BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150E04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 36,983,028 - 37,164,200
singlet/doubletdoublet
Overlap geneF13a1
Upstream geneRpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590, LOC666758, Nrn1
Downstream geneLy86, LOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150E04.bB6Ng01-150E04.g
ACCDH946385DH946386
length1,1501,165
definitionDH946385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150E04, 5' end.DH946386|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,163,034 - 37,164,200)(36,983,028 - 36,984,201)
sequence
gaattctacatgggaatctagtagaaaaatcacagttaggaaaagaaagt
atagaaaagaaacaagagaaaactttagaacaaaaatgaagtctctgaaa
taataattaataataaattaataaataataataaataaataataattaat
aacaaacctgctgacaggcttgacagccaagcgctttgactaagggcctg
tggctctctgcccatgactcttttcctgtggctccaccctggctgggttg
aggctcttccactttgttcttctccatattctccagcttttgaggtgttc
tccacacctctatcaaggtgcagaaatgcaccattttcagaggtcttatg
ttgggcacactcttttttaatttcaaatcccaacatggatccctgaagaa
accagggctgcattctgactataacaccaacatcattacactatctgctg
tgttcccctggttgtgtgcagaagggatctaagatcagagacatacaggc
agacttcactgcaaggaataagaagagagctacaggaccctctgtttggt
tccattgtgtgggaacacagagggcctaagtccacttacctggaaaggca
atgtggtcccagcccttgtgaaagggagatgaggtgatgtgtagagaggg
atgccaccctctggcccataagatgcaatgccaggcacatgtgatttcat
gtgagtcatccatgaaagtgctttgaacagttaacagtacagatcacatt
gtgactgtcctcaggggtatcgggttctgcggtggcttctgtggtgtggg
actgtcagccactttagtttctgaaaagaaaaatcataaatgtgatgaaa
aacaccagatgttcagatgttcttacttctgggaagcttgtcagacagtg
tcagaggtgaccactggatgaactagaggccaacgtagcaagttctcaat
gtctagagtgacagccaggaggagatttttttaattattagcacaccatt
tgcaagtcatgatatttatcccataatgctcattggacaaatcctatatt
cagaaataggactgatggacacttaagtttaattataatttaaacttgta
ctccaattttatttcatgaagaactatgaagacccaggcagcattcacgt

gaattcatgctctcagggcaagatggcactcctggagtaacccaagtgcc
ctgttttcctgtttagcatttgtttctgactctacctacagaattctgat
tctccctcagcctcatttgcattctgcctcttcaggcctgttgtgcagac
agtaccaatcacaacaggtctatggtaagtgactgcatttcaagaacaga
agagagagagaatgacataaacctccctagaggtagagggtctgacattc
tgttcttcaataggccctatacatattcagctttgcgtgagcctcattgt
ggggtgctccatgtaccatctatacacaaccagattttgagaagaagtgg
atgaggcaattctcattctgcttctgtaactggactgctggggttagaga
cctagctctccatcttgatgatgatgcgatcttgcacgagttttacagcc
cttctgcacttcagttttctcacatataaagtagaaacatttgtactgct
tacctgtaggttttattgagtgttgaaagctcagttatatatgtgatact
ttgatagcagctgccagggtccagtatataagcaagcagagcagccatat
tgaatgccacacaatagccattagcttaaaaagtggttcataagaaacaa
agctcatctctcactcctgcccagtgtcccatctctgggggccacttaga
ttacttggttactttaggatacttcatgttaggaggatttatactgatca
ctcagtcttttcagagacaaatgctctccagacaccagggaagttattta
aggccacatccaggtggcatataataccactctccaaggtgaccactaga
tgcttggcttccagtgcttggaaaggggtcttggaaggctgtctactgat
gccaccagaagctagcctacgctgctgagaagcaagtaacccactcccct
ggctttctttaccagtcccatgagcaacttgagaagaaatactctgtact
actggacaacactctggtgctctctgttcactaaaggcatgatcaggtgg
gaaaacatgccatggtgacggaagccagaaaaatgtggtcatcttgggta
tgggggtaaactgtgaacggataatggcaggaaggagctctcggagactt
gggatcctctatatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37163034_37164200
seq2: B6Ng01-150E04.b_44_1193 (reverse)

seq1  ACGTGAATGCTGCCTGGGTGCTTTCTTAATGTCTTCATGAAATAAAAATT  50
      |||||||||||||||||||   ||| || | |||||||||||| ||||||
seq2  ACGTGAATGCTGCCTGGGT--CTTCATAGT-TCTTCATGAAAT-AAAATT  46

seq1  GTGAGTACAAGTTTAAATTATTATATAAACTTTAAAGTGTTCATTCAGTC  100
      | ||||||||||||||||||| || |||||||  |||||| || ||||||
seq2  G-GAGTACAAGTTTAAATTATAAT-TAAACTT--AAGTGTCCA-TCAGTC  91

seq1  TTATATCTGAATATAGGATTTGTCCAATGAGCATTATGGGATAAATATCA  150
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTGAATATAGGATTTGTCCAATGAGCATTATGGGATAAATATCA  141

seq1  ATTGACTTGCAAATGGTGTGCTAAATAGTTAAAAAAAATCTTCCTTCTTG  200
        |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||  | || ||
seq2  --TGACTTGCAAATGGTGTGCT-AATAATT-AAAAAAATCT--CCTCCTG  185

seq1  GCTGTCACTCTAAGACATTGAGAACTTTGCTACGTTGGCCTCTAGTTCAT  250
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCACTCT-AGACATTGAGAAC-TTGCTACGTTGGCCTCTAGTTCAT  233

seq1  CCAGTGGTCACCTCTGACACTGTCTGACAAGCTTCCCAGAAGTAAGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGTCACCTCTGACACTGTCTGACAAGCTTCCCAGAAGTAAGAACA  283

seq1  TCTGAACATCTGGTGTTTTTCATCACATTTATGATTTTTCTTTTCAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACATCTGGTGTTTTTCATCACATTTATGATTTTTCTTTTCAGAAA  333

seq1  CTAAAGTGGCTGACAGTCCCACACCACAGAAGCCACCGCAGAACCCGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTGGCTGACAGTCCCACACCACAGAAGCCACCGCAGAACCCGATA  383

seq1  CCCCTGAGGACAGTCACAATGTGATCTGTACTGTTAACTGTTCAAAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAGGACAGTCACAATGTGATCTGTACTGTTAACTGTTCAAAGCAC  433

seq1  TTTCATGGATGACTCACATGAAATCACATGTGCCTGGCATTGCATCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGATGACTCACATGAAATCACATGTGCCTGGCATTGCATCTTAT  483

seq1  GGGCCAGAGGGTGGCATCCCTCTCTACACATCACCTCATCTCCCTTTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGAGGGTGGCATCCCTCTCTACACATCACCTCATCTCCCTTTCAC  533

seq1  AAGGGCTGGGACCACATTGCCTTTCCAGGTAAGTGGACTTAGGCCCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTGGGACCACATTGCCTTTCCAGGTAAGTGGACTTAGGCCCTCTG  583

seq1  TGTTCCCACACAATGGAACCAAACAGAGGGTCCTGTAGCTCTCTTCTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCACACAATGGAACCAAACAGAGGGTCCTGTAGCTCTCTTCTTAT  633

seq1  TCCTTGCAGTGAAGTCTGCCTGTATGTCTCTGATCTTAGATCCCTTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCAGTGAAGTCTGCCTGTATGTCTCTGATCTTAGATCCCTTCTGC  683

seq1  ACACAACCAGGGGAACACAGCAGATAGTGTAATGATGTTGGTGTTATAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACCAGGGGAACACAGCAGATAGTGTAATGATGTTGGTGTTATAGT  733

seq1  CAGAATGCAGCCCTGGTTTCTTCAGGGATCCATGTTGGGATTTGAAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCAGCCCTGGTTTCTTCAGGGATCCATGTTGGGATTTGAAATTA  783

seq1  AAAAAGAGTGTGCCCAACATAAGACCTCTGAAAATGGTGCATTTCTGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAGTGTGCCCAACATAAGACCTCTGAAAATGGTGCATTTCTGCAC  833

seq1  CTTGATAGAGGTGTGGAGAACACCTCAAAAGCTGGAGAATATGGAGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAGAGGTGTGGAGAACACCTCAAAAGCTGGAGAATATGGAGAAGA  883

seq1  ACAAAGTGGAAGAGCCTCAACCCAGCCAGGGTGGAGCCACAGGAAAAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGGAAGAGCCTCAACCCAGCCAGGGTGGAGCCACAGGAAAAGAG  933

seq1  TCATGGGCAGAGAGCCACAGGCCCTTAGTCAAAGCGCTTGGCTGTCAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGCAGAGAGCCACAGGCCCTTAGTCAAAGCGCTTGGCTGTCAAGC  983

seq1  CTGTCAGCAGGTTTGTTATTAATTATTATTTATTTATTATTATTTATTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCAGGTTTGTTATTAATTATTATTTATTTATTATTATTTATTAA  1033

seq1  TTTATTATTAATTATTATTTCAGAGACTTCATTTTTGTTCTAAAGTTTTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTAATTATTATTTCAGAGACTTCATTTTTGTTCTAAAGTTTTC  1083

seq1  TCTTGTTTCTTTTCTATACTTTCTTTTCCTAACTGTGATTTTTCTACTAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTCTTTTCTATACTTTCTTTTCCTAACTGTGATTTTTCTACTAG  1133

seq1  ATTCCCATGTAGAATTC  1167
      |||||||||||||||||
seq2  ATTCCCATGTAGAATTC  1150

seq1: chr13_36983028_36984201
seq2: B6Ng01-150E04.g_68_1232

seq1  GAATTCATGCTCTCAGGGCAAGATGGCACTCCTGGAGTAACCCAAGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTCTCAGGGCAAGATGGCACTCCTGGAGTAACCCAAGTGCC  50

seq1  CTGTTTTCCTGTTTAGCATTTGTTTCTGACTCTACCTACAGAATTCTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCCTGTTTAGCATTTGTTTCTGACTCTACCTACAGAATTCTGAT  100

seq1  TCTCCCTCAGCCTCATTTGCATTCTGCCTCTTCAGGCCTGTTGTGCAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCAGCCTCATTTGCATTCTGCCTCTTCAGGCCTGTTGTGCAGAC  150

seq1  AGTACCAATCACAACAGGTCTATGGTAAGTGACTGCATTTCAAGAACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCAATCACAACAGGTCTATGGTAAGTGACTGCATTTCAAGAACAGA  200

seq1  AGAGAGAGAGAATGACATAAACCTCCCTAGAGGTAGAGGGTCTGACATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAATGACATAAACCTCCCTAGAGGTAGAGGGTCTGACATTC  250

seq1  TGTTCTTCAATAGGCCCTATACATATTCAGCTTTGCGTGAGCCTCATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCAATAGGCCCTATACATATTCAGCTTTGCGTGAGCCTCATTGT  300

seq1  GGGGTGCTCCATGTACCATCTATACACAACCAGATTTTGAGAAGAAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGCTCCATGTACCATCTATACACAACCAGATTTTGAGAAGAAGTGG  350

seq1  ATGAGGCAATTCTCATTCTGCTTCTGTAACTGGACTGCTGGGGTTAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCAATTCTCATTCTGCTTCTGTAACTGGACTGCTGGGGTTAGAGA  400

seq1  CCTAGCTCTCCATCTTGATGATGATGCGATCTTGCACGAGTTTTACAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTCTCCATCTTGATGATGATGCGATCTTGCACGAGTTTTACAGCC  450

seq1  CTTCTGCACTTCAGTTTTCTCACATATAAAGTAGAAACATTTGTACTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCACTTCAGTTTTCTCACATATAAAGTAGAAACATTTGTACTGCT  500

seq1  TACCTGTAGGTTTTATTGAGTGTTGAAAGCTCAGTTATATATGTGATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTAGGTTTTATTGAGTGTTGAAAGCTCAGTTATATATGTGATACT  550

seq1  TTGATAGCAGCTGCCAGGGTCCAGTATATAAGCAAGCAGAGCAGCCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGCAGCTGCCAGGGTCCAGTATATAAGCAAGCAGAGCAGCCATAT  600

seq1  TGAATGCCACACAATAGCCATTAGCTTAAAAAGTGGTTCATAAGAAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCACACAATAGCCATTAGCTTAAAAAGTGGTTCATAAGAAACAA  650

seq1  AGCTCATCTCTCACTCCTGCCCAGTGTCCCATCTCT-GGGGCCACTTAGA  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTCATCTCTCACTCCTGCCCAGTGTCCCATCTCTGGGGGCCACTTAGA  700

seq1  TTACTTGGTTACTTTAGGATACTTCATGTTAGGAGGATTTATACTGATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGGTTACTTTAGGATACTTCATGTTAGGAGGATTTATACTGATCA  750

seq1  CTCAGTCTTTTCAGAGACAAATGCTCTCCAGACACCAGGGAAGTTATTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCTTTTCAGAGACAAATGCTCTCCAGACACCAGGGAAGTTATTTA  800

seq1  AGGCCACATCCAGGTGGCATATAATACCACTCTCCAAGGTGACCACTAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACATCCAGGTGGCATATAATACCACTCTCCAAGGTGACCACTAGA  850

seq1  TGCTTGGCTTCCAGTGCTTGG-AAGGGGTCTTGGTAAGGCTGTCTACTGA  898
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCTTGGCTTCCAGTGCTTGGAAAGGGGTCTTGG-AAGGCTGTCTACTGA  899

seq1  TGCCACCAGAAGCTAGCCTACGCTGCTGAGAAGCAGGTAACCCACTCCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCACCAGAAGCTAGCCTACGCTGCTGAGAAGCAAGTAACCCACTCCCC  949

seq1  TGGCTTTCCTTTACCAGTCCCCATGAGCAACTTGAGAAGAAATACCCTGT  998
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGCTTT-CTTTACCAGT-CCCATGAGCAACTTGAGAAGAAATACTCTGT  997

seq1  ACTACCTGGACAACCAACTCT-GTGCTCTCTGTACAACTAAAGCCATGAT  1047
      |||| |||||||||  ||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||
seq2  ACTA-CTGGACAAC--ACTCTGGTGCTCTCTGTTC-ACTAAAGGCATGAT  1043

seq1  CCAAGTGGGAAAAAACAAGCCATGGTGACAGAAGCCAGAAAAATGT-GTC  1096
       || |||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  -CAGGTGGG--AAAACATGCCATGGTGACGGAAGCCAGAAAAATGTGGTC  1090

seq1  ATCTT-GGTATGTGGGGTAGACTGTGAACAGGATAAAGGCAGGAAGGAGC  1145
      ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  ATCTTGGGTATG-GGGGTAAACTGTGAAC-GGATAATGGCAGGAAGGAGC  1138

seq1  TCTCTGAAGACCTGGGGATCCTCTATATT  1174
      |||| | ||| || |||||||||||||||
seq2  TCTC-GGAGA-CTTGGGATCCTCTATATT  1165