BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119F12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 110,236,867 - 110,372,426
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d
Upstream geneEG668144, LOC621663, LOC100040968
Downstream geneLOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119F12.bB6Ng01-119F12.g
ACCDH923587DH923588
length1,183814
definitionDH923587|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119F12, 5' end.DH923588|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119F12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,371,230 - 110,372,426)(110,236,867 - 110,237,680)
sequence
gaattctggaactcagatctagaaatcacaacttcaagataagggaaaaa
aaaacaatcaatctattgctctcttctggagtgtgcacatgaacatgtgt
gcttcctgtggtactctcacatgcttattacagggtgcaggcattaagta
cagagacgaagctattgggtatctcataataagagttgctaataaacaaa
tcctttattttgctaaatcccctttccaatgatcatcttggatgattctc
acggtaacactggcatttagcaagctccccaattccgaaaatcctcagac
cttgaaactggattaggtttttgccaaactaaacaactaaactaagaata
tttgtcagctttcctttcaggttaatttttcccccagctttctcagtatg
ctgaatttaacaactaacctcgctcctggaccctcccagtacagcagatc
tccaaagccgttaccaaagggtagcaaacacacttttactgacaacaacc
gagagaagggaagcaattaccgtctcctctgtggcttaatatcaattggc
ttgttgatggcataaggtgatccgtgaacataagcgcttcggaatctagc
caccttccccagacctaggtgctcacagctggttggcagactcattgtat
cccaaatcaggaagtaaaagcaaatcttagtggccagctcagcattcctg
ggaaagctggaaagagcatgtcagataatggctttcagccatatgctgct
gctctggtcgctgggtgctgctttttcttcgagagtaaacgggtgtctcc
cggaggctacatgctgtaccttgttttctgttcatggatacggaagcttg
tttgcttgcttctaatcagagttgtgctccagccaattattggctgagca
gatgtaggagagattctgtggctcggcagaagcctgtttccactcggact
accctctgaggagacggcaggtttatccatttttatttagctctagagaa
tggcaacctaatgtactagtggctaaatagctagttgttaacattacttc
acgccacacatgtgataggcagagcataatcatacagattcatcgtctaa
cctgactataagaacttagaaatgtttggcgccatgattgaaaatggtac
cttttaatcataggatcaaacttgtgggttttc
gaattctaagtgataccttagaacttataagtgaaaattaaattcgatta
cgaatattttgattgagaaggaaatttgcaactagaaatcctagtgtgtg
cccacaatgtacgcaaattaagctttagttttttaggtctctctcagatt
gttaaaattatgcattctcaactactgactgtggaaacaaaaggagagaa
agaacgaaagaagaaagaaagaaacaaaaaggaaaacagaaaaccataag
ccaataatgtgggctatctcatgtctgtcacgtgcttcactacccaccct
gctctttcagctacggctattgaattgctactttaatgctgacgtcttca
gcagagagaaaatgtcttcaactctggggtgggggaaagggatgtggttc
agagtgctaaaaacgaaagaataactaataggaaagtaacaatgattttc
tcatttgccagagatttaattttccttttgtctgttttagccccttactc
actttctatctttctttactcatatcacacaaaattcgatggtgtctaac
ttcactccaatcttttaggcaatagttcaaaaatccttctaagccataag
ttaactagagtggtctgataatcacttgataggctattagattgtgtctc
ctatggtttgagaattatcgccctataaacatagcaaagacaacaggtta
gggatagtgtcttataaaatttgtactgcatatatacatggatacatgtg
tatctctctgtctctctctgtgtatgtatgtatatatatatatatatata
tatatatatatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_110371230_110372426
seq2: B6Ng01-119F12.b_48_1230 (reverse)

seq1  GAAAACCCACAAGTTTTGATCCTAATGATTAAAAAGTTACCCATTATCAT  50
      ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||   ||||| ||| 
seq2  GAAAACCCACAAG-TTTGATCCT-ATGATTAAAAGGT--ACCATTTTCAA  46

seq1  TTCCATGCGCCCATACCATTTTCTAAGTCTTTATAGTCAGTTTAGGACGA  100
      |  ||||   ||| ||   |||||||||  |||||||||| ||| |||||
seq2  T--CATGGCGCCAAAC--ATTTCTAAGTTCTTATAGTCAGGTTA-GACGA  91

seq1  TGGATCTGTAATTGATTATGCTCTGCCTATCACATGTGT-GCGTGAAGTA  149
      || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAATCTGTA--TGATTATGCTCTGCCTATCACATGTGTGGCGTGAAGTA  139

seq1  TATGTTAACAACTAGCTATTTAGCCACTAGTACATTAGGTTGCCATTCTC  199
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATGTTAACAACTAGCTATTTAGCCACTAGTACATTAGGTTGCCATTCTC  188

seq1  TTAGACCTAAATAAAAATGGATTAAAACCTGCCGTCTCCTCAGAGGGTAG  249
       |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGAGCTAAATAAAAATGGAT--AAACCTGCCGTCTCCTCAGAGGGTAG  235

seq1  TTCCGAGTGGAAACAGGCTTCTGCCGAGCCACAGAATCTCTCCTACATCT  299
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCCGAGTGGAAACAGGCTTCTGCCGAGCCACAGAATCTCTCCTACATCT  284

seq1  GCTCAGCCAATAATTGGCTGGAGCACAACTCTGATTAGAAGCAAGC-AAC  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTCAGCCAATAATTGGCTGGAGCACAACTCTGATTAGAAGCAAGCAAAC  334

seq1  AAGCTTCCGTATCCATGAACAGAAAACAAGGTACAGCATGTAGCCTCCGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCCGTATCCATGAACAGAAAACAAGGTACAGCATGTAGCCTCCGG  384

seq1  GAGACACCCGTTTACTCTCGAAGAAAAAGCAGCACCCAGCGACCAGAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACCCGTTTACTCTCGAAGAAAAAGCAGCACCCAGCGACCAGAGCA  434

seq1  GCAGCATATGGCTGAAAGCCATTATCTGACATGCTCTTTCCAGCTTTCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATATGGCTGAAAGCCATTATCTGACATGCTCTTTCCAGCTTTCCC  484

seq1  AGGAATGCTGAGCTGGCCACTAAGATTTGCTTTTACTTCCTGATTTGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCTGAGCTGGCCACTAAGATTTGCTTTTACTTCCTGATTTGGGA  534

seq1  TACAATGAGTCTGCCAACCAGCTGTGAGCACCTAGGTCTGGGGAAGGTGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGAGTCTGCCAACCAGCTGTGAGCACCTAGGTCTGGGGAAGGTGG  584

seq1  CTAGATTCCGAAGCGCTTATGTTCACGGATCACCTTATGCCATCAACAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTCCGAAGCGCTTATGTTCACGGATCACCTTATGCCATCAACAAG  634

seq1  CCAATTGATATTAAGCCACAGAGGAGACGGTAATTGCTTCCCTTCTCTCG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGATATTAAGCCACAGAGGAGACGGTAATTGCTTCCCTTCTCTCG  684

seq1  GTTGTTGTCAGTAAAAGTGTGTTTGCTACCCTTTGGTAACGGCTTTGGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTCAGTAAAAGTGTGTTTGCTACCCTTTGGTAACGGCTTTGGAG  734

seq1  ATCTGCTGTACTGGGAGGGTCCAGGAGCGAGGTTAGTTGTTAAATTCAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTGTACTGGGAGGGTCCAGGAGCGAGGTTAGTTGTTAAATTCAGC  784

seq1  ATACTGAGAAAGCTGGGGGAAAAATTAACCTGAAAGGAAAGCTGACAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGAAAGCTGGGGGAAAAATTAACCTGAAAGGAAAGCTGACAAAT  834

seq1  ATTCTTAGTTTAGTTGTTTAGTTTGGCAAAAACCTAATCCAGTTTCAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAGTTTAGTTGTTTAGTTTGGCAAAAACCTAATCCAGTTTCAAGG  884

seq1  TCTGAGGATTTTCGGAATTGGGGAGCTTGCTAAATGCCAGTGTTACCGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGATTTTCGGAATTGGGGAGCTTGCTAAATGCCAGTGTTACCGTG  934

seq1  AGAATCATCCAAGATGATCATTGGAAAGGGGATTTAGCAAAATAAAGGAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCATCCAAGATGATCATTGGAAAGGGGATTTAGCAAAATAAAGGAT  984

seq1  TTGTTTATTAGCAACTCTTATTATGAGATACCCAATAGCTTCGTCTCTGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATTAGCAACTCTTATTATGAGATACCCAATAGCTTCGTCTCTGT  1034

seq1  ACTTAATGCCTGCACCCTGTAATAAGCATGTGAGAGTACCACAGGAAGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATGCCTGCACCCTGTAATAAGCATGTGAGAGTACCACAGGAAGCA  1084

seq1  CACATGTTCATGTGCACACTCCAGAAGAGAGCAATAGATTGATTGTTTTT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTTCATGTGCACACTCCAGAAGAGAGCAATAGATTGATTGTTTTT  1134

seq1  TTTTCCCTTATCTTGAAGTTGTGATTTCTAGATCTGAGTTCCAGAATTC  1197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTTATCTTGAAGTTGTGATTTCTAGATCTGAGTTCCAGAATTC  1183

seq1: chr13_110236867_110237680
seq2: B6Ng01-119F12.g_69_882

seq1  GAATTCTAAGTGATACCTTAGAACTTATAAGTGAAAATTAAATTCGATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGTGATACCTTAGAACTTATAAGTGAAAATTAAATTCGATTA  50

seq1  CGAATATTTTGATTGAGAAGGAAATTTGCAACTAGAAATCCTAGTGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATATTTTGATTGAGAAGGAAATTTGCAACTAGAAATCCTAGTGTGTG  100

seq1  CCCACAATGTACGCAAATTAAGCTTTAGTTTTTTAGGTCTCTCTCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAATGTACGCAAATTAAGCTTTAGTTTTTTAGGTCTCTCTCAGATT  150

seq1  GTTAAAATTATGCATTCTCAACTACTGACTGTGGAAACAAAAGGAGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATTATGCATTCTCAACTACTGACTGTGGAAACAAAAGGAGAGAA  200

seq1  AGAACGAAAGAAGAAAGAAAGAAACAAAAAGGAAAACAGAAAACCATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAAAGAAGAAAGAAAGAAACAAAAAGGAAAACAGAAAACCATAAG  250

seq1  CCAATAATGTGGGCTATCTCATGTCTGTCACGTGCTTCACTACCCACCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAATGTGGGCTATCTCATGTCTGTCACGTGCTTCACTACCCACCCT  300

seq1  GCTCTTTCAGCTACGGCTATTGAATTGCTACTTTAATGCTGACGTCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTCAGCTACGGCTATTGAATTGCTACTTTAATGCTGACGTCTTCA  350

seq1  GCAGAGAGAAAATGTCTTCAACTCTGGGGTGGGGGAAAGGGATGTGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGAAAATGTCTTCAACTCTGGGGTGGGGGAAAGGGATGTGGTTC  400

seq1  AGAGTGCTAAAAACGAAAGAATAACTAATAGGAAAGTAACAATGATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTAAAAACGAAAGAATAACTAATAGGAAAGTAACAATGATTTTC  450

seq1  TCATTTGCCAGAGATTTAATTTTCCTTTTGTCTGTTTTAGCCCCTTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGCCAGAGATTTAATTTTCCTTTTGTCTGTTTTAGCCCCTTACTC  500

seq1  ACTTTCTATCTTTCTTTACTCATATCACACAAAATTCGATGGTGTCTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTATCTTTCTTTACTCATATCACACAAAATTCGATGGTGTCTAAC  550

seq1  TTCACTCCAATCTTTTAGGCAATAGTTCAAAAATCCTTCTAAGCCATAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCCAATCTTTTAGGCAATAGTTCAAAAATCCTTCTAAGCCATAAG  600

seq1  TTAACTAGAGTGGTCTGATAATCACTTGATAGGCTATTAGATTGTGTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGAGTGGTCTGATAATCACTTGATAGGCTATTAGATTGTGTCTC  650

seq1  CTATGGTTTGAGAATTATCGCCCTATAAACATAGCAAAGACAACAGGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTTGAGAATTATCGCCCTATAAACATAGCAAAGACAACAGGTTA  700

seq1  GGGATAGTGTCTTATAAAATTTGTACTGCATATATACATGGATACATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGTGTCTTATAAAATTTGTACTGCATATATACATGGATACATGTG  750

seq1  TATCTCTCTGTCTCTCTCTGTGTATGTATGTATATATATATATATATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTCTGTCTCTCTCTGTGTATGTATGTATATATATATATATATATA  800

seq1  TATATATATATATG  814
      ||||||||||||||
seq2  TATATATATATATG  814