BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117I19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 76,149,071 - 76,287,825
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRfesd, LOC100043008, Gpr150, Arsk, AK129128
Upstream genePcsk1, LOC672443, LOC666764, LOC100042606, LOC100042986, Ell2, LOC666786, Glrx, Rhobtb3, LOC666553, LOC622313, Spata9
Downstream geneGm276, Mctp1, LOC666603, EG666607, Ankrd32, 2210408I21Rik, LOC631139
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117I19.bB6Ng01-117I19.g
ACCDH922263DH922264
length1,1221,113
definitionDH922263|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117I19, 5' end.DH922264|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,286,700 - 76,287,825)(76,149,071 - 76,150,204)
sequence
gaattctttagatttaaatataataattatctgacaggagcaaaataaca
atggtctttcatagcataaattgacaaatctcatttcaagttattatgtc
tatgttttagaaacatataaattagcctctttgagtctcagtattaggta
aataatgagaacaattttagtaaaatgtttagttttaataaagctctatt
taattaaaggaagatcagaagatgcagattagagaaaaccacactctgct
ttgtctccccagactgaactaaggaggggcagctgctctgtggcagaaca
aagtgtcagaaaagcactgcagtcccacagtagtgacagggaccacaaac
accagaagccccaggttttagtacaccatgggtctagtgggtggcaggta
acatggaggctctctctgacaaaggagctacagctgagagactgaggacg
tcccctggtctcctcagcacagaacctgaccttacatgcttctagctgaa
gaagaaaggagacccagggcccctagggctggaactagagaatgggttct
cagcccttcccagcaaagtcacacagagttgaaactggaagccattttca
gaaggtcttatcagtttccctcactgcttagagggtcagaaacctctcca
tttttgtatatataggttccaagggcctcttctcatcatggcacatcaag
cagtcaaggacagtgcaggccaggtaagagattttcagtgtaacagacat
tcctcccttgggactgaggggcagctatggaggcaatgtgttgttccttg
tcacagaaaccaaggagagcgtctatgtatggtagtggaaccagactctt
cctgaagtggggaggggccttctgtcctgtgaggatttgtaccactcaca
agctcagcaaacctcattgataagcactttctaatagtctgtattaccat
ctactgctcctgaagaattgcagccaatcttctaaaacaaaacaaacagc
ttcaagaactctccaagtactgtataaataactgcactattccaggtctc
attttacgtgttcggaaacaagacctatgtagttccacaaggatctttga
acccttttcttccttccttaga
gaattcaaacctgggtcctctggaagaacagcaaatgctcttaaacctgt
gagccattgctttagcccctttcaattaatcttagtaattttataattgt
gtgaatttgttattacagtatgaggtttacaactttgccttatgcaagat
aaagcattacatatggaaaggaaatgaagtaaaaatgatgtcccacatca
ccagcagaaaatgctattaaacacactaagaagtatactgtgaaatgctc
ctagtattaaaaatatagctgtctaaagttgaaaatattatgaagcacat
gttaacttcaaatactccaattatatgaagatgacactcccactcaacct
tctaaattacactgaccctgctacatccataagcacttagcacacctttt
acaggaagctataatattggataatttcagcttgaagttaacattttgtg
tatatgtacccacatatccaacttgtttaaaggagaacttggatctagat
tatatggctccaaaccataaactttacaatgttaggaaggaaaaactatg
gccaatttaaaagcaagtttataaaaacagaaaatatttacttaggaata
aaacccttagtgagtttattagaagggagttttaataaaagggaatttac
cagttattgtaacaatgggggcagctaaaccaggtggaagataggatatc
tgatagcatcacaagcttgggttctaaaacatgcatgaatggaaggagaa
atgtgccttgatatgggtctgagaagcaagagatttcattccacgtataa
acttaacacaagttttagaactggttggctctgaaatccactactgtgga
accaacccttgctctaattaacctagctggcctgggatgcagctcagtgg
taagaaatggaagactagcacatgccacaaattctatccctacacatggg
ttggggatggggagctaacttagcatttaaatgtgtgatgtttgatagat
tgcccatagactgatgtgtttgatgctgtcatggagtgtcaaataaggaa
tgtggtctgtgcctaagtgtgcctggttaagggagtgtgtcactgttgaa
ggtggcctttgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_76286700_76287825
seq2: B6Ng01-117I19.b_48_1169 (reverse)

seq1  TCTAAGGGAGGAAGAAAA-GGTTCAAAGATACCTGTGGAACTAACATAGT  49
      ||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||| 
seq2  TCTAAGGAAGGAAGAAAAGGGTTCAAAGATCCTTGTGGAACT-ACATAGG  49

seq1  TCTGGTTTCCGAACACGTTAAAATGAGAACCTGGAATAGTGCAGTTATTT  99
      ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTCCGAACACG-TAAAATGAG-ACCTGGAATAGTGCAGTTATTT  97

seq1  ATACAGTACTTGGAGAGTTCTTGAAGCTTGTTTGTTTTGTTTTAGAAGAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTACTTGGAGAGTTCTTGAAGC-TGTTTGTTTTGTTTTAGAAGAT  146

seq1  TGGCTGCAATTCTTCAGGAGCAGTAGATGGTTAATACAGACTATTAGAAA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCAATTCTTCAGGAGCAGTAGATGG-TAATACAGACTATTAGAAA  195

seq1  GTGCTTATCAATGAGGTTTGCTGAGCTTGTGAGTGGTACAAATCCTCACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATCAATGAGGTTTGCTGAGCTTGTGAGTGGTACAAATCCTCACA  245

seq1  GGACAGAAGGCCCCTCCCCACTTCAGGAAGAGTCTGGTTCCACTACCATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAAGGCCCCTCCCCACTTCAGGAAGAGTCTGGTTCCACTACCATA  295

seq1  CATAGACGCTCTCCTTGGTTTCTGTGACAAGGAACAACACATTGCCTCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACGCTCTCCTTGGTTTCTGTGACAAGGAACAACACATTGCCTCCA  345

seq1  TAGCTGCCCCTCAGTCCCAAGGGAGGAATGTCTGTTACACTGAAAATCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCCCCTCAGTCCCAAGGGAGGAATGTCTGTTACACTGAAAATCTC  395

seq1  TTACCTGGCCTGCACTGTCCTTGACTGCTTGATGTGCCATGATGAGAAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGGCCTGCACTGTCCTTGACTGCTTGATGTGCCATGATGAGAAGA  445

seq1  GGCCCTTGGAACCTATATATACAAAAATGGAGAGGTTTCTGACCCTCTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTGGAACCTATATATACAAAAATGGAGAGGTTTCTGACCCTCTAA  495

seq1  GCAGTGAGGGAAACTGATAAGACCTTCTGAAAATGGCTTCCAGTTTCAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAGGGAAACTGATAAGACCTTCTGAAAATGGCTTCCAGTTTCAAC  545

seq1  TCTGTGTGACTTTGCTGGGAAGGGCTGAGAACCCATTCTCTAGTTCCAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGACTTTGCTGGGAAGGGCTGAGAACCCATTCTCTAGTTCCAGC  595

seq1  CCTAGGGGCCCTGGGTCTCCTTTCTTCTTCAGCTAGAAGCATGTAAGGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGGCCCTGGGTCTCCTTTCTTCTTCAGCTAGAAGCATGTAAGGTC  645

seq1  AGGTTCTGTGCTGAGGAGACCAGGGGACGTCCTCAGTCTCTCAGCTGTAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTGTGCTGAGGAGACCAGGGGACGTCCTCAGTCTCTCAGCTGTAG  695

seq1  CTCCTTTGTCAGAGAGAGCCTCCATGTTACCTGCCACCCACTAGACCCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGTCAGAGAGAGCCTCCATGTTACCTGCCACCCACTAGACCCAT  745

seq1  GGTGTACTAAAACCTGGGGCTTCTGGTGTTTGTGGTCCCTGTCACTACTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTACTAAAACCTGGGGCTTCTGGTGTTTGTGGTCCCTGTCACTACTG  795

seq1  TGGGACTGCAGTGCTTTTCTGACACTTTGTTCTGCCACAGAGCAGCTGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGCAGTGCTTTTCTGACACTTTGTTCTGCCACAGAGCAGCTGCC  845

seq1  CCTCCTTAGTTCAGTCTGGGGAGACAAAGCAGAGTGTGGTTTTCTCTAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTAGTTCAGTCTGGGGAGACAAAGCAGAGTGTGGTTTTCTCTAAT  895

seq1  CTGCATCTTCTGATCTTCCTTTAATTAAATAGAGCTTTATTAAAACTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCTTCTGATCTTCCTTTAATTAAATAGAGCTTTATTAAAACTAAA  945

seq1  CATTTTACTAAAATTGTTCTCATTATTTACCTAATACTGAGACTCAAAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTACTAAAATTGTTCTCATTATTTACCTAATACTGAGACTCAAAGA  995

seq1  GGCTAATTTATATGTTTCTAAAACATAGACATAATAACTTGAAATGAGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAATTTATATGTTTCTAAAACATAGACATAATAACTTGAAATGAGAT  1045

seq1  TTGTCAATTTATGCTATGAAAGACCATTGTTATTTTGCTCCTGTCAGATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAATTTATGCTATGAAAGACCATTGTTATTTTGCTCCTGTCAGATA  1095

seq1  ATTATTATATTTAAATCTAAAGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATATTTAAATCTAAAGAATTC  1122

seq1: chr13_76149071_76150204
seq2: B6Ng01-117I19.g_67_1179

seq1  GAATTCAAACCTGGGTCCTCTGGAAGAACAGCAAATGCTCTTAAACCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACCTGGGTCCTCTGGAAGAACAGCAAATGCTCTTAAACCTGT  50

seq1  GAGCCATTGCTTTAGCCCCTTTCAATTAATCTTAGTAATTTTATAATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATTGCTTTAGCCCCTTTCAATTAATCTTAGTAATTTTATAATTGT  100

seq1  GTGAATTTGTTATTACAGTATGAGGTTTACAACTTTGCCTTATGCAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTTGTTATTACAGTATGAGGTTTACAACTTTGCCTTATGCAAGAT  150

seq1  AAAGCATTACATATGGAAAGGAAATGAAGTAAAAATGATGTCCCACATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTACATATGGAAAGGAAATGAAGTAAAAATGATGTCCCACATCA  200

seq1  CCAGCAGAAAATGCTATTAAACACACTAAGAAGTATACTGTGAAATGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGAAAATGCTATTAAACACACTAAGAAGTATACTGTGAAATGCTC  250

seq1  CTAGTATTAAAAATATAGCTGTCTAAAGTTGAAAATATTATGAAGCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATTAAAAATATAGCTGTCTAAAGTTGAAAATATTATGAAGCACAT  300

seq1  GTTAACTTCAAATACTCCAATTATATGAAGATGACACTCCCACTCAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACTTCAAATACTCCAATTATATGAAGATGACACTCCCACTCAACCT  350

seq1  TCTAAATTACACTGACCCTGCTACATCCATAAGCACTTAGCACACCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATTACACTGACCCTGCTACATCCATAAGCACTTAGCACACCTTTT  400

seq1  ACAGGAAGCTATAATATTGGATAATTTCAGCTTGAAGTTAACATTTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGCTATAATATTGGATAATTTCAGCTTGAAGTTAACATTTTGTG  450

seq1  TATATGTACCCACATATCCAACTTGTTTAAAGGAGAACTTGGATCTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTACCCACATATCCAACTTGTTTAAAGGAGAACTTGGATCTAGAT  500

seq1  TATATGGCTCCAAACCATAAACTTTACAATGTTAGGAAGGAAAAACTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGCTCCAAACCATAAACTTTACAATGTTAGGAAGGAAAAACTATG  550

seq1  GCCAATTTAAAAGCAAGTTTATAAAAACAGAAAATATTTACTTAGGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTAAAAGCAAGTTTATAAAAACAGAAAATATTTACTTAGGAATA  600

seq1  AAACCCTTAGTGAGTTTATTAGAAGGGAGTTTTAATAAAAGGGAATTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTTAGTGAGTTTATTAGAAGGGAGTTTTAATAAAAGGGAATTTAC  650

seq1  CAGTTATTGTAACAATGGGGGCAGCTAAACCAGGTGGAAGATAGGATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTGTAACAATGGGGGCAGCTAAACCAGGTGGAAGATAGGATATC  700

seq1  TGATAGCATCACAAGCTTGGGTTCTAAAACATGCATGAATGGAAGGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCATCACAAGCTTGGGTTCTAAAACATGCATGAATGGAAGGAGAA  750

seq1  ATGTGCCTTGATATGGGTCTGAGAAGCAAGAGATTTCATTCCACGTATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCTTGATATGGGTCTGAGAAGCAAGAGATTTCATTCCACGTATAA  800

seq1  ACTTAACACAAGTTTTAGAACTGGTTGGCTCTGAAATCCACTACTGTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAACACAAGTTTTAGAACTGGTTGGCTCTGAAATCCACTACTGTGGA  850

seq1  ACCAACCCTTGCTCTAATTAACCTAGCTGGCCTGGGATGCAGCTCAGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCCTTGCTCTAATTAACCTAGCTGGCCTGGGATGCAGCTCAGTGG  900

seq1  TAAGAAATGGGAAGACTAGCACATGCCACAAATTCTATCCCTACAACATG  950
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAGAAAT-GGAAGACTAGCACATGCCACAAATTCTATCCCTAC-ACATG  948

seq1  GGTTGGGGATGGGGAGCTTAACTTAGCATTTAAATGTTGTGATGGTTTGA  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| 
seq2  GGTTGGGGATGGGGAGC-TAACTTAGCATTTAAATG-TGTGAT-GTTTG-  994

seq1  ATAGGAATGGCCCCATAGACTGATGTGTTTGAATGCTTGGTCCATTGGGA  1050
      ||||  || | |||||||||||||||||||| |||||  || |||  |||
seq2  ATAG--ATTG-CCCATAGACTGATGTGTTTG-ATGCT--GT-CAT--GGA  1035

seq1  GTGGTACAATTAGGAGATGTGTCCTTGTTGGCATAGGTGTGGCCTTGTTA  1100
      || ||  ||| |||| |||||  | |||  || || |||| |||| ||||
seq2  GT-GTCAAATAAGGA-ATGTGGTC-TGT--GCCTAAGTGT-GCCTGGTTA  1079

seq1  GAGGAAGTGTGTCACTG-TGGAGGTGGGCTTTGAG  1134
       ||| |||||||||||| || |||||| |||||||
seq2  -AGGGAGTGTGTCACTGTTGAAGGTGGCCTTTGAG  1113