BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-145B14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 96,039,983 - 96,186,597
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZbed3, Aggf1
Upstream geneScamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1, Tbca, Otp, Wdr41, Pde8b
Downstream geneCrhbp, S100z, F2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2, Sv2c, LOC667582, 1200014M14Rik, 9330128J19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-145B14.bB6Ng01-145B14.g
ACCDH942600DH942601
length1,1041,131
definitionDH942600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B14, 5' end.DH942601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-145B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,185,479 - 96,186,597)(96,039,983 - 96,041,134)
sequence
gaattccaggccagccagggttgcatagtaagaccctgactcaaacagta
acaacaacaaaaccaaccaaccaaaaccagacaaacaaaaaaccccaaac
caccaccaccaaaaatccaacctactcaaaacctttctttaaactctcca
ctctgatatgaacacagggacctaagggtttagctagaacttgtctagcc
tgggtctgagtctcagcactgcttaacattttttagaaattagaaaagta
aaacaagggaagattttaattattatgggattcaatttcaacaaaacaga
cacacaatctttaaattcttcctctgattactgtcaaactaagatttctg
agatgaattccagggacaattaatgctctcaaatggcatattttgtcatc
tgggactcgggagagcaaaggaggaaggctaaggtcagccaggtagtggc
cagcctggcttctggctgtgggtgctcaggcagagagtcccctttctgaa
acctcaatgtctctgtcttcagaacagggacactgaaccacaagatgtct
gtgcttccgtctgtgccgttctgcccatccctctgaagtgtggagataaa
catccgactcatcggagattctggaaggttcttgaattgagcatgaagga
caaacatgccaatcaattatgtagtgacccagcaaaaattgactgagaaa
atttgaaggaaagactttcacaatacccaagtagatgaatagcacagcag
tcatttgttggctctccctgggtgtaacaagtgaaataggtgttaagtgg
tttggctccgagggtggcaggttagagatggtaggattttgagaattgga
gcttatgaggtgccactgggatgctgtcttgggaagaaattaagggagtt
cttggggaacctcagtggttcccacaagaaggattttaatagctaaacaa
aagcacggagcctgtcctccttagcctctgtcttagggtttactgctgtg
aacagacacatgaccagacaactctataagcacaagtttaattggggctg
attacagctcgagggtcagtccattatcatcaggtgggagcttgcaacat
ccag
gaattcccagttcatggtgagaccctccctccaaagataaagtggagagg
aattaatgaagactcctgacattgacctctgacctccatgtgtgtacaca
cacacagacatgcacaccaacatgtatggccacaaactcacaatcaagca
caggagtcatgaaaattaaattagaagaagatggcccaagaggatgtccc
agggtgacagaaatagtctatctttgaattttggccatggtcatatagat
atacatttattaaaattaactgctcaaggctagagagatggctcaacgtt
tagagctctttttgttttttgcagaggatccaagtgcaggtctcagcact
cacattgtagctcacttgcagttaatagttgcaggggatcctataccatc
ttctggattctgtgggttccttccgtcatgtgtggtacacacaaacccac
acaggcacgcacagacacacacgcatgcacacacacatatacacaaataa
taaataaatcttttttaaaattcaatgaattatgcattaaaagttgattc
attttcttgcatataaattatgctgagattatgtttttaaaccataacaa
atagtcaagaaaatggcagactgagaaagcttgtattactggaagcagaa
aagcatgcaaggtcattgctataggaagaacccttgaaagcaatagggaa
atggtgtgcacaccaatagaatatcacaaatgcaataaaggagctgtttg
taaatgaaacgtacaggcaacaaatactaaagcgaaaattctttagagat
caaagcaatgcaaatcagaacagaaaccacatgaagttcttatctacttt
ttttttttaattccctgattccctttagtggagagggaaagacgttttag
atctttagagacattatgagctgccaggatctctctgggaggaaaaaagt
catatatttacagatgcttcattatcacagtggctcagatgtagggctta
agagagctgggctgatttgctctaaaccaccctctgattcaagatctcta
gttatagcctctgttggtgccctatcgatgaggtaaatttactttattga
acaacatcctactcttggaagctacaactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_96185479_96186597
seq2: B6Ng01-145B14.b_46_1149 (reverse)

seq1  CTGGATGTTGCCATGCTCCCACCTTGATGATAATGGACTGACCCTCTGAA  50
      |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |
seq2  CTGGATGTTG-CAAGCTCCCACC-TGATGATAATGGACTGACCCTC--GA  46

seq1  GCTGTAAATCAGCCCCAATTAAACCTTGTGCTTATAAGAGTTGTCTTGGT  100
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GCTGT-AATCAGCCCCAATTAAA-CTTGTGCTTAT-AGAGTTGTC-TGGT  92

seq1  CATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAAGACAGAGGCTAAGGAGGG  150
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAT-GTGTCTGTTCACAGCAGT-AAACCCTAAGACAGAGGCTAAGGA-GG  139

seq1  ACAGGCTCCGTGCTTTTTGTTTTAGCTATTAAAATCCTTCTTGTGGGAAC  200
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTCCGTGCTTTT--GTTTAGCTATTAAAATCCTTCTTGTGGGAAC  187

seq1  CACTGAGGTTCCCCAAGAACTCCCTTAATTTCTTCCCAAGACAGCATCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGTTCCCCAAGAACTCCCTTAATTTCTTCCCAAGACAGCATCCC  237

seq1  AGTGGCACCTTCATAAGCTCCAATTCTCAAAATCCTACCATCTCTAACCT  300
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACC-TCATAAGCTCCAATTCTCAAAATCCTACCATCTCTAACCT  286

seq1  GCCACCCTCGGAGCCAAACCACTTAACACCTATTTCACTTGTTACACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCTCGGAGCCAAACCACTTAACACCTATTTCACTTGTTACACCCA  336

seq1  GGGAGAGCCAACAAATGACCTGCTGTGCTATTCATCTACTTGGGTATTGT  400
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCCAACAAATGA-CTGCTGTGCTATTCATCTACTTGGGTATTGT  385

seq1  GAAAGTCTTTCCTTCAAATTTTCTCAGTCAATTTTTGCTGGGTCACTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTTTCCTTCAAATTTTCTCAGTCAATTTTTGCTGGGTCACTACA  435

seq1  TAATTGATTGGCATGTTTGTCCTTCATGCTCAATTCAAGAACCTTCCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGATTGGCATGTTTGTCCTTCATGCTCAATTCAAGAACCTTCCAGA  485

seq1  ATCTCCGATGAGTCGGATGTTTATCTCCACACTTCAGAGGGATGGGCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGATGAGTCGGATGTTTATCTCCACACTTCAGAGGGATGGGCAGA  535

seq1  ACGGCACAGACGGAAGCACAGACATCTTGTGGTTCAGTGTCCCTGTTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCACAGACGGAAGCACAGACATCTTGTGGTTCAGTGTCCCTGTTCTG  585

seq1  AAGACAGAGACATTGAGGTTTCAGAAAGGGGACTCTCTGCCTGAGCACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGAGACATTGAGGTTTCAGAAAGGGGACTCTCTGCCTGAGCACCC  635

seq1  ACAGCCAGAAGCCAGGCTGGCCACTACCTGGCTGACCTTAGCCTTCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGAAGCCAGGCTGGCCACTACCTGGCTGACCTTAGCCTTCCTCC  685

seq1  TTTGCTCTCCCGAGTCCCAGATGACAAAATATGCCATTTGAGAGCATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTCCCGAGTCCCAGATGACAAAATATGCCATTTGAGAGCATTAA  735

seq1  TTGTCCCTGGAATTCATCTCAGAAATCTTAGTTTGACAGTAATCAGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCTGGAATTCATCTCAGAAATCTTAGTTTGACAGTAATCAGAGGA  785

seq1  AGAATTTAAAGATTGTGTGTCTGTTTTGTTGAAATTGAATCCCATAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTAAAGATTGTGTGTCTGTTTTGTTGAAATTGAATCCCATAATAA  835

seq1  TTAAAATCTTCCCTTGTTTTACTTTTCTAATTTCTAAAAAATGTTAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATCTTCCCTTGTTTTACTTTTCTAATTTCTAAAAAATGTTAAGCA  885

seq1  GTGCTGAGACTCAGACCCAGGCTAGACAAGTTCTAGCTAAACCCTTAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGACTCAGACCCAGGCTAGACAAGTTCTAGCTAAACCCTTAGGT  935

seq1  CCCTGTGTTCATATCAGAGTGGAGAGTTTAAAGAAAGGTTTTGAGTAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTTCATATCAGAGTGGAGAGTTTAAAGAAAGGTTTTGAGTAGGT  985

seq1  TGGATTTTTGGTGGTGGTGGTTTGGGGTTTTTTGTTTGTCTGGTTTTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTTGGTGGTGGTGGTTTGGGGTTTTTTGTTTGTCTGGTTTTGGT  1035

seq1  TGGTTGGTTTTGTTGTTGTTACTGTTTGAGTCAGGGTCTTACTATGCAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTTTTGTTGTTGTTACTGTTTGAGTCAGGGTCTTACTATGCAAC  1085

seq1  CCTGGCTGGCCTGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGGCCTGGAATTC  1104

seq1: chr13_96039983_96041134
seq2: B6Ng01-145B14.g_67_1197

seq1  GAATTCCCAGTTCATGGTGAGACCCTCCCTCCAAAGATAAAGTGGAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTTCATGGTGAGACCCTCCCTCCAAAGATAAAGTGGAGAGG  50

seq1  AATTAATGAAGACTCCTGACATTGACCTCTGACCTCCATGTGTGTACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATGAAGACTCCTGACATTGACCTCTGACCTCCATGTGTGTACACA  100

seq1  CACACAGACATGCACACCAACATGTATGGCCACAAACTCACAATCAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACATGCACACCAACATGTATGGCCACAAACTCACAATCAAGCA  150

seq1  CAGGAGTCATGAAAATTAAATTAGAAGAAGATGGCCCAAGAGGATGTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTCATGAAAATTAAATTAGAAGAAGATGGCCCAAGAGGATGTCCC  200

seq1  AGGGTGACAGAAATAGTCTATCTTTGAATTTTGGCCATGGTCATATAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGACAGAAATAGTCTATCTTTGAATTTTGGCCATGGTCATATAGAT  250

seq1  ATACATTTATTAAAATTAACTGCTCAAGGCTAGAGAGATGGCTCAACGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTTATTAAAATTAACTGCTCAAGGCTAGAGAGATGGCTCAACGTT  300

seq1  TAGAGCTCTTTTTGTTTTTTGCAGAGGATCCAAGTGCAGGTCTCAGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTCTTTTTGTTTTTTGCAGAGGATCCAAGTGCAGGTCTCAGCACT  350

seq1  CACATTGTAGCTCACTTGCAGTTAATAGTTGCAGGGGATCCTATACCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGTAGCTCACTTGCAGTTAATAGTTGCAGGGGATCCTATACCATC  400

seq1  TTCTGGATTCTGTGGGTTCCTTCCGTCATGTGTGGTACACACAAACCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATTCTGTGGGTTCCTTCCGTCATGTGTGGTACACACAAACCCAC  450

seq1  ACAGGCACGCACAGACACACACGCATGCACACACACATATACACAAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCACGCACAGACACACACGCATGCACACACACATATACACAAATAA  500

seq1  TAAATAAATCTTTTTTAAAATTCAATGAATTATGCATTAAAAGTTGATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATCTTTTTTAAAATTCAATGAATTATGCATTAAAAGTTGATTC  550

seq1  ATTTTCTTGCATATAAATTATGCTGAGATTATGTTTTTAAACCATAACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTGCATATAAATTATGCTGAGATTATGTTTTTAAACCATAACAA  600

seq1  ATAGTCAAGAAAATGGCAGACTGAGAAAGCTTGTATTACTGGAAGCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCAAGAAAATGGCAGACTGAGAAAGCTTGTATTACTGGAAGCAGAA  650

seq1  AAGCATGCAAGGTCATTGCTATAGGAAGAACCCTTGAAAGCAATAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGCAAGGTCATTGCTATAGGAAGAACCCTTGAAAGCAATAGGGAA  700

seq1  ATGGTGTGCACACCAATAGAATATCACAAATGCAATAAAGGAGCTGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGCACACCAATAGAATATCACAAATGCAATAAAGGAGCTGTTTG  750

seq1  TAAATGAAACGTACAGGCAACAAATACTAAAGCGAAAATTCTTTAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAACGTACAGGCAACAAATACTAAAGCGAAAATTCTTTAGAGAT  800

seq1  CAAAGCAATGCAAATCAGAACAGAAACCACATGAAGTTCTTATCTACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAATGCAAATCAGAACAGAAACCACATGAAGTTCTTATCTACTTT  850

seq1  TTTTTTTTAATTCCCTGATTCCCTTTAGGTGGAGAGGGAAAGACGTTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTAATTCCCTGATTCCCTTTA-GTGGAGAGGGAAAGACGTTTTA  899

seq1  GATCTTTAGAGACAATATGAGCTGCCAGAATCTCTCTGGGAGGAAAAAAA  950
      |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||
seq2  GATCTTTAGAGACATTATGAGCTGCCAGGATCTCTCTGGGAGG--AAAAA  947

seq1  AGTCAATATATTTACAGAATGCTTCATTATCACAGT-GCTCAGATGTAGG  999
      |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTC-ATATATTTACAG-ATGCTTCATTATCACAGTGGCTCAGATGTAGG  995

seq1  GCTTATAGAGAGCTGGGCTGTATTTGCTCCTTAAACCA-CCTCTGGTTCA  1048
      ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||| 
seq2  GCTTA-AGAGAGCTGGGCTG-ATTTGCTC--TAAACCACCCTCTGATTC-  1040

seq1  AAGATCCTCTAGTTTATGCCTCTGTTTGTGTGCCTCTATCCGATGAGGTA  1098
      ||||| ||||||||   ||||||||| |||   | |||| ||||||||| 
seq2  AAGAT-CTCTAGTTATAGCCTCTGTTGGTG---CCCTAT-CGATGAGGT-  1084

seq1  AAATTTAACCTTTATTGAAACAAACCATCCTACCTCTGTAAAAGCTACAA  1148
      |||||||  |||||||| |||||  ||||||| |||| |  |||||||||
seq2  AAATTTA--CTTTATTG-AACAA--CATCCTA-CTCT-TGGAAGCTACAA  1127

seq1  CTCT  1152
      ||||
seq2  CTCT  1131