BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142M02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 57,637,530 - 57,796,351
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock1
Upstream geneFbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7, LOC100040995
Downstream geneKlhl3, Hnrpa0, 5133401N09Rik, Ubqln1, LOC671252, Gkap1, Kif27, Hnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142M02.bB6Ng01-142M02.g
ACCDH940871DH940872
length1,1431,092
definitionDH940871|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142M02, 5' end.DH940872|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,795,201 - 57,796,351)(57,637,530 - 57,638,641)
sequence
gaattctgagcctcagcttcagttcattcacgacccctggactctccttc
tctcatcagcaagactgatgctcagatttccacgtgtttgtcccaaacct
tgaggcagtgccacattttatccaatcaggccctcacaccttcatctatc
catccacctacccacctcacacatttactgagttctcactgtttgcacaa
atgccaagccaaagggccaagcaaagagccactggaccatggttagtccc
caagagctgctcagagggaggagcaaggagcaagaatgggtatgacgtca
gtgggatgtgctaatggccacagtgcaggtgtgtgcagggaagcatgcat
agctgtggagaggactgtggcaggggcttgtgggtcggcgtgttggagac
agtgggtggagagtgtgtgcagacagcttccctttggaggctttgtctgg
gtgacacatgcattctccagggccgtggtcttttacaatcactacatcat
ctcaacaattcatggtagcttatataaaggtattagtcctttatgcgaag
catttctttattttttcaagtgttttttaaaaagaagactagccattaat
ttatgaagaattctcatggatgcagagtaacccattccctgcctgtgtgt
aacaggggagtctatctggtgacctccacttcaggctccctgctgtggct
cagctcagctgtgaggtaccctgacctgatgatgctctatgctcagtcac
atcgatgggtgcttgtcctccaaggatctagtaactatcagagttcctcc
ctcccagggcttgtagacatgtagatgccatggaaaggaaggcacatctg
ctttgttaagacacatgagagaagagatatataaagactagtgtctatgc
ctcttggatggataagtgataactcctcttgctctgatggccacacagga
ctctgagtcccaagggaagcacagccttcaagcttaggcaaaactccaga
cagggccttggccattgttctgaacagagctctgacctctgtgcatgctg
ggacttatgtgctgaaatgagcctctcccatacctccatgatgctcaggg
gttacgaatggggtccctctggtatggctgcttggctatttat
gaattcctggaggtgctaggtttcctctatctctcgctgatgcctggcac
ctgtttatatcaagacttctggcatcagaaaggttctgactgaagtaagg
gggagcctcaagctctaaattattttctaggtaaagctttgtgttctagg
caaatgaaaggtagggtttggaggagtacagtttccagcctgtaggagaa
gaggacagacatttctgccactgggaggatttaaaaacccatggtcaggc
tggagagataaatcagaggttaagagcactgactgctcttccagaggtcc
tgagttcaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctacaacag
gttccaatgccctcttctggtgtgtctgaagatagctacagaatattcat
atagataaaataaataaatcttaaaacaataaaaccagcacaaatgaaag
caatgctttctctaagcaaacatataaatcccaccccagacaggctgcca
gtttaaggctccatttcaatggaagagggttgagtttgcctccagagcaa
acaaaccatggactatgagatggcaatttcaagttgatccttttgtcaat
gaaattgctgtgcaatttctaaacttcctacagagatgtaattagccagc
agacacaactctgaggcccagagcatctctctttaatgtctgagtgagga
agaacagcaccttgggctgtgcctgtggccatttcctgggcctctcttcc
tctgtggatcataccatgtctagcacacaagtacagactgctcaggagca
cttgaccttttcttgtagcgatgctcggtatcctgccaacagaagcaaag
tggaagctaagccggagcccttcatccggcacaggcaccgaatctgagcc
ctttctcgggcactcagtagagattggcagcagctttctgctgcagcagc
agcagatagcagagcagtcagtcagtgctgtgtagagttcacatgaaagc
atgagacacctctcaaatgttcacagttcccaggctgagggtgaaagggc
atggccaagtgataggccgatttctttcaggaaatgtctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_57795201_57796351
seq2: B6Ng01-142M02.b_47_1189 (reverse)

seq1  ATAAATAGCCAAAGCAGCCATA-CAGAGGACTCCCATCTGTACCCCCTGA  49
      |||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||  ||| |||||||
seq2  ATAAATAGCC-AAGCAGCCATACCAGAGGGACCCCATTCGTAACCCCTGA  49

seq1  GCATCAT-GAGGTATGGGGAGAGGGCTCATCTCAGCAAACATAAGGTTCC  98
      ||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||  |||||||  |||
seq2  GCATCATGGAGGTAT-GGGAGA-GGCTCATTTCAGC--ACATAAG--TCC  93

seq1  AAGCATGCACAGAGGGTCAGAGCTCTGTTCAGAACAATGGCCAAAGCCCT  148
       |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGCATGCACAGA-GGTCAGAGCTCTGTTCAGAACAATGGCCAAGGCCCT  142

seq1  GTCTGGAGTTTTTGCCTAAGCTTGAAGGCTGTGCTTCCCTTGGGACTCAG  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGAG-TTTTGCCTAAGCTTGAAGGCTGTGCTTCCCTTGGGACTCAG  191

seq1  AGTCCCTGTGTGGCCATCAGAGCAAGAGGAGTTATCACTTATCCATCCAA  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGT-CCTGTGTGGCCATCAGAGCAAGAGGAGTTATCACTTATCCATCCAA  240

seq1  GAGGCATAGACACTAGTCTTTATATATTCTCTTCTCTCATGTGTCTTAAC  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATAGACACTAGTCTTTATATA-TCTCTTCTCTCATGTGTCTTAAC  289

seq1  AAAGCAGATGTGCCTTCC-TTCCATGGCATCTACATGTCTACAAGCCCTG  347
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGATGTGCCTTCCTTTCCATGGCATCTACATGTCTACAAGCCCTG  339

seq1  GGAGGGAGGAACTCTGATAGTTACTAGATCCTTGGAGGACAAGCACCCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAGGAACTCTGATAGTTACTAGATCCTTGGAGGACAAGCACCCAT  389

seq1  CGATGTGACTGAGCATAGAGCATCATCAGGTCAGGGTACCTCACAGCTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTGACTGAGCATAGAGCATCATCAGGTCAGGGTACCTCACAGCTGA  439

seq1  GCTGAGCCACAGCAGGGAGCCTGAAGTGGAGGTCACCAGATAGACTCCCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCCACAGCAGGGAGCCTGAAGTGGAGGTCACCAGATAGACTCCCC  489

seq1  TGTTACACACAGGCAGGGAATGGGTTACTCTGCATCCATGAGAATTCTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACACACAGGCAGGGAATGGGTTACTCTGCATCCATGAGAATTCTTC  539

seq1  ATAAATTAATGGCTAGTCTTCTTTTTAAAAAACACTTGAAAAAATAAAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTAATGGCTAGTCTTCTTTTTAAAAAACACTTGAAAAAATAAAGA  589

seq1  AATGCTTCGCATAAAGGACTAATACCTTTATATAAGCTACCATGAATTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTCGCATAAAGGACTAATACCTTTATATAAGCTACCATGAATTGT  639

seq1  TGAGATGATGTAGTGATTGTAAAAGACCACGGCCCTGGAGAATGCATGTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGATGTAGTGATTGTAAAAGACCACGGCCCTGGAGAATGCATGTG  689

seq1  TCACCCAGACAAAGCCTCCAAAGGGAAGCTGTCTGCACACACTCTCCACC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGACAAAGCCTCCAAAGGGAAGCTGTCTGCACACACTCTCCACC  739

seq1  CACTGTCTCCAACACGCCGACCCACAAGCCCCTGCCACAGTCCTCTCCAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTCCAACACGCCGACCCACAAGCCCCTGCCACAGTCCTCTCCAC  789

seq1  AGCTATGCATGCTTCCCTGCACACACCTGCACTGTGGCCATTAGCACATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGCATGCTTCCCTGCACACACCTGCACTGTGGCCATTAGCACATC  839

seq1  CCACTGACGTCATACCCATTCTTGCTCCTTGCTCCTCCCTCTGAGCAGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACGTCATACCCATTCTTGCTCCTTGCTCCTCCCTCTGAGCAGCT  889

seq1  CTTGGGGACTAACCATGGTCCAGTGGCTCTTTGCTTGGCCCTTTGGCTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGACTAACCATGGTCCAGTGGCTCTTTGCTTGGCCCTTTGGCTTG  939

seq1  GCATTTGTGCAAACAGTGAGAACTCAGTAAATGTGTGAGGTGGGTAGGTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGTGCAAACAGTGAGAACTCAGTAAATGTGTGAGGTGGGTAGGTG  989

seq1  GATGGATAGATGAAGGTGTGAGGGCCTGATTGGATAAAATGTGGCACTGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGATAGATGAAGGTGTGAGGGCCTGATTGGATAAAATGTGGCACTGC  1039

seq1  CTCAAGGTTTGGGACAAACACGTGGAAATCTGAGCATCAGTCTTGCTGAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTTTGGGACAAACACGTGGAAATCTGAGCATCAGTCTTGCTGAT  1089

seq1  GAGAGAAGGAGAGTCCAGGGGTCGTGAATGAACTGAAGCTGAGGCTCAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGGAGAGTCCAGGGGTCGTGAATGAACTGAAGCTGAGGCTCAGA  1139

seq1  ATTC  1151
      ||||
seq2  ATTC  1143

seq1: chr13_57637530_57638641
seq2: B6Ng01-142M02.g_68_1159

seq1  GAATTCCTGGAGGTGCTAGGTTTCCTCTATCTCTCGCTGATGCCTGGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAGGTGCTAGGTTTCCTCTATCTCTCGCTGATGCCTGGCAC  50

seq1  CTGTTTATATCAAGACTTCTGGCATCAGAAAGGTTCTGACTGAAGTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATATCAAGACTTCTGGCATCAGAAAGGTTCTGACTGAAGTAAGG  100

seq1  GGGAGCCTCAAGCTCTAAATTATTTTCTAGGTAAAGCTTTGTGTTCTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCCTCAAGCTCTAAATTATTTTCTAGGTAAAGCTTTGTGTTCTAGG  150

seq1  CAAATGAAAGGTAGGGTTTGGAGGAGTACAGTTTCCAGCCTGTAGGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGAAAGGTAGGGTTTGGAGGAGTACAGTTTCCAGCCTGTAGGAGAA  200

seq1  GAGGACAGACATTTCTGCCACTGGGAGGATTTAAAAACCCATGGTCAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAGACATTTCTGCCACTGGGAGGATTTAAAAACCCATGGTCAGGC  250

seq1  TGGAGAGATAAATCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGATAAATCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCC  300

seq1  TGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTACAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTACAACAG  350

seq1  GTTCCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGATAGCTACAGAATATTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGATAGCTACAGAATATTCAT  400

seq1  ATAGATAAAATAAATAAATCTTAAAACAATAAAACCAGCACAAATGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAAAATAAATAAATCTTAAAACAATAAAACCAGCACAAATGAAAG  450

seq1  CAATGCTTTCTCTAAGCAAACATATAAATCCCACCCCAGACAGGCTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTTTCTCTAAGCAAACATATAAATCCCACCCCAGACAGGCTGCCA  500

seq1  GTTTAAGGCTCCATTTCAATGGAAGAGGGTTGAGTTTGCCTCCAGAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGGCTCCATTTCAATGGAAGAGGGTTGAGTTTGCCTCCAGAGCAA  550

seq1  ACAAACCATGGACTATGAGATGGCAATTTCAAGTTGATCCTTTTGTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCATGGACTATGAGATGGCAATTTCAAGTTGATCCTTTTGTCAAT  600

seq1  GAAATTGCTGTGCAATTTCTAAACTTCCTACAGAGATGTAATTAGCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGCTGTGCAATTTCTAAACTTCCTACAGAGATGTAATTAGCCAGC  650

seq1  AGACACAACTCTGAGGCCCAGAGCATCTCTCTTTAATGTCTGAGTGAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAACTCTGAGGCCCAGAGCATCTCTCTTTAATGTCTGAGTGAGGA  700

seq1  AGAACAGCACCTTGGGCTGTGCCTGTGGCCATTTCCT-GGCCTCTCTTCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAACAGCACCTTGGGCTGTGCCTGTGGCCATTTCCTGGGCCTCTCTTCC  750

seq1  TCTGTGGATCATACCATGTCTAGCACACAAGTACAGACTGCTCAGGAGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGATCATACCATGTCTAGCACACAAGTACAGACTGCTCAGGAGCA  800

seq1  CTTGACCTTTTCTTGTAGCGATGCTCGGTATCCTGCCAACAGAAGCAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTTTTCTTGTAGCGATGCTCGGTATCCTGCCAACAGAAGCAAAG  850

seq1  TGGAAGCTAAGCCGGAGCCCCTCATCCGGCACAGGCACCGAATCTGAGCC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTAAGCCGGAGCCCTTCATCCGGCACAGGCACCGAATCTGAGCC  900

seq1  CTTCCTCGGGCACTCAAGTAGAGATTGGCAGGCAGGCTTTCTGCTGGCAG  949
      ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  CTTTCTCGGGCACTC-AGTAGAGATTGGCA-GCA-GCTTTCTGCT-GCAG  946

seq1  CAGCAGCAGATAGCAGAAGCCAGTCAAGTCCAGTTGCTGTGTAGAGTTTC  999
      |||||||||||||||||   ||||| ||| ||| ||||||||||||||  
seq2  CAGCAGCAGATAGCAGA--GCAGTC-AGT-CAG-TGCTGTGTAGAGTT--  989

seq1  AACATGAAAGCATGAGACACCTCTCAAATGTTCCACAGTCCCCAGGCTGA  1049
       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CACATGAAAGCATGAGACACCTCTCAAATGTT-CACAGTTCCCAGGCTGA  1038

seq1  GGGTGGAAAGGGGCCATGGCACATAGTGAATAGGCAGATTTCTTTTAAAG  1099
      |||| |||||||  |||||| || |||| |||||| ||||||||| |   
seq2  GGGT-GAAAGGG--CATGGC-CA-AGTG-ATAGGCCGATTTCTTTCA---  1079

seq1  GAAAATGTCTTTG  1112
      | |||||||||||
seq2  GGAAATGTCTTTG  1092