BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129N11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 95,590,057 - 95,729,034
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbca, Otp
Upstream geneArsb, Cycs-ps3, Lhfpl2, Scamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1
Downstream geneWdr41, Pde8b, Zbed3, Aggf1, Crhbp, S100z, F2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129N11.bB6Ng01-129N11.g
ACCDH931320DH931321
length1,122932
definitionDH931320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129N11, 5' end.DH931321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,727,903 - 95,729,034)(95,590,057 - 95,590,974)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggcctcaaactcagaaatctgcctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgcgccagaactgcccagct
ttttaaaaaaaatttttaaagatttatttatttattttatttatatgatt
acactgtagctattttcatgcacaccagaagagggccttggatcccatta
tagatggttgtaagccaccaagtggttgttcgttctatctgtcttatgtt
atatactcctatattacaatactctatctgtcctatgttatacacactcc
tatgttacagacactatgctatgttatacactcccctatattacacactc
tatctgtcctatgctatacatactcctatattgcacacactatctgtcct
atgttatacactctcctatattacacacactatctgccctatgttgtaca
tactcctatggtacacacactatctaccctatgttatacactctcctatg
ttacacacactatctgtcctatgttatacactctcctatgttacacacac
tatctatcctatgttatgcatacacctatggtacacacactatcctgtta
tacatattcctatattacacacactctattctatgctatgaatactctaa
tgattcacagtctctatctcatcttatgcatatttctacattacctattc
tcttatgaggaaaaatactgtttgtttaaaggaaagacaattctccataa
tatagattatttttaaaggataatattttgagccatatttcttgtatata
gttactattaaaatcagtaaaagaaaaaataaacagtaattattttttga
aggacaaatgaaggtagtgatcctgtattattttagtgagcagtgatgtc
cctagaaggctcccagggggcatcgtagccttgttttttcctaagtgctt
gtgctaacactgcaacagggacaggatccacattacaagaatgccttcct
ctaggtaatatgagataatgtatttgtctaattaatttatcttgagcaag
tatttccaatctgaaatagctatgaatttaaaaattttattggaaataaa
gcattttcaaatgaagtaactc
gaattccatgctcagattcttgtgagaagggccgaagccaacagcttttc
gtgtttgttgcaaggttactccactctgtggatgctgaggcttagatagc
gtaggtagagtttcccaggctcttgcacatagaaagtcttcttttcatca
tgtctgttcatatcacttggaagagctatgttttccataaaagagatgat
ggatgatagatatttggttatatttgcatgttcagttatctgtacacata
caggttagagtcatgtactatatagttactataattgtagttcctatgtc
tttcactctcagtgctataggtactgagttttttgggtaggccacagaac
gggatgtttgtcatagatatgtgctcatggcagacagatctttgtgaatt
ctaggccagactggtctacatactgagttccaggccttgagctcagacct
gggaagacctgcctggtaaatacctcatctgaaataggcaaaggagctat
gtagaacaattctttgcatgaagttgtggtgttcctaagtcccataggca
caaaatgtatctgttgttctactttgttagaagactttgtactttgacat
gctgacacatgctgttcatggtgtccacgacgtgactccagctatgacag
tgaagcctttgaagggttcagtgctaatgcagatcagtggcgtgtaaatg
atttacttagaataattagtggagtaagtggagaatgaatttaaactagt
acacacacttagtgatttagatagtatattttaaggttgggacaagaaac
tcttgaaggattccacatcctgggatcaccattttagagtattaagaaat
tcaactcttgaatttcaattaagtttagtagctgttataaagaaaaaaaa
ctgtttgtgttgtgttgtgtgatgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_95727903_95729034
seq2: B6Ng01-129N11.b_47_1168 (reverse)

seq1  GAGTTACTTCATTTGAAAATGCTTTATTTCAATAAAAATATTTTAAATTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||
seq2  GAGTTACTTCATTTGAAAATGCTTTATTTCCAATAAAAT-TTTTAAATTC  49

seq1  ATAGCTATTTCAGATTGGAAATACTTGCTCAAGATAACATAAATTAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| 
seq2  ATAGCTATTTCAGATTGGAAATACTTGCTCAAGATAA-ATTAATT-AGA-  96

seq1  CAAAATATCATTTATTCTCATATTTACCTTAGAGAAAGGCATTTCTTGTT  150
        ||||| ||||   ||||||| ||||| ||||| |||||| |||||| |
seq2  -CAAATA-CATT--ATCTCATA-TTACC-TAGAGGAAGGCA-TTCTTG-T  138

seq1  AATGTGGATCCTGT-CCTGTGTGCAGTGTTAGCACAAGCACTTAGG-AAA  198
      |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATGTGGATCCTGTCCCTGT-TGCAGTGTTAGCACAAGCACTTAGGAAAA  187

seq1  AACAAGGCTACGATGCCCCCTGGG-GGCTTCTAGGGACATCACTGCTCAC  247
      |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGCTACGATGCCCCCTGGGAGCCTTCTAGGGACATCACTGCTCAC  237

seq1  TAAAAT-ATACAGGATCACTACCTTCATTTGTCCTTCAAAAAATAATTAC  296
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATACAGGATCACTACCTTCATTTGTCCTTCAAAAAATAATTAC  287

seq1  TGTTTATTTTTTCTTTTTACTGATTTTAATAGTAACTATATACAAGAAAT  346
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTTTTTC-TTTTACTGATTTTAATAGTAACTATATACAAGAAAT  336

seq1  ATGGCTCAAAATATTATCCTTTAAAAATAATCTATATTATGGAGAATTGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAAAATATTATCCTTTAAAAATAATCTATATTATGGAGAATTGT  386

seq1  CTTTCCTTTAAACAAACAGTATTTTTCCTCATAAGAGAATAGGTAATGTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTTAAACAAACAGTATTTTTCCTCATAAGAGAATAGGTAATGTA  436

seq1  GAAATATGCATAAGATGAGATAGAGACTGTGAATCATTAGAGTATTCATA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATGCATAAGATGAGATAGAGACTGTGAATCATTAGAGTATTCATA  486

seq1  GCATAGAATAGAGTGTGTGTAATATAGGAATATGTATAACAGGATAGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGAATAGAGTGTGTGTAATATAGGAATATGTATAACAGGATAGTGT  536

seq1  GTGTACCATAGGTGTATGCATAACATAGGATAGATAGTGTGTGTAACATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCATAGGTGTATGCATAACATAGGATAGATAGTGTGTGTAACATA  586

seq1  GGAGAGTGTATAACATAGGACAGATAGTGTGTGTAACATAGGAGAGTGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTGTATAACATAGGACAGATAGTGTGTGTAACATAGGAGAGTGTA  636

seq1  TAACATAGGGTAGATAGTGTGTGTACCATAGGAGTATGTACAACATAGGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAGGGTAGATAGTGTGTGTACCATAGGAGTATGTACAACATAGGG  686

seq1  CAGATAGTGTGTGTAATATAGGAGAGTGTATAACATAGGACAGATAGTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGTGTGTGTAATATAGGAGAGTGTATAACATAGGACAGATAGTGT  736

seq1  GTGCAATATAGGAGTATGTATAGCATAGGACAGATAGAGTGTGTAATATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAATATAGGAGTATGTATAGCATAGGACAGATAGAGTGTGTAATATA  786

seq1  GGGGAGTGTATAACATAGCATAGTGTCTGTAACATAGGAGTGTGTATAAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTGTATAACATAGCATAGTGTCTGTAACATAGGAGTGTGTATAAC  836

seq1  ATAGGACAGATAGAGTATTGTAATATAGGAGTATATAACATAAGACAGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACAGATAGAGTATTGTAATATAGGAGTATATAACATAAGACAGAT  886

seq1  AGAACGAACAACCACTTGGTGGCTTACAACCATCTATAATGGGATCCAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAACAACCACTTGGTGGCTTACAACCATCTATAATGGGATCCAAG  936

seq1  GCCCTCTTCTGGTGTGCATGAAAATAGCTACAGTGTAATCATATAAATAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTTCTGGTGTGCATGAAAATAGCTACAGTGTAATCATATAAATAA  986

seq1  AATAAATAAATAAATCTTTAAAAATTTTTTTTAAAAAGCTGGGCAGTTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAATCTTTAAAAATTTTTTTTAAAAAGCTGGGCAGTTCT  1036

seq1  GGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTC  1086

seq1  TGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1122

seq1: chr13_95590057_95590974
seq2: B6Ng01-129N11.g_71_1002

seq1  GAATTCCATGCTCAGATTCTTGTGAGAAGGGCCGAAGCCAACAGCTTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTCAGATTCTTGTGAGAAGGGCCGAAGCCAACAGCTTTTC  50

seq1  GTGTTTGTTGCAAGGTTACTCCACTCTGTGGATGCTGAGGCTTAGATAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGTTGCAAGGTTACTCCACTCTGTGGATGCTGAGGCTTAGATAGC  100

seq1  GTAGGTAGAGTTTCCCAGGCTCTTGCACATAGAAAGTCTTCTTTTCATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTAGAGTTTCCCAGGCTCTTGCACATAGAAAGTCTTCTTTTCATCA  150

seq1  TGTCTGTTCATATCACTTGGAAGAGCTATGTTTTCCATAAAAGAGATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTCATATCACTTGGAAGAGCTATGTTTTCCATAAAAGAGATGAT  200

seq1  GGATGATAGATATTTGGTTATATTTGCATGTTCAGTTATCTGTACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATAGATATTTGGTTATATTTGCATGTTCAGTTATCTGTACACATA  250

seq1  CAGGTTAGAGTCATGTACTATATAGTTACTATAATTGTAGTTCCTATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAGAGTCATGTACTATATAGTTACTATAATTGTAGTTCCTATGTC  300

seq1  TTTCACTCTCAGTGCTATAGGTACTGAGTTTTTTGGGTAGGCCACAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCTCAGTGCTATAGGTACTGAGTTTTTTGGGTAGGCCACAGAAC  350

seq1  GGGATGTTTGTCATAGATATGTGCTCATGGCAGACAGATCTTTGTGAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTTTGTCATAGATATGTGCTCATGGCAGACAGATCTTTGTGAATT  400

seq1  CTAGGCCAGACTGGTCTACATACTGAGTTCCAGGCCTTGAGCTCAGACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCAGACTGGTCTACATACTGAGTTCCAGGCCTTGAGCTCAGACCT  450

seq1  GGGAAGACCTGCCTGGTAAATACCTCATCTGAAATAGGCAAAGGAGCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGACCTGCCTGGTAAATACCTCATCTGAAATAGGCAAAGGAGCTAT  500

seq1  GTAGAACAATTCTTTGCATGAAGTTGTGGTGTTCCTAAGTCCCATAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACAATTCTTTGCATGAAGTTGTGGTGTTCCTAAGTCCCATAGGCA  550

seq1  CAAAATGTATCTGTTGTTCTACTTTGTTAGAAGACTTTGTACTTTGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTATCTGTTGTTCTACTTTGTTAGAAGACTTTGTACTTTGACAT  600

seq1  GCTGACACATGCTGTTCATGGTGTCCACGACGTGACTCCAGCTATGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACACATGCTGTTCATGGTGTCCACGACGTGACTCCAGCTATGACAG  650

seq1  TGAAGCCTTTGAAGGGTTCAGTGCTAATGCAGATCAGTGGCGTGTAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCTTTGAAGGGTTCAGTGCTAATGCAGATCAGTGGCGTGTAAATG  700

seq1  ATTTACTTAGAATAATTAGTGGAGTAAGTGGAGAATGAATTTAAACTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTAGAATAATTAGTGGAGTAAGTGGAGAATGAATTTAAACTAGT  750

seq1  ACACACACTTAGTGAATTAGATAGTATATTTTAAGGTTGGGACAAGAAAC  800
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTTAGTGATTTAGATAGTATATTTTAAGGTTGGGACAAGAAAC  800

seq1  TCTTGAAGGATTCCACAGTCTGGGAATCACCAATTTTAGAGTAATTAAGA  850
      |||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||| 
seq2  TCTTGAAGGATTCCACATCCTGGG-ATCACC-ATTTTAGAGT-ATTAAG-  846

seq1  AAATTCAACTCTTGAATTTTCAAATCAGGTTTAGTAGCTGTTATAAAGAA  900
      |||||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAACTCTTGAATTT--CAATTAAGTTTAGTAGCTGTTATAAAGAA  894

seq1  AAAAAA-AGTGTGTG-TGTG------------------  918
      ||||||  || |||| ||||                  
seq2  AAAAAACTGTTTGTGTTGTGTTGTGTGATGTGTGTGTG  932