BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119I15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 110,438,277 - 110,539,669
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4d
Upstream geneEG668144, LOC621663, LOC100040968
Downstream geneLOC100040577, Rab3c, EG432803, 9830130M13Rik, Plk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119I15.bB6Ng01-119I15.g
ACCDH923726DH923727
length1,148770
definitionDH923726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119I15, 5' end.DH923727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119I15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,538,513 - 110,539,669)(110,438,277 - 110,439,046)
sequence
gaattcaaggccagcatgtattacacagatcagtcaatcaatcaatagat
aaggtggggggagagaaagaaacttgtatgttaaatgttaaaacaaattc
ccctggagatgggttagaaacacatagaaataagacattcgtaagatagt
ttgtccaactgcacttttctctctgatttaagacaaatgtttctcttctt
atatcttctaaggttttgggaaatgcttttactttgtcagtggaagctgg
gatagtagaacacatgcctcaaacactttgttaatttgaaagcttgcagt
gcattgcaataaaaccagccatcgtgacaacagctcacagtattaatgcc
ttcacctggacgtttattttgaccatgttaaaggcaattaaaacattggg
tttgtaattaaattaaaaatataaaatatatgttagctaatatattaaat
tgcgtagtttggagactaaaagatcaagcttagtttgcattttgacatta
ctcatttttatgagtctgtaataaaatagctccgttattgaaaaaaaaaa
gtaggaaaaaaaaagacttaacaagatagaaagaaataaagtatgaaaaa
tgttagcttggtagccagtgtcctttgcatactttgccaccaggcttcta
gaaatcataaagatctgtgtcactctgcactaacattgcacagtgacaat
aataccagtggtcagctacagaagcagaagagtgggccacctagactgta
cctgagactgtgtgactttggatgacaataaaggatctgggaaaccaggt
gtcctcaggtgaacctgatgtcacggctcccctcccccacccagtaagct
gcgtctcacatggctggtcttgcttcaatcttcaggatataaataaaata
aatacatttacatagagcttttcaagctcagttcatggtgcttctgatgt
ctcaattttatttacgagactccctttgcccaaagaaatcgccgaaagtt
ccaatgaataagtagtaggtccaaacattcataggttccccttaacactc
agacccgttagcactgtaaagctttctactgcgaaaggagacttttctag
tcaattgctttttattcatcaatccgcgaaacccagttttattaagac
gaattccacctcaaacaaaacaaacaactcagaacgtaaggctttttggg
cgtttattaaatgtcttgagtatgcatttttagccgtctgtgtacccaga
cacttaatattgagtataatttgagacgaaagctgcatagcctgcccttt
aatatggtcagttcatgatagttatcattattcaaaagaataagctataa
tatctgtgtgtatgtatgcacctgtgtagcgtgtatgtgtggatgtgggt
gtgtagatgtgcacacatgcacatggaggccaaaggcctacatcaagtat
tttatttcattgctctccatcttgtctttggaggtgaggtccctcactga
acccggtgactactggttgctttgactggctgcccagcaagtttcaagac
ctgcctgtcactgcccctgcccttccccctccccgccagccctgggacta
ctgcaatgcacaaccacacccagctttttattttccacatcaggtctggg
gatctgaactcaggcccccaggcttgtgcatcaggcactttactgacaga
gcccattcccgcattgctttaaagttcatgctattcaacaggggttaaac
actataacatttgtttatggaacaagactaattttctacttttctatttt
taactgtcatacatccctttggagttgatcaaagccatgccatttataca
cacatatgaatgtgttatgtgtatttggatatagtccatatggtatatat
gaatatttatataactgttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_110538513_110539669
seq2: B6Ng01-119I15.b_42_1189 (reverse)

seq1  GTCTTTATAAAACTGGGTTTTCAGCGATTGATGGATAAAAAGCAATTG-C  49
      ||||| ||||||||||| ||||   |||||||| |||||||||||||| |
seq2  GTCTTAATAAAACTGGG-TTTCGCGGATTGATGAATAAAAAGCAATTGAC  49

seq1  TAAAGAAAAGTCTCCTTTCGCAGTAGGAAGCTGTACAGTGCTAAACGGGT  99
      |  ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  T--AGAAAAGTCTCCTTTCGCAGTAGAAAGCTTTACAGTGCT-AACGGGT  96

seq1  CCTGAGTTGTTAGGGGGAACCTTATGAAATTGTTTGGACCTAACTACTTA  149
       ||||| ||||| |||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  -CTGAG-TGTTAAGGGGAACC-TATGAA--TGTTTGGACCT-ACTACTTA  140

seq1  TTCATTGGAACTATCGGCGATTTCTTTGGGCAAAGGGAGTCTCGTAAATA  199
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGGAACTTTCGGCGATTTCTTTGGGCAAAGGGAGTCTCGTAAATA  190

seq1  AAATTGAGACATCAGAAGCACCATGAACTGAGCTTGAAAAGCTCTATGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAGACATCAGAAGCACCATGAACTGAGCTTGAAAAGCTCTATGTA  240

seq1  AATGTATTTATTTTATTTATATCCTGAAGATTGAAGCAAGACCAGCCATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATTTATTTTATTTATATCCTGAAGATTGAAGCAAGACCAGCCATG  290

seq1  TGAGACGCAGCTTACTGGGTGGGGGAGGGGAGCCGTGACATCAGGTTCAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACGCAGCTTACTGGGTGGGGGAGGGGAGCCGTGACATCAGGTTCAC  340

seq1  CTGAGGACACCTGGTTTCCCAGATCCTTTATTGTCATCCAAAGTCACACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACACCTGGTTTCCCAGATCCTTTATTGTCATCCAAAGTCACACA  390

seq1  GTCTCAGGTACAGTCTAGGTGGCCCACTCTTCTGCTTCTGTAGCTGACCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGGTACAGTCTAGGTGGCCCACTCTTCTGCTTCTGTAGCTGACCA  440

seq1  CTGGTATTATTGTCACTGTGCAATGTTAGTGCAGAGTGACACAGATCTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATTATTGTCACTGTGCAATGTTAGTGCAGAGTGACACAGATCTTT  490

seq1  ATGATTTCTAGAAGCCTGGTGGCAAAGTATGCAAAGGACACTGGCTACCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTCTAGAAGCCTGGTGGCAAAGTATGCAAAGGACACTGGCTACCA  540

seq1  AGCTAACATTTTTCATACTTTATTTCTTTCTATCTTGTTAAGTCTTTTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACATTTTTCATACTTTATTTCTTTCTATCTTGTTAAGTCTTTTTT  590

seq1  TTTCCTACTTTTTTTTTTCAATAACGGAGCTATTTTATTACAGACTCATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTTTTTTTTTTCAATAACGGAGCTATTTTATTACAGACTCATA  640

seq1  AAAATGAGTAATGTCAAAATGCAAACTAAGCTTGATCTTTTAGTCTCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAGTAATGTCAAAATGCAAACTAAGCTTGATCTTTTAGTCTCCAA  690

seq1  ACTACGCAATTTAATATATTAGCTAACATATATTTTATATTTTTAATTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACGCAATTTAATATATTAGCTAACATATATTTTATATTTTTAATTTA  740

seq1  ATTACAAACCCAATGTTTTAATTGCCTTTAACATGGTCAAAATAAACGTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAACCCAATGTTTTAATTGCCTTTAACATGGTCAAAATAAACGTC  790

seq1  CAGGTGAAGGCATTAATACTGTGAGCTGTTGTCACGATGGCTGGTTTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAGGCATTAATACTGTGAGCTGTTGTCACGATGGCTGGTTTTAT  840

seq1  TGCAATGCACTGCAAGCTTTCAAATTAACAAAGTGTTTGAGGCATGTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGCACTGCAAGCTTTCAAATTAACAAAGTGTTTGAGGCATGTGTT  890

seq1  CTACTATCCCAGCTTCCACTGACAAAGTAAAAGCATTTCCCAAAACCTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATCCCAGCTTCCACTGACAAAGTAAAAGCATTTCCCAAAACCTTA  940

seq1  GAAGATATAAGAAGAGAAACATTTGTCTTAAATCAGAGAGAAAAGTGCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATATAAGAAGAGAAACATTTGTCTTAAATCAGAGAGAAAAGTGCAG  990

seq1  TTGGACAAACTATCTTACGAATGTCTTATTTCTATGTGTTTCTAACCCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAAACTATCTTACGAATGTCTTATTTCTATGTGTTTCTAACCCAT  1040

seq1  CTCCAGGGGAATTTGTTTTAACATTTAACATACAAGTTTCTTTCTCTCCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGGGAATTTGTTTTAACATTTAACATACAAGTTTCTTTCTCTCCC  1090

seq1  CCCACCTTATCTATTGATTGATTGACTGATCTGTGTAATACATGCTGGCC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTATCTATTGATTGATTGACTGATCTGTGTAATACATGCTGGCC  1140

seq1  TTGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1148

seq1: chr13_110438277_110439046
seq2: B6Ng01-119I15.g_64_833

seq1  GAATTCCACCTCAAACAAAACAAACAACTCAGAACGTAAGGCTTTTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTCAAACAAAACAAACAACTCAGAACGTAAGGCTTTTTGGG  50

seq1  CGTTTATTAAATGTCTTGAGTATGCATTTTTAGCCGTCTGTGTACCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTATTAAATGTCTTGAGTATGCATTTTTAGCCGTCTGTGTACCCAGA  100

seq1  CACTTAATATTGAGTATAATTTGAGACGAAAGCTGCATAGCCTGCCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAATATTGAGTATAATTTGAGACGAAAGCTGCATAGCCTGCCCTTT  150

seq1  AATATGGTCAGTTCATGATAGTTATCATTATTCAAAAGAATAAGCTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTCAGTTCATGATAGTTATCATTATTCAAAAGAATAAGCTATAA  200

seq1  TATCTGTGTGTATGTATGCACCTGTGTAGCGTGTATGTGTGGATGTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTGTGTATGTATGCACCTGTGTAGCGTGTATGTGTGGATGTGGGT  250

seq1  GTGTAGATGTGCACACATGCACATGGAGGCCAAAGGCCTACATCAAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGATGTGCACACATGCACATGGAGGCCAAAGGCCTACATCAAGTAT  300

seq1  TTTATTTCATTGCTCTCCATCTTGTCTTTGGAGGTGAGGTCCCTCACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCATTGCTCTCCATCTTGTCTTTGGAGGTGAGGTCCCTCACTGA  350

seq1  ACCCGGTGACTACTGGTTGCTTTGACTGGCTGCCCAGCAAGTTTCAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGTGACTACTGGTTGCTTTGACTGGCTGCCCAGCAAGTTTCAAGAC  400

seq1  CTGCCTGTCACTGCCCCTGCCCTTCCCCCTCCCCGCCAGCCCTGGGACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTCACTGCCCCTGCCCTTCCCCCTCCCCGCCAGCCCTGGGACTA  450

seq1  CTGCAATGCACAACCACACCCAGCTTTTTATTTTCCACATCAGGTCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATGCACAACCACACCCAGCTTTTTATTTTCCACATCAGGTCTGGG  500

seq1  GATCTGAACTCAGGCCCCCAGGCTTGTGCATCAGGCACTTTACTGACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAACTCAGGCCCCCAGGCTTGTGCATCAGGCACTTTACTGACAGA  550

seq1  GCCCATCCCCGCATTGCTTTAAAGTTCATGCTATTCAACAGGGGTTAAAC  600
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTCCCGCATTGCTTTAAAGTTCATGCTATTCAACAGGGGTTAAAC  600

seq1  ACTATAACATTTGTTTATGGAACAAGACTAATTTTCTACTTTTCTA-TTT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTATAACATTTGTTTATGGAACAAGACTAATTTTCTACTTTTCTATTTT  650

seq1  TAACTGTCATACATCCCTTTGGAGTTGATCAAAGCCATGCCATTTATACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCATACATCCCTTTGGAGTTGATCAAAGCCATGCCATTTATACA  700

seq1  CACATATGAATGTGTTATGTGTATTTGGATATAGTCCATATGGTTATATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACATATGAATGTGTTATGTGTATTTGGATATAGTCCATATGG-TATATA  749

seq1  TGTATATTTATATAACTGTTC  770
      || ||||||||||||||||||
seq2  TGAATATTTATATAACTGTTC  770