BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134A06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 22,048,403 - 22,193,091
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp184, Gm24, Prss16, Hist1h2ah, Hist1h2bk, Hist1h4i, Hist1h2ag, Hist1h2bj, LOC665690, V1rh17
Upstream geneAoah, Olfr1370, Olfr1369-ps1, Olfr42, Olfr1368, Trim27, Gpx5, LOC625752, Gpx6, Olfr1367, Zfp96, LOC665454, Zkscan3, Pgbd1, 4930470G03Rik, Zfp187, 4921504I05Rik, OTTMUSG00000000421, AK157302, LOC100040340, Zfp192, Olfr1366, Olfr1365, Olfr1364, Olfr1362, Olfr1363-ps1, Olfr11, Olfr1361, Olfr1360, Olfr1359, Hist1h2bl, Hist1h2ai, Hist1h3h, Hist1h2aj, Hist1h2bm, Hist1h4j, Hist1h4k, Hist1h2ak, Hist1h2bn, LOC100041150, Hist1h1b, Hist1h3i, Hist1h2an, Hist1h2bp, LOC665596, Rp23-480b19.10, LOC100041230, Hist1h4m, Hist1h2ao, LOC665622, LOC665634
Downstream geneV1rh2, V1ri8, LOC632534, V1ri1, V1ri9, OTTMUSG00000000480, V1ri6, LOC665726, V1rh21, V1ri3, V1rh4, V1rh3, V1rh1, LOC665749, V1ri4, V1ri7, V1rh11, OTTMUSG00000000494, V1rh8, V1rh7, LOC382740, LOC432735, V1rh9, OTTMUSG00000000514, V1rh10, V1rh20, V1rh18, V1rh6, V1rh5, V1ri2, V1ri10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134A06.bB6Ng01-134A06.g
ACCDH934419DH934420
length1,1471,085
definitionDH934419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134A06, 5' end.DH934420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,191,953 - 22,193,091)(22,048,403 - 22,049,499)
sequence
gaattctatcaaaattcatagtgattctatcatgttagttcaagaaattc
catttcctgaacttgaaggtatgctttctaaagattagtgccacagggat
aacttggaaaacttcaatgtgtctgtaagtatctaaccacagaaaatatt
ttatgtaactatgaaagaatgatatgtactgtgaattaagtcagtaggag
cccagtgcaccagacaggaatttaaaagccctggatcatgtcgatgatgt
tatactcgtgaaagttctctacaggagtaaacactggctatatggggtaa
aaagaatacacagtaaagttttattctaatctcatctatagtttctatgt
tgattaaaaattttgaatttgtcttttactaactgattcgatgagtgtga
ctgaagccgagcaagcctggtttgcagctaccctttgttattgccccgct
gctctccacagcacagtgcagccacaccaccatagtacatatcaccaaag
agcatcgaaataatctgattcatttaaatgaaggagtccctgcttatgca
cttaaattggatccatacaataagatagtgacatggttcgaagaatctga
tgggcacattctgaaaaatacttaccgatataatcatttaacatgaattt
attttgagttgttatgggtatgttttatctttcttttaaatttctctgtc
atatctgactagatcccctgtaaaaacataagtgccacatgattgtactt
tacaatgatgaataagtatttacattttcccttggttgtactatatacac
agaacatttaagtaaccaatgtctatagtattgtgctatagattattaaa
gactttctttttctaatatagttatttttacttatgtgtatatgtctgta
tgaatgtataccacatgtgaacagatgcccatacaggcctaaagagagtt
ttaggtcccaaggagctagagctacagctgtcatgcatcctatgatgtgg
ggagttgggtaaggaagtaaaggttttgtgcaagagaagcaggtctcctc
actatcctccctcctccttgtcttgttgaatgtaagtggtgacttgttct
gtagtaacacccaattgctcatgtgaattctctacctgcctcttatg
gaattctttcttcagggttctaggctaagcctctcctatttgtcctgaat
ttaaatcaccattcttaaaatttttttctttgctgtttattaacagggaa
tctcaattcagaatgtatccttcagagtgagtccttttctttgtaccctt
ggtggtctcaggttaccccccccctttttttttttttaattcatggttta
tttgcctgcctcatttggcaggacacatcttatgagcagacgtgtccatt
gttgtacactgcttggctgcaaatgtgtccacaggaggatattaggacct
gggagccataagatcaaaagcctgagcagaagttcagtccctctccattt
gaggttcttgttctctttggtgtggcaggggtttcgatgatgagcactgt
gctagtggctgtgtagtcatcctgcaaggtgaagtgctggcctttctcta
agaacatgggctaccacaagcttagactaagcttcaggtcctccaggcat
ggcaggttccttaactagaggcaagataacgtgataggctatgtcccaag
tcaggaagaatataacaggtataaattgagacaccctcctccttgcttag
gatgtaaaactggacatccaccctttggtggggttggatagattctggct
tcaccatgaccaaaccatgccttggagcattccacttctaccttgtacca
gagcacgaaggttatcctcagcctcagtcctcgacagggactcaggcctg
tggaaggtctcagtgcctctcagcacaatgctaatattcttgctatatcc
cagcaactcacactcatcgaccttcttcaaaatgctatgctctagtgtac
ctgtcaccactctgtcacagcagggaatggagtaaactgactacagggag
cagaagagccttcttcaggtcccagctgagcactggatataagagtccac
agcatcagcagctatgcactgacttcacactagatcagatgatgtgctca
gggcacagagaaggaggagctataatgctagctccctcccctcataggca
ctaattgagtagtcttgtattccaaccctgctagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_22191953_22193091
seq2: B6Ng01-134A06.b_46_1192 (reverse)

seq1  CATAAGA-GCAG--TGAGAATT-ACATGAGCAA-TGGGTGTTACCTACAG  45
      ||||||| ||||   ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  CATAAGAGGCAGGTAGAGAATTCACATGAGCAATTGGGTGTTA-CTACAG  49

seq1  -ACAAGTCA-CACTTACA-TCAACAAGACAAGGAGGAGGAGGGATAGTGA  92
       |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  AACAAGTCACCACTTACATTCAACAAGACAAGGAGGAGGGAGGATAGTGA  99

seq1  AGAGACCTGCTTCTCTTGCACAGAA-CTTTACTTCCTTACCCAACT-CCC  140
       ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||
seq2  GGAGACCTGCTTCTCTTGCACAAAACCTTTACTTCCTTACCCAACTCCCC  149

seq1  ACATCATAGGATGCATGACAGCTTGTAGCTCTAGCTCCTTGGGACCTAAA  190
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATAGGATGCATGACAGC-TGTAGCTCTAGCTCCTTGGGACCTAAA  198

seq1  ACTCTCTTTAGGCCTGTATGGGCATCTGTTCACATGTGGTATACATTCAT  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTTTAGGCCTGTATGGGCATCTGTTCACATGTGGTATACATTCAT  248

seq1  ACAGACATATACACATAAGTAAAAATAACTATATTAGAAAAAGAAAGTCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATATACACATAAGTAAAAATAACTATATTAGAAAAAGAAAGTCT  298

seq1  TTAATAATCTATAGCACAATACTATAGACATTGGTTACTTAAATGTTCTG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATCTATAGCACAATACTATAGACATTGGTTACTTAAATGTTCTG  348

seq1  TGTATATAGTACAACCAAGGGAAAATGTAAATACTTATTCATCATTGTAA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAGTACAACCAAGGGAAAATGTAAATACTTATTCATCATTGTAA  398

seq1  AGTACAATCATGTGGCACTTATGTTTTTACAGGGGATCTAGTCAGATATG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAATCATGTGGCACTTATGTTTTTACAGGGGATCTAGTCAGATATG  448

seq1  ACAGAGAAATTTAAAAGAAAGATAAAACATACCCATAACAACTCAAAATA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAATTTAAAAGAAAGATAAAACATACCCATAACAACTCAAAATA  498

seq1  AATTCATGTTAAATGATTATATCGGTAAGTATTTTTCAGAATGTGCCCAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGTTAAATGATTATATCGGTAAGTATTTTTCAGAATGTGCCCAT  548

seq1  CAGATTCTTCGAACCATGTCACTATCTTATTGTATGGATCCAATTTAAGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCTTCGAACCATGTCACTATCTTATTGTATGGATCCAATTTAAGT  598

seq1  GCATAAGCAGGGACTCCTTCATTTAAATGAATCAGATTATTTCGATGCTC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCAGGGACTCCTTCATTTAAATGAATCAGATTATTTCGATGCTC  648

seq1  TTTGGTGATATGTACTATGGTGGTGTGGCTGCACTGTGCTGTGGAGAGCA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGATATGTACTATGGTGGTGTGGCTGCACTGTGCTGTGGAGAGCA  698

seq1  GCGGGGCAATAACAAAGGGTAGCTGCAAACCAGGCTTGCTCGGCTTCAGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGGCAATAACAAAGGGTAGCTGCAAACCAGGCTTGCTCGGCTTCAGT  748

seq1  CACACTCATCGAATCAGTTAGTAAAAGACAAATTCAAAATTTTTAATCAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCATCGAATCAGTTAGTAAAAGACAAATTCAAAATTTTTAATCAA  798

seq1  CATAGAAACTATAGATGAGATTAGAATAAAACTTTACTGTGTATTCTTTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAACTATAGATGAGATTAGAATAAAACTTTACTGTGTATTCTTTT  848

seq1  TACCCCATATAGCCAGTGTTTACTCCTGTAGAGAACTTTCACGAGTATAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCATATAGCCAGTGTTTACTCCTGTAGAGAACTTTCACGAGTATAA  898

seq1  CATCATCGACATGATCCAGGGCTTTTAAATTCCTGTCTGGTGCACTGGGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATCGACATGATCCAGGGCTTTTAAATTCCTGTCTGGTGCACTGGGC  948

seq1  TCCTACTGACTTAATTCACAGTACATATCATTCTTTCATAGTTACATAAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTGACTTAATTCACAGTACATATCATTCTTTCATAGTTACATAAA  998

seq1  ATATTTTCTGTGGTTAGATACTTACAGACACATTGAAGTTTTCCAAGTTA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCTGTGGTTAGATACTTACAGACACATTGAAGTTTTCCAAGTTA  1048

seq1  TCCCTGTGGCACTAATCTTTAGAAAGCATACCTTCAAGTTCAGGAAATGG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGGCACTAATCTTTAGAAAGCATACCTTCAAGTTCAGGAAATGG  1098

seq1  AATTTCTTGAACTAACATGATAGAATCACTATGAATTTTGATAGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTTGAACTAACATGATAGAATCACTATGAATTTTGATAGAATTC  1147

seq1: chr13_22048403_22049499
seq2: B6Ng01-134A06.g_68_1152

seq1  GAATTCTTTCTTCAGGGTTCTAGGCTAAGCCTCTCCTATTTGTCCTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTCAGGGTTCTAGGCTAAGCCTCTCCTATTTGTCCTGAAT  50

seq1  TTAAATCACCATTCTTAAAATTTTTTTCTTTGCTGTTTATTAACAGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCACCATTCTTAAAATTTTTTTCTTTGCTGTTTATTAACAGGGAA  100

seq1  TCTCAATTCAGAATGTATCCTTCAGAGTGAGTCCTTTTCTTTGTACCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTCAGAATGTATCCTTCAGAGTGAGTCCTTTTCTTTGTACCCTT  150

seq1  GGTGGTCTCAGGTTACCCCCCCCCTTTTTTTTTTTTTAATTCATGGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCTCAGGTTACCCCCCCCCTTTTTTTTTTTTTAATTCATGGTTTA  200

seq1  TTTGCCTGCCTCATTTGGCAGGACACATCTTATGAGCAGACGTGTCCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGCCTCATTTGGCAGGACACATCTTATGAGCAGACGTGTCCATT  250

seq1  GTTGTACACTGCTTGGCTGCAAATGTGTCCACAGGAGGATATTAGGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACACTGCTTGGCTGCAAATGTGTCCACAGGAGGATATTAGGACCT  300

seq1  GGGAGCCATAAGATCAAAAGCCTGAGCAGAAGTTCAGTCCCTCTCCATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCATAAGATCAAAAGCCTGAGCAGAAGTTCAGTCCCTCTCCATTT  350

seq1  GAGGTTCTTGTTCTCTTTGGTGTGGCAGGGGTTTCGATGATGAGCACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCTTGTTCTCTTTGGTGTGGCAGGGGTTTCGATGATGAGCACTGT  400

seq1  GCTAGTGGCTGTGTAGTCATCCTGCAAGGTGAAGTGCTGGCCTTTCTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGGCTGTGTAGTCATCCTGCAAGGTGAAGTGCTGGCCTTTCTCTA  450

seq1  AGAACATGGGCTACCACAAGCTTAGACTAAGCTTCAGGTCCTCCAGGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATGGGCTACCACAAGCTTAGACTAAGCTTCAGGTCCTCCAGGCAT  500

seq1  GGCAGGTTCCTTAACTAGAGGCAAGATAACGTGATAGGCTATGTCCCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTTCCTTAACTAGAGGCAAGATAACGTGATAGGCTATGTCCCAAG  550

seq1  TCAGGAAGAATATAACAGGTATAAATTGAGACACCCTCCTCCTTGCTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAGAATATAACAGGTATAAATTGAGACACCCTCCTCCTTGCTTAG  600

seq1  GATGTAAAACTGGACATCCACCCTTTGGTGGGGTTGGATAGATTCTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAAACTGGACATCCACCCTTTGGTGGGGTTGGATAGATTCTGGCT  650

seq1  TCACCATGACCAAACCATGCCTTGGAGCATTCCACTTCTACCTTGTACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATGACCAAACCATGCCTTGGAGCATTCCACTTCTACCTTGTACCA  700

seq1  GAGCACGAAGGTTATCCTCAGCCTCAGTCCTCGACAGGGACTCAGGCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACGAAGGTTATCCTCAGCCTCAGTCCTCGACAGGGACTCAGGCCTG  750

seq1  TGGAAGGTCTCAGTGCCTCTCAGCACAATGCTAATATTCTTGCTATATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTCTCAGTGCCTCTCAGCACAATGCTAATATTCTTGCTATATCC  800

seq1  CAGCAACTCACACTCATCGACCTTCTTCAAAATGCTATGCTCTAGTGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACTCACACTCATCGACCTTCTTCAAAATGCTATGCTCTAGTGTAC  850

seq1  CTGTCACCACTCTGTCACAGCAGGGAATGGAGTAAACTGACTACAGGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACCACTCTGTCACAGCAGGGAATGGAGTAAACTGACTACAGGGAG  900

seq1  CAGAAGAGCCTTCTTCAGGTCCCAGCTGAGCACTGGGATATAAGAGTCCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGCCTTCTTCAGGTCCCAGCTGAGCACT-GGATATAAGAGTCCA  949

seq1  CAGCATCCAGCAGCTAATGCACTGACTTCACACCTAGATCAAGATGATGT  1000
      |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| 
seq2  CAGCAT-CAGCAGCT-ATGCACTGACTTCACA-CTAGATC-AGATGATG-  994

seq1  TGCTCAAGGGCACAGAG-AGGAGAGCCTATAATGGCTAGTCTCCTCTCCT  1049
      ||||| ||||||||||| |||||   ||||||| ||||| ||||   || 
seq2  TGCTC-AGGGCACAGAGAAGGAGGAGCTATAAT-GCTAG-CTCCCTCCCC  1041

seq1  TCATAGCCAAACTAATTGAGTAGTTCTTGGATCTCCAACTCTGCTAGT  1097
      |||||| |  ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||
seq2  TCATAGGC--ACTAATTGAGTAG-TCTTGTAT-TCCAACCCTGCTAGT  1085