BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131B03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 47,075,423 - 47,130,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC544928, Nhlrc1, Tpmt
Upstream geneENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153, Kif13a
Downstream geneAof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2, 4931429P17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131B03.bB6Ng01-131B03.g
ACCDH932222DH932223
length897725
definitionDH932222|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131B03, 5' end.DH932223|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,075,423 - 47,076,320)(47,130,219 - 47,130,942)
sequence
gaattccttatctaatcaactggagacttggatcttaacggccaaactat
aaaactggggtgttctgtaagtatgaatccttacagaagccaaagccaaa
attccggccaagccggctgtcactcctgtgaggacctggatgccacttct
gctttcaaggggacgagggaaagcaaggccttctcctgagttcttgtctt
atggttacagccggtcacagagattagcaaagacaccagcttcatgctca
gcctccctgacacaaatgggaagggagttggggggaaggactggtctggg
aggggtgcttagcggatgaaggtgcttacagccaagtctgagtgagaacc
caagttaatcacccagacccacatggtagaagaagagaaccgactccctc
atgctgcacacatgggcacacactcacacaaatgaataagtcaatataag
atgtaaaataattgtttaaaaggcatgcattagggaaggaggggttttag
tctttccttttactggtttgaactctcgtgtgtcatggcttgctctagaa
aggctgtgttggagaattcagtggaaatgggctgggtgagccgactgact
tggctggagggagaaatggcacagggaattggcgggcactgactgcttaa
ctcaaaagcaacagagattgaggtctgtcatgataggatttctccaggag
ccacacgttgctagagatgcctcatacagtaatttgtggccttttgcttg
ctcatggtactgtttcttgggcctgtgggaaagtacatgacagttaactg
tgaaagactcattttttttctcctcctcctccccttctcctcctcctctg
agcctcctcttcttcctcctcctcctcatttttaacatctctcctct
agtctaggctaacgtagtgagatttgtctcaaaacaaaagatgattgatt
gatatgatatattaaagataaatggtagaattggagctaagcatatagat
gatagattggtacatagatgatagataatagctacattgatattagaaat
agatttatagatggtagaatatatatctgtgtgcatatactgtgatgcac
atgtgcaggttagaggatagcttgtaggagtccgttctctccttccacca
tgtaggctcagggattaaacccagcctgcctggcttagctgcaagcacct
taccctctgagccattgggctggcccccatccaggttttaaaagaaaaca
taaggtccagttaaagcctaatgaactttattgtgtttaatgtgtgtccc
ctatctccctggctttgtctgagtcccgtttccttaccttgatcatttaa
agacttcctaattaagtataaaaaacctgttctttgttgtttcattacag
agttcttcagggagcatttccttatactgctgcagcatatttgatcttcc
taggtaggaccgagtgctctctgtgtatctgcaccatcatgtgagtatgt
gggtgagtgtggcagcgagtgtttgtgtaagtgtgagtgtgactgggtga
ttcctttgcactttttgtgtgtgagtacgtgagcatgtgtatgtgagaga
gagagtgaatgggcatgtgtgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_47075423_47076320
seq2: B6Ng01-131B03.b_48_944

seq1  GAATTCCTTATCTAATCAACTGGAGACTTGGATCTTAACGGCCAAACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATCTAATCAACTGGAGACTTGGATCTTAACGGCCAAACTAT  50

seq1  AAAACTGGGGTGTTCTGTAAGTATGAATCCTTACAGAAGCCAAAGCCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGGGGTGTTCTGTAAGTATGAATCCTTACAGAAGCCAAAGCCAAA  100

seq1  ATTCCGGCCAAGCCGGCTGTCACTCCTGTGAGGACCTGGATGCCACTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGGCCAAGCCGGCTGTCACTCCTGTGAGGACCTGGATGCCACTTCT  150

seq1  GCTTTCAAGGGGACGAGGGAAAGCAAGGCCTTCTCCTGAGTTCTTGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAAGGGGACGAGGGAAAGCAAGGCCTTCTCCTGAGTTCTTGTCTT  200

seq1  ATGGTTACAGCCGGTCACAGAGATTAGCAAAGACACCAGCTTCATGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTACAGCCGGTCACAGAGATTAGCAAAGACACCAGCTTCATGCTCA  250

seq1  GCCTCCCTGACACAAATGGGAAGGGAGTTGGGGGGAAGGACTGGTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCTGACACAAATGGGAAGGGAGTTGGGGGGAAGGACTGGTCTGGG  300

seq1  AGGGGTGCTTAGCGGATGAAGGTGCTTACAGCCAAGTCTGAGTGAGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGCTTAGCGGATGAAGGTGCTTACAGCCAAGTCTGAGTGAGAACC  350

seq1  CAAGTTAATCACCCAGACCCACATGGTAGAAGAAGAGAACCGACTCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAATCACCCAGACCCACATGGTAGAAGAAGAGAACCGACTCCCTC  400

seq1  ATGCTGCACACATGGGCACACACTCACACAAATGAATAAGTCAATATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCACACATGGGCACACACTCACACAAATGAATAAGTCAATATAAG  450

seq1  ATGTAAAATAATTGTTTAAAAGGCATGCATTAGGGAAGGAGGGGTTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAATAATTGTTTAAAAGGCATGCATTAGGGAAGGAGGGGTTTTAG  500

seq1  TCTTTCCTTTTACTGGTTTGAACTCTCGTGTGTCATGGCTTGCTCTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTTTTACTGGTTTGAACTCTCGTGTGTCATGGCTTGCTCTAGAA  550

seq1  AGGCTGTGTTGGAGAATTCAGTGGAAATGGGCTGGGTGAGCCGACTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGTTGGAGAATTCAGTGGAAATGGGCTGGGTGAGCCGACTGACT  600

seq1  TGGCTGGAGGGAGAAATGGCACAGGGAATTGGCGGGCACTGACTGCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGAGGGAGAAATGGCACAGGGAATTGGCGGGCACTGACTGCTTAA  650

seq1  CTCAAAAGCAACAGAGATTGAGGTCTGTCATGATAGGATTTCTCCAGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGCAACAGAGATTGAGGTCTGTCATGATAGGATTTCTCCAGGAG  700

seq1  CCACACGTTGCTAGAGATGCCTCATACAGTAATTTGTGGCCTTTTGCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGTTGCTAGAGATGCCTCATACAGTAATTTGTGGCCTTTTGCTTG  750

seq1  CTCATGGTACTGTTTCTTGGGCCTGTGGGAAAGTACATGACAGTTAACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGTACTGTTTCTTGGGCCTGTGGGAAAGTACATGACAGTTAACTG  800

seq1  TGAAAGACTCA-TTTTTTTCTCCTCCTCCTCCCCTTCTCCTCCTCCTCTG  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGACTCATTTTTTTTCTCCTCCTCCTCCCCTTCTCCTCCTCCTCTG  850

seq1  AGCCTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCATTTTTATCATCCTCTTCCTCT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||
seq2  AGCCTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCATTTTTAACAT-CTC-TCCTCT  897

seq1: chr13_47130219_47130942
seq2: B6Ng01-131B03.g_81_805 (reverse)

seq1  TACACACACATGCCCATTCACTCTCTCTCTCACATACACATGCTCACGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACATGCCCATTCACTCTCTCTCTCACATACACATGCTCACGTA  50

seq1  CTCACACAC-AACGGTGCAAAGGTATCACCCAGTCACACTCACACTTACA  99
      ||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACAAAAAGTGCAAAGGAATCACCCAGTCACACTCACACTTACA  100

seq1  CAAACACTCGCTGCCACACTCACCCACATACTCACATGATGGTGCAGATA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACTCGCTGCCACACTCACCCACATACTCACATGATGGTGCAGATA  150

seq1  CACAGAGAGCACTCGGTCCTACCTAGGAAGATCAAATATGCTGCAGCAGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGCACTCGGTCCTACCTAGGAAGATCAAATATGCTGCAGCAGT  200

seq1  ATAAGGAAATGCTCCCTGAAGAACTCTGTAATGAAACAACAAAGAACAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAAATGCTCCCTGAAGAACTCTGTAATGAAACAACAAAGAACAGG  250

seq1  TTTTTTATACTTAATTAGGAAGTCTTTAAATGATCAAGGTAAGGAAACGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATACTTAATTAGGAAGTCTTTAAATGATCAAGGTAAGGAAACGG  300

seq1  GACTCAGACAAAGCCAGGGAGATAGGGGACACACATTAAACACAATAAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGACAAAGCCAGGGAGATAGGGGACACACATTAAACACAATAAAG  350

seq1  TTCATTAGGCTTTAACTGGACCTTATGTTTTCTTTTAAAACCTGGATGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTAGGCTTTAACTGGACCTTATGTTTTCTTTTAAAACCTGGATGGG  400

seq1  GGCCAGCCCAATGGCTCAGAGGGTAAGGTGCTTGCAGCTAAGCCAGGCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCCCAATGGCTCAGAGGGTAAGGTGCTTGCAGCTAAGCCAGGCAG  450

seq1  GCTGGGTTTAATCCCTGAGCCTACATGGTGGAAGGAGAGAACGGACTCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTTAATCCCTGAGCCTACATGGTGGAAGGAGAGAACGGACTCCT  500

seq1  ACAAGCTATCCTCTAACCTGCACATGTGCATCACAGTATATGCACACAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTATCCTCTAACCTGCACATGTGCATCACAGTATATGCACACAGA  550

seq1  TATATATTCTACCATCTATAAATCTATTTCTAATATCAATGTAGCTATTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTCTACCATCTATAAATCTATTTCTAATATCAATGTAGCTATTA  600

seq1  TCTATCATCTATGTACCAATCTATCATCTATATGCTTAGCTCCAATTCTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATCTATGTACCAATCTATCATCTATATGCTTAGCTCCAATTCTA  650

seq1  CCATTTATCTTTAATATATCATATCAATCAATCATCTTTTGTTTTGAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATCTTTAATATATCATATCAATCAATCATCTTTTGTTTTGAGAC  700

seq1  AAATCTCACTACGTTAGCCTAGACT  724
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCACTACGTTAGCCTAGACT  725