BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127K19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 43,024,780 - 43,193,183
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhactr1
Upstream geneLOC100039272, Hivep1, Edn1, Hn1-ps4
Downstream geneTbc1d7, Gfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83, LOC100039432
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127K19.bB6Ng01-127K19.g
ACCDH929728DH929729
length1,141693
definitionDH929728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127K19, 5' end.DH929729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127K19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,192,046 - 43,193,183)(43,024,780 - 43,025,469)
sequence
gaattcatggaagttacctttagaagaaagatgactgtttaatagtcata
gtgtctaagtggcttgtgctttctagagagttgtaattatcactggccaa
tagagatactggtagccacaccactacatttcaatgagatagatggatat
gatcacacacacacacacacacacacacacacacacacacgagcgagcaa
gtgcatgagaaaacatagataagtgttttctgatattttcgtttccctca
tttgaagaccatgttacccaatgctaaatcctatcaatgttgattacttc
tcacacagccctgtatcattaccgcaacatcctccaggaagaatccaatc
taattatgcgaaagaacctatctatagtaatatgaaataataggcaagta
actaagcctaacgaaggttctctaagcctgatggccacaactctaatttg
agcaatagcatgcccatcttataggaaattcacagaagaaatgatttaat
atatatatcgtaaaatgcgtaggagcacggcgcccttatagcaggtgttc
aacaatgttacctgatactatgcagacttagtcatagatgaaacgcacat
tatattaaaacattactagaacacaaagctatgcctatgtacatatgtct
ttaataaccatatgtacaccattcaagaagcatcccagagtagcaatggg
gcatcactaccaaattcttgactacacaacagaaagtgtgcttgattgtc
tctgtagttaaccaaaccacaactcctctacatacaggtcttcaatccta
acccttgaatcaagcaaaacctccaagacttggctgagtgaaggagaggg
accgtacaagcaaacttagggacaaaacaggttgctatccactggctttt
tatgcagcaagttgctaagagacacaaagaaggaggtagcgatgggcaat
acacgtagccacagagactgtcctgcgaccagacgggcgggggctgctgc
tttctacctggtgggcttggggccaatctgctgtctgaggctccagccgg
ttcctcatcggtctgtctggggaggatggtccttttcttctagctctcgc
ttaaagggcccggtttgctgagtgatgggctaaggagtcct
gaattcccccttggatttgtaaacaaacataaagaacccaacaggagtaa
catggaccctgtaagcctgtggcagaggggccagtgttcattctggcccc
tatcccataattagctgtgaattaaatacaaaataaaaatgtacttggag
aatacctagtcttaaatcccagcaaggttcagctgggaggatttctctca
tcaccagtggagaaaacaggcagggtttatttttcttggataatcctaag
agtgtaattcctggcagtgtttaccacagagaaggaatcagcagcctcag
gggatgagggagcccgagccaggctcctgcagcattgccagacaacacct
gcaacccctcccccagacccccagaccccccagacctccagccctccagt
cccccgctgccctcatacttctgttccccttcgtgtgaaatggggtgcgg
gataagagtaccaggctcatttccagagtcctgagagaatctaggaagca
ggcatgtggaaatcgttcacagactcacaaacacaggggttttgtgattt
tataatcgcagcactggcttgttttggtccagaaggaggctgagggtgaa
ctttctcttctctcccggggtcttcctctccattgtgatgtgcaaggatg
cggggtggtgaacggcctgtgtggactcacaagggcctgaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_43192046_43193183
seq2: B6Ng01-127K19.b_47_1187 (reverse)

seq1  AGGACTCCTTAG-CCATCAAACTCAGCAA--CAGGCCCTCTAAGCGAGAG  47
      |||||||||||| |||||  |||||||||  | |||||| ||||||||||
seq2  AGGACTCCTTAGCCCATC--ACTCAGCAAACCGGGCCCTTTAAGCGAGAG  48

seq1  CTAGAAGAAAA-GAACATCCTCCCCAGACAGACGGATGAGGAA-CGGCTG  95
      ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  CTAGAAGAAAAGGACCATCCTCCCCAGACAGACCGATGAGGAACCGGCTG  98

seq1  GAG-CTCAGACAGCAGATTGGCACCAAGCTCACCAGGTAAGAAAGCAGCA  144
      ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GAGCCTCAGACAGCAGATTGGCCCCAAGCCCACCAGGT-AGAAAGCAGCA  147

seq1  G-CCCCGCCCGTCTGGTCGCAGGACAGTCTCTGTGGCTACGTGTATTGCC  193
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCGCCCGTCTGGTCGCAGGACAGTCTCTGTGGCTACGTGTATTGCC  197

seq1  CATCGCTAACCTCCTTCTTTGTGTCTCTTAGCAACTTGCTGCATAAAAAG  243
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGCT-ACCTCCTTCTTTGTGTCTCTTAGCAACTTGCTGCATAAAAAG  246

seq1  CCAGTGGATAGCAACCTGTTTTGTCCCTAAGTTTGCTTGTACGGTCCCTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGATAGCAACCTGTTTTGTCCCTAAGTTTGCTTGTACGGTCCCTC  296

seq1  TCCTTCACTCAGCCAAGTCTTGGAGGTTTTGCTTGATTCAAGGGTTAGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACTCAGCCAAGTCTTGGAGGTTTTGCTTGATTCAAGGGTTAGGA  346

seq1  TTGAAGACCTGTATGTAGAGGAGTTGTGGTTTGGTTAACTACAGAGACAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGACCTGTATGTAGAGGAGTTGTGGTTTGGTTAACTACAGAGACAA  396

seq1  TCAAGCACACTTTCTGTTGTGTAGTCAAGAATTTGGTAGTGATGCCCCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACACTTTCTGTTGTGTAGTCAAGAATTTGGTAGTGATGCCCCAT  446

seq1  TGCTACTCTGGGATGCTTCTTGAATGGTGTACATATGGTTATTAAAGACA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTCTGGGATGCTTCTTGAATGGTGTACATATGGTTATTAAAGACA  496

seq1  TATGTACATAGGCATAGCTTTGTGTTCTAGTAATGTTTTAATATAATGTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACATAGGCATAGCTTTGTGTTCTAGTAATGTTTTAATATAATGTG  546

seq1  CGTTTCATCTATGACTAAGTCTGCATAGTATCAGGTAACATTGTTGAACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCATCTATGACTAAGTCTGCATAGTATCAGGTAACATTGTTGAACA  596

seq1  CCTGCTATAAGGGCGCCGTGCTCCTACGCATTTTACGATATATATATTAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTATAAGGGCGCCGTGCTCCTACGCATTTTACGATATATATATTAA  646

seq1  ATCATTTCTTCTGTGAATTTCCTATAAGATGGGCATGCTATTGCTCAAAT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTTCTGTGAATTTCCTATAAGATGGGCATGCTATTGCTCAAAT  696

seq1  TAGAGTTGTGGCCATCAGGCTTAGAGAACCTTCGTTAGGCTTAGTTACTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTGTGGCCATCAGGCTTAGAGAACCTTCGTTAGGCTTAGTTACTT  746

seq1  GCCTATTATTTCATATTACTATAGATAGGTTCTTTCGCATAATTAGATTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTATTTCATATTACTATAGATAGGTTCTTTCGCATAATTAGATTG  796

seq1  GATTCTTCCTGGAGGATGTTGCGGTAATGATACAGGGCTGTGTGAGAAGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCCTGGAGGATGTTGCGGTAATGATACAGGGCTGTGTGAGAAGT  846

seq1  AATCAACATTGATAGGATTTAGCATTGGGTAACATGGTCTTCAAATGAGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACATTGATAGGATTTAGCATTGGGTAACATGGTCTTCAAATGAGG  896

seq1  GAAACGAAAATATCAGAAAACACTTATCTATGTTTTCTCATGCACTTGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGAAAATATCAGAAAACACTTATCTATGTTTTCTCATGCACTTGCT  946

seq1  CGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCATATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATCATATC  996

seq1  CATCTATCTCATTGAAATGTAGTGGTGTGGCTACCAGTATCTCTATTGGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATCTCATTGAAATGTAGTGGTGTGGCTACCAGTATCTCTATTGGC  1046

seq1  CAGTGATAATTACAACTCTCTAGAAAGCACAAGCCACTTAGACACTATGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATAATTACAACTCTCTAGAAAGCACAAGCCACTTAGACACTATGA  1096

seq1  CTATTAAACAGTCATCTTTCTTCTAAAGGTAACTTCCATGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAACAGTCATCTTTCTTCTAAAGGTAACTTCCATGAATTC  1141

seq1: chr13_43024780_43025469
seq2: B6Ng01-127K19.g_70_761

seq1  GAATTCCCCCTTGGATTTGTAAACAAACATAAAGAACCCAACAGGAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCTTGGATTTGTAAACAAACATAAAGAACCCAACAGGAGTAA  50

seq1  CATGGACCCTGTAAGCCTGTGGCAGAGGGGCCAGTGTTCATTCTGGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGACCCTGTAAGCCTGTGGCAGAGGGGCCAGTGTTCATTCTGGCCCC  100

seq1  TATCCCATAATTAGCTGTGAATTAAATACAAAATAAAAATGTACTTGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCATAATTAGCTGTGAATTAAATACAAAATAAAAATGTACTTGGAG  150

seq1  AATACCTAGTCTTAAATCCCAGCAAGGTTCAGCTGGGAGGATTTCTCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTAGTCTTAAATCCCAGCAAGGTTCAGCTGGGAGGATTTCTCTCA  200

seq1  TCACCAGTGGAGAAAACAGGCAGGGTTTATTTTTCTTGGATAATCCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGTGGAGAAAACAGGCAGGGTTTATTTTTCTTGGATAATCCTAAG  250

seq1  AGTGTAATTCCTGGCAGTGTTTACCACAGAGAAGGAATCAGCAGCCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAATTCCTGGCAGTGTTTACCACAGAGAAGGAATCAGCAGCCTCAG  300

seq1  GGGATGAGGGAGCCCGAGCCAGGCTCCTGCAGCATTGCCAGACAACACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAGGGAGCCCGAGCCAGGCTCCTGCAGCATTGCCAGACAACACCT  350

seq1  GCAACCCCTCCCCCAGACCCCCAGACCCCCCAGACCTCCAGCCCTCCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCCTCCCCCAGACCCCCAGACCCCCCAGACCTCCAGCCCTCCAGT  400

seq1  CCCCCGCTGCCCTCATACTTCTGTTCCCCTTCGTGTGAAATGGGGTGCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGCTGCCCTCATACTTCTGTTCCCCTTCGTGTGAAATGGGGTGCGG  450

seq1  GATAAGAGTACCAGGCTCATTTCCAGAGTCCTGAGAGAATCTAGGAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGTACCAGGCTCATTTCCAGAGTCCTGAGAGAATCTAGGAAGCA  500

seq1  GGCATGTGGAAATCGTTCACAGACTCACAAACACAGGGGTTTTGTGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTGGAAATCGTTCACAGACTCACAAACACAGGGGTTTTGTGATTT  550

seq1  TATAATCGCAGCACTGGCTTGTTTTGGTCCAGAAGGAGGCTGAGGGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCGCAGCACTGGCTTGTTTTGGTCCAGAAGGAGGCTGAGGGTGAA  600

seq1  CTTTCTCTTCTCTCCCGGGGTTCTCCTCTCCATTGTGATGTGCAAGGATG  650
      |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTTCTCTCCCGGGGTCTTCCTCTCCATTGTGATGTGCAAGGATG  650

seq1  CGGGGTGGTGAACGGGCTGTGT-GACTCAC-AGGGCCTGAAG  690
      ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CGGGGTGGTGAACGGCCTGTGTGGACTCACAAGGGCCTGAAG  692