BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110E15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 25,256,231 - 25,380,711
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrsn1
Upstream geneLrrc16, LOC100042017, Cmah, 5830431A10Rik, 6330500D04Rik, LOC666145, Gmnn, LOC100040800, BC005537, Them2, Ttrap, D130043K22Rik, Aldh5a1, Gpld1, Mrs2l, LOC675430, Dcdc2a
Downstream geneTpi-rs8, LOC214973, LOC666221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110E15.bB6Ng01-110E15.g
ACCDH916953DH916954
length1,175941
definitionDH916953|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110E15, 5' end.DH916954|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110E15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,379,519 - 25,380,711)(25,256,231 - 25,257,172)
sequence
gaattcttggctgaacatcattggtatttaaaactcaatccaatgagaaa
gaagggcttattacctcttctttccccctttctcatctaagtctgccacc
ctcagaatcccaacactgtgaatcaaaagcccaccgccctgagaatcacg
gccactttgcatccccctttccttccgctaagcatgatcttccacctaca
tctttagcaaaccacagcttcctcccttctccaaagggagctgactcagg
gtagagtttttaatgaggggtagggcttaacacctgagcatcaatgtcct
cataagtagctttaaaccacagagccacgaattatttctttttaattttt
tatgactttatgtatgtgggtgttttgcctgcatggtttgtataccacat
gcatgccgggtggccatggagggtaaactagaacatctgatccctgggat
tagggttacagacacttgtgagtcatgtgtgggtggaaatcaagctcttg
atcctctggtagagcaatcagcattcttaatttctgagctatctctccag
cccctatccaaaaattcttaagtataatctacagtcattttagcctttta
tataagccatattatctactgcaatctcaagcaaattgttctcacactgg
aaatgctcaaaatacttatcaaaaagatagtggttttatgataacccttg
tcattctttgatgatatatgtgtaaatatatatatatatataatatcaat
gttcatggttttatttaccattgtttctaactgtattttctatgatacat
gcttaatatcaccaataatttttcaaaatggcttattccaggcttattct
agaccacttcagcctgaggggaacaggattaaaggacacatgacttcata
acacatgacacctacgtggtggttagagcaatttaggaaatatttcccac
ataagatgatcttggtgtagctagagtctacagcagccaaggacaaattg
ggaacctgaagaaaacagctgcaagtgacagcagtcactttgctgtgatc
atacctactttacccaacaatccttttcttgctagcaaaaatgccagcat
gtcctagaattcaggtgtctactcagatacccttacctcgatctcgttgc
ttggaagtgtctgttaatgttctgt
gaattccacagtacctatggatttccaaaggtttgctgggtatagaccca
gtggtcatttaggacaaatatgggtgtgggaggaatccccaaacctgaag
ggagacttgaaatcaggagagacgcttacagcttgcaagcagtgcctccc
ttcaggtcacttccagtgccatgctccttgacagggctccatgagacgtg
gtttgaacccaggctgaagctctcatccctccatagtctttccacttcca
tgattgctgccataactcagacacagtatcaattacctttcttgtcactg
gaactgaatccccgataagagcaactcaaggaaagaaagggtttattttg
gctcgaagtttgagtagataaaatccattagggtgagcaaggtactggtg
gtgggagtgtgggaggactgtccacactgcatgtgtggtccacactgcag
agggaaatgaaggcctgtgttgagcttgctctctctgcttctaataatta
atcagtttttacccgtcagaggtgccacacacctttaatcccagcagtcc
cagcacttgggaagcagaggcaggcagatctctgtgagttcaaggccagc
ctggtctacagagcaagttctaggacagccatggctacatagagaaaccc
tgtctcaaaaaaaaaccacaataataataataacaatagtaagtcttgtt
cttatacaatttcgtacatgttataacatctgagtaccctccccctcttt
gctttttttatttagtgtgggaagcccagcctatgggatggtgccaccta
cattcaaggtgagcctttgttcttcagttaaactctctgtatgccctata
gacagcacggaggtatgtcttttagttgacctccagtgcagtcaagggta
cttatgaagacaacttatatggagcttagtggttctaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_25379519_25380711
seq2: B6Ng01-110E15.b_46_1220 (reverse)

seq1  ACAGAACATTTACAGAACACTTCTAAAGCAACAGAGATCTGAGGTAAGGG  50
      |||||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||| ||||||||||
seq2  ACAGAACATTAACAG-ACACTTC-CAAGCAAC-GAGATC-GAGGTAAGGG  46

seq1  TGATACTGAGTAGACA-CTGAATTCTAAGGAACATGCTGTGCATTTTTTG  99
      | || ||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||
seq2  T-AT-CTGAGTAGACACCTGAATTCTA--GGACATGCTG-GCA-TTTTTG  90

seq1  CTAAGCAAGAGAAAGAATGGTTGTGGTTAAAGTAAGGTATGGATCACAGC  149
      || ||||||| |||| || ||  ||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  CT-AGCAAGA-AAAGGATTGT--TGGGTAAAGT-AGGTAT-GATCACAGC  134

seq1  AAAGTGACTGCTGTCACTTGCAGCCTTGTTTTCTTCAGGTTCCCAATATG  199
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAAGTGACTGCTGTCACTTGCAGC--TGTTTTCTTCAGGTTCCCAATTTG  182

seq1  TCCTTTGCCTGCTGTAGACTCTAGCTACACCAAGATCATCTTATGTGGGA  249
      ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCC-TTGGCTGCTGTAGACTCTAGCTACACCAAGATCATCTTATGTGGGA  231

seq1  AATATTTCCTAAATTGCTCTAACCACCACCGTAGGTGTCATGTGTTATGA  299
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCCTAAATTGCTCTAACCACCA-CGTAGGTGTCATGTGTTATGA  280

seq1  AGTCATGTGTCCTTTAATCCTGTTCCCCTCAGGCTGAAGTGGTCTAGAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGTCCTTTAATCCTGTTCCCCTCAGGCTGAAGTGGTCTAGAAT  330

seq1  AAGCCTGGAATAAGCCATTTTGAAAAATTATTGGTGATATTAAGCATGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGAATAAGCCATTTTGAAAAATTATTGGTGATATTAAGCATGTA  380

seq1  TCATAGAAAATACAGTTAGAAACAATGGTAAAT-AAACCATGAACATTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCATAGAAAATACAGTTAGAAACAATGGTAAATAAAACCATGAACATTGA  430

seq1  TATTATATATATATATATATTTACACATATATCATCAAAGAATGACAAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATATATATATATATTTACACATATATCATCAAAGAATGACAAGG  480

seq1  GTTATCATAAAACCACTATCTTTTTGATAAGTATTTTGAGCATTTCCAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCATAAAACCACTATCTTTTTGATAAGTATTTTGAGCATTTCCAGT  530

seq1  GTGAGAACAATTTGCTTGAGATTGCAGTAGATAATATGGCTTATATAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAACAATTTGCTTGAGATTGCAGTAGATAATATGGCTTATATAAAA  580

seq1  GGCTAAAATGACTGTAGATTATACTTAAGAATTTTTGGATAGGGGCTGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAATGACTGTAGATTATACTTAAGAATTTTTGGATAGGGGCTGGA  630

seq1  GAGATAGCTCAGAAATTAAGAATGCTGATTGCTCTACCAGAGGATCAAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGCTCAGAAATTAAGAATGCTGATTGCTCTACCAGAGGATCAAGA  680

seq1  GCTTGATTTCCACCCACACATGACTCACAAGTGTCTGTAACCCTAATCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATTTCCACCCACACATGACTCACAAGTGTCTGTAACCCTAATCCC  730

seq1  AGGGATCAGATGTTCTAGTTTACCCTCCATGGCCACCCGGCATGCATGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCAGATGTTCTAGTTTACCCTCCATGGCCACCCGGCATGCATGTG  780

seq1  GTATACAAACCATGCAGGCAAAACACCCACATACATAAAGTCATAAAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAAACCATGCAGGCAAAACACCCACATACATAAAGTCATAAAAAA  830

seq1  TTAAAAAGAAATAATTCGTGGCTCTGTGGTTTAAAGCTACTTATGAGGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAAATAATTCGTGGCTCTGTGGTTTAAAGCTACTTATGAGGAC  880

seq1  ATTGATGCTCAGGTGTTAAGCCCTACCCCTCATTAAAAACTCTACCCTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGCTCAGGTGTTAAGCCCTACCCCTCATTAAAAACTCTACCCTGA  930

seq1  GTCAGCTCCCTTTGGAGAAGGGAGGAAGCTGTGGTTTGCTAAAGATGTAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTCCCTTTGGAGAAGGGAGGAAGCTGTGGTTTGCTAAAGATGTAG  980

seq1  GTGGAAGATCATGCTTAGCGGAAGGAAAGGGGGATGCAAAGTGGCCGTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGATCATGCTTAGCGGAAGGAAAGGGGGATGCAAAGTGGCCGTGA  1030

seq1  TTCTCAGGGCGGTGGGCTTTTGATTCACAGTGTTGGGATTCTGAGGGTGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGGCGGTGGGCTTTTGATTCACAGTGTTGGGATTCTGAGGGTGG  1080

seq1  CAGACTTAGATGAGAAAGGGGGAAAGAAGAGGTAATAAGCCCTTCTTTCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTAGATGAGAAAGGGGGAAAGAAGAGGTAATAAGCCCTTCTTTCT  1130

seq1  CATTGGATTGAGTTTTAAATACCAATGATGTTCAGCCAAGAATTC  1193
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGATTGAGTTTTAAATACCAATGATGTTCAGCCAAGAATTC  1175

seq1: chr13_25256231_25257172
seq2: B6Ng01-110E15.g_70_1010

seq1  GAATTCCACAGTACCTATGGATTTCCAAAGGTTTGCTGGGTATAGACCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGTACCTATGGATTTCCAAAGGTTTGCTGGGTATAGACCCA  50

seq1  GTGGTCATTTAGGACAAATATGGGTGTGGGAGGAATCCCCAAACCTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCATTTAGGACAAATATGGGTGTGGGAGGAATCCCCAAACCTGAAG  100

seq1  GGAGACTTGAAATCAGGAGAGACGCTTACAGCTTGCAAGCAGTGCCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTGAAATCAGGAGAGACGCTTACAGCTTGCAAGCAGTGCCTCCC  150

seq1  TTCAGGTCACTTCCAGTGCCATGCTCCTTGACAGGGCTCCATGAGACGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCACTTCCAGTGCCATGCTCCTTGACAGGGCTCCATGAGACGTG  200

seq1  GTTTGAACCCAGGCTGAAGCTCTCATCCCTCCATAGTCTTTCCACTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAACCCAGGCTGAAGCTCTCATCCCTCCATAGTCTTTCCACTTCCA  250

seq1  TGATTGCTGCCATAACTCAGACACAGTATCAATTACCTTTCTTGTCACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCTGCCATAACTCAGACACAGTATCAATTACCTTTCTTGTCACTG  300

seq1  GAACTGAATCCCCGATAAGAGCAACTCAAGGAAAGAAAGGGTTTATTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAATCCCCGATAAGAGCAACTCAAGGAAAGAAAGGGTTTATTTTG  350

seq1  GCTCGAAGTTTGAGTAGATAAAATCCATTAGGGTGAGCAAGGTACTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGAAGTTTGAGTAGATAAAATCCATTAGGGTGAGCAAGGTACTGGTG  400

seq1  GTGGGAGTGTGGGAGGACTGTCCACACTGCATGTGTGGTCCACACTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTGTGGGAGGACTGTCCACACTGCATGTGTGGTCCACACTGCAG  450

seq1  AGGGAAATGAAGGCCTGTGTTGAGCTTGCTCTCTCTGCTTCTAATAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGAAGGCCTGTGTTGAGCTTGCTCTCTCTGCTTCTAATAATTA  500

seq1  ATCAGTTTTTACCCGTCAGAGGTGCCACACACCTTTAATCCCAGCAGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTTTTACCCGTCAGAGGTGCCACACACCTTTAATCCCAGCAGTCC  550

seq1  CAGCACTTGGGAAGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTGGGAAGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGC  600

seq1  CTGGTCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGCCATGGCTACATAGAGAAACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTACAGAGCAAGTTCTAGGACAGCCATGGCTACATAGAGAAACCC  650

seq1  TGTCTC-AAAAAAAACCACAAATAATAATAATAACAATAGTAAGTCTTGT  699
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAAAAAAAAACCAC-AATAATAATAATAACAATAGTAAGTCTTGT  699

seq1  TCTTATACAATTTCGTACATGTTATAACATCTGAGTACCCTCCCCCTCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACAATTTCGTACATGTTATAACATCTGAGTACCCTCCCCCTCTT  749

seq1  TGCTTTTTTTATTTAGTGT-GGAAGCCCAGCCTATGGGATGGTGCCACCT  798
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTTTTATTTAGTGTGGGAAGCCCAGCCTATGGGATGGTGCCACCT  799

seq1  ACATTCAAGGTGAGCCTTTGTTCTTCAGTTAAACCTCTCTGTATGCCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  ACATTCAAGGTGAGCCTTTGTTCTTCAGTTAAA-CTCTCTGTATGCCC-T  847

seq1  ATAGACAGGCACGGAGGTATGTCTTTTAGTTGACTCCAAGTGCAGTCAA-  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| 
seq2  ATAGACA-GCACGGAGGTATGTCTTTTAGTTGACCTCCAGTGCAGTCAAG  896

seq1  GGTAACTATGAAGACCAACTAATA-GGAGCTAAGTGGTTCTAAGAA  942
      ||||  |||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GGTACTTATGAAGA-CAACTTATATGGAGCTTAGTGGTTCTAAGAA  941