BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134O08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,713,956 - 45,804,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtxn1
Upstream geneJarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr
Downstream gene5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134O08.bB6Ng01-134O08.g
ACCDH935079DH935080
length1,103873
definitionDH935079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134O08, 5' end.DH935080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,803,324 - 45,804,445)(45,713,956 - 45,714,894)
sequence
gaattctcattaggtaaaataaaaattccttgggattttttttttttttt
tttggaatgagccattattaccaggtgttttaattgaactttttgactca
aagacaaattacaaatgcatctagccagggtccttgactcagaaaacagt
ggttgaaatggccttttatttacatttcaaatgctacagcacatagaaca
taccattttactcccatggtgacttgtaatggctctcaacccagactgtg
aacatgtgtgcttactcctagagcccctcccccacgttccctccagcact
ccccaccattaatatttagtccaaataaggtgtcaggttttcaagtccac
attcatagaaaggacagaggcatctcttagcacgttacctggcacacaag
ggcccacatcaaagacctcctgcctttggtgtttcaacaggctctacacc
aagtattgttcctgttacgtgatgttcacacctaagcccattgagactat
cagttttgaagacaaaatcatgttcttaagcctcttccaaagggcaagac
actttgaatgctgtctttgtcttgcaacactttacatttgattgcatcag
aaagtcataatattgtagcaaggagacaggtacctcgaatggtggaaaag
agctctaaggggctgggcttgtagctgtctgtggggtgctacaataacgt
gtgtttgatcctcagctttgtagcaaaccaagtgtggtgcttcatgccca
tacagcccatactgttcagaagtagagctcaagaggatccagagctcaaa
gtcaccccgggctacattgcaagttatatgctgacttgaactagctgaga
cccaaaaactttcaaatgaaaacaaatgaataaaactgttcttccaggag
agatggctcagtggttaagagcattgactgctctttcagaggtctgagtt
caattcccagcacatatggtagctcacacatctatatgaggatctgatgc
ctctctggtgtgtctaagatagcaacagtgtattcacatacttaataaat
tatactaaaaaacagaaatctgttctctaggggaagtgtgtgtgaccatt
gta
gaattcactcgtaaaggtcttctgcctgtgtatgtttgcaataatattaa
taactacaatttactgggacctcacgtcctgtgcagtgtagatctatcgc
atgcaagattagatttttaaccacaagaagcacgggatgacttggttttg
acaattggaggaggagactcagccaaggaggaaaacaagcatctggtcac
acaagttcccacaggaagaagagtggagacgtgaacccaggatcttctga
cccgaaatcaatggacgtgatcagtaagcaatgatattggtttacattgt
aggcaatacctaaagcctgcaaggtactaggcagatgaagattcagaagg
gctggacataacctggaccactaggagaggctcatacacataagggtctt
gttaggatgctgcctcttgcaggccctggaagcattctttcagttggtac
tgtgcacggctcccacaatgtatgtggctaccaccttcctgccaggatct
ctgctcccaaaataccgaacagtgtcgagagtatttcttcacctaaaaat
acatgaaggactaaggacttagctcagtcagtacagagccttgacttaca
aacatgagggcctgagtttggatatccaaaacccagtaaatggtaatcat
ggtaacatggtaatcatggtaacatgcatctttaattccatccgtggcag
gatagtggaggagccaggagaatccctggagtttcctggttagctagcct
ggcttcatcaggcaaagtttcagtctaagaataattttatctcaacaaaa
gatgataacaaggtgcctcttattatcttggtgtgtgcgttgtgggaatg
cgcggccaacccacccatacacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45803324_45804445
seq2: B6Ng01-134O08.b_46_1148 (reverse)

seq1  TACAATGAGTCACACACACCTTCTCCCTAGAGAACAGTATTCTTTGTTTT  50
      ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||  ||||    |||
seq2  TACAATG-GTCACACACA-CTTC-CCCTAGAGAACAGATTTCT---GTTT  44

seq1  TTTAGGTTTATTTATTTTATTTTATGTATGTGAATACACTGTTGCTATCT  100
      |||||  | |||||       ||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTAGTATAATTTA-------TTAAGTATGTGAATACACTGTTGCTATC-  86

seq1  TTAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGAT-CTCATTATAGATGGTTGTGAG  149
      ||||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||  ||||||
seq2  TTAGACACACCAG-AGA-GGCATCAGATCCTCA-TATAGATG--TGTGAG  131

seq1  CTACCATATGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTC  199
      ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  CTACCATATG--TGCTGGGAATTGAACTCA-GACCTCTGAAAGAGCAGTC  178

seq1  AATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCTGG-AGAACAGTTTTATTCAT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCTGGAAGAACAGTTTTATTCAT  228

seq1  TTGTTTTCATTTGAAAGTTTTTGGGTCTCAGCTAGTTCAAGTCAGCATAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCATTTGAAAGTTTTTGGGTCTCAGCTAGTTCAAGTCAGCATAT  278

seq1  AACTTGCAATGTAGCCCGGGGTGACTTTGAGCTCTGGATCCTCTTG-GCT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACTTGCAATGTAGCCCGGGGTGACTTTGAGCTCTGGATCCTCTTGAGCT  328

seq1  CTACTTCTGAACAGTATGGGCTGTATGGGCATGAAGCACCACACTTGGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGAACAGTATGGGCTGTATGGGCATGAAGCACCACACTTGGTT  378

seq1  TGCTACAAAGCTGAGGATCAAACACACGTTATTGTAGCACCCCACAGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAAAGCTGAGGATCAAACACACGTTATTGTAGCACCCCACAGACA  428

seq1  GCTACAAGCCCAGCCCCTTAGAGCTCTTTTCCACCATTCGAGGTACCTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAGCCCAGCCCCTTAGAGCTCTTTTCCACCATTCGAGGTACCTGT  478

seq1  CTCCTTGCTACAATATTATGACTTTCTGATGCAATCAAATGTAAAGTGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGCTACAATATTATGACTTTCTGATGCAATCAAATGTAAAGTGTT  528

seq1  GCAAGACAAAGACAGCATTCAAAGTGTCTTGCCCTTTGGAAGAGGCTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACAAAGACAGCATTCAAAGTGTCTTGCCCTTTGGAAGAGGCTTAA  578

seq1  GAACATGATTTTGTCTTCAAAACTGATAGTCTCAATGGGCTTAGGTGTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGATTTTGTCTTCAAAACTGATAGTCTCAATGGGCTTAGGTGTGA  628

seq1  ACATCACGTAACAGGAACAATACTTGGTGTAGAGCCTGTTGAAACACCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACGTAACAGGAACAATACTTGGTGTAGAGCCTGTTGAAACACCAA  678

seq1  AGGCAGGAGGTCTTTGATGTGGGCCCTTGTGTGCCAGGTAACGTGCTAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGAGGTCTTTGATGTGGGCCCTTGTGTGCCAGGTAACGTGCTAAG  728

seq1  AGATGCCTCTGTCCTTTCTATGAATGTGGACTTGAAAACCTGACACCTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCTCTGTCCTTTCTATGAATGTGGACTTGAAAACCTGACACCTTA  778

seq1  TTTGGACTAAATATTAATGGTGGGGAGTGCTGGAGGGAACGTGGGGGAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACTAAATATTAATGGTGGGGAGTGCTGGAGGGAACGTGGGGGAGG  828

seq1  GGCTCTAGGAGTAAGCACACATGTTCACAGTCTGGGTTGAGAGCCATTAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTAGGAGTAAGCACACATGTTCACAGTCTGGGTTGAGAGCCATTAC  878

seq1  AAGTCACCATGGGAGTAAAATGGTATGTTCTATGTGCTGTAGCATTTGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACCATGGGAGTAAAATGGTATGTTCTATGTGCTGTAGCATTTGAA  928

seq1  ATGTAAATAAAAGGCCATTTCAACCACTGTTTTCTGAGTCAAGGACCCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATAAAAGGCCATTTCAACCACTGTTTTCTGAGTCAAGGACCCTG  978

seq1  GCTAGATGCATTTGTAATTTGTCTTTGAGTCAAAAAGTTCAATTAAAACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGATGCATTTGTAATTTGTCTTTGAGTCAAAAAGTTCAATTAAAACA  1028

seq1  CCTGGTAATAATGGCTCATTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCAAGGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTAATAATGGCTCATTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCAAGGAA  1078

seq1  TTTTTATTTTACCTAATGAGAATTC  1122
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTTACCTAATGAGAATTC  1103

seq1: chr13_45713956_45714894
seq2: B6Ng01-134O08.g_69_941

seq1  GAATTCACTCGTAAAGGTCTTCTGCCTGTGTATGTTTGCAATAATATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCGTAAAGGTCTTCTGCCTGTGTATGTTTGCAATAATATTAA  50

seq1  TAACTACAATTTACTGGGACCTCACGTCCTGTGCAGTGTAGATCTATCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACAATTTACTGGGACCTCACGTCCTGTGCAGTGTAGATCTATCGC  100

seq1  ATGCAAGATTAGATTTTTAACCACAAGAAGCACGGGATGACTTGGTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGATTAGATTTTTAACCACAAGAAGCACGGGATGACTTGGTTTTG  150

seq1  ACAATTGGAGGAGGAGACTCAGCCAAGGAGGAAAACAAGCATCTGGTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTGGAGGAGGAGACTCAGCCAAGGAGGAAAACAAGCATCTGGTCAC  200

seq1  ACAAGTTCCCACAGGAAGAAGAGTGGAGACGTGAACCCAGGATCTTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTCCCACAGGAAGAAGAGTGGAGACGTGAACCCAGGATCTTCTGA  250

seq1  CCCGAAATCAATGGACGTGATCAGTAAGCAATGATATTGGTTTACATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAAATCAATGGACGTGATCAGTAAGCAATGATATTGGTTTACATTGT  300

seq1  AGGCAATACCTAAAGCCTGCAAGGTACTAGGCAGATGAAGATTCAGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATACCTAAAGCCTGCAAGGTACTAGGCAGATGAAGATTCAGAAGG  350

seq1  GCTGGACATAACCTGGACCACTAGGAGAGGCTCATACACATAAGGGTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACATAACCTGGACCACTAGGAGAGGCTCATACACATAAGGGTCTT  400

seq1  GTTAGGATGCTGCCTCTTGCAGGCCCTGGAAGCATTCTTTCAGTTGGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGATGCTGCCTCTTGCAGGCCCTGGAAGCATTCTTTCAGTTGGTAC  450

seq1  TGTGCACGGCTCCCACAATGTATGTGGCTACCACCTTCCTGCCAGGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACGGCTCCCACAATGTATGTGGCTACCACCTTCCTGCCAGGATCT  500

seq1  CTGCTCCCAAAATACCGAACAGTGTCGAGAGTATTTCTTCACCTAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCCAAAATACCGAACAGTGTCGAGAGTATTTCTTCACCTAAAAAT  550

seq1  ACATGAAGGACTAAGGACTTAGCTCAGTCAGTACAGAGCCTTGACTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGGACTAAGGACTTAGCTCAGTCAGTACAGAGCCTTGACTTACA  600

seq1  AACATGAGGGCCTGAGTTTGGATATCCAAAACCCAGTAAAATGGTAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACATGAGGGCCTGAGTTTGGATATCCAAAACCCAGT-AAATGGTAATCA  649

seq1  TGGTAACATGGTAATCATGGTAACATGCATCTTTAATTCCATCCGTGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACATGGTAATCATGGTAACATGCATCTTTAATTCCATCCGTGGCA  699

seq1  GGATAGGTGGAGGAGCCAGGAGAATCCCTGGAGTTTCCTGGTTAGCTAGC  750
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATA-GTGGAGGAGCCAGGAGAATCCCTGGAGTTTCCTGGTTAGCTAGC  748

seq1  CTGGC-TCATCAGGCAAAGTTTCAGTCTAAGGAGTAATTCTATCTCAAAC  799
      ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||
seq2  CTGGCTTCATCAGGCAAAGTTTCAGTCTAA-GAATAATTTTATCTC-AAC  796

seq1  AAAAGGATGATAACAAGGTTGCCCTCTATATACTTGTGTGTGCG-TGTGG  848
      |||| ||||||||||||||  | ||   |||  | ||||||||| |||||
seq2  AAAA-GATGATAACAAGGTGCCTCTTATTATCTTGGTGTGTGCGTTGTGG  845

seq1  GCATGCGCGCGCACACACACACATACA-CACACCTGCAAACAACTGAGAA  897
      | ||||||| ||  || ||| |||||| |                     
seq2  GAATGCGCG-GCCAACCCACCCATACACC---------------------  873

seq1  GCAATGGTCCCTCTGAACAAGGGCCACTGATGTCCATACACC  939
                                                
seq2  ------------------------------------------  873