BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111B24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 49,257,839 - 49,398,711
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNinj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3
Upstream geneId4, LOC667351, Zfp169, A830005F24Rik, AW456874, Barx1, Phf2, EG667415, BC010304, C030044B11Rik, Wnk2
Downstream geneBicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111B24.bB6Ng01-111B24.g
ACCDH917557DH917558
length518616
definitionDH917557|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B24, 5' end.DH917558|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111B24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,398,194 - 49,398,711)(49,257,839 - 49,258,454)
sequence
gaattctgggggtctgcaagatggaccagcaagcaggtaaaggtgtgttg
cctgatgacctaagttctgtcctcaggaagttcatggtggaagaagagaa
gagacccacaatttgtcctctgccctccacatgcgcacacacattcacat
gtacacaaacacacacactcacacacatgtgcacacatacacacatgcac
atgcatgtatacacatgcacccatgcactcacacacacacacacacacac
acagagacacttatatacacacagtatacaaaaaatattgagtaaacatg
caggtaataagattaaatgtgaggtgggaagatgactcaacaggtaaagg
cacctgcagctgagtctgacaaactaacaacagtcttgtagtcctggggc
ctacatagaagaaggagagagtcagctccacaaagttgccctctgactta
cacttgttggctgtggctctctctctctctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctct
gaattctcagaagcagggttattgagttgaaagcttgatgcatctgtaat
tttgatagacttcccatgattgccctttgggagaggttatatcaattggc
gcttgggccagcaaggcagggagtatccgtccccacagttctgcccacag
aatgcgataattgaatttgagattaggagaaaagtggcaatttccatgcc
aggtaatttccgggtcatgggctgttcctccatcccttccctgccaactg
ctctcacagactgacctgtctctgccctgccctgagctctggactctagc
aaaaatcctgaccatgtcaggagaaggcaactagatagaacacagaaacg
cacactggacacggtaccttcttccctcaggacacgtgacagctcctcat
gtgctgagagaggcaacctgtggtcactcctcactgagggaagtggggaa
aggaagacactgaggagcgtgtggttagtcctggcccttcatctaaccac
actggatgggcccctttcccacccctgttattgcagatgactagacaggg
aagctagatactgaaggtattgctggaatctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_49398194_49398711
seq2: B6Ng01-111B24.b_47_564 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  50

seq1  AGCCACAGCCAACAAGTGTAAGTCAGAGGGCAACTTTGTGGAGCTGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGCCAACAAGTGTAAGTCAGAGGGCAACTTTGTGGAGCTGACTC  100

seq1  TCTCCTTCTTCTATGTAGGCCCCAGGACTACAAGACTGTTGTTAGTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCTTCTATGTAGGCCCCAGGACTACAAGACTGTTGTTAGTTTGT  150

seq1  CAGACTCAGCTGCAGGTGCCTTTACCTGTTGAGTCATCTTCCCACCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAGCTGCAGGTGCCTTTACCTGTTGAGTCATCTTCCCACCTCAC  200

seq1  ATTTAATCTTATTACCTGCATGTTTACTCAATATTTTTTGTATACTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATCTTATTACCTGCATGTTTACTCAATATTTTTTGTATACTGTGT  250

seq1  GTATATAAGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGCATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATAAGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGCATGGGT  300

seq1  GCATGTGTATACATGCATGTGCATGTGTGTATGTGTGCACATGTGTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTATACATGCATGTGCATGTGTGTATGTGTGCACATGTGTGTGA  350

seq1  GTGTGTGTGTTTGTGTACATGTGAATGTGTGTGCGCATGTGGAGGGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTTTGTGTACATGTGAATGTGTGTGCGCATGTGGAGGGCAGA  400

seq1  GGACAAATTGTGGGTCTCTTCTCTTCTTCCACCATGAACTTCCTGAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATTGTGGGTCTCTTCTCTTCTTCCACCATGAACTTCCTGAGGAC  450

seq1  AGAACTTAGGTCATCAGGCAACACACCTTTACCTGCTTGCTGGTCCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTAGGTCATCAGGCAACACACCTTTACCTGCTTGCTGGTCCATCT  500

seq1  TGCAGACCCCCAGAATTC  518
      ||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACCCCCAGAATTC  518

seq1: chr13_49257839_49258454
seq2: B6Ng01-111B24.g_66_681

seq1  GAATTCTCAGAAGCAGGGTTATTGAGTTGAAAGCTTGATGCATCTGTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGAAGCAGGGTTATTGAGTTGAAAGCTTGATGCATCTGTAAT  50

seq1  TTTGATAGACTTCCCATGATTGCCCTTTGGGAGAGGTTATATCAATTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGACTTCCCATGATTGCCCTTTGGGAGAGGTTATATCAATTGGC  100

seq1  GCTTGGGCCAGCAAGGCAGGGAGTATCCGTCCCCACAGTTCTGCCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGCCAGCAAGGCAGGGAGTATCCGTCCCCACAGTTCTGCCCACAG  150

seq1  AATGCGATAATTGAATTTGAGATTAGGAGAAAAGTGGCAATTTCCATGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCGATAATTGAATTTGAGATTAGGAGAAAAGTGGCAATTTCCATGCC  200

seq1  AGGTAATTTCCGGGTCATGGGCTGTTCCTCCATCCCTTCCCTGCCAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATTTCCGGGTCATGGGCTGTTCCTCCATCCCTTCCCTGCCAACTG  250

seq1  CTCTCACAGACTGACCTGTCTCTGCCCTGCCCTGAGCTCTGGACTCTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACAGACTGACCTGTCTCTGCCCTGCCCTGAGCTCTGGACTCTAGC  300

seq1  AAAAATCCTGACCATGTCAGGAGAAGGCAACTAGATAGAACACAGAAACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCCTGACCATGTCAGGAGAAGGCAACTAGATAGAACACAGAAACG  350

seq1  CACACTGGACACGGTACCTTCTTCCCTCAGGACACGTGACAGCTCCTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGACACGGTACCTTCTTCCCTCAGGACACGTGACAGCTCCTCAT  400

seq1  GTGCTGAGAGAGGCAACCTGTGGTCACTCCTCACTGAGGGAAGTGGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGAGAGGCAACCTGTGGTCACTCCTCACTGAGGGAAGTGGGGAA  450

seq1  AGGAAGACACTGAGGAGCGTGTGGTTAGTCCTGGCCCTTCATCTAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACACTGAGGAGCGTGTGGTTAGTCCTGGCCCTTCATCTAACCAC  500

seq1  ACTGGATGGGCCCCTTTCCCACCCCTGTTATTGCAGATGACTAGACAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGGGCCCCTTTCCCACCCCTGTTATTGCAGATGACTAGACAGGG  550

seq1  AAGCTAGATACTGAAGGTATTGCTGGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGATACTGAAGGTATTGCTGGAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  600

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTC  616
      ||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTC  616