BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118K06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 29,544,313 - 29,671,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdkal1
Upstream genePpia-ps13_297.1, LOC626683, 2610307P16Rik, Sox4, LOC100041135
Downstream geneE2f3, Mboat1, Agtr1a, Uqcrfs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118K06.bB6Ng01-118K06.g
ACCDH923065DH923066
length1,0901,055
definitionDH923065|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K06, 5' end.DH923066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,670,658 - 29,671,751)(29,544,313 - 29,545,369)
sequence
gaattcagtcaaatgtgcttgactttccctgcctgggtgggatgtgggag
gcactgttggctgggcccttgggatggagggttaagcctctcttgaggta
aagcttgtctctaggtttctggaaatgacaagttttatgaatggtgtagt
tagtgagtgagggagaagcacacgggcagctggacacatgagctgcagag
gtagctgaatggtggctgccagggtctgtgagctctgaactgaatggcag
tatgtagtcccggagacaggagccaagagtagaaggcactaatagtgcag
ctgacaatcagcctcactagagaaattaatgagcatctctttttctagcc
atcatttgtaggaagtcagaggtcatccttgaccagaggagcccatgtta
taccttcccagggaggtcttgcctgtctaaattagcacatcttgctaccc
atacccccatcctttaatctttgacctaggtttttttttccttactaggg
atttatcaagctctgagctatttcattgtttggttttaccccatcttatc
ccacctcactatttgtagatctgatgtgcattggcatgggaattttttgt
aaggaatcttctatcaccagagactaggctgtaccctgaacctaagaggt
cagtagtaacttattgttgtgtttggaaaatggtcttggtgcagagacac
cagtgttacattgttgtgcttgcatggttctccctcatccttccctctct
cttccttttctttctttctatccttcctattcaggctggccttgaactcc
tgacaaacctcttgtcaccatttacttggcccttgtattatttggctaaa
cctgtactatactggataccatagttttctatagtggacacagacctctg
aacaggtttttcatgctaagcatatgaaatagtctactttttcaatgcat
ggatttgttttaatatgctactaccacactgacaaaatgatgctcttgta
ccactgagggatgactacattctacatcatagagtgctgctgtgtgtctg
cataggtttaccatggttaccctgcgggtgttaaagctga
gaattccaaatattctggatggcaaggcccggtaactactgcttactaag
agtgtctcccacagaatggatatccaattcacgactcctgagcagattgt
taaatctcatgccaatcaccaggctggatggcaccattacagctataaat
gatgctttagggctttaggactatcatggtaaataagtcaaagtttcaaa
tctgtcttccatgaatctttcctctgattcaatttatacgcaaggaaaaa
atttaaattatgtttgcattttcataaagctcctatctctaatgacaaat
ccaatatatgatacagggatggcaatgtttaggagcttctgagggactga
aaatatcatgatgcacaaaaacagcaggtacactgtggcttctccttaca
taaagactaagggacacaatctatctccagttaggatatggccagacact
tttttttcaaatgaatattaattcatttattgttcaatgatcagggaaaa
gaaatttggggaaaggtatccatcaaagttatacaatgttaatacattta
ttatcatttacaaattccatcaaaggttttgaaaatgagaaggaaatttt
tattctgagaaatgaatgcataagcaaaagggaaaattgcataaatcagg
ccatcaaaaaggtaacctttcctttattctgagtgaagtgcaagatacat
ccaattcagatttatatgctggaacctgacacatcacattagaaaatgaa
tatataggcaaccgcttgtctttgccatggtatcagttgcccagaactaa
ttatacccatctagtgtctatggaaaatctgttttaggacccctcacaga
tactcaaatcttcagatgcataagctccttatgtaataggcattgtactt
gaatataacctaagcacatcttataattttaaactatcttagatctttag
agtactaactaatggcaagggatatgtatattttcagttatgtcctaggc
tgactaaatccacgggagtcgattcctgcaatggggtggggggttgggga
attgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_29670658_29671751
seq2: B6Ng01-118K06.b_43_1132 (reverse)

seq1  TCAGCTTT-ACACCCGCCAGGGTAACCATGGTAAA-CTATGCAGACACAC  48
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTAACACCCG-CAGGGTAACCATGGTAAACCTATGCAGACACAC  49

seq1  AAGCAGGCACTCTATGATGTAG-ATGTAAGTCATCCCTCAGTGGTACAAA  97
       |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  -AGCA-GCACTCTATGATGTAGAATGT-AGTCATCCCTCAGTGGTAC-AA  95

seq1  GAGCATCCATTTTGTCAGTGTGGTAGTAGGCATATTAAAACAAATCCATG  147
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAT-CATTTTGTCAGTGTGGTAGTA-GCATATTAAAACAAATCCATG  143

seq1  CATTGAAAAAGTAGACTATTTCATATGCTTAGCATGAAAAACCTGTTCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAAAGTAGACTATTTCATATGCTTAGCATGAAAAACCTGTTCAG  193

seq1  AGGTCTGTGTCCACTATAGAAAACTATGGTATCCAGTATAGTACAGGTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGTGTCCACTATAGAAAACTATGGTATCCAGTATAGTACAGGTTT  243

seq1  AGCCAAATAATACAAGGGCCAAGTAAATGGTGACAAGAGGTTTGTCAGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATAATACAAGGGCCAAGTAAATGGTGACAAGAGGTTTGTCAGGA  293

seq1  GTTCAAGGCCAGCCTGAATAGGAAGGATAGAAAGAAAGAAAAGGAAGAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGCCAGCCTGAATAGGAAGGATAGAAAGAAAGAAAAGGAAGAGA  343

seq1  GAGGGAAGGATGAGGGAGAACCATGCAAGCACAACAATGTAACACTGGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGGATGAGGGAGAACCATGCAAGCACAACAATGTAACACTGGTG  393

seq1  TCTCTGCACCAAGACCATTTTCCAAACACAACAATAAGTTACTACTGACC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCACCAAGACCATTTTCCAAACACAACAATAAGTTACTACTGACC  443

seq1  TCTTAGGTTCAGGGTACAGCCTAGTCTCTGGTGATAGAAGATTCCTTACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGTTCAGGGTACAGCCTAGTCTCTGGTGATAGAAGATTCCTTACA  493

seq1  AAAAATTCCCATGCCAATGCACATCAGATCTACAAATAGTGAGGTGGGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCCCATGCCAATGCACATCAGATCTACAAATAGTGAGGTGGGAT  543

seq1  AAGATGGGGTAAAACCAAACAATGAAATAGCTCAGAGCTTGATAAATCCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGGGTAAAACCAAACAATGAAATAGCTCAGAGCTTGATAAATCCC  593

seq1  TAGTAAGGAAAAAAAAACCTAGGTCAAAGATTAAAGGATGGGGGTATGGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGGAAAAAAAAACCTAGGTCAAAGATTAAAGGATGGGGGTATGGG  643

seq1  TAGCAAGATGTGCTAATTTAGACAGGCAAGACCTCCCTGGGAAGGTATAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGATGTGCTAATTTAGACAGGCAAGACCTCCCTGGGAAGGTATAA  693

seq1  CATGGGCTCCTCTGGTCAAGGATGACCTCTGACTTCCTACAAATGATGGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCTCCTCTGGTCAAGGATGACCTCTGACTTCCTACAAATGATGGC  743

seq1  TAGAAAAAGAGATGCTCATTAATTTCTCTAGTGAGGCTGATTGTCAGCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAAGAGATGCTCATTAATTTCTCTAGTGAGGCTGATTGTCAGCTG  793

seq1  CACTATTAGTGCCTTCTACTCTTGGCTCCTGTCTCCGGGACTACATACTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTAGTGCCTTCTACTCTTGGCTCCTGTCTCCGGGACTACATACTG  843

seq1  CCATTCAGTTCAGAGCTCACAGACCCTGGCAGCCACCATTCAGCTACCTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCAGTTCAGAGCTCACAGACCCTGGCAGCCACCATTCAGCTACCTC  893

seq1  TGCAGCTCATGTGTCCAGCTGCCCGTGTGCTTCTCCCTCACTCACTAACT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCATGTGTCCAGCTGCCCGTGTGCTTCTCCCTCACTCACTAACT  943

seq1  ACACCATTCATAAAACTTGTCATTTCCAGAAACCTAGAGACAAGCTTTAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATTCATAAAACTTGTCATTTCCAGAAACCTAGAGACAAGCTTTAC  993

seq1  CTCAAGAGAGGCTTAACCCTCCATCCCAAGGGCCCAGCCAACAGTGCCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGAGGCTTAACCCTCCATCCCAAGGGCCCAGCCAACAGTGCCTC  1043

seq1  CCACATCCCACCCAGGCAGGGAAAGTCAAGCACATTTGACTGAATTC  1094
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCCACCCAGGCAGGGAAAGTCAAGCACATTTGACTGAATTC  1090

seq1: chr13_29544313_29545369
seq2: B6Ng01-118K06.g_68_1122

seq1  GAATTCCAAATATTCTGGATGGCAAGGCCCGGTAACTACTGCTTACTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATATTCTGGATGGCAAGGCCCGGTAACTACTGCTTACTAAG  50

seq1  AGTGTCTCCCACAGAATGGATATCCAATTCACGACTCCTGAGCAGATTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCCCACAGAATGGATATCCAATTCACGACTCCTGAGCAGATTGT  100

seq1  TAAATCTCATGCCAATCACCAGGCTGGATGGCACCATTACAGCTATAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTCATGCCAATCACCAGGCTGGATGGCACCATTACAGCTATAAAT  150

seq1  GATGCTTTAGGGCTTTAGGACTATCATGGTAAATAAGTCAAAGTTTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTTAGGGCTTTAGGACTATCATGGTAAATAAGTCAAAGTTTCAAA  200

seq1  TCTGTCTTCCATGAATCTTTCCTCTGATTCAATTTATACGCAAGGAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTCCATGAATCTTTCCTCTGATTCAATTTATACGCAAGGAAAAA  250

seq1  ATTTAAATTATGTTTGCATTTTCATAAAGCTCCTATCTCTAATGACAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATTATGTTTGCATTTTCATAAAGCTCCTATCTCTAATGACAAAT  300

seq1  CCAATATATGATACAGGGATGGCAATGTTTAGGAGCTTCTGAGGGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATATGATACAGGGATGGCAATGTTTAGGAGCTTCTGAGGGACTGA  350

seq1  AAATATCATGATGCACAAAAACAGCAGGTACACTGTGGCTTCTCCTTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCATGATGCACAAAAACAGCAGGTACACTGTGGCTTCTCCTTACA  400

seq1  TAAAGACTAAGGGACACAATCTATCTCCAGTTAGGATATGGCCAGACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACTAAGGGACACAATCTATCTCCAGTTAGGATATGGCCAGACACT  450

seq1  TTTTTTTCAAATGAATATTAATTCATTTATTGTTCAATGATCAGGGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCAAATGAATATTAATTCATTTATTGTTCAATGATCAGGGAAAA  500

seq1  GAAATTTGGGGAAAGGTATCCATCAAAGTTATACAATGTTAATACATTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGGGGAAAGGTATCCATCAAAGTTATACAATGTTAATACATTTA  550

seq1  TTATCATTTACAAATTCCATCAAAGGTTTTGAAAATGAGAAGGAAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATTTACAAATTCCATCAAAGGTTTTGAAAATGAGAAGGAAATTTT  600

seq1  TATTCTGAGAAATGAATGCATAAGCAAAAGGGAAAATTGCATAAATCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGAGAAATGAATGCATAAGCAAAAGGGAAAATTGCATAAATCAGG  650

seq1  CCATCAAAAAGGTAACCTTTCCTTTATTCTGAGTGAAGTGCAAGATACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAAAAGGTAACCTTTCCTTTATTCTGAGTGAAGTGCAAGATACAT  700

seq1  CCAATTCAGATTTATATGCTGGAACCTGACACATCACATTAGAAAATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCAGATTTATATGCTGGAACCTGACACATCACATTAGAAAATGAA  750

seq1  TATATAGGCAACCGCTTGTCTTTGCCATGGTATCAGTTGCCCAGAACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGCAACCGCTTGTCTTTGCCATGGTATCAGTTGCCCAGAACTAA  800

seq1  TTATACCCATCTAGTGTCTATGGAAAATCTGTTTTAGGACCCCTCACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCCATCTAGTGTCTATGGAAAATCTGTTTTAGGACCCCTCACAGA  850

seq1  TACTCAAATCTTCAGATGCATAAGCTCCTTATGTAATAGGCATTGTACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAATCTTCAGATGCATAAGCTCCTTATGTAATAGGCATTGTACTT  900

seq1  GAATATAACCTAAGCACATCTTATAATTTTAAACTATCTTAGATCTTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAACCTAAGCACATCTTATAATTTTAAACTATCTTAGATCTTTAG  950

seq1  AGTAACTAACTAATGGCAAGGGAATATGTATATTTTCAGTTATGTCCTAG  1000
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-ACTAACTAATGGCAAGGG-ATATGTATATTTTCAGTTATGTCCTAG  998

seq1  GCTGACTAAATCCACGGAGGTCGATTCCTGCAAATGGGGTGTGGGGTT-G  1049
      |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  GCTGACTAAATCCACGGGAGTCGATTCCTGC-AATGGGGTGGGGGGTTGG  1047

seq1  GGAATTGG  1057
      ||||||||
seq2  GGAATTGG  1055