BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133M13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 73,753,506 - 73,941,568
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7
Upstream geneIrx2, LOC621486, Irx4, LOC100042864, Ndufs6, Mrpl36, Aytl2, Slc6a3
Downstream geneNkd2, EG666360, Trip13, Brd9, Zdhhc11, LOC100042909, 2900041A09Rik, LOC621824, Cep72, Slc9a3, Exoc3, Ahrr, Pdcd6, Sdha, Ccdc127, AI595366, Zfp72, LOC666670, LOC634386, LOC100042547, LOC666683, LOC547136, BC012278, LOC434490, Arts1, Cast, LOC622204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133M13.bB6Ng01-133M13.g
ACCDH934244DH934245
length1,1431,051
definitionDH934244|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133M13, 5' end.DH934245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133M13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,753,506 - 73,754,654)(73,940,516 - 73,941,568)
sequence
gaattcacaccctcaagtcttctcagctgaaagcctagtttgatttctga
acacagggcatctgcacctggtaacccacccccaactccaatcccccgat
cctagggctgccaggaactcaggactcttctcagatacaggccagaatct
gctgttgctctgaaagtcagtactaagcctttatctcctccaggttgtga
agaggacagagacaatgacaaaggctatagggaccacatggtagacagag
gaatacatatcttcaatttgggaagtgcaagctttcccctacctcatcac
tgacttttgagtacagagattggacagtttgaaagaggaaaaagctaaca
ctaggctgctgctgtgctcactggtttcagctaggcaggaagagtcagag
gactaggagaattctcgggaccctgtgccaggtggagagatgtgggcagt
gtgtttctggggtcaggctgatattaggataggtaagaagcatgagccag
gtaggatcccagggttgaatgctgtacataggttcatatctcactgaagt
acagttagtgtacagaatgaaatctgtttattcagagtggtgtctcccca
cgtgagtctgcttccacagagtgctatctgcaggctgccttagcatccca
gctaccctgggtgtcaaaatagtttttgaggagggtactttcctttcatt
ttaacattgagcagcccatggcctctgagggttacaagtcctttacttct
atttcagttggtactcctggctcatcaacagctttgtgaatggtaagtac
atgtgtctccttggtgataatgtttatagtgggtgctgcctttcctgttc
ctctccatcacttgtgggataggtttcttggattaaagactattcgtccc
ttacctttagaatgcatacagtgcccagcactgtggtgcctgagcatcaa
acaagcccattcctgagcttggataaatactccaggtgcatagtctgttt
acgtcccaaaaaataggcagcactagcatcagatcccatctgatatttca
cccaagaattcccagagtataggtacttttgtggcatggctgggagctag
ttgatgcctgctgctcctgtgggtgggttcacagcacatggtc
gaattctgcgtaattcagaaacaatctaaacacactgtcctaaaagggga
acatgccagtgattgagaggcagcccaggcgggaggcgtggtcacaggga
cacagctgctcccaggcaggaaggacagtgcccatgatgggggtttcata
ggagaagtactggagaggctgactcagctcgatggcatgtgtgtggcagg
gctactctgtcctcctatgggctgaagctggctaaaggtcacagcacaga
ggaacactgcggaggactgaccagaaggatatgcctaccgtacacggtac
ctacacacccctgccctggctttgtgatgcctgtgtccctgacaaaggct
gcaacattgctttccccaggctagacccaaagagctggagctggatctta
gtttttgccttactgctagagaatcgcctgcccagcctaaggttttagag
gacagagccctgaccaggcaggaatctggtccagataagaagttggcaca
tctgccaaagccactgtgggcagggaaacctcacagaagaggaagacagg
acccttagttagggaaggatagggtgactcaaaccctcaagccctttcat
gcaaatgctgcagtagagggaaagtgatattaaccctgacatagtaagga
aatgcccagaacaagcttcttacacaagctctgatcacttaaaatgaatg
gctttcccaaactgtcttcgtttaatattactactgatagtccgactaaa
gggcagagctccatcaggcaggaggggcaggtggacccttgggcagctcc
ttctggcttttgctgatcaataaaaatgactaattccaatgctaaacctt
tctatgggtaccaggagaggcgattacttggcttctgtttttcaacacat
gttcctgattcagattctttagaaccttctgcctaaaagcaaatagagat
aaaatcatccaccagggtttgagtgtggctcagtggctgagtgagcactt
gtctagcacatatggggttctgggttccacctccagcactacggaatata
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73753506_73754654
seq2: B6Ng01-133M13.b_48_1190

seq1  GAATTCACACCCTCAAGTCTTCTCAGCTGAAAGCCTAGTTTGATTTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCCTCAAGTCTTCTCAGCTGAAAGCCTAGTTTGATTTCTGA  50

seq1  ACACAGGGCATCTGCACCTGGTAACCCACCCCCAACTCCAATCCCCCGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGCATCTGCACCTGGTAACCCACCCCCAACTCCAATCCCCCGAT  100

seq1  CCTAGGGCTGCCAGGAACTCAGGACTCTTCTCAGATACAGGCCAGAATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGCTGCCAGGAACTCAGGACTCTTCTCAGATACAGGCCAGAATCT  150

seq1  GCTGTTGCTCTGAAAGTCAGTACTAAGCCTTTATCTCCTCCAGGTTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCTCTGAAAGTCAGTACTAAGCCTTTATCTCCTCCAGGTTGTGA  200

seq1  AGAGGACAGAGACAATGACAAAGGCTATAGGGACCACATGGTAGACAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACAGAGACAATGACAAAGGCTATAGGGACCACATGGTAGACAGAG  250

seq1  GAATACATATCTTCAATTTGGGAAGTGCAAGCTTTCCCCTACCTCATCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATATCTTCAATTTGGGAAGTGCAAGCTTTCCCCTACCTCATCAC  300

seq1  TGACTTTTGAGTACAGAGATTGGACAGTTTGAAAGAGGAAAAAGCTAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTGAGTACAGAGATTGGACAGTTTGAAAGAGGAAAAAGCTAACA  350

seq1  CTAGGCTGCTGCTGTGCTCACTGGTTTCAGCTAGGCAGGAAGAGTCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGCTGCTGTGCTCACTGGTTTCAGCTAGGCAGGAAGAGTCAGAG  400

seq1  GACTAGGAGAATTCTCGGGACCCTGTGCCAGGTGGAGAGATGTGGGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGAGAATTCTCGGGACCCTGTGCCAGGTGGAGAGATGTGGGCAGT  450

seq1  GTGTTTCTGGGGTCAGGCTGATATTAGGATAGGTAAGAAGCATGAGCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTGGGGTCAGGCTGATATTAGGATAGGTAAGAAGCATGAGCCAG  500

seq1  GTAGGATCCCAGGGTTGAATGCTGTACATAGGTTCATATCTCACTGAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATCCCAGGGTTGAATGCTGTACATAGGTTCATATCTCACTGAAGT  550

seq1  ACAGTTAGTGTACAGAATGAAATCTGTTTATTCAGAGTGGTGTCTCCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAGTGTACAGAATGAAATCTGTTTATTCAGAGTGGTGTCTCCCCA  600

seq1  CGTGAGTCTGCTTCCACAGAGTGCTATCTGCAGGCTGCCTTAGCATCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGTCTGCTTCCACAGAGTGCTATCTGCAGGCTGCCTTAGCATCCCA  650

seq1  GCTACCCTGGGTGTCAAAATAGTTTTTGAGGAGGGTACTTTCCTTTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCCTGGGTGTCAAAATAGTTTTTGAGGAGGGTACTTTCCTTTCATT  700

seq1  TTAACATTGAGCAGCCCATGGCCTCTGAGGGTTACAAGTCCTTTACTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATTGAGCAGCCCATGGCCTCTGAGGGTTACAAGTCCTTTACTTCT  750

seq1  ATTTCAGTTGGTACTCCTGGCTCATCAACAGCTTTGTGAATGGTAAGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTTGGTACTCCTGGCTCATCAACAGCTTTGTGAATGGTAAGTAC  800

seq1  ATGTGTCTCCTTGGTGATAATGTTTATAGTGGGTGCTGCCTTTCCTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCTCCTTGGTGATAATGTTTATAGTGGGTGCTGCCTTTCCTGTTC  850

seq1  CTCTCCATCACTTGTGGGATAGGTTTCTTGGATTAAAGACTAATTCGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTCCATCACTTGTGGGATAGGTTTCTTGGATTAAAGACT-ATTCGTCC  899

seq1  CTTACCTTTAGAATGCATACAGTGCCCAGCACTGTGGTGCCTGAGCATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTTAGAATGCATACAGTGCCCAGCACTGTGGTGCCTGAGCATCA  949

seq1  AACAAGCCCATTCCTGAGCTTGGATAAATACTCCA-GTGCATAGTCTGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AACAAGCCCATTCCTGAGCTTGGATAAATACTCCAGGTGCATAGTCTGTT  999

seq1  TACGTTCCCAAAAAATAGGCAGCACTAGCATTCAGATCCCATCTGATATT  1049
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TACG-TCCCAAAAAATAGGCAGCACTAGCA-TCAGATCCCATCTGATATT  1047

seq1  TCACCCATAGAATTTCCCAGAGTATAAGTTACCTTTTGTGGCCATGCTGG  1099
      ||||||| |||| ||||||||||||| ||   ||||||||||   |||||
seq2  TCACCCA-AGAA-TTCCCAGAGTATAGGT--ACTTTTGTGGCATGGCTGG  1093

seq1  GAGGCTAGTTGATGCCCTGCTGCT-CTGTGTGT-GGTTCACAGCACATGG  1147
      || ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
seq2  GA-GCTAGTTGATG-CCTGCTGCTCCTGTGGGTGGGTTCACAGCACATGG  1141

seq1  TC  1149
      ||
seq2  TC  1143

seq1: chr13_73940516_73941568
seq2: B6Ng01-133M13.g_68_1118 (reverse)

seq1  TTATATTCTGTAGTGCTGG-GGTGGGACCCAGGACCCCATATGTGCTAGA  49
      |||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TTATATTCCGTAGTGCTGGAGGTGGAACCCAGAACCCCATATGTGCTAGA  50

seq1  CAAGTGCTCACTCAGCCACTGAGCCACACTCAAACCCTGGTTGGATGATT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAGTGCTCACTCAGCCACTGAGCCACACTCAAACCCTGG-TGGATGATT  99

seq1  TTAATCTCTATTTGCTTTTAGGCAGAAGGTTCTAAAGAATCTGAATCAGG  149
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-ATCTCTATTTGCTTTTAGGCAGAAGGTTCTAAAGAATCTGAATCAGG  148

seq1  AACATGTGTTGAGAAACAGAAGCCAAGTATTCGCCTCTCCTGGTACCCAT  199
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGTTGAAAAACAGAAGCCAAGTAATCGCCTCTCCTGGTACCCAT  198

seq1  AGGAAAGGTTTAGCATTGGAATTAGTCATTTTTATTGATCAGCAAAAGCC  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GAAAGGTTTAGCATTGGAATTAGTCATTTTTATTGATCAGCAAAAGCC  247

seq1  AGAAGGAGCTGCCCAAGGGTCCACCTGCCCCTCCTGCCTGATGGAGCTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGCTGCCCAAGGGTCCACCTGCCCCTCCTGCCTGATGGAGCTCT  297

seq1  GCCCTTTAGTCGGACTATCAGTAGTAATATTAAACGAAGACAGTTTGGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTAGTCGGACTATCAGTAGTAATATTAAACGAAGACAGTTTGGGA  347

seq1  AAGCCATTCATTTTAAGTGATCAGAGCTTGTGTAAGAAGCTTGTTCTGGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATTCATTTTAAGTGATCAGAGCTTGTGTAAGAAGCTTGTTCTGGG  397

seq1  CATTTCCTTACTATGTCAGGGTTAATATCACTTTCCCTCTACTGCAGCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCTTACTATGTCAGGGTTAATATCACTTTCCCTCTACTGCAGCAT  447

seq1  TTGCATGAAAGGGCTTGAGGGTTTGAGTCACCCTATCCTTCCCTAACTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGAAAGGGCTTGAGGGTTTGAGTCACCCTATCCTTCCCTAACTAA  497

seq1  GGGTCCTGTCTTCCTCTTCTGTGAGGTTTCCCTGCCCACAGTGGCTTTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCTGTCTTCCTCTTCTGTGAGGTTTCCCTGCCCACAGTGGCTTTGG  547

seq1  CAGATGTGCCAACTTCTTATCTGGACCAGATTCCTGCCTGGTCAGGGCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGCCAACTTCTTATCTGGACCAGATTCCTGCCTGGTCAGGGCTC  597

seq1  TGTCCTCTAAAACCTTAGGCTGGGCAGGCGATTCTCTAGCAGTAAGGCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTAAAACCTTAGGCTGGGCAGGCGATTCTCTAGCAGTAAGGCAA  647

seq1  AAACTAAGATCCAGCTCCAGCTCTTTGGGTCTAGCCTGGGGAAAGCAATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGATCCAGCTCCAGCTCTTTGGGTCTAGCCTGGGGAAAGCAATG  697

seq1  TTGCAGCCTTTGTCAGGGACACAGGCATCACAAAGCCAGGGCAGGGGTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCCTTTGTCAGGGACACAGGCATCACAAAGCCAGGGCAGGGGTGT  747

seq1  GTAGGTACCGTGTACGGTAGGCATATCCTTCTGGTCAGTCCTCCGCAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTACCGTGTACGGTAGGCATATCCTTCTGGTCAGTCCTCCGCAGTG  797

seq1  TTCCTCTGTGCTGTGACCTTTAGCCAGCTTCAGCCCATAGGAGGACAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGTGCTGTGACCTTTAGCCAGCTTCAGCCCATAGGAGGACAGAG  847

seq1  TAGCCCTGCCACACACATGCCATCGAGCTGAGTCAGCCTCTCCAGTACTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGCCACACACATGCCATCGAGCTGAGTCAGCCTCTCCAGTACTT  897

seq1  CTCCTATGAAACCCCCATCATGGGCACTGTCCTTCCTGCCTGGGAGCAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATGAAACCCCCATCATGGGCACTGTCCTTCCTGCCTGGGAGCAGC  947

seq1  TGTGTCCCTGTGACCACGCCTCCCGCCTGGGCTGCCTCTCAATCACTGGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCCCTGTGACCACGCCTCCCGCCTGGGCTGCCTCTCAATCACTGGC  997

seq1  ATGTTCCCCTTTTAGGACAGTGTGTTTAGATTGTTTCTGAATTACGCAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCCCTTTTAGGACAGTGTGTTTAGATTGTTTCTGAATTACGCAGA  1047

seq1  ATTC  1053
      ||||
seq2  ATTC  1051