BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110G06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 26,434,287 - 26,515,761
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTpi-rs8, LOC214973, LOC666221
Downstream geneLOC100042180, LOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939, LOC100040945, LOC100040957, Prl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110G06.bB6Ng01-110G06.g
ACCDH917025DH917026
length9791,069
definitionDH917025|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110G06, 5' end.DH917026|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110G06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,434,287 - 26,435,236)(26,514,685 - 26,515,761)
sequence
gaattccattagtaattcaatgctggagtcatcctgaaacccatttttaa
aaacttttactgatcaatattaatcgtcattgtttgctggagttgagcat
aaatttattagcattatcatagacctacaccaatttcaattgctagtagc
aatagctgattttccctgcttttctttgtattaactttgtaagagtattt
tgaatggttataaatatttgttaaaattattcattctgctatactttaag
atcagccttgcttaggcaacatcagagaaggtgcctcctgtagtagatgg
gatcaaatccagcgacccacaaccagaaaaaagggacagagagtaataga
ctttggaacagtcagtcctcaataagatgtctccatcaaaaacttccttt
ttgtgctcaagaaagttgatggatagaaagatcttaaaaagtcccattct
taaccccagtcctgcccagagagagagcaggtctcccgagtgctaacaca
ccacagatcataggtgagaccaccactgattcccaaataacaggatcaag
tgggagctgcctagagcccacgggaaccaagaagcagcaaggtagaagat
ccttccagtttccatctgtgccagagatgaacatgtgtcacagctatcct
aatcccagtccaacccatactccagtcccacccagagagaataggtctca
aaggagtgctaacacaccaatgatcacaggacggcagacacacctaagac
cacaggctcacaggaggagcaaggtctagtcagagacagcaaaaccagct
aacaccatagatagtcagatagcaaggggcaagtgcaagaacataagcaa
tggaaaccaagactacttggcattatcaggatccagttctcccaccacag
caagtcctggataccccaacacaccaaaaaagcaagattctttcttaaaa
tcacatctcatgatgaatatagaggactt
gaattcaacatatgaatttttatacatttaattttatgtgtatgtgtatg
tgagtgtatgtttgtttttgaaatacacatgtgtgaccatgtatgtgaaa
gccaaccttaagtattattcccaaaaatgtcattgacttcatttgaaaag
gaatctcttacagggctagaactcattggttagactctaaaggctggaca
tcaaatctaaaggatgctgttgtttctacctcttcagcattgagaataca
ggtatgtgccagcacacccactatttttgtgtggctccccaagtgggaat
tcaggatactgaactcataagacaagtatgaggccaaccaagccattctc
ttagcttatatgaattaagtgacttacaggcctacattctaaatttacta
actaaagtgcaatgaaattgaaaactgataaaccacttaaatattaactt
tctctggataagttaaacattctcctttagataactcttaaataaaaaac
aaaattttacctaatgaagaatattaacaaaataccactaatgaaaataa
tgctcattatgtctcatgttaaataaaattttgttgtataatgtacttat
ttatgtatacacaagtcagagggtcacctctgagagttggttctttcctt
ccactgtatggttcctagagattgaactcaaattatgaagcttggggtca
ggtgcctttacctactaaaccatcctgaaagtcctgcaatgattcatctt
tattgtcaacttgacaacctttaaccatctattcaaccaacccttaatgt
gtctgttagaatgtgtgcatagtctgaaactgggaggaaacccctggcta
tggaatgggtatcatcttgttagaggtctaaagaggaatctgattgcctc
acttcttttcagtgaatatgacttttgttgctgctgtgttccctgcagct
gtcagactctgacatctttacctttcaatgtggacatcagtcaagacttc
aggccttcatgcttgtgttggaaatgataagcatccactttatcattgtg
gctcctggctctgtcatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_26434287_26435236
seq2: B6Ng01-110G06.b_51_1000

seq1  GAATTCCATTAGTAATTCAATGCTGGAGTCATCCTGAAACCCATTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAGTAATTCAATGCTGGAGTCATCCTGAAACCCATTTTTAA  50

seq1  AAACTTTTACTGATCAATATTAATCGTCATTGTTTGCTGGAGTTGAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTTACTGATCAATATTAATCGTCATTGTTTGCTGGAGTTGAGCAT  100

seq1  AAATTTATTAGCATTATCATAGACCTACACCAATTTCAATTGCTAGTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATTAGCATTATCATAGACCTACACCAATTTCAATTGCTAGTAGC  150

seq1  AATAGCTGATTTTCCCTGCTTTTCTTTGTATTAACTTTGTAAGAGTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTGATTTTCCCTGCTTTTCTTTGTATTAACTTTGTAAGAGTATTT  200

seq1  TGAATGGTTATAAATATTTGTTAAAATTATTCATTCTGCTATACTTTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTTATAAATATTTGTTAAAATTATTCATTCTGCTATACTTTAAG  250

seq1  ATCAGCCTTGCTTAGGCAACATCAGAGAAGGTGCCTCCTGTAGTAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCTTGCTTAGGCAACATCAGAGAAGGTGCCTCCTGTAGTAGATGG  300

seq1  GATCAAATCCAGCGACCCACAACCAGAAAAAAGGGACAGAGAGTAATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAATCCAGCGACCCACAACCAGAAAAAAGGGACAGAGAGTAATAGA  350

seq1  CTTTGGAACAGTCAGTCCTCAATAAGATGTCTCCATCAAAAACTTCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAACAGTCAGTCCTCAATAAGATGTCTCCATCAAAAACTTCCTTT  400

seq1  TTGTGCTCAAGAAAGTTGATGGATAGAAAGATCTTAAAAAGTCCCATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTCAAGAAAGTTGATGGATAGAAAGATCTTAAAAAGTCCCATTCT  450

seq1  TAACCCCAGTCCTGCCCAGAGAGAGAGCAGGTCTCCCGAGTGCTAACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCAGTCCTGCCCAGAGAGAGAGCAGGTCTCCCGAGTGCTAACACA  500

seq1  CCACAGATCATAGGTGAGACCACCACTGATTCCCAAATAACAGGATCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGATCATAGGTGAGACCACCACTGATTCCCAAATAACAGGATCAAG  550

seq1  TGGGAGCTGCCTAGAGCCCACGGGAACCAAGAAGCAGCAAGGTAGAAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCTGCCTAGAGCCCACGGGAACCAAGAAGCAGCAAGGTAGAAGAT  600

seq1  CCTTCCAGTTTCCATCTGTGCCAGAGATGAACATGTGTCACAGCTATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAGTTTCCATCTGTGCCAGAGATGAACATGTGTCACAGCTATCCT  650

seq1  AATCCCAGTCCAACCCATACTCCAGTCCCACCCAGAGAGAATAGGTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGTCCAACCCATACTCCAGTCCCACCCAGAGAGAATAGGTCTCA  700

seq1  AAGGAGTGCTAACACACCAATGATCACAGGACGGCAGACACACCTAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTGCTAACACACCAATGATCACAGGACGGCAGACACACCTAAGAC  750

seq1  CACAGGCTCACAGGAGGAGCAAGGTCTAGTCAGAGACAGCAAAACCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTCACAGGAGGAGCAAGGTCTAGTCAGAGACAGCAAAACCAGCT  800

seq1  AACACCATAGATAGTCAGATAGCAAGGGGCAAGTGCAAGAACATAAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATAGATAGTCAGATAGCAAGGGGCAAGTGCAAGAACATAAGCAA  850

seq1  TGGAAACCAAGACTACTTGGCATTATCAGGATCCAGTTCTCCCACCACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACCAAGACTACTTGGCATTATCAGGATCCAGTTCTCCCACCACAG  900

seq1  CAAGTCCTGGATACCCCAACACACCAAAAAAGCAAGATTCTTTCTTAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTGGATACCCCAACACACCAAAAAAGCAAGATTCTTTCTTAAAA  950

seq1: chr13_26514685_26515761
seq2: B6Ng01-110G06.g_68_1136 (reverse)

seq1  TGATGACAGAGCCAGGAGCCACAAATGATAAAGTTGGATGCTTTATCATT  50
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGATGACAGAGCCAGGAGCCAC-AATGATAAAG-TGGATGC-TTATCATT  47

seq1  TCCAACAC-AGCACTGAAGGCCTGGAAGTTCCTGGACTGATGTCCACATT  99
      |||||||| |||| ||||||||| |||||  || ||||||||||||||||
seq2  TCCAACACAAGCA-TGAAGGCCT-GAAGT--CTTGACTGATGTCCACATT  93

seq1  GAAAGGTAAAGATGTCAGAGTCTGACAGCTGCAGGGGAACACAGCAGCAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTAAAGATGTCAGAGTCTGACAGCTGCA-GGGAACACAGCAGCAA  142

seq1  CAAAAGTCATATTCACTGAAAAAGAAGTGAGGCAATCAGATTTCTCTTTA  199
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAAGTCATATTCACTG-AAAAGAAGTGAGGCAATCAGATTCCTCTTTA  191

seq1  GACCTCTTACAAGATGATACCCATTCCATAGCCAGGGGTTTCCTCCCAGT  249
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTAACAAGATGATACCCATTCCATAGCCAGGGGTTTCCTCCCAGT  241

seq1  TTCAGACTATGCACACATTCTAACAGACACATTAAGGGTTGGTTGAATAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTATGCACACATTCTAACAGACACATTAAGGGTTGGTTGAATAG  291

seq1  ATGGTTAAAGGTTGTCAAGTTGACAATAAAGATGAATCATTGCAGGACCT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGGTTAAAGGTTGTCAAGTTGACAATAAAGATGAATCATTGCAGGACTT  341

seq1  TCAGGATGGTTTAGTAGGTAAAGGCACCTGACCCCAAGCTTCATAATTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATGGTTTAGTAGGTAAAGGCACCTGACCCCAAGCTTCATAATTTG  391

seq1  AGTTCAATCTCTAGGAACCATACAGTGGAAGGAAAGAACCAACTCTCAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATCTCTAGGAACCATACAGTGGAAGGAAAGAACCAACTCTCAGA  441

seq1  GGTGACCCTCTGACTTGTGTATACATAAATAAGTACATTATACAACAAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCCTCTGACTTGTGTATACATAAATAAGTACATTATACAACAAAA  491

seq1  TTTTATTTAACATGAGACATAATGAGCATTATTTTCATTAGTGGTATTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAACATGAGACATAATGAGCATTATTTTCATTAGTGGTATTTT  541

seq1  GTTAATATTCTTCATTAGGTAAAATTTTGTTTTTTATTTAAGAGTTATCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATATTCTTCATTAGGTAAAATTTTGTTTTTTATTTAAGAGTTATCT  591

seq1  AAAGGAGAATGTTTAACTTATCCAGAGAAAGTTAATATTTAAGTGGTTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAATGTTTAACTTATCCAGAGAAAGTTAATATTTAAGTGGTTTA  641

seq1  TCAGTTTTCAATTTCATTGCACTTTAGTTAGTAAATTTAGAATGTAGGCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTTCAATTTCATTGCACTTTAGTTAGTAAATTTAGAATGTAGGCC  691

seq1  TGTAAGTCACTTAATTCATATAAGCTAAGAGAATGGCTTGGTTGGCCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTCACTTAATTCATATAAGCTAAGAGAATGGCTTGGTTGGCCTCA  741

seq1  TACTTGTCTTATGAGTTCAGTATCCTGAATTCCCACTTGGGGAGCCACAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTCTTATGAGTTCAGTATCCTGAATTCCCACTTGGGGAGCCACAC  791

seq1  AAAAATAGTGGGTGTGCTGGCACATACCTGTATTCTCAATGCTGAAGAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGTGGGTGTGCTGGCACATACCTGTATTCTCAATGCTGAAGAGG  841

seq1  TAGAAACAACAGCATCCTTTAGATTTGATGTCCAGCCTTTAGAGTCTAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAACAGCATCCTTTAGATTTGATGTCCAGCCTTTAGAGTCTAAC  891

seq1  CAATGAGTTCTAGCCCTGTAAGAGATTCCTTTTCAAATGAAGTCAATGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAGTTCTAGCCCTGTAAGAGATTCCTTTTCAAATGAAGTCAATGAC  941

seq1  ATTTTTGGGAATAATACTTAAGGTTGGCTTTCACATACATGGTCACACAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGGGAATAATACTTAAGGTTGGCTTTCACATACATGGTCACACAT  991

seq1  GTGTATTTCAAAAACAAACATACACTCACATACACATACACATAAAATTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTTCAAAAACAAACATACACTCACATACACATACACATAAAATTA  1041

seq1  AATGTATAAAAATTCATATGTTGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATAAAAATTCATATGTTGAATTC  1069