BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128G04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 8,035,503 - 8,176,296
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382722
Upstream geneLOC667611, EG623516, LOC791083
Downstream geneAdarb2, EG666941, Wdr37, LOC100039632, Idi1, EG382723, LOC100039655, Idi2, Gtpbp4, LOC667721, Larp5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128G04.bB6Ng01-128G04.g
ACCDH930249DH930250
length1,107902
definitionDH930249|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128G04, 5' end.DH930250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,035,503 - 8,036,620)(8,175,476 - 8,176,296)
sequence
gaattcatatttctgtatatataacaagtgtaaaacttcacatattttat
tctatttttagttcagggtctcatgcatcccaggctttccctgagcttgt
tatgtagtcagacttaactcctgctttaaccacgcagacacggggattat
aagcatataccgttataagcatgtaccgttacattttccttattccctta
tgtggagttcttgtgttgcataatgactatggtatgtccactcattgaaa
attagtgggaataacagactaatacaaactactagatttttaggcagata
tcaagagcaataactgatgtcacaggattgaaacaaagttttaagaccat
gtctacatcaaatgtgctattgcctaccaaaacaaagcaaactgagggcc
tgctatagagaatatcaagacagctttgactccttcagaagtctctactg
cactaaccatatcattcattgtgtcttcaatgatctctgtccctctcata
tggaaagctctctcacctaaccagtgtccctcgtgactcactctatggtg
aacaaagtttacattttagtttctttcaaccacattacatgtcaatgtgt
ctcctgaaatcaacttctcgtgatgcagaaacatatgaattaaaagttag
taggattggagagatggatcagcatttaagaacatttgctgcttttgcag
aggatcatggttcagtttcagcacaaaactgtccatgattccagttacag
gagatccaattccttcttctggattcatggacatatgattcacgcacata
aaagtggtacaaatgcatacatccaggcaaaacacatatacacatccatt
aaaaataaatatgttttaaatttaaaaatagttaagcctctaaaaacata
tacatgcaccacacacacacaatatacagtatttggggaacaccatactt
gcaataacactcaaacctaatggaaatgtcccagtccccaaaactctgcc
aagcactgtgtcatagggactcagcaggatcccaagaaaactttgcactg
ctcatcaagtgtccctgccctcttctactctgtaaaaacatttcaagtct
gactcct

gaattctccccacactggggcatctatctagccttcataggaccaaggac
ctctcttcccattgatgcccaacaagaccatcctctgctacatatgcaac
tggagccatgggtccctccatgtgtactcactccttggttggtggcttag
tacctgggagttctgggggttctggttggttgatattgttgctcttccta
tgagtttgcaaaccccttcaactccttctaatttggatttttgttatatt
ttccttgcaaagtctactgtgtaaatgtgctttggggaaaaagacttgag
tataatattcaggtgtctggctggctggtttttgtggcttaaggacttaa
atacattagtcatattttctgcaatgaccaatggctaaataaaagggacc
ttgactttatgccaatgcctgtgttaacttgaccatatcaaggaatgatt
tcttatccccttcttcctgtatatgacttaagtaggaatggtggctcaga
ttatttttattctggcataatctatttcctgatatgaatcataaggtaat
tggcaagatgcatgtgtttttatgtaagattgtgtgtgtgtgttgtgctc
atgtatgtgttcatgtggaggccagaggttactatctgatatctatttca
atggcctcttaccttatttttttgaaagacagcctctcatagaccaagga
gctcattgactcagttacattagataacaagtaaggtgcttggatctgtt
tttgcctctccagcactcaactgtggctaccaacatatatcacccaaagc
ctttttttatgtggtgctggagactggaacttagtccccctaattgcaca
gcaacaagcactttactggctcagtcactcccccattaggacacctttgg
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_8035503_8036620
seq2: B6Ng01-128G04.b_43_1149

seq1  GAATTCATATTTCTGTATATATAACAAGTGTAAAACTTCACATATTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTTCTGTATATATAACAAGTGTAAAACTTCACATATTTTAT  50

seq1  TCTATTTTTAGTTCAGGGTCTCATGCATCCCAGGCTTTCCCTGAGCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTTAGTTCAGGGTCTCATGCATCCCAGGCTTTCCCTGAGCTTGT  100

seq1  TATGTAGTCAGACTTAACTCCTGCTTTAACCACGCAGACACGGGGATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGTCAGACTTAACTCCTGCTTTAACCACGCAGACACGGGGATTAT  150

seq1  AAGCATATACCGTTATAAGCATGTACCGTTACATTTTCCTTATTCCCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATATACCGTTATAAGCATGTACCGTTACATTTTCCTTATTCCCTTA  200

seq1  TGTGGAGTTCTTGTGTTGCATAATGACTATGGTATGTCCACTCATTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGTTCTTGTGTTGCATAATGACTATGGTATGTCCACTCATTGAAA  250

seq1  ATTAGTGGGAATAACAGACTAATACAAACTACTAGATTTTTAGGCAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGGGAATAACAGACTAATACAAACTACTAGATTTTTAGGCAGATA  300

seq1  TCAAGAGCAATAACTGATGTCACAGGATTGAAACAAAGTTTTAAGACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGCAATAACTGATGTCACAGGATTGAAACAAAGTTTTAAGACCAT  350

seq1  GTCTACATCAAATGTGCTATTGCCTACCAAAACAAAGCAAACTGAGGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACATCAAATGTGCTATTGCCTACCAAAACAAAGCAAACTGAGGGCC  400

seq1  TGCTATAGAGAATATCAAGACAGCTTTGACTCCTTCAGAAGTCTCTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGAGAATATCAAGACAGCTTTGACTCCTTCAGAAGTCTCTACTG  450

seq1  CACTAACCATATCATTCATTGTGTCTTCAATGATCTCTGTCCCTCTCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAACCATATCATTCATTGTGTCTTCAATGATCTCTGTCCCTCTCATA  500

seq1  TGGAAAGCTCTCTCACCTAACCAGTGTCCCTCGTGACTCACTCTATGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCTCTCTCACCTAACCAGTGTCCCTCGTGACTCACTCTATGGTG  550

seq1  AACAAAGTTTACATTTTAGTTTCTTTCAACCACATTACATGTCAATGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTTTACATTTTAGTTTCTTTCAACCACATTACATGTCAATGTGT  600

seq1  CTCCTGAAATCAACTTCTCGTGATGCAGAAACATATGAATTAAAAGTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAAATCAACTTCTCGTGATGCAGAAACATATGAATTAAAAGTTAG  650

seq1  TAGGATTGGAGAGATGGATCAGCATTTAAGAACATTTGCTGCTTTTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGGAGAGATGGATCAGCATTTAAGAACATTTGCTGCTTTTGCAG  700

seq1  AGGATCATGGTTCAGTTTCAGCACAAAACTGTCCATGATTCCAGTTACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCATGGTTCAGTTTCAGCACAAAACTGTCCATGATTCCAGTTACAG  750

seq1  GAGATCCAATTCCTTCTTCTGGATTCATGGACATATGATTCAGGCACATA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGATCCAATTCCTTCTTCTGGATTCATGGACATATGATTCACGCACATA  800

seq1  AAAGTGGTACAAATGCATACATCCAGGCAAAACACATATACACATCCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGTACAAATGCATACATCCAGGCAAAACACATATACACATCCATT  850

seq1  AAAAATAAATATGTTTTAAATTTAAAAATAGTTAAGCCTCTAAAAACATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAATATGTTTTAAATTTAAAAATAGTTAAGCCTCTAAAAACATA  900

seq1  TACATGCACCACACACACACAATATACAGTATTTGGGGAACACCATACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCACCACACACACACAATATACAGTATTTGGGGAACACCATACTT  950

seq1  GCAATAACACTCAAACCTAATGGAAATGTTCCCAGTCCCCCAAAACTCTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GCAATAACACTCAAACCTAATGGAAATG-TCCCAGT-CCCCAAAACTCTG  998

seq1  CCAAGGCACTGTTGTCATTAGGGGACTCAGCAGGGTTCCCAAGAAAACCT  1050
      |||| |||||| ||||||   ||||||||||| || ||||||||||| ||
seq2  CCAA-GCACTG-TGTCAT--AGGGACTCAGCA-GGATCCCAAGAAAA-CT  1042

seq1  TGGCACTGCTCCATCCAAGTGTCCCTGCACTCTTCTACTCTGT-AGAACA  1099
      | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||
seq2  TTGCACTGCT-CAT-CAAGTGTCCCTGCCCTCTTCTACTCTGTAAAAACA  1090

seq1  TTTCAAGTCCTTGACTCCT  1118
      |||||||||  ||||||||
seq2  TTTCAAGTC--TGACTCCT  1107


seq1: chr13_8175476_8176296
seq2: B6Ng01-128G04.g_93_912 (reverse)

seq1  GCAATTAGGGGGACCTAAGTTCAAGTCTCCAGCACCCACATAAAAAAAGG  50
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAATTAGGGGGA-CTAAGTTCCAGTCTCCAGCA-CCACATAAAAAAAGG  48

seq1  CTTTGGGTGATATATGTTGGTAGCCACAGTTGAGTGCTGGAGAGGCAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTGATATATGTTGGTAGCCACAGTTGAGTGCTGGAGAGGCAAAA  98

seq1  ACAGATCCAAGCACCTTACTTGTTATCTAATGTAACTGAGTCAATGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCCAAGCACCTTACTTGTTATCTAATGTAACTGAGTCAATGAGCT  148

seq1  CCTTGGTCTATGAGAGGCTGTCTTTC-AAAAAATAAGGTAAGAGGCCATT  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTCTATGAGAGGCTGTCTTTCAAAAAAATAAGGTAAGAGGCCATT  198

seq1  GAAATAGATATCAGATAGTAACCTCTGGCCTCCACATGAACACATACATG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGATATCAGATAGTAACCTCTGGCCTCCACATGAACACATACATG  248

seq1  AGCACAACACACACACACAATCTTACATAAAAACACATGCATCTTGCCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAACACACACACACAATCTTACATAAAAACACATGCATCTTGCCAA  298

seq1  TTACCTTATGATTCATATCAGGAAATAGATTATGCCAGAATAAAAATAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTATGATTCATATCAGGAAATAGATTATGCCAGAATAAAAATAAT  348

seq1  CTGAGCCACCATTCCTACTTAAGTCATATACAGGAAGAAGGGGATAAGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCACCATTCCTACTTAAGTCATATACAGGAAGAAGGGGATAAGAA  398

seq1  ATCATTCCTTGATATGGTCAAGTTAACACAGGCATTGGCATAAAGTCAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCCTTGATATGGTCAAGTTAACACAGGCATTGGCATAAAGTCAAG  448

seq1  GTCCCTTTTATTTAGCCATTGGTCATTGCAGAAAATATGACTAATGTATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTTTATTTAGCCATTGGTCATTGCAGAAAATATGACTAATGTATT  498

seq1  TAAGTCCTTAAGCCACAAAAACCAGCCAGCCAGACACCTGAATATTATAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTTAAGCCACAAAAACCAGCCAGCCAGACACCTGAATATTATAC  548

seq1  TCAAGTCTTTTTCCCCAAAGCACATTTACACAGTAGACTTTGCAAGGAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTTTTTCCCCAAAGCACATTTACACAGTAGACTTTGCAAGGAAA  598

seq1  ATATAACAAAAATCCAAATTAGAAGGAGTTGAAGGGGTTTGCAAACTCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACAAAAATCCAAATTAGAAGGAGTTGAAGGGGTTTGCAAACTCAT  648

seq1  AGGAAGAGCAACAATATCAACCAACCAGAACCCCCAGAACTCCCAGGTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGCAACAATATCAACCAACCAGAACCCCCAGAACTCCCAGGTAC  698

seq1  TAAGCCACCAACCAAGGAGTGAGTACACATGGAGGGACCCATGGCTCCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCACCAACCAAGGAGTGAGTACACATGGAGGGACCCATGGCTCCAG  748

seq1  TTGCATATGTAGCAGAGGATGGTCTTGTTGGGCATCAATGGGAAGAGAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATGTAGCAGAGGATGGTCTTGTTGGGCATCAATGGGAAGAGAGG  798

seq1  TCCTTGGTCCTATGAAGGCTAG  821
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGTCCTATGAAGGCTAG  820


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |