BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118B20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 72,843,339 - 73,042,625
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIrx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2
Downstream geneLOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2, Slc6a3, Clptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7, Nkd2, EG666360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118B20.bB6Ng01-118B20.g
ACCDH922680DH922681
length1,188649
definitionDH922680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118B20, 5' end.DH922681|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,041,451 - 73,042,625)(72,843,339 - 72,843,987)
sequence
gaattctacctgaaaggacgatggctgtcacagcaccactgaaactgcca
acctccactccaggaggtcttgcttcactcatgagatccagaactgatgc
tctactttgttttattcattttattactcactatacatgatgctttgtca
aagctggccatgacacagtctctatgatgtctttaatatgactgttttta
ttcctttttacagtacatatttttttataaacaaatgattacctgataca
gagtatgtccttttgctgcttagctttattgatgcaagctagagttacct
gggaagaaggaacctcaatagaagacttgcccagatcaaattggtctgtg
tccatgtctgtgagattcttgattggtgattgatggataggcagcccatt
gtgggtgacaccatccataggtaggtgagtggaatgctatctgagtgtga
ggcaaagagaaagtcagtgagcagcatccctccctggtttctgcttgagt
tcctgccctgtcttgctttagtgatggactgtgaccttgaagtgtaagct
gaaataaacccttttttttctctgaattgcttttggtcagaatgttttat
catagcaaaaacatacaaacatacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaa
acaagaacagcctttaatatacctgatcaataacttttccatttttccac
caatatttctatcttcattatttttcccatctaagacaatgggaaaagga
atatataaccaagccctcagcccacaggcagcattagtattttctatccc
aaatacaggtcctgagagttaacatacatatgtttgacctcagaaaggca
gtgcaatggtgggaaattatcaagggaagtatcaagtaactcgtaacagc
ttaaagatataaagtgtgtcacctgtccaagtggttagtgttatccaagc
gatgactcaatggtcctgaatgaagattctgtatgggatgcagctcttct
tttctctttagtgctacaggtccttggttcacccctggtgggagaccaga
aattcccatgctttgcatgatctttctataactggtgctgggttgtaggg
ttagtccttttgaccttcctgtttcgtaggagtgaaatgacgatgaaggt
agctgttatggaatattcctcgaacgaaagaaccccca
gaattctcttgttggggtcttatgaaaacgggttccaaagagaggcccac
gttaatcctttgaaggaagtaaaagtgaataatgtatgtctgttcctcaa
agaaaatatactgcatccatgactcaaaaacttcaaaagacaacttggct
ttcttctttttaggcaagagtacttaaagcttccttgttcagaaaaactg
aaaatctaaagttgatctttcacctttcgtccccaggtcccaggtcccct
ctttgctgcataggaaggttcttcattctggctcctctcttatcctcttc
ataattttccagatgtttgtcctgctaggtatgctaggagctaaaggctg
ttgagtattagtcatgacagaaaagtttctcaaaggacaatgttggtctc
tcttgttgaccaattccctcccttctccttttcctcttcctccccctctc
agtcccatggctcctccctctgtgcctctaaaattagagttgatacaaac
acagtggaaaactactagtattcattcattcattcattcattcatagttg
tgtgtacgtgtgtgagtatgtgcatgtgtgtatgcatgcatgaatgtgtg
tgtgtctgtctgactgtatgcatgtgtgtctgtgtacgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73041451_73042625
seq2: B6Ng01-118B20.b_46_1233 (reverse)

seq1  TGGGGGT--CTTCG-TCGAGG-ATA-TCCATAAACAGCTAACTTCATTCG  45
      |||||||   |||| |||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |||
seq2  TGGGGGTTCTTTCGTTCGAGGAATATTCCAT-AACAGCTACCTTCA-TCG  48

seq1  TCATTTCACTTCCTACAGAACAG--AAGTC-AAAGGACATAACACTACAA  92
      ||||||||| ||||||  |||||  | ||| ||||||| |||| ||||||
seq2  TCATTTCAC-TCCTACGAAACAGGAAGGTCAAAAGGAC-TAACCCTACAA  96

seq1  CCAAGCA-CAGTATAAGAAAGATCATGCAAAGCATGGGAATTTCTGGTCT  141
      || |||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACCAGTTATAGAAAGATCATGCAAAGCATGGGAATTTCTGGTCT  146

seq1  CCCAC--AGGGTG-ACCAA-GACCTGTAGCACTAAAGAGAAA--GAGAGC  185
      |||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CCCACCAGGGGTGAACCAAGGACCTGTAGCACTAAAGAGAAAAGAAGAGC  196

seq1  TGCATCCCATACAGAATCTTCATTCAGGACCATTGAGTCATCGCTTGGAT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCCATACAGAATCTTCATTCAGGACCATTGAGTCATCGCTTGGAT  246

seq1  AACACTAACCACTTGGACAGGTGACACACTTTATATCTTTAAGCTGTTAC  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAACCACTTGGACAGGTGACACACTTTATATCTTTAAGCTGTTAC  296

seq1  GAGTTACTTGATACTT-CCTTGATAATTT-CCACCATTGCACTGCCTTTC  333
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACTTGATACTTCCCTTGATAATTTCCCACCATTGCACTGCCTTTC  346

seq1  TGAGGTCAAACATATGTATGTTAACTCTCAGGACCTGTATTTGGGATAGA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCAAACATATGTATGTTAACTCTCAGGACCTGTATTTGGGATAGA  396

seq1  AAATACTAATGCTGCCTGTGGGCTGAGGGCTTGGTTATATATTCCTTTTC  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTAATGCTGCCTGTGGGCTGAGGGCTTGGTTATATATTCCTTTTC  446

seq1  CCATTGTCTTAGATGGGAAAAATAATGAAGATAGAAATATTGGTGGAAAA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGTCTTAGATGGGAAAAATAATGAAGATAGAAATATTGGTGGAAAA  496

seq1  ATGGAAAAGTTATTGATCAGGTATATTAAAGGCTGTTCTTGTTTGTTTGT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAGTTATTGATCAGGTATATTAAAGGCTGTTCTTGTTTGTTTGT  546

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGTTTGTATGTTTGTATGTTTTTGCTATGATAAAACA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTGTTTGTATGTTTGTATGTTTTTGCTATGATAAAACA  596

seq1  TTCTGACCAAAAGCAATTCAGAGAAAAAAAAGGGTTTATTTCAGCTTACA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCAAAAGCAATTCAGAGAAAAAAAAGGGTTTATTTCAGCTTACA  646

seq1  CTTCAAGGTCACAGTCCATCACTAAAGCAAGACAGGGCAGGAACTCAAGC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGTCACAGTCCATCACTAAAGCAAGACAGGGCAGGAACTCAAGC  696

seq1  AGAAACCAGGGAGGGATGCTGCTCACTGACTTTCTCTTTGCCTCACACTC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCAGGGAGGGATGCTGCTCACTGACTTTCTCTTTGCCTCACACTC  746

seq1  AGATAGCATTCCACTCACCTACCTATGGATGGTGTCACCCACAATGGGCT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCATTCCACTCACCTACCTATGGATGGTGTCACCCACAATGGGCT  796

seq1  GCCTATCCATCAATCACCAATCAAGAATCTCACAGACATGGACACAGACC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCCATCAATCACCAATCAAGAATCTCACAGACATGGACACAGACC  846

seq1  AATTTGATCTGGGCAAGTCTTCTATTGAGGTTCCTTCTTCCCAGGTAACT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGATCTGGGCAAGTCTTCTATTGAGGTTCCTTCTTCCCAGGTAACT  896

seq1  CTAGCTTGCATCAATAAAGCTAAGCAGCAAAAGGACATACTCTGTATCAG  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGCATCAATAAAGCTAAGCAGCAAAAGGACATACTCTGTATCAG  946

seq1  GTAATCATTTGTTTATAAAAAAATATGTACTGTAAAAAGGAATAAAAACA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCATTTGTTTATAAAAAAATATGTACTGTAAAAAGGAATAAAAACA  996

seq1  GTCATATTAAAGACATCATAGAGACTGTGTCATGGCCAGCTTTGACAAAG  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATTAAAGACATCATAGAGACTGTGTCATGGCCAGCTTTGACAAAG  1046

seq1  CATCATGTATAGTGAGTAATAAAATGAATAAAACAAAGTAGAGCATCAGT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGTATAGTGAGTAATAAAATGAATAAAACAAAGTAGAGCATCAGT  1096

seq1  TCTGGATCTCATGAGTGAAGCAAGACCTCCTGGAGTGGAGGTTGGCAGTT  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATCTCATGAGTGAAGCAAGACCTCCTGGAGTGGAGGTTGGCAGTT  1146

seq1  TCAGTGGTGCTGTGACAGCCATCGTCCTTTCAGGTAGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGTGCTGTGACAGCCATCGTCCTTTCAGGTAGAATTC  1188

seq1: chr13_72843339_72843987
seq2: B6Ng01-118B20.g_68_716

seq1  GAATTCTCTTGTTGGGGTCTTATGAAAACGGGTTCCAAAGAGAGGCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTGGGGTCTTATGAAAACGGGTTCCAAAGAGAGGCCCAC  50

seq1  GTTAATCCTTTGAAGGAAGTAAAAGTGAATAATGTATGTCTGTTCCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATCCTTTGAAGGAAGTAAAAGTGAATAATGTATGTCTGTTCCTCAA  100

seq1  AGAAAATATACTGCATCCATGACTCAAAAACTTCAAAAGACAACTTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATACTGCATCCATGACTCAAAAACTTCAAAAGACAACTTGGCT  150

seq1  TTCTTCTTTTTAGGCAAGAGTACTTAAAGCTTCCTTGTTCAGAAAAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTTTAGGCAAGAGTACTTAAAGCTTCCTTGTTCAGAAAAACTG  200

seq1  AAAATCTAAAGTTGATCTTTCACCTTTCGTCCCCAGGTCCCAGGTCCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTAAAGTTGATCTTTCACCTTTCGTCCCCAGGTCCCAGGTCCCCT  250

seq1  CTTTGCTGCATAGGAAGGTTCTTCATTCTGGCTCCTCTCTTATCCTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTGCATAGGAAGGTTCTTCATTCTGGCTCCTCTCTTATCCTCTTC  300

seq1  ATAATTTTCCAGATGTTTGTCCTGCTAGGTATGCTAGGAGCTAAAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTCCAGATGTTTGTCCTGCTAGGTATGCTAGGAGCTAAAGGCTG  350

seq1  TTGAGTATTAGTCATGACAGAAAAGTTTCTCAAAGGACAATGTTGGTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTATTAGTCATGACAGAAAAGTTTCTCAAAGGACAATGTTGGTCTC  400

seq1  TCTTGTTGACCAATTCCCTCCCTTCTCCTTTTCCTCTTCCTCCCCCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTGACCAATTCCCTCCCTTCTCCTTTTCCTCTTCCTCCCCCTCTC  450

seq1  AGTCCCATGGCTCCTCCCTCTGTGCCTCTAAAATTAGAGTTGATACAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCATGGCTCCTCCCTCTGTGCCTCTAAAATTAGAGTTGATACAAAC  500

seq1  ACAGTGGAAAACTACTAGTATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGAAAACTACTAGTATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAGTTG  550

seq1  TGTGTACGTGTGTGAGTATGTGCATGTGTGTATGCATGCATGAATGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACGTGTGTGAGTATGTGCATGTGTGTATGCATGCATGAATGTGTG  600

seq1  TGTGTCTGTCTGACTGTATGCATGTGTGTCTGTGTACGTGTGTGTGTGT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTCTGACTGTATGCATGTGTGTCTGTGTACGTGTGTGTGTGT  649