BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-107H16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,819,851 - 34,940,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD0H6S2654E, EG432746
Upstream geneLOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik
Downstream geneLOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci, Cdyl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-107H16.bB6Ng01-107H16.g
ACCDH914939DH914940
length1,1441,197
definitionDH914939|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H16, 5' end.DH914940|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-107H16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,819,851 - 34,821,014)(34,939,287 - 34,940,506)
sequence
gaattctgatatttttcagcatctgtatgtctaaatatggacgtgctcct
ccgcccagaagcctatccaagtcagataattgctcattttcatggagaac
tccaggtccctcttcaagtgatcaatgaaccctgtaagcttcaagtgttg
tctgcccatgtcatctgcttctctggaagctacaccatatcctctcaggg
aagcaagcttcatctgtttgttgagacaggatctctgtagtccaggaaga
gctcaaccgcactgtataactgagcacgactttgggtgccaattgtctaa
gtgtttgctactgcacccagctttgtgtgatgctggagattgaacccaag
gccagatatgtgctctaccaactacatccacatgcccagctatgctcgtt
tttaactgagaagctgcaggttacaagtaagtcttttgtttttatttgtc
atcaaggcaaatattcatggcactcaccgtccctctgcttataacttgtt
tggctgtgcattgttggtaaagcctactgcagttgcgagagtgctgtgtg
cacacaagggtagctcctgacagcgtctgacacgtgtcaagcaaaatctc
ctttaagacaagatcatttgtgtttgtacttcatgcccctttgttttcaa
tcttgctcactttgtaaaacaattttttctttcagccaggtgtggtagtg
tacaactgtaatctcaggacttggaaagtggaagcagaagaacaagagtt
cgaggtccttgttgatgaaatgataagttcaaggccagcctggcctacat
gagatagagtttcatgaatggaaaagttatgtttaattgacacatattta
tgaggcatgatgtagtacttcaatatatgtgcagacatgtccaacctttt
gacactaggatacaaagttgtcttttacaaaggtgacacttgtcaagtta
caaaggaaacactgcaaaaaaaaaaccctttcaaataagtatatatttat
gcagaccatatactatcctcaagccaaaggttgtacacactcactataga
cagtgtgtatgattcttgcttaattactatcagtcatgtgcttggaaatt
gagtgctctttacttgtgactttaagaattcatagtcatagtcc
gaattccagccatggttcagggatttttgagacaaagccatctccatata
gatgtcacttttacagatcttaaaataaggcttgcccttagaagaatagc
ttaaacactggtgtcaggttgtgcagctgccttaccactgggacgccaga
gcactgctgacaagctgctcagagttggcagaacacagcccatgataggg
gccccagtccgtgttttttggatgagaaacagtgaggtctgggacagatg
ctgtggttctcaatctcgtgtatactcagatgatgctggggagtgataaa
ggtgatccacgggtctaccttcccctatgcaccaggcaggaagaggatag
ctgagcctgagacaaggcagaatctgatttggttctgagttgagtgcaga
gagagtgtggaggggctggagaaagagaaggtcttctctgggagaagtgt
ggctctttagaagacaatgagcccttttcccattgatccttgacaaaaga
gacagtccttgcttgtccaaactgctttatttttatggcagatgtgaatg
catatgtgttactcaaggtgagcctgggattaaataacttttgcaggaag
ggatgccggggcagggaagctcattggctgaatactcagggcctctctag
atacctcagtagcatggagaactcaaggtctttatgctaggtgatcggct
gttatggtcctctctgaggggtgtcatggttacatgttccaggacaggta
gaacctggtccggagctggttacacacctgccatttaaatgatgagattc
ccagggtttttgaacatgctttagccctaccagttctgtctggtggcaca
gtccacttacccaacatactggtatgaaaaaagaggaaggttctctaaac
tcagagaagctctcattgtcaggtaggcatctggccctgcctgttctgga
tcttgctcatgcggctgccatctcatgcacactaccaggacaaactgcag
actactatagaatagaccaaaggggaaagtgatcaggggcatcttgttta
gctaggatcaaggttgtcaaattcttcgagctgctctcattgaaagttct
atgccaggctgattaaggaattgtcctcctccagctccatctgacactcg
tccttctggactctgttctgctaagtttccattttggtcttttatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34819851_34821014
seq2: B6Ng01-107H16.b_43_1186

seq1  GAATTCTGATATTTTTCAGCATCTGTATGTCTAAATATGGACGTGCTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATATTTTTCAGCATCTGTATGTCTAAATATGGACGTGCTCCT  50

seq1  CCGCCCAGAAGCCTATCCAAGTCAGATAATTGCTCATTTTCATGGAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCCCAGAAGCCTATCCAAGTCAGATAATTGCTCATTTTCATGGAGAAC  100

seq1  TCCAGGTCCCTCTTCAAGTGATCAATGAACCCTGTAAGCTTCAAGTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCCCTCTTCAAGTGATCAATGAACCCTGTAAGCTTCAAGTGTTG  150

seq1  TCTGCCCATGTCATCTGCTTCTCTGGAAGCTACACCATATCCTCTCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCATGTCATCTGCTTCTCTGGAAGCTACACCATATCCTCTCAGGG  200

seq1  AAGCAAGCTTCATCTGTTTGTTGAGACAGGATCTCTGTAGTCCAGGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCTTCATCTGTTTGTTGAGACAGGATCTCTGTAGTCCAGGAAGA  250

seq1  GCTCAACCGCACTGTATAACTGAGCACGACTTTGGGTGCCAATTGTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACCGCACTGTATAACTGAGCACGACTTTGGGTGCCAATTGTCTAA  300

seq1  GTGTTTGCTACTGCACCCAGCTTTGTGTGATGCTGGAGATTGAACCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCTACTGCACCCAGCTTTGTGTGATGCTGGAGATTGAACCCAAG  350

seq1  GCCAGATATGTGCTCTACCAACTACATCCACATGCCCAGCTATGCTCGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATATGTGCTCTACCAACTACATCCACATGCCCAGCTATGCTCGTT  400

seq1  TTTAACTGAGAAGCTGCAGGTTACAAGTAAGTCTTTTGTTTTTATTTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGAGAAGCTGCAGGTTACAAGTAAGTCTTTTGTTTTTATTTGTC  450

seq1  ATCAAGGCAAATATTCATGGCACTCACCGTCCCTCTGCTTATAACTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGCAAATATTCATGGCACTCACCGTCCCTCTGCTTATAACTTGTT  500

seq1  TGGCTGTGCATTGTTGGTAAAGCCTACTGCAGTTGCGAGAGTGCTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGCATTGTTGGTAAAGCCTACTGCAGTTGCGAGAGTGCTGTGTG  550

seq1  CACACAAGGGTAGCTCCTGACAGCGTCTGACACGTGTCAAGCAAAATCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAGGGTAGCTCCTGACAGCGTCTGACACGTGTCAAGCAAAATCTC  600

seq1  CTTTAAGACAAGATCATTTGTGTTTGTACTTCATGCCCCTTTGTTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGACAAGATCATTTGTGTTTGTACTTCATGCCCCTTTGTTTTCAA  650

seq1  TCTTGCTCACTTTGTAAAACAATTTTTTCTTTCAGCCAGGTGTGGTAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCACTTTGTAAAACAATTTTTTCTTTCAGCCAGGTGTGGTAGTG  700

seq1  TACAACTGTAATCTCAGGACTTGGAAAGTGGAAGCAGAAGAACAAGAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTGTAATCTCAGGACTTGGAAAGTGGAAGCAGAAGAACAAGAGTT  750

seq1  CGAGGTCCTTGTTGATGAAATGATAAGTTCAAGGCCAGCCTGGCCTACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGTCCTTGTTGATGAAATGATAAGTTCAAGGCCAGCCTGGCCTACAT  800

seq1  GAGATAGAGTTTCATGAATGGAAAAGTTATGTTTAATTGACACATATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAGTTTCATGAATGGAAAAGTTATGTTTAATTGACACATATTTA  850

seq1  TGAGGCATGATGTAGTACTTCAATATATGTGCAGACATGTCCAACCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCATGATGTAGTACTTCAATATATGTGCAGACATGTCCAACCTTTT  900

seq1  GACACTAGGATACAAAGTTGTCTTTTACAAAGGTGACACTTGTCAAGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAGGATACAAAGTTGTCTTTTACAAAGGTGACACTTGTCAAGTTA  950

seq1  CAAAGGAAACAACTGCAAAAAAAAAAAAACCCTTTCAAATAAGTATATAA  1000
      |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAAGGAAAC-ACTGC---AAAAAAAAAACCCTTTCAAATAAGTATATA-  995

seq1  TTTTATGCAGACCATATAACTATCCTCAAGCCAAAGGTTGTACACACTCA  1050
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -TTTATGCAGACCATAT-ACTATCCTCAAGCCAAAGGTTGTACACACTC-  1042

seq1  ACTATAGACAGTGTGTAATGATTCCTTGCCTTATATACCTATCAGTTCCA  1100
      |||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||  ||||||||  ||
seq2  ACTATAGACAGTGTGT-ATGATT-CTTG-CTTA-ATTACTATCAGT--CA  1086

seq1  TGTGCTGGGGAAAATTGAAGTGCTCTTTACTGGTGACTTTAAGACATTCC  1150
      |||||| ||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |
seq2  TGTGCTTGG--AAATTG-AGTGCTCTTTACTTGTGACTTTAAGA-ATT-C  1131

seq1  ATTAAGTCAT-GTCC  1164
      ||  |||||| ||||
seq2  AT--AGTCATAGTCC  1144

seq1: chr13_34939287_34940506
seq2: B6Ng01-107H16.g_66_1262 (reverse)

seq1  CCATAAAAGGAACAAAAAAATGGAAAACATATGCAGAACAGGATGCAGAA  50
      |||||||||    |  ||||||| |||| || |||||||||  | ||| |
seq2  CCATAAAAG----ACCAAAATGG-AAACTTA-GCAGAACAGAGTCCAG-A  43

seq1  AAGACAGATGTTCACGATGAGAGCTGGAAGAAGGACCATATCACCTTAAA  100
      | ||| ||   ||| |||| ||||||| || ||||| ||    |||| ||
seq2  AGGAC-GAGTGTCA-GATG-GAGCTGG-AGGAGGACAAT---TCCTT-AA  85

seq1  TCAGCTTGGC-TAGAACTTTCCA-CTGAGCAGCTCGAAG-ATTTGGCAAC  147
      ||||| |||| |||||||||| |   ||||||||||||| ||||| ||| 
seq2  TCAGCCTGGCATAGAACTTTCAATGAGAGCAGCTCGAAGAATTTGACAA-  134

seq1  TCTTTGATCCTAGCT-AACAAGATGCCCCCTTGATCACTTTCCCCTTTGG  196
       | |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  -CCTTGATCCTAGCTAAACAAGATGCCCC--TGATCACTTTCCCCTTTGG  181

seq1  TCTTATTTCTATTAGTAGTCTGGCAGTTTGTCCTGGTAGTGTGCATTGAG  246
      |||   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  TCT--ATTCTA-TAGTAGTCT-GCAGTTTGTCCTGGTAGTGTGCA-TGA-  225

seq1  GATGGCAGCCGCATGAGGCAAGATCCAGAACAGGCAGGGCCAGATGCCTA  296
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGCCGCATGA-GCAAGATCCAGAACAGGCAGGGCCAGATGCCTA  274

seq1  CCTGACAATGAGAGCTTCTCTGAGTTTAGAGAATCCTTCCTCTTTTTTCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTGACAATGAGAGCTTCTCTGAGTTTAGAGAA-CCTTCCTCTTTTTTCA  323

seq1  TACCAGTATGTTGGGTAAGTGGACTGTGCCACCAGACAGAACTGGTAAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACCAGTATGTTGGGTAAGTGGACTGTGCCACCAGACAGAACTGGTAGGG  373

seq1  CTAAAGCATGTTCAAAAACCCTGGGAATCTCATCATTTAAATGGCAGGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCATGTTCAAAAACCCTGGGAATCTCATCATTTAAATGGCAGGTG  423

seq1  TGTAACCAGCTCCGGACCAGGTTCTACCTGTCCTGGAACATGTAACCATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCAGCTCCGGACCAGGTTCTACCTGTCCTGGAACATGTAACCATG  473

seq1  ACACCCCTCAGAGAGGACCATAACAGCCGATCACCTAGCATAAAGACCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCTCAGAGAGGACCATAACAGCCGATCACCTAGCATAAAGACCTT  523

seq1  GAGTTCTCCATGCTACTGAGGTATCTAGAGAGGCCCTGAGTATTCAGCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTCCATGCTACTGAGGTATCTAGAGAGGCCCTGAGTATTCAGCCA  573

seq1  ATGAGCTTCCCTGCCCCGGCATCCCTTCCTGCAAAAGTTATTTAATCCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTCCCTGCCCCGGCATCCCTTCCTGCAAAAGTTATTTAATCCCA  623

seq1  GGCTCACCTTGAGTAACACATATGCATTCACATCTGCCATAAAAATAAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACCTTGAGTAACACATATGCATTCACATCTGCCATAAAAATAAAG  673

seq1  CAGTTTGGACAAGCAAGGACTGTCTCTTTTGTCAAGGATCAATGGGAAAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGACAAGCAAGGACTGTCTCTTTTGTCAAGGATCAATGGGAAAA  723

seq1  GGGCTCATTGTCTTCTAAAGAGCCACACTTCTCCCAGAGAAGACCTTCTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCATTGTCTTCTAAAGAGCCACACTTCTCCCAGAGAAGACCTTCTC  773

seq1  TTTCTCCAGCCCCTCCACACTCTCTCTGCACTCAACTCAGAACCAAATCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAGCCCCTCCACACTCTCTCTGCACTCAACTCAGAACCAAATCA  823

seq1  GATTCTGCCTTGTCTCAGGCTCAGCTATCCTCTTCCTGCCTGGTGCATAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGCCTTGTCTCAGGCTCAGCTATCCTCTTCCTGCCTGGTGCATAG  873

seq1  GGGAAGGTAGACCCGTGGATCACCTTTATCACTCCCCAGCATCATCTGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGTAGACCCGTGGATCACCTTTATCACTCCCCAGCATCATCTGAG  923

seq1  TATACACGAGATTGAGAACCACAGCATCTGTCCCAGACCTCACTGTTTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACGAGATTGAGAACCACAGCATCTGTCCCAGACCTCACTGTTTCT  973

seq1  CATCCAAAAAACACGGACTGGGGCCCCTATCATGGGCTGTGTTCTGCCAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAAAAAACACGGACTGGGGCCCCTATCATGGGCTGTGTTCTGCCAA  1023

seq1  CTCTGAGCAGCTTGTCAGCAGTGCTCTGGCGTCCCAGTGGTAAGGCAGCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGCAGCTTGTCAGCAGTGCTCTGGCGTCCCAGTGGTAAGGCAGCT  1073

seq1  GCACAACCTGACACCAGTGTTTAAGCTATTCTTCTAAGGGCAAGCCTTAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACCTGACACCAGTGTTTAAGCTATTCTTCTAAGGGCAAGCCTTAT  1123

seq1  TTTAAGATCTGTAAAAGTGACATCTATATGGAGATGGCTTTGTCTCAAAA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGATCTGTAAAAGTGACATCTATATGGAGATGGCTTTGTCTCAAAA  1173

seq1  ATCCCTGAACCATGGCTGGAATTC  1220
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGAACCATGGCTGGAATTC  1197