
cagtggtttgcaacagtgacctgcaccacataagagagaaactggaccct
tcaggaagatgcactcttctaagtgcagtagccataaatctattttaaat
gagcaaaccaaagtactactagacaaagagatatcactaactctgccagg
tcactagggaaaatatctgtgagagtgagcagttccagatatgatacaca
caggcttgggcccagtatatatgtactatctttcagatcagaaatcccga
gtccagaaataagttgttttgatgggactcttgaggtggttgcaagagaa
acagaaatccctcagttagtttccctgccatgctaaagatcatgaactca
gagtcaaattcta
gaattcagtagagtcgaacaggcttcattcacacagagtcaggcagagta
agcgtccagaggaccattagcacgaggccccgaatgtgcgttttgcttcc
ttcccggctcagatggcttttctgtgaagctgtaacagttgaggacagaa
tgatggaagaagcatcaagctgaaagatgctgcacagccacagggaaatt
ctccatcaggcctggtcttgtgtatgcagcagactctttctgctttctct
gattacaatggggcatggatgattgatgtcacatgactcaatagcaaagg
gagtgtggtctggggggcgaggaggggggcgtctcctagtcttgaaatgt
aacagcccttaggaacaatctttactgaacctttcaagttcctaggtagg
ctgcctgcttgtgtcagactgcacgaagcagagaccatcactaccctctg
acctgctagcattttgaaagccacaaattctcatgaaccaataatataca
gatcccatgcctgactgatctcacattgcactaaagttacttctagaaaa
atcagtaagcatgcttgtcatgttttaaatcactgttgtccagtgttaca
gcatcaattttcccatgcggagacagcccttgaaactctccacagggcag
ctttgtgctagagatacaacgatgcgaaggcaggttctaggaagatagga
tcctctgtgctttctttcttacatgtgatgctaatgtgaccttggcttct
tcctgccacatttgttatctggaagccctggcaacaatccttcctatttc
tgtcagtgacttggctctattctgtatcttttgacttttgctgtgccttg
gtctccccagaggatgacagagactttgtagtgattaattgagaaatgtc
agtcagaatgggaatattcctgtcatggaaatggcagtgattatgaaata
accctcccccagctgccactacattaaatgtgtgtgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37452229_37453430
seq2: B6Ng01-106C07.b_45_1207

seq1  GAATTCTAATGTTCAATTATAATTTATTTATTCAACTGGTCATGAACCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATGTTCAATTATAATTTATTTATTCAACTGGTCATGAACCCC  50

seq1  TTTCTATGGAGTGGGCATCAAATATGATCAGAAACCGACTGGCTACCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGGAGTGGGCATCAAATATGATCAGAAACCGACTGGCTACCCCT  100

seq1  CATCACAGCCACGCCGCTATTGTATCAACAGGCATATGTTATTTTATTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAGCCACGCCGCTATTGTATCAACAGGCATATGTTATTTTATTGA  150

seq1  ATTATATTGGTTAAGTAGATAATGGCTAAGAATCCAAGGTAGCTATAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTGGTTAAGTAGATAATGGCTAAGAATCCAAGGTAGCTATAAAT  200

seq1  TTAACATCTCATGAGCGCCTGATCTCAGCTTCATAGATGCTGCCTTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATCTCATGAGCGCCTGATCTCAGCTTCATAGATGCTGCCTTCTGA  250

seq1  CTTTACCCTCATGGTGGAAGGGGCATACAGTTTCCTTGGGCATCTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCCTCATGGTGGAAGGGGCATACAGTTTCCTTGGGCATCTTTTGT  300

seq1  AAAGTACTAACTAATCCTACTCCTGAAGGACTAAGTGCCTAACCACCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACTAACTAATCCTACTCCTGAAGGACTAAGTGCCTAACCACCTCC  350

seq1  TGGAGTCTTTACCCCTAGTACCACTGCCTTAAGATTTTAGCATTTAGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCTTTACCCCTAGTACCACTGCCTTAAGATTTTAGCATTTAGACT  400

seq1  AGCACTCTGCTGTAATGCTGTAATCCCCTTGAACATTTGAACTGCACGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTGCTGTAATGCTGTAATCCCCTTGAACATTTGAACTGCACGTT  450

seq1  GAAATACTGAATTCAAATGAATATGTTGATGAACAGGACACTGGTAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTGAATTCAAATGAATATGTTGATGAACAGGACACTGGTAAAAG  500

seq1  AGAGATTTACATCATTCACTAAAAAGATAATCTACACGGGGAAGCTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTACATCATTCACTAAAAAGATAATCTACACGGGGAAGCTGTAT  550

seq1  GGAATGACCAATTTCCTGAGAGCTATTGTAGAAATCTGTCTTCCTCTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACCAATTTCCTGAGAGCTATTGTAGAAATCTGTCTTCCTCTATA  600

seq1  ATATCTAAATGTAAGGGGTGCTATGGGCATAAGTCATTTTCAGTGCATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAATGTAAGGGGTGCTATGGGCATAAGTCATTTTCAGTGCATAT  650

seq1  CTGAGCTTGTATTGAAAGGGCTATGGGAGCAAGGTCAACTAAAAAGCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTGTATTGAAAGGGCTATGGGAGCAAGGTCAACTAAAAAGCCAA  700

seq1  CAAACAAACAAACAGAGTCAAGAGATGATACTGAAGGTTCGGGTACCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAGAGTCAAGAGATGATACTGAAGGTTCGGGTACCCTC  750

seq1  AGAGAACTAGCTACCTTCTATCAGCTACAAGTAAGATGTTAATGACTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACTAGCTACCTTCTATCAGCTACAAGTAAGATGTTAATGACTGTG  800

seq1  CAGTGGTTTGCAACAGTGACCTGCACCACATAAGAGAGAAACTGGACCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTTGCAACAGTGACCTGCACCACATAAGAGAGAAACTGGACCCT  850

seq1  TCAGGAAGATGCACTCTTCTAAGTGCAGTAGCCATAAATCTATTTTTAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGGAAGATGCACTCTTCTAAGTGCAGTAGCCATAAATCTA-TTTTAAA  899

seq1  TGAGCAAAACCAAAGTACTACTAGACAAAGAGATATCACTAACTCTGCCA  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGC-AAACCAAAGTACTACTAGACAAAGAGATATCACTAACTCTGCCA  948

seq1  GGTCACTAGGGAAAATATCTGTGAGAGTGAGCAGTTCCAGATATGATAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTCACTAGGGAAAATATCTGTGAGAGTGAGCAGTTCCAGATATGAT-AC  997

seq1  ACACAGGCTTGGGCCCAAGTATATATGTACTATCTTTCAGATTCAGGAAA  1050
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  ACACAGGCTTGGGCCC-AGTATATATGTACTATCTTTCAGA-TCA-GAAA  1044

seq1  TCCCGAGTCCAGAAATTAAAGTGGTTTTTGATTGGGAACATCTGGAGTGT  1100
      ||||||||||||||||  |||| | |||||| |||||   ||| |||   
seq2  TCCCGAGTCCAGAAAT--AAGTTG-TTTTGA-TGGGA--CTCTTGAGGTG  1088

seq1  GTTGGCAGAGAAACAGACAT-CCTCAGTTTATGTTTCCCTGGCATGCTAA  1149
      ||||  ||||||||||| || ||||||||   ||||||||| ||||||||
seq2  GTTGCAAGAGAAACAGAAATCCCTCAGTT--AGTTTCCCTGCCATGCTAA  1136

seq1  AGATTCCATGAGCTCAGAGTCCAAAATCTAAAAACAGAAGGAAATAAATT  1199
      ||||  ||||| |||||||| |||| ||||                    
seq2  AGAT--CATGAACTCAGAGT-CAAATTCTA--------------------  1163

seq1  CTA  1202
         
seq2  ---  1163

seq1: chr13_37642478_37643464
seq2: B6Ng01-106C07.g_69_1056 (reverse)

seq1  CGCACACACATTTATTGTAGTGGCAGCTGGGGGGGGGGTTATTTCATAAT  50
      |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  CGCACACACATTTAATGTAGTGGCAGCT-GGGGGAGGGTTATTTCATAAT  49

seq1  CACTGCCATTTCCATGACAGGAATATTCCCATTCTGACTGACATTTCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACTGCCATTTCCATGACAGGAATATTCCCATTCTGACTGACATTTCTCA  99

seq1  ATTAATCACTACAAAGTCTCTGTCATCCTCTGGGGAGACCAAGGCACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCACTACAAAGTCTCTGTCATCCTCTGGGGAGACCAAGGCACAGC  149

seq1  -AAAGTC-AAAGATACAGAATAGAGCCAAGTCACTGACAGAAATAGGAAG  198
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAAAAGATACAGAATAGAGCCAAGTCACTGACAGAAATAGGAAG  199

seq1  GATTGTTGCCAGGGCTTCCAGATAACAAATGTGGCAGGAAGAAGCCAAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTGCCAGGGCTTCCAGATAACAAATGTGGCAGGAAGAAGCCAAGG  249

seq1  TCACATTAGCATCACATGTAAGAAAGAAAGCACAGAGGATCCTATCTTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTAGCATCACATGTAAGAAAGAAAGCACAGAGGATCCTATCTTCC  299

seq1  TAGAACCTGCCTTCGCATCGTTGTATCTCTAGCACAAAGCTGCCCTGTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTGCCTTCGCATCGTTGTATCTCTAGCACAAAGCTGCCCTGTGG  349

seq1  AGAGTTTCAAGGGCTGTCTCCGCATGGGAAAATTGATGCTGTAACACTGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCAAGGGCTGTCTCCGCATGGGAAAATTGATGCTGTAACACTGG  399

seq1  ACAACAGTGATTTAAAACATGACAAGCATGCTTACTGATTTTTCTAGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTGATTTAAAACATGACAAGCATGCTTACTGATTTTTCTAGAAG  449

seq1  TAACTTTAGTGCAATGTGAGATCAGTCAGGCATGGGATCTGTATATTATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTAGTGCAATGTGAGATCAGTCAGGCATGGGATCTGTATATTATT  499

seq1  GGTTCATGAGAATTTGTGGCTTTCAAAATGCTAGCAGGTCAGAGGGTAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATGAGAATTTGTGGCTTTCAAAATGCTAGCAGGTCAGAGGGTAGT  549

seq1  GATGGTCTCTGCTTCGTGCAGTCTGACACAAGCAGGCAGCCTACCTAGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTCTGCTTCGTGCAGTCTGACACAAGCAGGCAGCCTACCTAGGA  599

seq1  ACTTGAAAGGTTCAGTAAAGATTGTTCCTAAGGGCTGTTACATTTCAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAAGGTTCAGTAAAGATTGTTCCTAAGGGCTGTTACATTTCAAGA  649

seq1  CTAGGAGACGCCCCCCTCCTCGCCCCCCAGACCACACTCCCTTTGCTATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGACGCCCCCCTCCTCGCCCCCCAGACCACACTCCCTTTGCTATT  699

seq1  GAGTCATGTGACATCAATCATCCATGCCCCATTGTAATCAGAGAAAGCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATGTGACATCAATCATCCATGCCCCATTGTAATCAGAGAAAGCAG  749

seq1  AAAGAGTCTGCTGCATACACAAGACCAGGCCTGATGGAGAATTTCCCTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTCTGCTGCATACACAAGACCAGGCCTGATGGAGAATTTCCCTGT  799

seq1  GGCTGTGCAGCATCTTTCAGCTTGATGCTTCTTCCATCATTCTGTCCTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGCAGCATCTTTCAGCTTGATGCTTCTTCCATCATTCTGTCCTCA  849

seq1  ACTGTTACAGCTTCACAGAAAAGCCATCTGAGCCGGGAAGGAAGCAAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTACAGCTTCACAGAAAAGCCATCTGAGCCGGGAAGGAAGCAAAAC  899

seq1  GCACATTCGGGGCCTCGTGCTAATGGTCCTCTGGACGCTTACTCTGCCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTCGGGGCCTCGTGCTAATGGTCCTCTGGACGCTTACTCTGCCTG  949

seq1  ACTCTGTGTGAATGAAGCCTGTTCGACTCTACTGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTGTGAATGAAGCCTGTTCGACTCTACTGAATTC  988