BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116A05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 29,497,106 - 29,641,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdkal1
Upstream geneLOC100042399, Ppia-ps13_297.1, LOC626683, 2610307P16Rik, Sox4, LOC100041135
Downstream geneE2f3, Mboat1, Agtr1a, Uqcrfs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116A05.bB6Ng01-116A05.g
ACCDH921123DH921124
length9571,048
definitionDH921123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116A05, 5' end.DH921124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,497,106 - 29,498,063)(29,640,742 - 29,641,800)
sequence
gaattcacagtgctgttacagagctggtggtgtggaggggtcactgtgaa
gttgtttactctaaataaggaagatctgctcagtaaacaaggatatttat
gttagtggcgtagtctacaatttttatagactttctggtttctgtcattg
ggagccaagatgaaagtctgcccactctcagcagttaccaggaaaaagtg
gcttcctggaaatgcaggctgtcaaccgaggccgtctgcggggctcccac
cacttgactgtgcagcccactgagagcatgtgcaagacattaaattcctg
acctaaggtgacataaccacctggggctcaagcccagaaaaacagaactg
actctggacacatgatgaggttaaaggcacattgtgtgaacttcagacag
tgggcaaatgagaatacttcaaacggaagaggaattggatcagccatgtt
tggcattccccttaccccatgcttcagcaacctacacttccatcccattc
acctggtccaagtgccttgagacttttagttaacagtgttttattctgtg
acacacatgggtatgtatgtgcagcactgtactggctaatgcacacatac
ttgtgtttagaggctagagagtgatgctagttgggtctcccctctctctt
caccttatttgttggaggcagtgtccctcagtgagcccagagctcactga
ctgtggagactggttggacaataggccctggggctagaaacccctttgga
gcagcaggatcacagatgtgcatcactgtgtctagcatttgcaggggagc
ctgtgcagcgggcactttaccaagtgaagctcactgggtttttaagaact
ggtatgatctgtcagtgggatgcacactcactgtctgacacttagctcgt
ggcccttgctcttaaacaaggatggggggtggtacaggggacaggttaga
tgggggg
gaattctagacatgtaaaacaggcctggctcttttttttgtttttaaatt
ttgtggtgctggcaaggtcccaggaatgctgggtatgtgccctcagctct
gctccatccccacctcaacgtgataagaaattataattgtcatgatttag
tactctcttatttgctttaaagctgtcttggcctttcctcattcactgac
attgttttaatcaagagtgctcagtagatgagtatgaaagattgaataaa
gaaaagagttgtcttcattaaaaaacaaacaagcaaacaaacaaaaaaac
tgtagagcccacataaaatcacacacttcgaagtcatgacactgtgagca
atagggacagcaaaggatggcgatgtaaatgagtttctaggataagagca
tgcctgtagaaagtcatggtttcatgttacgaagagtagcatgagataaa
tggagaccttcctgagaataggccatctaacctgacacaaggatcaaagg
caggcatacaatggaaacatcccagacctttggaagtaagagctattaaa
ctcttagcatcttgacagtatattcacaccttgctggtacatccatcctc
cttgttgcagatcagtgttgtggttgacaaatataccctgtgtgacacaa
aagttaccctgggtttgagggtccaaaggagcttcagaaaggagactaag
tcaagatagtcagtccgtcacccagaccttcttcaccatcctctcgctgg
gccaatttcactcaacagaaagtgtactggacttacctaggatgcttgga
agacaccaagaaaaaatgaaaagaaggggcaaggtgctaacaagggcaac
atggtacaagtgaaaacagaggaggccaggcagtggtgggacacctttaa
ttgggaggctgaggcagtggatatctgtgagttcaaacaacaagggaatt
ggtgagggctgaacagttgatcaggaacctactgttccaaaccaagcctc
ttgaagtagtctctcagatggaagaagtgatctgtttgtacaacatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_29497106_29498063
seq2: B6Ng01-116A05.b_49_1005

seq1  GAATTCACAGTGCTGTTACAGAGCTGGTGGTGTGGAGGGGTCACTGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGCTGTTACAGAGCTGGTGGTGTGGAGGGGTCACTGTGAA  50

seq1  GTTGTTTACTCTAAATAAGGAAGATCTGCTCAGTAAACAAGGATATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTACTCTAAATAAGGAAGATCTGCTCAGTAAACAAGGATATTTAT  100

seq1  GTTAGTGGCGTAGTCTACAATTTTTATAGACTTTCTGGTTTCTGTCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGGCGTAGTCTACAATTTTTATAGACTTTCTGGTTTCTGTCATTG  150

seq1  GGAGCCAAGATGAAAGTCTGCCCACTCTCAGCAGTTACCAGGAAAAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAAGATGAAAGTCTGCCCACTCTCAGCAGTTACCAGGAAAAAGTG  200

seq1  GCTTCCTGGAAATGCAGGCTGTCAACCGAGGCCGTCTGCGGGGCTCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGGAAATGCAGGCTGTCAACCGAGGCCGTCTGCGGGGCTCCCAC  250

seq1  CACTTGACTGTGCAGCCCACTGAGAGCATGTGCAAGACATTAAATTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGACTGTGCAGCCCACTGAGAGCATGTGCAAGACATTAAATTCCTG  300

seq1  ACCTAAGGTGACATAACCACCTGGGGCTCAAGCCCAGAAAAACAGAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAGGTGACATAACCACCTGGGGCTCAAGCCCAGAAAAACAGAACTG  350

seq1  ACTCTGGACACATGATGAGGTTAAAGGCACATTGTGTGAACTTCAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGACACATGATGAGGTTAAAGGCACATTGTGTGAACTTCAGACAG  400

seq1  TGGGCAAATGAGAATACTTCAAACGGAAGAGGAATTGGATCAGCCATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAATGAGAATACTTCAAACGGAAGAGGAATTGGATCAGCCATGTT  450

seq1  TGGCATTCCCCTTACCCCATGCTTCAGCAACCTACACTTCCATCCCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTCCCCTTACCCCATGCTTCAGCAACCTACACTTCCATCCCATTC  500

seq1  ACCTGGTCCAAGTGCCTTGAGACTTTTAGTTAACAGTGTTTTATTCTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTCCAAGTGCCTTGAGACTTTTAGTTAACAGTGTTTTATTCTGTG  550

seq1  ACACACATGGGTATGTATGTGCAGCACTGTACTGGCTAATGCACACATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGGGTATGTATGTGCAGCACTGTACTGGCTAATGCACACATAC  600

seq1  TTGTGTTTAGAGGCTAGAGAGTGATGCTAGTTGGGTCTCCCCTCTCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTAGAGGCTAGAGAGTGATGCTAGTTGGGTCTCCCCTCTCTCTT  650

seq1  CACCTTATTTGTTGGAGGCAGTGTCCCTCAGTGAGCCCAGAGCTCACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTATTTGTTGGAGGCAGTGTCCCTCAGTGAGCCCAGAGCTCACTGA  700

seq1  CTGTGGAGACTGGTTGGACAATAGGCCCTGGGGCTAGAAACCCCTTTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGACTGGTTGGACAATAGGCCCTGGGGCTAGAAACCCCTTTGGA  750

seq1  GCAGCAGGATCACAGATGTGCATCACTGTGTCTAGCATTTGCAGGGGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGATCACAGATGTGCATCACTGTGTCTAGCATTTGCAGGGGAGC  800

seq1  CTGTGCAGCGGGCACTTTACCAAGTGAAGCTCACTGGGTTTTTAAGAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCGGGCACTTTACCAAGTGAAGCTCACTGGGTTTTTAAGAACT  850

seq1  GGTATGATCTGTCAGTGGGATGCACACTCACTGTCTGACACTTAGCTCGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGATCTGTCAGTGGGATGCACACTCACTGTCTGACACTTAGCTCGT  900

seq1  GGCCCTTGCTCTTAAAACAAGGATGGGGGGTGGTACAGGGGACAGGTTAG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTGCTCTT-AAACAAGGATGGGGGGTGGTACAGGGGACAGGTTAG  949

seq1  ATGGGGGG  958
      ||||||||
seq2  ATGGGGGG  957

seq1: chr13_29640742_29641800
seq2: B6Ng01-116A05.g_68_1115 (reverse)

seq1  CCATGTTGTACAAACAGATCACCTATCTTCCCTTCTG-GAGTACTACTGT  49
      ||||||||||||||||||||||   |||| || |||| ||| |||||| |
seq2  CCATGTTGTACAAACAGATCAC--TTCTT-CCATCTGAGAG-ACTACT-T  45

seq1  TCAGA-GCTGGTATTTGAACAGTAGGTTCCTGATCCAACTGTTTCAGCCC  98
        ||| ||| |  || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  CAAGAGGCTTGGTTTGGAACAGTAGGTTCCTGAT-CAACTG-TTCAGCCC  93

seq1  TCACCCAATTCCCTTTGTTGTTTTGAACTCACAGATATCCACCTGCCTCA  148
      ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCA-CCAATTCCC-TTGTTG-TTTGAACTCACAGATATCCA-CTGCCTCA  139

seq1  GCCTCCCAATTAAAGGTGTCCCACCACTGCCTGGCCTCCTCCTGTTTTTC  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  GCCTCCCAATTAAAGGTGTCCCACCACTGCCTGGCCTCCT-CTG-TTTTC  187

seq1  ACTTGTACCATGTTGCCCTTGTTAGCACCTTGCCCCTTCTTTTCATTTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTACCATGTTGCCCTTGTTAGCACCTTGCCCCTTCTTTTCATTTTT  237

seq1  TCTTGGTGTCTTCCAAGCATCCTAGGTAAGTCCAGTACACTTTCTGTTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTGTCTTCCAAGCATCCTAGGTAAGTCCAGTACACTTTCTGTTGA  287

seq1  GTGAAATTGGCCCAGCGAGAGGATGGTGAAGAAGGTCTGGGTGACGGACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTGGCCCAGCGAGAGGATGGTGAAGAAGGTCTGGGTGACGGACT  337

seq1  GACTATCTTGACTTAGTCTCCTTTCTGAAGCTCCTTTGGACCCTCAAACC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATCTTGACTTAGTCTCCTTTCTGAAGCTCCTTTGGACCCTCAAACC  387

seq1  CAGGGTAACTTTTGTGTCACACAGGGTATATTTGTCAACCACAACACTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTAACTTTTGTGTCACACAGGGTATATTTGTCAACCACAACACTGA  437

seq1  TCTGCAACAAGGAGGATGGATGTACCAGCAAGGTGTGAATATACTGTCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAACAAGGAGGATGGATGTACCAGCAAGGTGTGAATATACTGTCAA  487

seq1  GATGCTAAGAGTTTAATAGCTCTTACTTCCAAAGGTCTGGGATGTTTCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAAGAGTTTAATAGCTCTTACTTCCAAAGGTCTGGGATGTTTCCA  537

seq1  TTGTATGCCTGCCTTTGATCCTTGTGTCAGGTTAGATGGCCTATTCTCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGCCTGCCTTTGATCCTTGTGTCAGGTTAGATGGCCTATTCTCAG  587

seq1  GAAGGTCTCCATTTATCTCATGCTACTCTTCGTAACATGAAACCATGACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCTCCATTTATCTCATGCTACTCTTCGTAACATGAAACCATGACT  637

seq1  TTCTACAGGCATGCTCTTATCCTAGAAACTCATTTACATCGCCATCCTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAGGCATGCTCTTATCCTAGAAACTCATTTACATCGCCATCCTTT  687

seq1  GCTGTCCCTATTGCTCACAGTGTCATGACTTCGAAGTGTGTGATTTTATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCCTATTGCTCACAGTGTCATGACTTCGAAGTGTGTGATTTTATG  737

seq1  TGGGCTCTACAGTTTTTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTTTAATGAAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTACAGTTTTTTTGTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTTTAATGAAGA  787

seq1  CAACTCTTTTCTTTATTCAATCTTTCATACTCATCTACTGAGCACTCTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTTTCTTTATTCAATCTTTCATACTCATCTACTGAGCACTCTTG  837

seq1  ATTAAAACAATGTCAGTGAATGAGGAAAGGCCAAGACAGCTTTAAAGCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACAATGTCAGTGAATGAGGAAAGGCCAAGACAGCTTTAAAGCAA  887

seq1  ATAAGAGAGTACTAAATCATGACAATTATAATTTCTTATCACGTTGAGGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGAGTACTAAATCATGACAATTATAATTTCTTATCACGTTGAGGT  937

seq1  GGGGATGGAGCAGAGCTGAGGGCACATACCCAGCATTCCTGGGACCTTGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGGAGCAGAGCTGAGGGCACATACCCAGCATTCCTGGGACCTTGC  987

seq1  CAGCACCACAAAATTTAAAAACAAAAAAAAGAGCCAGGCCTGTTTTACAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCACAAAATTTAAAAACAAAAAAAAGAGCCAGGCCTGTTTTACAT  1037

seq1  GTCTAGAATTC  1059
      |||||||||||
seq2  GTCTAGAATTC  1048