BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122L09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 55,611,539 - 55,785,322
singlet/doubletdoublet
Overlap genePdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46
Upstream gene4732471D19Rik, 4833439L19Rik, Arl10, D13Wsu177e, Higd2a, Cltb, Ubxd8, Rn4.5s-ps3, Rnf44, BC040758, Gprin1, Sncb, Eif4e1b, Tspan17, Unc5a, Hk3, Uimc1, LOC622707, Zfp346, Fgfr4, Nsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6, Prr7, Dbn1
Downstream geneB230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1, H2afy, BC027057, Neurog1, Cxcl14, LOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122L09.bB6Ng01-122L09.g
ACCDH926066DH926067
length9961,097
definitionDH926066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122L09, 5' end.DH926067|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,611,539 - 55,612,539)(55,784,226 - 55,785,322)
sequence
gaattccagagtggtcaagactacacagagagaccctgcctcaaaaaact
agtaaaattaattaattagataaaatcaggggaagcaaaacaagactctg
gggtgccaggcatggtatacgtgtgatgctaacactcaggcaggctaggc
agaaggactggcagctcaaggcaagatgccccctcattccgtggctgttt
ggggtctgtatgtcccctctcacctttgtttcactccaaagagcccctaa
taatggggacggggaagtgacactgtaaaagggaaatgacctagtcacag
gcatggtgagtcagcacatggagacctgggttagccactccttcctatac
aggctgcttcctgagaggtgtggggcaagaccaaggtggggggtcctggg
aggaggagccactggctccctgaaaaggggtggagacatgagggaccact
tctctcgtggggtactcaaaatgtgagggctaagctggtggtcagagcac
cacagggaaagagaggctagtgagattaaggaggggaaaagccaggggac
tggacagtgttatgggtgtgggtgagtcagcctgggagctccactgagca
gcccaacccccaaatcccagacattacctcatcttccaggcctgggccca
cagccagccctagcccctccttcctccctccactctggggtcaggggagg
gatagcgggctggcccaatttagaaaagaccaccccacccatcaggccta
actcactccagggcagactcagcggtggctccacccacaggttaaagctg
ctgacaaaggaggccaggggccagcagggccagcagagtgccctctaaag
gcacatcttgcagggctttccttaccaatgaagaaaacttaagacttcac
tacactggtcagcactttctcaaaggggaggaagaaacccgtaggatgta
cgcgtgggggaagggtctagatagcccttagtcatcctgctggttg
gaattctctacagaaacaaagcatcatccttcaggtcttcacagcaaaca
ctggctgtgctggaactctctgttctccgctgaagatttcaatcagactc
tgggggagagaagatactttctttgtgcctggggagcagctctggctcat
tcccacatgagacagtctgaggtcagtggaggggaaggctgactcacaag
ccttcaggagatcaaggtcccctcccttgctccataaggatcatgtaaga
ggagactcctcaatactgcagctgcctttcggcaacctatgctcctgtac
gtagcagtgaatttgttaaaccactctggcttccagtgagtccagtgtgt
cctgcacccagccaggagccttttggattcttgaaagagacacatacacc
agctaaccttgataaccttgactagctcaatggctgggcaccgagttgtc
ttatctttgctgccctgttgcctctggggagtccagcacccccaccccca
cccctggaccactttcccttcccagctacattgctaatttttcttctgca
gctcttaaatctcatccctctctcagtcccttgcccatgcaatctaaaag
tcccgctttgtcaatggctgtacagcaattctttattatcaatcaaagcc
agctcggggcagggaccctcaggtctggaagcacagctttttgggagcca
aaatcagacacagcattagaaccaatttccaacacctgtacggagccaac
cacctgcgggccaacaagcttgtttgctgtccctacagtttcttcttcca
aagcagcatgcagatagcaaaaaagcccaaaactaaaaccaaaacaaaca
aaacacctcaaaacaaacaaaaacaacagcaaataaaaacagtattagca
tggtcttttttctgccaggatgtgttgctaggaacccagcacctcacaat
gctgggccctacacagactccatttccagccctgcagtgcataatcctaa
tcggaagcaaaggtgaacatcatgctaacacaggacttgagtgacaaaca
cacctgaacctaaaggttgccctcttttcaaggttattcgccttgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_55611539_55612539
seq2: B6Ng01-122L09.b_50_1045

seq1  GAATTCCAGAGTGGTCAAGACTACACAGAGAGACCCTGCCTCAAAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAGTGGTCAAGACTACACAGAGAGACCCTGCCTCAAAAAACT  50

seq1  AGTAAAATTAATTAATTAGATAAAATCAGGGGAAGCAAAACAAGACTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATTAATTAATTAGATAAAATCAGGGGAAGCAAAACAAGACTCTG  100

seq1  GGGTGCCAGGCATGGTATACGTGTGATGCTAACACTCAGGCAGGCTAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCAGGCATGGTATACGTGTGATGCTAACACTCAGGCAGGCTAGGC  150

seq1  AGAAGGACTGGCAGCTCAAGGCAAGATGCCCCCTCATTCCGTGGCTGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACTGGCAGCTCAAGGCAAGATGCCCCCTCATTCCGTGGCTGTTT  200

seq1  GGGGTCTGTATGTCCCCTCTCACCTTTGTTTCACTCCAAAGAGCCCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTGTATGTCCCCTCTCACCTTTGTTTCACTCCAAAGAGCCCCTAA  250

seq1  TAATGGGGACGGGGAAGTGACACTGTAAAAGGGAAATGACCTAGTCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGGACGGGGAAGTGACACTGTAAAAGGGAAATGACCTAGTCACAG  300

seq1  GCATGGTGAGTCAGCACATGGAGACCTGGGTTAGCCACTCCTTCCTATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTGAGTCAGCACATGGAGACCTGGGTTAGCCACTCCTTCCTATAC  350

seq1  AGGCTGCTTCCTGAGAGGTGTGGGGCAAGACCAAGGTGGGGGGTCCTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCTTCCTGAGAGGTGTGGGGCAAGACCAAGGTGGGGGGTCCTGGG  400

seq1  AGGAGGAGCCACTGGCTCCCTGAAAAGGGGTGGAGACATGAGGGACCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGCCACTGGCTCCCTGAAAAGGGGTGGAGACATGAGGGACCACT  450

seq1  TCTCTCGTGGGGTACTCAAAATGTGAGGGCTAAGCTGGTGGTCAGAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCGTGGGGTACTCAAAATGTGAGGGCTAAGCTGGTGGTCAGAGCAC  500

seq1  CACAGGGAAAGAGAGGCTAGTGAGATTAAGGAGGGGAAAAGCCAGGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGAAAGAGAGGCTAGTGAGATTAAGGAGGGGAAAAGCCAGGGGAC  550

seq1  TGGACAGTGTTATGGGTGTGGGTGAGTCAGCCTGGGAGCTCCACTGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGTGTTATGGGTGTGGGTGAGTCAGCCTGGGAGCTCCACTGAGCA  600

seq1  GCCCAACCCCCAAATCCCAGACATTACCTCATCTTCCAGGCCTGGGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAACCCCCAAATCCCAGACATTACCTCATCTTCCAGGCCTGGGCCCA  650

seq1  CAGCCAGCCCTAGCCCCTCCTTCCTCCCTCCACTCTGGGGTCAGGGGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGCCCTAGCCCCTCCTTCCTCCCTCCACTCTGGGGTCAGGGGAGG  700

seq1  GATAGCGGGCTGGCCCAATTTAGAAAAGACCACCCCACCCATCAGGGCCT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATAGCGGGCTGGCCCAATTTAGAAAAGACCACCCCACCCATCA-GGCCT  749

seq1  AACTCACTCCAGGGCAGGACTCAGCGGGTGGCCCCACCCACAGGTTAAAG  800
      |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  AACTCACTCCAGGGCA-GACTCAGC-GGTGGCTCCACCCACAGGTTAAAG  797

seq1  CTGCTGACAAAGGAGGCCAGGGGCCAGCAGGGGCCAGCAGAGTGCCCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | 
seq2  CTGCTGACAAAGGAGGCCAGGGGCCAGCA-GGGCCAGCAGAGTGCCCTCT  846

seq1  AAAGGCAACATC-TGCAGGGCCTTCCTTACCAATGAAGAAAACTTAAGAC  899
      |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAGGC-ACATCTTGCAGGGCTTTCCTTACCAATGAAGAAAACTTAAGA-  894

seq1  CTACACTACACTGGCCAGCACTTTCCCAGAGGGGAGGAAGAAACCCGTAG  949
      || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTACACTGGTCAGCACTTTCTCAAAGGGGAGGAAGAAACCCGTAG  944

seq1  GATGTACGCGTGGGGGAAGGGTCTAGATAGCCCTTAGTCATCCTGCTGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACGCGTGGGGGAAGGGTCTAGATAGCCCTTAGTCATCCTGCTGGT  994

seq1  TG  1001
      ||
seq2  TG  996

seq1: chr13_55784226_55785322
seq2: B6Ng01-122L09.g_68_1164 (reverse)

seq1  TCCAAGGCG-ATACACATAGCAAGA-GGCAACCTTTAGGGCTCAGGTGTG  48
      ||||||||| |||  | |   |||| ||||||||||| || |||||||||
seq2  TCCAAGGCGAATAACCTTGAAAAGAGGGCAACCTTTA-GGTTCAGGTGTG  49

seq1  TTTTGTCACTCAAGTCCTGTGTTATGCATGATGTTCCACTTTGGCTTCCG  98
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||
seq2  -TTTGTCACTCAAGTCCTGTGTTA-GCATGATGTT-CACCTTTGCTTCCG  96

seq1  ATTAGGA-TATGCCACTGCAGGGCTGGAAATGGAAGTCTGTGGTAGAGCC  147
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||
seq2  ATTAGGATTATG-CACTGCAGGGCTGGAAATGG-AGTCTGT-GTAGGGCC  143

seq1  CAGCATTTGTGAGGTGCTGGGTTCCTAGCAACACAT-CTGGCAG-AAAAA  195
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CAGCA-TTGTGAGGTGCTGGGTTCCTAGCAACACATCCTGGCAGAAAAAA  192

seq1  GAACATGCTAATACTG-TTTTATTTGTTGTTGTTTTTGTTTGTTTTGGGG  244
      || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  GACCATGCTAATACTGTTTTTATTTGCTGTTGTTTTTGTTTGTTTTGAGG  242

seq1  TGTTTTGTTTG-TTTGGTTTTAGTTTTGGGCTTTTTTGCTATCTGCATGC  293
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTTTGTTTTGGTTTTAGTTTTGGGCTTTTTTGCTATCTGCATGC  292

seq1  TGCTTTGGAAGAAGGAACTGTAGGGACAGCAAACAAGCTTGTTGGCCCGC  343
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGAAGAAGAAACTGTAGGGACAGCAAACAAGCTTGTTGGCCCGC  342

seq1  AGGTGGTTGGCTCCGTACAGGTGTTGGAAATTGGTTCTAATGCTGTGTCT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTTGGCTCCGTACAGGTGTTGGAAATTGGTTCTAATGCTGTGTCT  392

seq1  GATTTTGGCTCCC-AAAAGCTGTGCTTCCAGACCTGAGGGTCCCTGCCCC  442
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGGCTCCCAAAAAGCTGTGCTTCCAGACCTGAGGGTCCCTGCCCC  442

seq1  GAGCTGGCTTTGATTGATAATAAAGAATTGCTGTACAGCCATTGACAAAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGCTTTGATTGATAATAAAGAATTGCTGTACAGCCATTGACAAAG  492

seq1  CGGGACTTTTAGATTGCATGGGCAAGGGACTGAGAGAGGGATGAGATTTA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACTTTTAGATTGCATGGGCAAGGGACTGAGAGAGGGATGAGATTTA  542

seq1  AGAGCTGCAGAAGAAAAATTAGCAATGTAGCTGGGAAGGGAAAGTGGTCC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCAGAAGAAAAATTAGCAATGTAGCTGGGAAGGGAAAGTGGTCC  592

seq1  AGGGGTGGGGGTGGGGGTGCTGGACTCCCCAGAGGCAACAGGGCAGCAAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGGGGTGGGGGTGCTGGACTCCCCAGAGGCAACAGGGCAGCAAA  642

seq1  GATAAGACAACTCGGTGCCCAGCCATTGAGCTAGTCAAGGTTATCAAGGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGACAACTCGGTGCCCAGCCATTGAGCTAGTCAAGGTTATCAAGGT  692

seq1  TAGCTGGTGTATGTGTCTCTTTCAAGAATCCAAAAGGCTCCTGGCTGGGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGTGTATGTGTCTCTTTCAAGAATCCAAAAGGCTCCTGGCTGGGT  742

seq1  GCAGGACACACTGGACTCACTGGAAGCCAGAGTGGTTTAACAAATTCACT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGACACACTGGACTCACTGGAAGCCAGAGTGGTTTAACAAATTCACT  792

seq1  GCTACGTACAGGAGCATAGGTTGCCGAAAGGCAGCTGCAGTATTGAGGAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACGTACAGGAGCATAGGTTGCCGAAAGGCAGCTGCAGTATTGAGGAG  842

seq1  TCTCCTCTTACATGATCCTTATGGAGCAAGGGAGGGGACCTTGATCTCCT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTACATGATCCTTATGGAGCAAGGGAGGGGACCTTGATCTCCT  892

seq1  GAAGGCTTGTGAGTCAGCCTTCCCCTCCACTGACCTCAGACTGTCTCATG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTGTGAGTCAGCCTTCCCCTCCACTGACCTCAGACTGTCTCATG  942

seq1  TGGGAATGAGCCAGAGCTGCTCCCCAGGCACAAAGAAAGTATCTTCTCTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATGAGCCAGAGCTGCTCCCCAGGCACAAAGAAAGTATCTTCTCTC  992

seq1  CCCCAGAGTCTGATTGAAATCTTCAGCGGAGAACAGAGAGTTCCAGCACA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGTCTGATTGAAATCTTCAGCGGAGAACAGAGAGTTCCAGCACA  1042

seq1  GCCAGTGTTTGCTGTGAAGACCTGAAGGATGATGCTTTGTTTCTGTAGAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGTTTGCTGTGAAGACCTGAAGGATGATGCTTTGTTTCTGTAGAG  1092

seq1  AATTC  1097
      |||||
seq2  AATTC  1097